Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -1 3 4 -3 -1 0 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -2 2 1 -4 -3 -3 7 0 19 27 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 20 11 0 0 0 0.49 0.34 2 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 -1 0 -4 10 -3 -5 -4 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 98 0 0 0 0 0 0 0 2.47 1.25 3 L -4 -5 -6 -6 -4 -2 -5 -7 -5 -1 6 -5 0 -1 -6 -5 -4 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 93 0 1 1 0 0 0 0 1 1 1.56 1.33 4 I -2 -3 -4 -6 0 -5 -4 -6 -3 5 -1 -2 -1 -3 -5 -2 -1 -5 -3 5 3 2 1 0 2 0 1 0 1 31 2 3 1 1 0 2 3 0 1 48 0.96 1.36 5 L -4 -5 -6 -7 -4 -3 -6 -7 -6 1 6 -5 0 0 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 7 84 0 1 3 0 0 0 0 0 4 1.43 1.37 6 T -1 -1 -2 -4 -4 -2 -2 0 -3 -2 -5 -1 -4 -5 -4 4 5 -5 -2 -3 2 3 1 0 0 1 2 6 1 2 0 2 0 0 0 34 44 0 1 0 0.94 1.41 7 R -4 8 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -3 -2 -1 -2 -4 -4 -4 -3 -6 -5 -3 0 88 1 0 1 0 0 0 0 1 4 0 1 1 1 0 0 0 0 2 1.87 1.41 8 R -2 5 0 -3 -4 -1 -1 -3 -2 -3 -4 6 -2 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -3 2 29 3 0 0 1 3 1 1 2 1 52 1 0 0 2 2 0 0 1 1.15 1.44 9 V 0 -1 -3 -3 -1 -1 0 -5 -3 2 0 2 -2 -3 3 -2 0 -6 -3 3 6 2 1 1 1 3 5 0 0 13 7 13 1 1 13 3 6 0 0 22 0.35 1.44 10 G -3 -3 2 0 -5 -2 -2 6 -1 -6 -5 -2 -3 -5 -5 -2 -2 -6 -6 -6 1 1 9 6 0 1 2 70 1 0 0 2 1 0 0 2 3 0 0 0 1.35 1.40 11 E -2 -2 -3 0 -6 3 7 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 3 1 0 2 0 14 77 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 1.62 1.40 12 T 1 0 -1 -4 -4 0 -2 -1 -1 -3 -4 1 -3 -2 -4 4 3 -5 2 -2 11 5 3 0 0 3 2 4 2 1 1 9 0 1 0 33 16 0 6 2 0.48 1.40 13 L -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 7 3 -6 0 1 -6 -5 -2 -5 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 58 22 0 2 4 0 0 1 0 0 11 1.27 1.42 14 M -2 2 -1 -4 0 0 -4 -5 0 2 0 -1 5 -1 -5 -2 0 1 0 3 3 10 3 1 2 4 0 0 3 11 9 3 13 2 0 3 7 2 3 21 0.38 1.48 15 I -4 -6 -6 -6 -1 -6 -6 -7 -6 7 1 -6 0 0 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 75 12 0 2 3 0 0 0 0 0 7 1.55 1.45 16 G -2 -3 2 2 -6 -2 -2 6 -1 -6 -6 -4 -3 -6 -3 -2 -2 -6 -6 -6 2 1 8 11 0 2 2 67 1 0 0 0 1 0 1 2 2 0 0 0 1.32 1.45 17 D -3 -1 2 6 -6 -1 2 0 0 -4 -4 -1 -5 -6 -1 -1 -1 -6 -5 -5 1 3 9 49 0 1 12 7 2 1 1 3 0 0 3 4 3 0 0 1 0.96 1.43 18 E -3 -3 5 5 -6 0 1 0 0 -5 -5 -1 -3 -6 -4 -1 0 -6 -3 -3 1 1 24 39 0 4 7 7 3 0 1 3 1 0 0 2 5 0 1 3 0.89 1.44 19 V -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -6 7 -1 -4 0 -3 -6 -5 -1 -6 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 