Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 4 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 4 1 -4 -3 -2 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 7 0 0 0 0.59 0.29 2 C -1 -3 -2 -3 8 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 2 4 -1 -4 -3 -2 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 43 0 0 0 0 1.02 0.36 3 F -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 2 -5 0 1 -5 -5 -3 -5 -1 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 39 15 0 1 6 0 0 0 0 2 37 1.05 1.15 4 A -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 35 31 0 1 0 0 0 0 0 0 29 1.04 1.20 5 L -3 -5 -5 -5 1 -1 -5 -6 3 4 4 -5 0 -1 -5 -4 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 3 3 0 0 9 21 42 0 1 1 0 1 0 0 0 17 0.83 1.21 6 I -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -5 -5 3 5 -5 -1 2 -5 -5 -3 -4 -2 3 1 0 0 0 2 0 0 1 0 18 53 0 0 7 0 0 0 0 1 18 0.98 1.25 7 S -1 4 -2 -3 -2 3 0 -4 -1 -5 -5 5 -4 -6 -4 0 1 -5 -4 -4 4 21 1 0 1 11 4 1 1 0 0 42 0 0 0 7 8 0 0 0 0.88 1.27 8 G -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.24 1.28 9 T -1 -1 0 4 2 -1 1 0 -2 -5 -4 -2 -5 -6 4 0 0 -6 -5 -5 4 3 3 25 4 2 9 9 1 0 1 2 0 0 24 8 5 0 0 0 0.65 1.28 10 A 4 -4 -3 -4 0 -2 -3 0 -3 -4 -5 -1 -4 -5 5 1 1 -6 -5 -2 44 0 0 0 2 1 0 6 0 0 0 4 0 0 24 8 7 0 0 3 0.84 1.28 11 N -3 -3 8 -1 -5 -3 -3 -2 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -2 -7 -5 -6 2 0 94 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 2.11 1.28 12 Q -1 -1 1 -3 4 4 -3 -2 -4 -2 -4 1 -4 -5 -1 2 4 -5 -5 -2 3 2 7 0 8 21 0 3 0 2 1 7 0 0 3 17 25 0 0 2 0.59 1.31 13 V -3 -5 -6 -6 -2 -4 -6 -6 -6 0 6 -5 -1 -2 -6 -4 -3 -5 -4 2 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1 84 0 0 0 0 1 1 0 0 11 1.39 1.31 14 K -3 1 -3 -3 -6 -1 -2 -4 -3 -6 -5 8 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 1.31 15 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -4 -1 -4 -4 -6 -4 -5 -6 -2 -2 -5 -5 -4 0 0 0 0 93 0 0 1 1 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 3.06 1.31 16 Y -5 -5 -6 -6 -1 -4 -6 -6 -1 -1 2 -5 -2 5 -6 -5 -4 9 4 -3 0 0 0 0 1 1 0 0 2 3 24 0 0 25 0 0 0 31 12 1 1.53 1.31 17 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -3 -5 -3 -6 -5 0 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -4 -5 0 98 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 0 0 0 0 2.21 1.31 18 F -5 1 3 -4 -5 -2 -4 -4 2 -4 -3 -4 -4 3 -6 -4 -4 4 8 -4 0 7 15 0 0 1 0 1 4 0 2 0 0 12 0 0 0 5 53 0 1.44 1.31 19 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -3 -5 -3 -6 -5 1 -4 -6 -5 -3 -3 -5 -4 -5 0 92 0 0 0 1 0 0 0 0 0 6 0 0 0 1 1 0 0 0 2.04 1.30 20 V 0 -5 -5 -4 5 -4 -4 -5 -5 1 4 -2 0 2 -5 -3 -2 2 -2 1 9 0 0 1 12 0 1 0 0 7 40 3 2 9 0 1 2 2 1 11 0.64 1.30 21 K -3 3 1 -3 -3 2 -1 -2 4 -5 -3 5 -2 -4 -3 -1 -1 -5 -2 -4 1 17 6 1 0 7 2 2 9 0 2 42 1 1 1 4 3 0 1 1 0.78 1.23 22 K -1 2 2 -1 -3 3 -2 -1 3 -2 -2 4 -3 -5 -2 -1 0 -5 -4 -1 5 11 9 3 0 12 1 5 7 3 5 24 0 0 1 4 6 0 0 5 0.37 1.26 23 N -3 3 1 -3 -5 1 -2 1 3 -5 -4 5 -2 -3 -4 0 -1 0 -1 -4 1 13 8 0 0 6 0 9 7 0 1 41 1 1 0 6 3 1 2 1 0.71 1.30 24 H -2 -2 1 -4 1 -2 -3 -5 8 -4 -2 0 -3 2 -2 -3 -2 -1 6 -2 2 1 6 0 3 1 0 0 33 0 3 6 0 7 2 1 2 0 29 3 1.12 1.26 25 R 0 3 0 -3 0 0 -2 -1 2 -5 -3 3 -4 -3 2 3 -1 0 -2 -3 7 18 4 1 2 4 1 4 5 0 2 16 0 1 9 20 2 2 1 1 0.41 1.29 26 H -2 1 0 1 -1 0 -1 3 5 -4 -4 1 -2 -2 -3 1 -1 -5 -2 -2 2 6 4 9 2 4 2 20 17 1 2 8 1 1 1 13 3 0 1 3 0.43 1.28 27 R -3 0 -1 -1 -1 -2 -4 -3 1 -1 5 -1 -1 -1 0 -2 -2 -1 1 -2 1 6 3 3 2 1 0 2 3 1 55 5 1 2 5 2 2 1 5 1 0.58 1.27 28 Y -4 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 -3 0 -2 -4 -3 7 -6 -5 -4 -1 7 -1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 4 2 1 0 51 0 0 0 0 35 5 1.67 1.30 29 E -2 1 -1 0 3 0 1 -3 1 -2 1 1 1 -2 -3 1 1 0 -2 0 2 6 3 6 6 4 7 1 3 2 13 10 3 1 1 11 9 1 1 8 0.14 1.31 30 N 0 2 3 0 4 0 -1 -2 2 -4 -3 1 -1 0 -5 0 -2 -1 3 -3 10 13 13 6 10 4 2 2 5 0 2 8 1 4 0 8 2 1 9 2 0.34 1.31 31 C 1 -5 -5 -6 5 -5 -5 -5 -5 4 -1 -5 3 2 -5 -2 -2 -4 0 3 13 0 0 0 12 0 0 0 0 26 3 0 8 8 0 3 2 0 3 21 0.74 1.31 32 T -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -2 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 6 3 -6 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 78 19 0 0 0 1.42 1.31 33 T -2 -4 -1 -3 -1 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 -4 4 6 -5 -4 -3 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 30 64 0 0 0 1.33 1.29 34 T 0 -4 -2 -4 0 -4 -4 -2 -5 -1 -3 -4 -3 -4 -4 -1 6 -5 -4 3 6 0 1 0 2 0 0 3 0 2 0 0 0 0 0 3 62 0 0 21 1.11 1.29 35 W -5 -5 -6 -6 -5 -5 -5 -5 -4 -4 -3 -5 -3 6 -6 -4 -5 11 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 1 0 62 3 0 2.80 1.29 36 F -3 2 0 -4 -3 0 -3 -4 6 -5 -5 1 -4 -1 -4 3 2 4 1 -5 1 12 4 0 0 4 0 0 22 0 0 8 0 3 0 26 11 5 5 0 0.76 1.31 37 T -4 -3 -6 -7 -5 -5 -5 -5 -5 -4 -3 -5 -4 -2 -6 -5 -1 13 -1 -5 2 1 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 5 90 0 0 3.64 1.31 38 V 0 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 -1 -4 -4 -1 4 1 -4 5 6 0 0 0 1 0 0 0 0 8 6 0 1 0 0 4 29 