Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -1 0 -1 0 -4 4 4 -3 -1 -4 -3 3 -2 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 33 44 0 0 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 0.71 0.21 2 S 2 3 -1 -2 -2 -1 -1 1 -2 -3 -3 0 -2 -3 -2 4 0 -4 -3 -2 17 20 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 0 0 0.48 0.27 3 R -2 3 2 -1 -4 6 0 -3 -1 -4 -4 3 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 17 9 0 0 53 0 0 0 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.42 4 E -1 -1 1 -1 -3 1 3 -2 -2 -4 -4 1 -3 -4 4 3 -1 -4 -3 -3 0 0 8 0 0 5 21 0 0 0 0 8 0 0 20 37 0 0 0 0 0.63 0.44 5 L -2 -3 -3 -3 3 1 2 -4 -3 0 4 -2 0 -2 -4 -3 -2 -3 -3 2 0 0 0 0 7 7 21 0 0 0 47 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0.47 0.47 6 K -2 2 1 -2 -4 2 0 0 -2 -4 -4 5 -3 -4 -3 -1 2 -4 -3 -3 0 12 5 0 0 8 5 6 0 0 0 45 0 0 0 0 20 0 0 0 0.65 0.60 7 T -1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 1 -3 3 -2 -4 -3 3 4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 24 0 0 0 29 31 0 0 7 0.58 0.68 8 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 3 -4 -1 -2 -4 -1 0 -4 -3 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 16 27 0 0 0 0 4 7 0 0 44 0.71 0.73 9 S -2 -3 -3 0 -4 -2 0 -3 -3 -4 -2 0 1 -5 6 2 0 -5 -4 -4 0 0 0 5 0 0 7 0 0 0 2 7 6 0 50 18 5 0 0 0 1.07 0.73 10 A 1 -2 -3 0 -4 -1 3 -4 2 -1 0 2 -2 0 1 -1 -2 -4 -3 0 14 0 0 5 0 0 22 0 5 3 12 18 0 4 7 3 0 0 0 6 0.29 0.76 11 D -2 0 -1 3 -4 1 2 -1 -3 -4 -1 2 -3 -5 3 1 0 -5 -4 -2 0 6 2 16 0 6 13 5 0 0 6 13 0 0 13 12 5 0 0 3 0.35 0.76 12 C -1 -2 -2 2 3 1 1 -1 -3 -3 -2 2 -3 -1 -3 -1 3 -4 -3 1 5 0 0 14 7 5 9 5 0 0 3 16 0 3 0 3 20 0 0 11 0.28 0.73 13 K -2 3 -2 -2 -5 2 -1 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 13 0 0 0 10 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.73 14 K -2 -2 1 3 -4 4 2 -1 -2 -2 -4 1 -3 -4 -3 3 0 -4 -3 -3 0 0 6 17 0 20 14 4 0 2 0 7 0 0 0 25 3 0 0 0 0.53 0.73 15 E -2 -1 1 0 -4 1 4 -3 1 -4 -2 4 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -2 2 0 6 4 0 4 37 0 4 0 5 29 0 0 0 5 0 0 0 2 0.63 0.74 16 A 2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 4 2 -3 -1 -2 -4 -2 1 -3 0 1 20 0 0 0 0 0 0 0 0 32 25 0 0 0 0 0 11 0 4 5 0.52 0.73 17 I 1 1 -1 -1 -3 -3 -1 -3 -3 3 0 -2 -2 -3 -3 0 3 3 -3 2 12 9 3 4 0 0 3 0 0 18 9 0 0 0 0 4 19 4 0 13 0.28 0.73 18 E -1 -2 2 4 -5 3 4 -3 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 4 0 9 27 0 15 36 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0.86 0.75 19 K 3 1 1 -2 -3 -1 0 -2 -2 -3 -4 4 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -2 31 5 7 0 0 0 5 0 0 0 0 38 0 0 0 7 4 0 0 2 0.56 0.72 20 C 0 -4 -4 -4 8 -1 -4 -4 -4 2 1 -4 -2 2 -4 -3 -2 -3 0 1 8 0 0 0 42 4 0 0 0 11 13 0 0 9 0 0 0 0 3 7 0.93 0.70 21 A 2 -3 -3 -4 -3 0 -3 -4 -4 0 2 -3 -1 -3 -3 -2 2 -4 -3 4 17 0 0 0 0 4 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0 15 0 0 39 0.51 0.70 22 Q -2 2 1 0 -4 3 3 -3 -2 -2 -4 4 -3 -4 -3 -1 1 -4 -3 -3 0 12 6 4 0 17 19 0 0 2 0 27 0 0 0 3 8 0 0 0 0.58 0.71 23 W -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -2 1 -4 