Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -6 5 3 -6 5 3 -6 -5 -4 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 32 0 15 12 0 0 0 0 0 13 1.13 1.69 2 E -2 5 -1 -2 -6 4 3 -4 4 -5 -3 1 -2 -5 -5 -2 -1 -6 -4 -5 2 28 2 1 0 19 22 1 9 0 2 6 1 0 0 2 4 0 0 0 0.86 1.76 3 N -4 0 3 7 -7 -1 -1 -4 -1 -6 -5 -2 -5 -6 -5 -2 -2 -7 -5 -6 1 6 14 66 0 3 3 0 2 0 1 1 0 0 0 1 2 0 0 0 1.55 1.80 4 V -2 -2 -5 -5 -4 -3 -4 -6 -5 6 1 -4 1 -3 -6 -5 -2 -4 -4 4 4 2 1 1 0 2 1 0 0 46 10 1 3 1 0 0 1 0 0 28 1.08 1.81 5 T 1 -1 -2 -3 -4 0 -1 -4 -3 -1 -2 -2 -2 -5 -5 2 6 -3 -4 -2 9 3 1 1 0 4 5 1 1 3 4 2 1 0 0 12 50 0 0 3 0.83 1.82 6 E -1 -1 -2 2 -5 2 5 -3 0 -2 1 -1 -1 -3 -4 -2 -3 -6 -3 -1 5 4 1 9 0 8 38 1 2 3 16 2 1 1 0 3 1 0 1 4 0.57 1.81 7 S 1 4 1 -2 -5 3 1 -4 0 -2 -1 1 -2 -3 -5 0 -1 -3 -3 -3 12 26 6 1 0 15 8 0 2 2 6 6 1 1 0 6 3 0 1 2 0.50 1.83 8 K -1 5 -2 -2 -5 3 1 -4 0 -4 -4 5 -1 -5 -5 -3 -3 -4 -2 -3 4 28 1 1 0 11 9 1 2 1 2 32 1 0 0 1 1 0 1 2 0.86 1.82 9 E 2 2 -1 3 -4 3 3 -4 -2 -4 -3 1 2 -5 -5 -2 -2 -5 -4 -4 19 10 2 18 0 12 18 0 1 1 2 7 5 0 0 2 2 0 0 1 0.57 1.82 10 L 2 0 -2 -5 -4 -2 -4 -5 -2 3 2 1 2 -2 -5 -2 0 -3 -2 1 20 6 2 0 0 2 1 0 1 15 19 8 5 1 0 2 5 0 1 10 0.37 1.80 11 E -1 0 -2 1 -4 2 6 -4 -1 -4 -5 0 -4 -5 -4 -1 2 -6 -4 -4 4 4 1 7 0 7 48 1 1 1 1 4 0 0 0 4 14 0 0 1 0.88 1.79 12 R 1 4 -1 -1 -5 3 4 -4 -1 -4 -4 2 -3 -5 -4 -1 -2 -6 -3 -3 12 19 2 3 0 15 23 1 2 1 2 13 1 0 1 3 2 0 1 1 0.62 1.79 13 L 4 -2 -4 -4 -4 -2 0 -4 -4 0 3 -3 0 -3 -4 -2 -2 -4 -3 -1 40 3 0 1 0 2 7 0 0 4 31 1 2 1 0 2 2 0 1 2 0.66 1.79 14 K 0 2 -2 -1 -5 2 5 -4 -1 -2 -2 2 -2 -5 -4 -2 -2 -4 -3 -2 7 12 2 3 0 8 36 1 2 3 4 13 1 0 0 2 2 0 1 3 0.61 1.78 15 R 2 3 -1 -1 -4 2 4 -4 0 -4 -3 2 -2 -5 -4 -1 -1 -4 -3 -3 15 16 2 4 0 10 25 1 2 1 3 10 1 0 0 5 3 0 1 1 0.50 1.78 16 I 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 0 2 -3 0 -3 -4 0 -1 -5 -2 -1 47 1 1 1 0 1 1 1 0 5 20 1 2 0 0 7 4 0 1 4 0.67 1.75 17 D -1 -3 5 4 -4 -2 2 -3 -2 -4 -4 -3 -3 -5 -4 2 -1 -6 -4 -4 6 1 29 21 0 1 14 1 1 1 1 1 1 0 0 17 3 0 1 1 0.81 1.74 18 R -1 5 -1 -1 -5 3 1 -4 1 -3 -3 3 -1 -5 -5 -2 -2 -4 -4 -3 6 32 2 3 0 15 9 1 3 2 3 15 1 0 0 2 3 0 0 1 0.68 1.75 19 M 4 -2 -3 -4 -3 -1 -3 -3 -3 0 2 -3 5 -2 -4 -1 -1 -4 0 -1 36 2 1 1 0 2 1 1 0 5 16 1 15 2 0 5 4 0 3 4 0.58 1.75 20 K -3 3 -3 -4 -6 0 -2 -5 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -4 -5 1 16 0 0 0 2 0 0 0 0 1 77 0 0 0 0 0 0 0 0 1.73 1.75 21 T -1 0 1 2 -4 -1 -2 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -5 -4 5 3 -6 -4 -4 3 6 6 10 0 2 2 2 0 1 1 3 0 0 0 47 16 0 0 1 0.79 1.76 22 E 0 2 0 3 -5 2 5 -4 -2 -4 -4 -1 -2 -5 -5 -1 -1 -5 -4 -2 9 10 3 17 0 8 36 1 1 1 1 2 1 0 0 3 3 0 0 3 0.71 1.77 23 F -5 -5 -6 -7 -6 -5 -6 -6 -4 -2 -1 -6 -2 9 -7 -6 -5 -1 1 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 5 0 1 90 0 0 0 0 1 0 2.43 1.76 24 I -4 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -7 -5 3 5 -5 0 2 -6 -4 -3 -2 -3 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 13 58 0 1 8 0 1 1 0 0 14 1.14 1.77 25 A 6 -3 -2 -4 -3 -2 -4 -2 -3 -4 -5 -3 -3 -5 -4 3 0 -6 -4 -3 62 1 2 1 0 1 0 2 0 0 0 0 0 0 0 24 4 0 0 1 1.15 1.78 26 N -3 -1 7 -2 -4 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 1 -4 -5 0 2 -4 -3 -1 2 3 56 1 0 1 0 1 2 2 1 1 4 0 0 7 14 0 1 4 1.16 1.79 27 I -1 -5 -6 -6 -3 -4 -6 -6 -6 3 0 -5 9 -2 -6 -4 -2 -5 -4 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 13 3 0 48 1 0 0 2 0 0 27 1.50 1.78 28 S -1 -4 -2 -4 -3 -3 -3 -2 -3 -5 -6 -4 -5 -6 -4 7 0 -6 -4 -4 2 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 91 3 0 0 0 1.78 1.81 29 H -5 -3 -2 -4 -6 -2 -3 -5 11 -7 -6 -3 -5 -4 -6 -4 -5 -6 0 -7 0 1 1 0 0 1 0 0 95 0 0 1 0 0 0 0 0 0 2 0 3.18 1.84 30 E -4 -3 -3 1 -7 -1 7 -5 -2 -7 -6 -2 -5 -7 -5 -3 -4 -6 -5 -6 1 0 1 6 0 1 89 1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.01 1.84 31 L -5 -6 -7 -7 -5 -6 -6 -7 -6 5 5 -6 0 2 -6 -6 -3 0 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 53 0 2 8 0 0 1 1 1 1 1.33 1.84 32 R -4 8 -3 -5 -5 -2 -3 -5 -3 -6 -5 1 -2 -5 -5 -4 -4 -6 -5 -5 0 88 0 0 0 1 0 0 0 0 1 7 1 0 0 0 0 0 0 0 2.17 1.84 33 T -3 -4 -1 -4 -4 -3 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -5 -4 0 8 -6 -5 -2 1 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 3 89 0 0 1 1.91 1.82 34 P -4 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 -6 -4 -6 -7 9 -3 -3 -2 -6 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 95 1 1 1 0 0 2.94 1.81 35 L -4 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 6 -2 -6 -5 -4 -5 -4 -1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 6 69 0 19 1 0 0 1 0 0 2 1.48 1.79 36 T -1 -4 7 -3 -4 -2 -4 -4 2 -5 -5 -4 -3 -4 -4 0 4 -6 -3 -4 5 0 48 0 0 1 0 1 4 0 1 0 0 1 1 5 30 0 1 1 1.26 1.83 37 A 4 -4 -1 -4 -2 -4 -4 3 -4 -3 -1 -4 -2 -5 -2 3 0 -6 -3 -1 29 0 2 0 1 0 0 23 0 1 6 0 1 0 2 23 4 0 1 4 0.63 1.82 38 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -6 7 1 -6 2 -3 -6 -4 -3 -6 -5 3 1 0 0 0 0 0 0 1 0 66 9 0 4 1 0 1 1 0 0 16 1.50 1.82 39 K -3 1 -3 -5 -3 -1 -4 -3 -2 4 3 1 2 -2 -6 -2 -2 -4 -3 1 1 7 1 0 0 3 1 2 1 22 32 8 4 2 0 3 2 0 1 7 0.54 1.82 40 A -1 -5 -2 -4 -4 -4 -4 7 -4 -3 -2 -5 -3 -5 -5 -1 -3 -1 -5 -5 4 0 1 0 0 0 1 77 0 2 4 0 1 0 0 4 1 1 0 0 1.56 1.83 41 Y -1 -5 -4 -5 -3 -4 -5 -4 -3 -2 1 -5 5 6 -1 -2 -3 2 4 -3 5 0 1 0 1 1 0 1 0 2 13 0 16 31 4 3 2 2 15 1 0.92 1.80 42 A 3 -5 -3 -4 -2 -4 -4 -2 -4 1 2 -4 -1 -4 -4 3 2 -5 -4 0 25 0 1 1 1 0 0 3 0 7 17 0 1 0 0 22 12 0 0 6 0.50 1.80 43 E -2 0 -1 2 -5 3 5 -1 2 -5 -4 0 -2 -5 -3 0 -2 -4 -3 -5 2 5 3 10 0 15 37 5 4 0 2 4 1 0 1 6 2 0 1 1 0.68 1.79 44 T -1 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 2 4 -4 4 -2 -3 -3 1 -3 -4 0 5 0 1 1 0 1 2 1 0 11 45 1 10 1 1 2 11 0 0 5 0.68 1.81 45 I -1 -5 -6 -6 -3 -4 -3 -4 -4 2 5 -5 3 -2 -5 -4 -3 -3 -4 -1 5 0 0 0 1 0 2 2 0 10 64 0 7 1 0 1 1 0 0 3 1.05 1.80 46 Y 0 1 -2 -2 -3 2 1 -3 -1 -1 3 1 1 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -2 9 9 1 2 1 10 10 2 1 4 26 8 3 1 1 4 3 0 1 2 0.23 1.74 47 N -1 2 1 4 -4 1 2 -2 0 -3 -1 0 -2 -4 -4 0 -1 -2 -4 -4 6 10 6 21 0 7 13 3 2 1 6 6 1 1 1 7 3 1 1 1 0.34 1.69 48 S -1 0 2 0 -1 0 1 2 1 -4 -2 -1 -2 -3 -2 1 2 -1 -1 -3 5 5 9 6 1 3 7 17 4 1 4 4 1 1 2 9 14 1 2 1 0.19 1.65 49 L 1 0 -2 0 -1 0 0 -1 -1 1 1 0 1 -1 0 0 -1 -2 -1 0 12 5 2 5 1 3 6 5 1 7 13 5 4 3 5 8 4 1 2 6 0.02 1.46 50 G 1 -2 0 2 -1 -1 0 1 -1 -1 1 -1 0 -1 -1 0 0 -1 -1 -1 11 2 4 10 1 3 6 12 2 3 12 4 2 3 3 7 5 1 2 5 0.03 1.47 51 E -2 -1 1 3 -3 1 3 2 -1 -3 -3 0 -2 -4 0 -1 0 -3 -3 -3 3 3 6 16 0 6 16 15 1 2 2 6 1 1 6 4 7 0 1 2 0.29 1.58 52 L -1 -2 2 0 -2 0 1 -2 -1 0 2 -1 0 -1 1 -1 0 -1 -2 -1 4 2 11 6 1 4 8 4 2 5 17 4 2 2 8 5 7 1 1 5 0.11 1.49 53 D -3 -1 0 4 -3 -2 0 -2 -3 -1 3 -2 -1 -3 0 0 0 -3 -4 -2 2 3 5 24 0 1 5 3 1 3 27 2 1 1 6 8 5 0 1 3 0.38 1.68 54 L 0 0 2 1 -3 -1 1 -2 -2 -3 -2 0 -2 -4 4 1 2 -3 -3 -3 6 5 9 8 0 2 10 3 1 2 4 4 1 1 18 11 11 0 1 2 0.31 1.64 55 S 0 -2 -1 2 -4 0 4 -2 -2 -4 -4 0 -3 -4 3 0 0 -4 -4 -3 9 2 2 11 0 4 32 2 1 1 1 4 1 1 12 8 5 0 0 2 0.55 1.73 56 T -1 2 -1 0 -4 2 4 -3 -1 -2 -3 3 -1 -4 -3 -1 0 -3 -3 -2 4 11 2 6 0 10 23 2 1 2 3 17 1 1 1 4 7 0 1 3 0.42 1.78 57 L -1 2 -3 -3 -3 6 -1 -3 0 -1 -1 0 0 -3 -4 -1 0 -1 0 0 5 11 1 1 0 40 2 2 2 4 6 4 2 1 0 3 5 1 3 6 0.66 1.83 58 K -1 5 -1 -2 -3 3 0 -3 1 -2 -2 3 -1 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -1 6 26 3 3 1 15 5 2 3 2 5 16 1 0 1 3 2 0 1 4 0.53 1.84 59 E -2 2 0 3 -5 2 5 -2 1 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -5 3 11 3 13 0 9 32 3 3 1 1 11 0 1 1 3 2 0 1 1 0.64 1.87 60 