2 0 67 1 1 2 0 0 0 2 0 0 23 1.43 1.45 20 T -2 2 -2 -3 -2 0 4 -5 0 -1 -3 2 -2 -2 -1 -1 3 -2 -1 1 1 10 1 0 1 3 26 0 2 3 2 11 1 2 3 4 18 1 2 11 0.43 1.43 21 V -2 -6 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 0 -1 -5 -5 -3 -5 -4 5 2 0 0 0 3 0 0 0 0 38 10 0 2 2 0 0 0 0 0 41 1.20 1.54 22 T -2 0 -2 -4 -2 1 -1 -4 1 0 -3 1 0 -2 -5 -1 5 -5 -2 2 1 5 1 0 1 6 4 1 4 5 2 10 2 2 0 4 38 0 1 14 0.56 1.57 23 V -4 -6 -6 -6 0 -5 -6 -7 -6 4 0 -6 1 0 -2 -5 -2 -5 2 6 0 0 0 0 2 0 0 0 0 23 6 0 3 4 2 0 2 0 7 52 1.13 1.69 24 L 0 -2 -2 -2 -5 -1 -5 -6 0 2 4 -3 0 0 -5 -2 -1 -5 -4 3 9 2 2 2 0 3 0 0 2 11 34 2 2 4 0 3 4 0 0 19 0.51 1.86 25 G 0 1 -1 2 -1 0 3 2 1 -5 -5 1 0 -2 -1 1 -4 0 -2 -3 6 7 2 11 2 4 19 13 3 0 0 7 2 2 3 12 0 1 2 2 0.34 1.83 26 V -1 -5 -1 -2 2 -1 -2 -1 0 3 -1 -2 1 -1 -1 -1 1 2 0 3 5 0 3 3 4 3 3 4 3 15 6 3 3 3 3 4 8 3 3 24 0.28 2.00 27 K -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 0 6 0.09 1.89 28 G -1 -1 1 0 -5 -1 -1 6 0 -6 -4 0 -5 -6 -2 -1 -2 -6 -2 -6 5 3 6 6 0 2 4 55 2 0 2 6 0 0 2 4 2 0 2 0 0.92 1.68 29 N -3 -1 4 3 -1 -1 -1 4 -1 -4 -4 -1 -1 -3 -3 0 -2 -6 -5 -5 1 3 22 19 1 2 3 27 1 1 1 3 2 1 1 8 2 0 0 0 0.68 1.69 30 Q -2 1 1 -1 1 5 -2 -1 4 -3 -3 0 0 -1 -5 1 0 1 -1 -2 2 7 6 3 3 26 2 5 9 1 2 5 2 2 0 10 6 2 2 3 0.44 1.69 31 V -1 -6 -6 -6 1 -5 -6 -3 0 2 1 -5 1 -4 -1 -5 -1 -6 -4 6 4 0 0 0 2 0 0 2 2 11 10 0 2 0 3 0 3 0 0 60 1.09 1.71 32 R 0 1 -3 -4 4 2 -3 0 3 -3 0 1 -3 -4 -4 0 1 -4 2 0 8 8 0 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0 0 0 8 8 0 8 8 0.29 1.22 33 I -4 -1 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 4 -4 2 2 -5 -5 -3 -4 -3 2 0 4 0 0 0 0 0 0 0 29 46 0 3 8 0 0 0 0 0 10 0.87 0.96 34 G 0 -3 -3 -1 -4 -2 -3 6 -4 -5 -3 -3 -1 0 -4 -1 -1 -5 -4 -3 6 1 0 3 0 2 1 67 0 0 3 0 2 4 0 4 3 0 0 2 1.05 0.96 35 V -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 -1 3 -5 -4 -1 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 59 10 0 0 13 0 0 4 0 0 15 1.07 0.96 36 N -2 -2 1 4 -1 0 4 -2 3 -3 -2 0 -4 -5 -4 0 1 -5 -4 -2 2 1 6 25 1 3 25 2 8 2 3 5 0 0 0 7 7 0 0 2 0.52 0.96 37 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -1 -2 -3 -3 -1 -3 -1 -2 -4 -1 0 81 0 0 0 0 0 0 2 0 2 2 0 0 3 0 2 0 0 2 6 1.06 0.96 38 P -2 -2 -4 -1 -5 -3 -2 -4 -4 -5 -5 -2 -5 -6 8 -1 -3 -6 -5 -5 2 3 0 2 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 85 3 0 0 0 0 2.23 0.92 39 K -1 4 0 1 -5 0 0 -2 -1 -4 -3 5 -1 -2 0 -1 -2 -5 -4 -3 6 22 4 7 0 2 5 2 1 1 1 35 2 2 4 4 2 0 0 1 0.57 1.03 40 E -2 -2 2 4 -2 1 3 -1 3 -4 -5 -1 -4 -3 -4 1 0 -5 -3 -4 2 1 8 26 1 