Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -2 -1 4 -1 -4 5 0 1 4 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -1 -4 -2 -4 0 0 31 0 0 36 0 9 11 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.69 0.44 2 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -1 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 2 -5 -4 0 51 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 23 15 0 0 8 0.70 0.73 3 K -3 1 -2 -2 -5 4 0 -4 -2 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 5 0 0 0 22 3 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.79 4 Q -3 1 0 1 -1 5 2 -2 1 -2 -4 3 -1 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 0 7 5 5 2 28 15 3 3 3 0 21 2 0 0 3 5 0 0 0 0.56 0.79 5 I -2 -3 1 0 -4 -3 -1 -4 1 3 2 -2 -1 -2 -4 -3 0 -3 3 1 2 0 8 6 0 0 5 0 4 16 25 2 0 0 0 0 7 0 14 11 0.35 0.79 6 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 -1 -2 -5 -4 0 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 2 0 0 0 0 0 4 0 0 41 1.09 0.79 7 H -3 0 0 0 -4 0 0 -4 8 -1 -4 0 -3 -3 -4 -1 -1 -4 0 -1 0 5 2 5 0 4 5 0 55 3 0 4 0 0 0 5 3 0 2 6 1.05 0.78 8 E 1 -1 -2 3 -5 1 5 0 -3 -4 -3 0 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 14 3 0 17 0 6 40 7 0 0 2 5 0 0 0 3 3 0 0 0 0.63 0.81 9 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 3 -1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 9 0 0 0 0 0 0 0 1.31 0.82 10 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 0 -2 -4 -2 2 -5 -4 -3 0 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 2 0 0 5 0 0 0 0 81 3 1.71 0.80 11 N -2 -2 7 1 -4 -2 -1 -2 3 -4 -2 -1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -1 2 0 63 8 0 0 2 1 7 0 4 2 0 0 0 3 3 0 0 5 1.02 0.82 12 D -1 0 -1 2 0 1 1 -3 -1 -2 0 0 -3 -4 -3 4 1 -5 -2 -3 2 5 1 12 2 5 9 0 2 2 13 5 0 0 0 34 7 0 1 0 0.35 0.82 13 I -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 0 2 -5 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 83 0 0 10 0 0 0 0 0 0 1.18 0.82 14 S -1 -1 2 1 0 1 1 0 1 2 -3 0 3 -4 -3 2 -2 -4 -3 -2 3 3 10 9 2 5 8 8 3 14 0 5 8 0 0 18 0 0 0 2 0.23 0.79 15 I 0 -2 1 1 -4 2 1 0 -3 2 -3 3 -3 -4 -3 2 -1 -4 -4 -1 6 0 7 7 0 10 9 7 0 15 0 18 0 0 0 15 2 0 0 2 0.28 0.79 16 S -1 5 2 2 -4 -1 -2 -3 5 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 -2 1 -3 -3 3 33 11 12 0 0 0 0 14 0 0 9 0 0 0 11 0 3 0 2 0.65 0.77 17 K -3 2 0 0 -5 2 1 -4 1 -4 -3 4 -3 -5 4 0 -2 -5 -4 -4 0 10 5 4 0 8 10 0 3 0 2 30 0 0 20 5 2 0 0 0 0.62 0.79 18 D 0 1 2 3 -3 1 1 0 -2 -3 -4 0 -3 -4 -1 1 0 -4 -3 -1 8 8 11 18 0 8 10 8 0 1 1 4 0 0 2 10 5 0 0 5 0.29 0.70 19 P 0 -2 1 -2 -3 2 0 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 5 1 1 -4 -3 -3 7 1 8 1 0 11 3 2 0 1 1 17 0 0 27 12 8 0 0 1 0.58 0.70 20 K -1 -2 2 2 -4 -1 4 2 