2 5 -5 -4 -3 9 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 6 28 0 0 0 38 4 8 1.43 0.70 24 V 0 -4 -4 -4 7 -3 -4 -4 -4 3 0 -3 3 -2 -3 -2 0 -3 -3 3 6 0 0 0 27 0 1 1 0 21 8 1 8 0 0 1 5 0 0 20 0.71 0.67 25 V 0 -3 -3 -3 6 -3 -3 -3 -3 1 0 -3 -2 1 -3 2 0 -3 -1 3 8 1 0 1 21 0 1 1 0 7 6 1 0 6 1 16 6 0 2 23 0.47 0.66 26 R 1 1 -2 -2 -3 2 3 -3 -2 -3 -1 2 1 -3 -3 -1 1 4 -2 -1 12 6 0 1 0 9 22 1 0 1 4 14 4 0 1 1 11 6 0 6 0.34 0.66 27 D -3 -3 4 6 -4 -2 0 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 1 1 22 65 0 0 1 1 0 1 1 1 0 0 1 5 1 0 0 1 1.21 0.66 28 C -2 -4 -4 -4 7 -3 -4 0 -4 3 2 -4 2 0 -4 -3 -2 2 -2 -1 1 1 0 1 30 0 1 7 0 18 25 1 6 3 1 1 1 3 0 1 0.73 0.66 29 R -2 6 -2 -3 -4 2 -1 -1 3 -4 -3 2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -2 -4 1 62 0 1 0 10 1 4 9 1 1 8 0 0 1 1 1 0 0 1 1.02 0.66 30 P 1 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 7 2 -2 -4 -4 -3 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 67 17 0 0 0 0 1.59 0.69 31 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -3 -1 2 -4 4 6 -5 0 -1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 11 47 0 9 5 3 2 5 0.85 0.74 32 S -1 -2 1 1 -3 -1 2 -2 3 -4 -2 -1 -3 -4 -3 4 1 -5 -3 -4 0 0 7 6 0 0 15 2 8 0 3 3 0 0 0 48 7 0 0 0 0.61 0.74 33 A 3 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 4 -1 -3 2 -3 -3 0 2 -4 -3 1 29 0 0 0 0 0 0 0 0 36 0 0 6 0 0 6 13 0 0 9 0.58 0.74 34 V -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 1 -4 1 0 -4 -2 0 -4 -3 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 20 8 0 4 3 0 2 6 0 0 54 0.76 0.74 35 S 1 0 3 -1 -4 0 4 -3 1 -4 -4 2 -3 -5 1 2 0 -5 -4 -4 12 3 15 0 0 3 29 0 3 0 0 11 0 0 7 14 3 0 0 0 0.51 0.74 36 G -2 -4 -1 4 -5 -3 0 6 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -4 0 -3 -5 -5 -5 0 0 0 28 0 0 4 63 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.22 0.74 37 S -1 1 0 0 -4 -1 2 -1 -3 1 -3 3 -3 -4 -3 3 0 -5 -4 -1 3 6 3 3 0 0 13 3 0 10 0 23 0 0 0 24 6 0 0 5 0.35 0.74 38 G -2 -2 -2 -1 -4 -3 -1 7 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -4 -5 -5 0 2 0 3 0 0 3 87 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.51 0.73 39 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 3 -5 -1 8 -5 -4 -4 -1 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 74 0 0 0 0 0 0 1.47 0.73 40 I -1 2 -3 -3 -4 1 -1 -4 -3 4 0 4 1 -3 -4 -2 -2 -4 -3 0 3 10 0 0 0 7 2 0 0 27 8 32 5 0 0 2 0 0 0 5 0.49 0.73 41 D -1 0 3 2 -4 -1 3 -3 -2 -5 -5 4 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 5 2 19 9 0 0 23 0 0 0 0 30 0 0 0 11 0 0 0 0 0.67 0.73 42 M -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 2 3 -5 -4 -3 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 53 0 5 14 0 0 0 0 0 20 0.87 0.81 43 I 4 -4 -4 -4 2 -3 -3 0 -4 4 0 -3 1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 2 36 0 0 0 5 0 0 6 0 24 5 0 4 0 0 0 0 0 0 16 0.53 0.76 44 K -1 3 2 -2 -4 5 -1 -3 -2 -4 -2 3 -2 -4 -3 0 1 3 -3 -3 4 14 9 0 0 30 0 0 0 0 4 18 0 0 0 8 7 4 0 0 0.57 0.76 45 F -2 -3 -3 -3 0 -3 0 -4 0 3 -1 -3 1 4 0 0 2 -3 1 0 3 0 0 0 2 0 7 0 2 21 4 0 3 19 5 9 14 0 4 5 