2 0 42 0.82 1.28 39 A 1 -1 0 0 4 -2 0 4 1 -3 -4 -3 -4 -5 -3 1 0 -3 -4 -3 13 3 4 6 8 1 7 34 3 1 1 1 0 0 1 8 6 0 0 2 0.52 1.24 40 D -1 -3 2 3 -1 -2 2 2 1 -4 -3 0 -4 -5 0 1 -2 1 -3 -3 6 1 9 16 2 1 12 18 3 1 3 6 0 0 5 10 2 2 1 2 0.34 1.23 41 N -2 0 2 4 -2 0 1 0 0 -4 -4 1 -4 -5 -2 1 2 -5 -3 -2 1 6 9 23 1 5 9 7 2 1 1 8 0 0 1 10 12 0 1 3 0.40 1.24 42 G -1 -2 2 0 3 -2 0 5 -1 -4 -4 -1 -4 -3 -3 1 0 -4 -3 -3 4 1 8 5 7 1 6 39 2 1 1 3 0 1 1 13 5 0 1 2 0.58 1.19 43 A 0 -3 3 -1 2 -2 -2 -1 -1 -2 -3 -1 -3 -4 1 2 4 -5 -4 -1 7 1 14 3 4 1 2 5 1 3 2 4 0 0 7 15 26 0 0 3 0.40 1.20 44 E -2 -2 0 3 1 2 4 -1 0 -4 -3 0 -3 -4 -2 -1 1 -4 -4 -1 3 2 5 18 3 7 28 6 2 1 2 6 0 0 2 4 8 0 0 4 0.45 1.17 45 R -2 6 0 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -3 3 -2 -4 -3 -1 0 -4 -2 -2 3 40 5 3 1 2 2 5 1 1 3 19 1 1 1 4 5 0 1 2 0.67 1.08 46 Q 0 -2 -2 -1 2 1 0 -2 2 2 1 -1 -1 -2 -1 1 1 0 -1 1 6 2 1 4 5 6 5 2 6 11 13 4 1 1 2 10 8 2 2 8 0.12 1.11 47 G -1 -3 1 -1 0 -2 -2 5 0 -2 -3 1 -3 -2 0 -1 -1 -3 -2 -2 4 1 6 3 2 2 3 46 2 2 2 10 0 2 4 4 4 0 2 2 0.61 1.05 48 Q -1 4 3 1 0 2 -1 -2 0 -3 -3 0 -2 -4 -1 2 0 -4 -2 -3 5 24 12 8 3 8 3 3 2 1 2 4 1 0 3 14 5 0 2 1 0.38 1.06 49 A 4 -3 -1 -3 -3 -1 -3 2 4 -4 -4 -3 -3 -4 -1 3 0 -4 -3 -3 37 0 2 0 0 2 0 14 11 0 1 0 0 0 3 23 4 0 0 0 0.69 1.13 50 Q -4 7 -2 -4 -2 -1 -3 -5 -1 2 -2 1 -1 2 -5 -3 -1 -4 -1 -2 0 57 1 0 1 2 0 0 1 11 2 6 1 9 0 1 4 0 1 2 1.00 1.18 51 I -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 2 -5 7 0 -5 -5 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 13 0 33 4 0 0 0 0 0 24 1.15 1.21 52 L -3 -5 -5 -5 2 -3 -5 -5 -5 1 4 -4 2 0 -5 -3 4 -4 -4 -1 1 0 0 0 4 1 0 0 0 8 50 0 4 3 0 0 27 0 0 2 0.86 1.21 53 I -3 -5 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 5 3 -5 0 0 -5 -5 -3 -5 -2 4 0 0 0 0 2 0 0 0 0 33 25 0 1 3 0 0 0 0 1 34 1.02 1.21 54 T 3 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -2 -1 -2 2 -4 -4 2 3 5 -4 -1 28 2 0 0 1 0 0 3 1 1 6 1 7 0 0 15 23 8 0 5 0.58 1.21 55 F -5 -5 -5 -6 0 -5 -5 -6 1 -3 -2 -5 -3 8 -6 -3 -5 -1 5 -4 0 0 0 0 2 0 0 0 3 0 0 0 0 76 0 2 0 0 17 0 1.95 1.21 56 G 0 1 1 3 -1 -1 0 -3 1 -2 -3 2 -4 -3 -3 2 2 -5 0 -2 8 7 5 14 2 2 4 1 3 2 2 12 0 1 1 14 14 0 4 3 0.27 1.21 57 S -2 -4 4 4 0 -2 -2 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 5 1 -6 -5 -5 0 0 18 25 2 1 0 4 0 0 0 0 0 0 0 41 8 0 0 0 0.95 1.21 58 P -2 -1 1 0 -2 0 4 -4 -2 -2 -3 0 -4 -2 1 1 2 -5 0 0 3 3 6 5 1 4 25 0 1 2 2 6 0 2 7 12 11 0 3 7 0.32 1.21 59 S 1 -1 0 0 0 3 3 -1 2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 