4 22 5 9 1 0 3 0 1 0 12 4 0 1 1 0.59 1.13 41 V -2 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -5 -5 3 1 -3 3 -1 -5 -3 0 0 -2 5 2 2 0 0 1 1 0 0 0 18 10 1 9 2 0 2 6 2 1 44 0.75 1.13 42 S 0 1 1 1 -5 0 0 -2 -1 -3 -2 2 -2 -5 3 2 1 -6 -4 -2 9 7 6 7 0 5 7 2 2 1 4 11 1 0 15 13 9 0 0 2 0.31 1.18 43 V -2 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 6 -1 -5 -1 0 -5 -4 -3 -5 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 47 2 0 0 3 0 0 0 0 0 46 1.26 1.12 44 H -3 -1 0 0 -3 0 -2 -5 7 -2 2 -3 -1 -1 -5 -3 -2 -1 4 0 2 4 4 5 0 3 2 0 29 1 22 1 1 2 0 1 2 1 14 7 0.67 1.11 45 R -2 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -6 -5 1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 2 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.00 1.11 46 E 0 0 -2 -1 -3 1 5 0 1 -4 -4 3 -3 -3 -3 1 -1 -3 -3 -4 8 4 1 2 1 4 37 6 3 1 1 18 1 1 0 8 2 0 0 0 0.57 1.18 47 E -3 -2 -2 -1 -6 -1 7 -4 -3 -6 -5 -1 -5 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -5 1 1 1 1 0 0 89 1 0 0 0 2 0 0 0 3 3 0 0 0 1.65 1.16 48 I -2 -4 -4 -4 -4 -5 -5 -6 -3 5 3 -3 0 -3 -5 -4 -2 -5 -4 4 2 1 1 1 0 0 0 0 1 32 25 2 1 0 0 0 1 0 0 34 0.90 1.16 49 Y -2 -2 -4 -4 -1 -1 -2 -2 2 -2 1 -2 -2 2 -5 -3 -3 3 8 -1 2 2 0 1 1 3 2 3 4 1 13 3 0 6 0 1 1 3 50 3 1.00 1.16 50 Q -1 1 0 2 -5 3 4 -4 -1 -2 1 1 -1 -4 -3 -2 -2 -5 -3 -2 4 7 4 10 0 13 30 1 1 1 13 9 1 0 0 1 1 0 0 3 0.46 1.20 51 R 1 5 -2 -1 -3 1 2 -3 -2 -4 -4 3 -2 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -4 15 36 1 2 0 5 12 1 0 0 1 18 1 0 1 4 2 0 0 1 0.72 1.23 52 I -2 -3 -2 -4 -4 -3 -4 -5 -1 6 -1 -2 -1 -3 -3 -3 -1 -5 -1 3 2 1 2 1 0 1 1 0 2 57 3 3 1 0 1 1 3 0 2 20 0.94 1.24 53 Q 0 1 -1 -2 -3 6 0 -3 1 -3 -2 3 0 -4 -4 -1 -1 -5 -3 -2 8 7 2 1 0 35 4 2 3 1 4 17 3 0 0 3 4 0 1 3 0.59 1.26 54 A 2 2 2 1 -2 2 3 -1 -1 -4 -2 0 -2 -5 -2 -1 -1 -6 -5 -4 16 10 9 6 1 9 23 4 1 1 5 6 1 0 2 4 3 0 0 1 0.36 1.29 55 E 0 0 1 1 -6 2 6 -3 1 -5 -4 -1 -3 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -4 7 3 8 5 0 10 52 2 3 0 1 2 0 0 0 4 2 0 0 1 0.88 1.26 56 K -3 2 7 -1 -5 2 0 -3 -1 -6 -4 3 -4 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -5 1 9 53 1 0 8 4 0 1 0 2 16 0 0 1 3 2 0 0 0 1.08 1.24 57 S 0 3 0 -2 -5 3 0 -2 -2 -4 -4 3 -4 -6 2 1 0 -5 -4 -4 9 16 4 2 0 13 6 2 1 1 1 22 0 0 9 8 5 0 0 0 0.50 1.21 58 Q -3 2 1 -2 -6 5 4 -4 0 -5 -5 3 -4 -6 -4 -2 -3 -5 -4 -5 0 9 6 0 0 32 31 0 2 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 1.08 K Lambda Standard Ungapped 0.1330 0.3158 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1942 0.3172 PSI Gapped 0.0595 0.2670