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 -1 -4 -1 -4 3 0 11 10 0 0 28 19 0 0 1 6 0 0 0 13 4 0 3 1 0.47 0.71 21 Y -3 -4 -1 -5 -3 -4 -4 -5 -3 3 3 -4 3 1 -5 -4 -1 1 5 1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 16 32 0 8 4 0 0 3 2 24 8 0.65 0.74 22 S 0 3 1 -1 -4 0 1 -2 -3 -2 3 0 0 -3 -4 1 -2 -4 -3 -2 8 16 8 2 0 3 11 1 0 0 31 6 2 0 0 9 1 0 0 2 0.28 0.74 23 D -2 -2 0 6 -5 2 3 -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -2 -3 -6 -4 -5 2 0 3 60 0 8 20 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.74 24 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 2 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 16 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.24 0.74 25 L -3 3 -3 -4 3 1 -2 -4 -3 1 1 1 3 -3 -4 -1 3 -4 -3 -2 0 18 0 0 8 6 1 0 0 8 15 7 11 0 0 3 23 0 0 0 0.43 0.77 26 E -1 -3 -1 6 -5 2 2 -3 0 -4 -1 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 5 0 0 64 0 12 10 0 2 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.77 27 V 0 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -5 1 -1 -4 -1 -3 -4 -3 1 -5 -3 6 7 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 82 1.06 0.77 28 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 2 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -3 2 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 8 77 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0.98 0.77 29 Q 0 -2 -3 0 -4 2 0 1 0 -1 3 -3 1 -1 -4 -1 -1 -4 -2 -1 9 1 0 4 0 11 7 11 3 3 37 0 3 2 0 4 2 0 1 2 0.26 0.77 30 K -3 3 0 -2 -5 6 0 -4 -2 -4 -1 4 -2 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 13 5 0 0 42 2 0 0 0 8 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.77 31 V -2 -5 -5 -5 3 -4 -4 -5 -5 3 -1 -4 -1 -3 -4 -2 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 6 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 3 0 0 0 79 1.13 0.77 32 Y 0 -3 1 2 -4 -1 -2 -4 1 -3 -3 -3 3 0 -4 0 -3 -1 7 -3 7 0 9 15 0 3 0 0 3 0 0 0 11 0 0 5 0 0 48 0 0.89 0.77 33 L -1 2 0 -2 -4 3 0 -3 -1 -3 -1 4 -1 -4 -2 1 1 -5 -3 -2 5 11 5 0 0 14 5 0 1 1 6 30 2 0 1 8 9 0 0 2 0.42 0.77 34 K -3 2 1 -2 -5 0 1 -4 -2 0 -4 6 -3 -5 -3 -2 1 -5 -4 -3 0 11 7 0 0 2 9 0 0 6 0 58 0 0 0 0 8 0 0 0 0.83 0.77 35 L -3 -3 -4 -1 -3 -3 -4 -5 -4 3 3 0 4 2 -4 -3 0 -3 1 1 0 0 0 4 0 0 0 0 0 20 33 7 11 8 0 0 5 0 5 6 0.51 0.77 36 E -3 -2 3 6 -5 0 2 -3 2 -5 -5 1 -4 -4 -3 -2 -3 -5 1 -5 0 0 14 57 0 2 11 0 4 0 0 7 0 0 0 0 0 0 5 0 1.04 0.71 37 P -3 0 -2 1 -5 0 -2 -4 -3 -5 -3 -1 -4 -5 8 -1 -3 -5 -5 -4 0 6 1 10 0 4 0 0 0 0 2 4 0 0 72 2 0 0 0 0 1.70 0.71 38 S -2 -2 -2 1 -1 0 6 0 -2 -4 0 -2 -3 -4 0 -1 -3 -4 0 -4 1 0 0 6 2 1 61 6 0 0 10 0 0 0 5 4 0 0 4 0 0.76 0.71 39 P 4 2 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -3 1 -1 -1 -2 -3 2 -1 -1 -4 -1 0 49 13 0 0 0 0 0 0 0 