1 2 -1 -2 -3 12 2 3 5 2 12 18 4 6 1 2 3 1 1 1 9 14 1 1 1 0.30 1.21 60 Q -3 -1 -2 -1 -1 8 1 -4 0 -5 -5 0 -1 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 1 1 1 3 1 78 6 0 2 0 0 4 1 0 0 1 1 0 0 0 1.59 1.21 61 R -3 8 -3 -4 -2 0 -2 -5 -3 -5 -2 0 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -2 -5 1 85 0 0 1 3 1 0 0 0 3 3 1 0 0 0 0 0 1 0 1.74 1.21 62 Q 1 -1 2 3 -5 3 4 -2 -2 -5 -4 0 -3 -5 -4 1 0 -5 -3 -4 10 2 10 13 0 13 25 2 1 0 1 5 1 0 0 8 7 0 1 1 0.53 1.21 63 D -1 1 -1 1 0 3 1 -3 2 -2 0 1 0 -3 -4 0 1 1 -2 -1 4 8 2 9 2 13 7 1 5 1 11 9 3 1 0 6 9 2 1 5 0.20 1.21 64 F -5 -5 -6 -6 0 -6 -6 -6 -4 -3 -1 -6 -2 9 -6 -5 -5 -2 2 -3 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 93 0 0 0 0 3 0 2.25 1.21 65 L -3 -3 -4 -1 -3 -2 -3 -6 -3 1 5 -5 2 -1 -5 -5 -2 0 -2 0 1 1 0 4 0 2 1 0 1 7 68 0 5 1 0 0 2 1 1 5 0.94 1.26 66 K 1 1 2 1 0 2 1 -2 0 -5 -4 3 -2 -5 -4 1 -1 -5 -4 -3 10 7 12 9 2 10 8 2 2 0 1 21 1 0 0 8 3 0 0 2 0.41 1.24 67 H -1 2 -1 -2 0 0 -2 -3 3 -1 -1 0 -3 -2 -4 1 5 -5 -2 -1 4 10 3 2 2 5 2 1 8 4 5 5 0 2 0 10 34 0 1 4 0.44 1.28 68 V -1 -5 -3 -6 -4 -5 -5 -4 -2 1 -1 -5 3 0 -5 -4 -2 -5 -4 6 5 0 1 0 0 0 0 1 1 3 2 0 8 4 0 0 2 0 0 73 1.20 1.28 69 P -2 2 -1 -4 -5 -1 -3 -3 2 -4 -3 5 -4 -4 3 0 1 -6 -4 -2 2 11 2 0 0 2 0 1 6 1 2 36 0 1 16 8 10 0 0 2 0.69 1.28 70 L -4 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 1 3 -2 -5 -4 -4 1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 27 44 0 2 10 2 0 0 0 4 9 0.91 1.25 71 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -2 -3 -6 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 2 0 0 0 2 2.71 1.20 72 P -1 2 -1 -1 -3 0 -2 -3 -2 -5 -3 5 -4 -5 3 0 -1 -5 -3 -4 3 11 2 3 0 4 1 1 0 0 2 44 0 0 17 6 3 0 1 1 0.78 1.22 73 G -2 -2 2 -1 -5 -2 -3 6 -1 -5 -4 -2 -4 -5 -4 2 1 -5 -5 -4 1 2 9 3 0 1 1 55 1 0 2 1 0 0 0 13 11 0 0 1 0.97 1.23 74 M -2 -5 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 3 0 -4 4 -2 -5 -2 2 -5 -4 5 3 0 0 0 5 0 0 0 0 17 4 0 10 1 0 3 12 0 0 45 0.84 1.19 75 N -2 -1 -1 2 -2 2 2 -4 2 -3 -4 0 -4 -3 -4 2 4 -5 -4 -2 1 3 2 10 1 11 12 0 5 1 1 4 0 1 0 14 31 0 0 3 0.54 1.20 76 I 2 -1 -4 -5 0 -4 -4 -4 0 1 -1 -3 0 1 -4 -2 -2 6 4 3 18 4 0 0 2 0 0 0 2 6 4 1 2 6 0 2 2 11 16 23 0.59 1.18 77 S 1 -1 -2 -2 0 -1 -2 -3 0 0 -2 -1 0 -3 -2 4 2 -4 -3 -1 10 3 1 1 2 3 2 1 2 5 4 4 2 1 1 41 15 0 0 3 0.48 1.05 78 G 0 -1 -2 -2 1 0 -1 1 -2 -2 0 0 -1 -1 1 0 0 1 4 -1 6 3 1 2 3 5 3 13 1 2 11 6 1 2 8 6 5 2 16 4 0.19 0.88 79 F 0 -3 -2 -3 2 -2 -3 4 -2 -1 -2 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