0.33 0.76 46 F -1 -3 -3 -3 3 -3 -3 -3 -3 1 3 -3 1 5 -3 -3 -2 -2 -1 -1 6 1 1 1 7 1 1 1 0 9 31 1 4 30 1 1 1 0 1 1 0.58 0.66 47 I -2 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 5 3 -3 3 -2 -3 -3 1 -3 -3 2 1 1 1 1 0 1 1 1 0 35 26 1 7 0 1 1 11 0 0 11 0.61 0.71 48 K -1 -1 4 3 -4 0 3 -2 -2 -4 -4 2 -3 -4 -2 1 -2 -4 -3 -3 5 1 22 16 0 3 23 1 0 1 1 13 0 0 1 9 1 0 0 1 0.56 0.71 49 V -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 1 -3 -1 -2 -3 -1 0 -3 -2 4 2 1 1 1 0 1 1 2 0 39 11 1 0 1 1 4 5 0 1 27 0.58 0.64 50 K 0 -3 -2 0 -3 -2 -2 6 -3 -3 -3 -1 -3 -3 -2 -1 1 -3 -3 -3 7 1 1 6 0 1 1 59 0 1 2 4 0 1 1 1 11 0 1 1 0.85 0.66 51 A 4 -2 -2 -1 3 -2 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -2 1 1 -3 -3 -1 47 1 1 4 6 1 1 1 0 1 7 1 0 1 1 12 9 0 1 4 0.47 0.66 52 E -2 1 1 0 -3 1 1 -3 -2 -1 -2 4 -2 -3 -2 -1 2 -3 0 -2 1 6 5 6 0 6 8 1 0 5 4 28 0 1 1 4 18 0 3 2 0.32 0.69 53 Y -2 -1 -2 -3 -3 0 -2 -3 3 -1 -1 -2 -2 3 -3 0 -2 -1 6 -2 2 4 1 1 0 4 1 2 9 4 7 1 0 12 1 7 1 0 40 1 0.70 0.64 54 G 0 0 -2 -3 0 -3 0 6 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 7 6 0 0 2 0 6 73 0 0 1 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1.17 0.75 55 E 1 4 -2 -1 -3 -1 2 -3 -2 -3 -3 1 -3 -4 -2 2 2 -4 -3 -3 12 23 1 3 0 1 17 1 0 1 1 9 0 0 1 17 12 0 0 1 0.45 0.72 56 H -2 1 4 -1 -2 1 -1 -2 4 0 -2 -1 -2 -2 1 0 -1 -2 1 -1 2 7 27 2 1 8 2 2 13 7 3 2 1 1 6 5 2 0 5 4 0.39 0.57 57 V -2 -3 1 1 -3 -3 -3 -3 -3 2 0 -3 -1 3 -3 0 0 3 -2 3 1 1 7 8 0 1 1 1 0 13 9 1 0 12 1 7 4 5 0 26 0.33 0.69 58 N -1 -2 3 3 5 -2 -1 -3 -2 -3 -1 1 -3 -4 2 2 -2 -4 -4 -3 3 0 19 17 14 0 3 1 0 0 6 8 0 0 11 15 0 0 0 1 0.51 0.75 59 V 3 -3 -3 -3 -2 0 -3 -1 -3 1 0 -3 -2 -3 1 -1 1 -4 -3 3 32 0 0 0 0 5 1 3 0 8 7 0 0 0 7 4 7 0 0 25 0.38 0.73 60 E 0 -2 2 3 -4 -1 3 -3 -2 -4 -4 1 -3 -3 -3 2 0 -3 1 -3 7 0 12 16 0 0 23 1 0 0 1 7 0 0 0 19 6 0 7 1 0.46 0.73 61 E -1 -2 0 4 0 -1 3 -3 -2 -4 -4 0 0 -3 -3 2 -2 -3 3 -3 4 0 2 29 3 0 21 0 0 0 1 6 3 0 0 15 0 0 14 0 0.56 0.74 62 L -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 3 2 1 1 -2 -3 0 0 -3 -3 3 1 1 1 1 0 1 1 1 0 19 24 10 3 0 1 7 5 0 0 25 0.41 0.69 63 L -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 3 4 -3 3 -1 1 -3 -2 -3 -2 -1 1 1 1 1 0 1 1 1 0 16 54 1 9 1 7 1 1 0 1 1 0.64 0.65 64 P -1 -4 -3 -3 -4 -3 -3 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -4 -1 5 0 0 0 0 0 0 6 0 0 1 0 0 0 79 0 0 0 0 5 1.93 0.75 65 S 0 -2 2 2 -4 2 0 -3 5 -4 -4 0 -3 -4 2 3 -2 -4 -3 -4 7 0 9 13 0 10 3 0 17 0 1 4 0 0 10 25 0 0 0 0 0.54 0.75 66 P 0 2 -3 0 -4 1 -2 -2 0 -3 -3 -2 0 -1 6 -1 0 -4 -1 -2 8 11 0 5 0 6 0 3 3 0 1 0 3 4 43 2 5 0 2 3 0.80 0.80 67 I 0 2 1 -1 -3 0 -2 1 1 -2 -3 -2 -3 -4 -3 1 4 -4 -1 -3 8 15 6 3 0 4 0 10 3 2 1 0 0 0 0 10 34 0 2 0 0.45 0.80 68 T 1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -3 -1 7 -5 -4 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 6 1.29 0.84 69 L -3 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 2 -4 -1 -2 -5 -4 0 -4 -3 3 0 4 0 0 0 0 0 0 0 53 21 0 0 0 0 0 7 0 0 15 0.88 0.80 70 S 2 -3 -2 -3 -3 1 -2 0 2 -3 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