8 4 3 0 0 12 2 1 0 2 5 0.53 0.71 40 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 0 0 -5 -4 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 68 0 0 2 0 0 0 12 11 3 1.02 0.71 41 I 0 -4 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -4 5 1 -4 1 -2 -4 -3 2 -4 0 3 8 0 0 0 0 0 2 0 0 38 10 0 2 0 0 0 14 0 4 22 0.61 0.71 42 N -2 -2 7 0 -4 -1 -2 0 -2 -5 -5 -2 -1 -5 -3 3 -1 -5 -4 -4 0 0 64 2 0 2 0 7 0 0 0 0 2 0 0 24 0 0 0 0 1.12 0.71 43 R -2 7 -2 -3 -5 -1 -2 -4 1 -5 -4 4 -3 -5 -1 -2 -3 -5 -3 -4 2 67 0 0 0 0 0 0 3 0 0 24 0 0 3 0 0 0 0 0 1.25 0.71 44 L -3 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 4 -1 -5 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 85 0 11 0 0 0 0 0 0 0 1.16 0.71 45 V 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 -1 -4 -1 -3 -4 -2 0 -5 -3 6 7 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 2 5 0 0 81 1.03 0.71 46 N -1 -2 7 -1 -4 1 -2 -1 -2 -4 -2 1 3 -4 -4 -1 -1 -5 -4 -4 6 0 60 0 0 6 0 3 0 0 4 8 10 0 0 0 2 0 0 0 0.89 0.71 47 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -1 -4 -2 4 -5 -4 -3 0 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 14 0 0 0 0 81 0 1.73 0.68 48 L -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 1 -4 0 -2 -5 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.33 0.68 49 Y -2 3 -3 0 -4 2 0 -4 -1 -4 -2 -1 -3 0 -4 -2 -3 -1 7 -3 3 23 0 5 0 10 5 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 51 0 0.94 0.68 50 F 0 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -1 -3 0 5 -4 3 -2 -3 -1 1 6 1 1 0 0 0 0 0 0 14 2 0 2 27 0 35 0 0 0 11 0.52 0.68 51 T -2 0 0 -3 -3 1 0 -4 -3 -1 -1 0 1 -3 -3 0 4 -5 -3 3 1 4 4 0 0 6 5 0 0 1 3 5 5 0 0 7 30 0 0 30 0.43 0.76 52 A 4 -4 -1 -3 -3 -3 -3 4 1 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 1 46 0 3 0 0 0 0 30 4 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 14 0.71 0.76 53 Y 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 0 2 1 -4 0 6 -2 -1 -1 -2 2 1 9 0 0 0 0 0 0 0 3 10 12 0 2 36 2 4 3 0 7 11 0.58 0.76 54 T 0 -2 2 3 -4 -2 -1 -3 -3 -1 -2 3 -3 -4 -3 0 3 -5 -4 -1 10 0 12 19 0 0 1 0 0 5 5 21 0 0 0 3 19 0 0 4 0.39 0.73 55 N -1 1 5 -1 -4 2 0 3 1 -5 -5 0 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -2 -4 4 10 29 2 0 9 7 28 3 0 0 6 0 0 0 0 0 0 1 0 0.63 0.73 56 K -3 4 -2 0 -5 -1 -1 -1 4 -4 -4 5 -3 -4 -3 -2 0 -4 0 -4 0 23 0 4 0 0 0 4 11 0 0 47 0 0 0 0 5 0 3 0 0.83 0.74 57 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 4 -4 1 1 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 45 0 1 5 0 0 0 0 0 10 0.92 0.76 58 R -3 2 -2 -3 -4 0 -2 0 7 -3 -2 0 -3 -2 1 -2 1 -3 4 -4 0 11 0 0 0 2 0 6 36 1 3 7 0 0 6 0 11 0 16 0 0.78 0.76 59 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -1 3 -5 -1 7 -5 -4 -4 -1 