F -1 -2 -1 -2 1 0 -4 -2 1 -2 -1 -3 2 4 -4 -1 -3 -1 7 -3 4 2 4 2 3 4 1 3 3 2 6 1 5 16 1 4 1 1 37 1 0.88 1.87 61 L 1 -4 -5 -6 -1 -4 -5 -4 -4 2 5 -5 0 -1 -5 -3 -2 -4 -2 2 11 0 0 0 1 0 0 2 0 10 49 0 2 2 0 2 2 0 1 15 0.80 1.91 62 E -1 1 2 2 -4 2 3 0 1 -4 -5 1 -3 -5 -4 1 0 -5 -4 -4 5 7 8 11 0 10 20 8 4 1 1 9 0 0 0 8 5 0 0 1 0.42 1.92 63 V -2 0 -1 -1 -4 -1 -2 -4 -2 4 0 1 1 -4 -5 -2 3 -4 -3 1 3 4 3 4 0 3 2 1 1 28 8 9 4 0 0 3 17 0 1 9 0.44 1.92 64 I 1 -6 -6 -6 -3 -5 -5 -5 -6 7 -1 -6 3 -3 -6 -4 -2 -6 -4 2 14 0 0 0 0 0 0 1 0 61 4 0 7 0 0 1 1 0 0 10 1.34 1.92 65 I -2 2 1 -1 -3 3 1 -3 5 0 0 1 -1 -3 -5 -1 -2 -2 2 -2 3 11 7 4 1 12 10 2 13 5 8 8 1 1 0 5 2 1 6 3 0.34 1.93 66 D -1 3 1 2 -4 2 1 -1 0 -3 -3 1 -2 -3 -5 2 0 -5 -3 -3 5 16 7 10 0 11 9 4 2 1 2 9 1 1 0 14 6 0 1 2 0.36 1.93 67 Q 2 -4 3 -2 -1 1 2 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -6 -5 5 -2 -6 -5 -5 14 0 16 1 2 6 14 2 1 0 0 1 0 0 0 42 1 0 0 0 0.87 1.93 68 S 3 -5 -2 -4 0 -4 -4 4 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -5 3 1 -6 -5 -2 22 0 2 0 2 0 0 33 0 1 1 0 0 0 0 26 9 0 0 3 0.87 1.93 69 N -2 2 2 2 -5 3 3 -3 1 -4 -2 2 -3 -4 -5 -1 -1 -3 -2 -4 2 11 9 13 0 13 19 2 3 1 4 10 1 0 0 5 4 0 1 1 0.48 1.93 70 H -1 5 0 -1 -5 0 -3 -3 6 -3 -2 -1 -2 -3 -5 0 -1 -4 -1 -3 5 33 5 3 0 3 1 2 21 1 5 2 1 1 0 8 4 0 2 2 0.80 1.94 71 L -4 -5 -7 -7 -5 -3 -5 -7 -6 -1 6 -6 4 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 85 0 11 0 0 0 0 0 0 1 1.70 1.92 72 E -2 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -3 0 5 -3 1 -2 -6 0 0 -5 -4 -1 3 2 3 1 0 3 2 2 1 4 56 2 3 1 0 7 6 0 0 4 0.72 1.92 73 N 0 3 2 0 -4 1 0 0 1 -4 -3 0 -1 -5 -5 2 1 -5 -3 -3 8 19 8 5 0 7 6 8 4 1 3 6 2 0 0 13 9 0 1 2 0.33 1.93 74 L -5 -5 -6 -7 -4 -4 -6 -7 -3 4 6 -5 2 -2 -6 -5 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 0 1 0 0 1 19 67 0 5 1 0 0 1 0 0 5 1.34 1.92 75 L -4 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -6 -7 7 1 -6 -2 -3 -6 -4 -3 -6 -5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 9 0 0 0 0 1 1 0 0 32 1.51 1.90 76 N -4 -3 8 2 -5 -2 1 -2 -2 -6 -6 -2 -4 -6 -5 0 -2 -7 -5 -6 1 1 65 12 0 1 7 3 0 0 0 2 0 0 0 5 2 0 0 0 1.54 1.91 77 E -4 -4 2 7 -6 0 1 -3 -3 -6 -7 -3 -5 -6 -5 -2 -2 -7 -6 -6 1 1 7 72 0 4 7 2 0 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 1.72 1.91 78 L -4 -6 -5 -7 -4 -5 -6 -7 -5 6 4 -6 1 -2 -6 -5 -4 -4 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 32 0 3 1 0 0 0 0 0 17 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