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 67 0 0 0 0 4 0 1.40 0.76 60 T -1 -3 1 0 -3 -2 -2 -3 0 -3 -1 -3 -1 -4 4 3 3 -4 0 -3 1 0 6 4 0 0 0 0 2 1 6 0 1 0 25 23 26 0 3 0 0.64 0.76 61 E -1 1 -2 2 -4 -1 2 0 -1 -5 -5 4 -4 -5 3 1 0 -5 -4 -4 2 7 0 12 0 0 13 7 1 0 0 26 0 0 14 11 6 0 0 0 0.51 0.76 62 Y 0 0 2 3 -5 2 3 -1 -2 -4 -4 1 -1 -4 -3 0 0 -4 1 -3 6 4 11 16 0 9 24 5 0 0 0 9 2 0 0 4 5 0 6 1 0.42 0.76 63 Q -1 -2 -2 3 -5 5 5 -4 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 5 0 0 16 0 39 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.76 64 E 0 -2 3 1 -5 2 5 -1 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 8 0 18 7 0 6 51 3 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.76 65 E -1 1 2 0 -5 2 2 -2 -2 -3 -2 4 -3 -5 0 -1 -2 -5 -4 -2 3 5 12 4 0 9 16 2 0 1 5 32 0 0 5 2 0 0 0 3 0.46 0.76 66 L -3 -1 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -4 2 5 -4 2 0 -5 -1 -3 1 2 -1 0 3 0 0 0 2 0 0 0 12 60 0 3 2 0 5 0 2 10 1 0.73 0.76 67 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 5 3 -4 4 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 29 0 11 0 0 0 0 0 0 12 0.96 0.76 68 R 1 3 -1 -2 -3 -1 -3 -2 -3 4 -1 0 1 -3 -4 0 -1 -5 -3 0 11 20 2 2 0 2 0 2 0 38 3 5 4 0 0 6 3 0 0 2 0.41 0.76 69 N -2 -1 2 3 -5 3 4 -3 -2 -5 -5 2 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -1 -4 2 2 8 20 0 14 36 0 0 0 0 13 0 0 0 1 0 0 3 0 0.77 0.76 70 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -4 2 -1 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 91 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.76 71 S 2 1 1 -2 -3 -2 1 4 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 0 -4 -4 -3 19 10 7 0 0 0 12 29 0 0 0 0 0 0 0 17 5 0 0 0 0.50 0.72 72 E -1 0 2 3 -4 -1 3 -3 0 -1 -3 -1 0 -4 -3 0 0 -4 -3 2 5 4 12 14 0 0 23 0 3 3 0 3 2 0 0 4 6 0 0 18 0.35 0.72 73 I -3 -4 -1 -4 -3 0 -3 -5 -1 6 0 -4 0 0 -4 -3 -2 -3 2 1 0 0 4 0 0 5 2 0 1 63 6 0 2 3 0 0 0 0 7 5 0.77 0.72 74 G 2 -3 -1 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -1 1 1 -4 -4 -4 15 0 3 0 0 0 0 57 0 0 0 0 0 0 3 11 9 0 0 0 0.90 0.72 75 R -3 1 1 -2 -5 5 -1 -3 -2 -4 -4 5 1 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 4 5 0 0 34 0 0 0 0 0 52 5 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.76 76 T -3 4 0 -3 -4 0 -1 -4 -2 -4 -1 4 -3 -3 -3 0 1 -4 2 -4 0 28 3 0 0 4 2 0 0 0 5 33 0 0 0 5 11 0 9 0 0.64 0.76 77 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -3 1 1 -4 -4 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 5 8 0 0 7 0.93 0.76 78 G 0 -4 2 -3 -4 -3 -4 6 0 -6 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 5 0 13 0 0 0 0 80 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.76 79 I -2 -4 -2 -1 -3 -4 -4 -5 -4 3 4 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