Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -1 -2 6 0 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -2 3 3 -4 -3 -3 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 19 0 0 0 0.77 0.34 2 D -3 -3 1 7 -5 -1 2 -3 -2 -3 -4 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -1 0 0 2 75 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1.14 0.44 3 V -1 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 4 3 -4 1 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 24 25 0 3 0 0 0 0 0 0 46 0.72 0.51 4 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 0.52 5 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 2 -4 -3 -2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 8 0 0 0 0 0 46 0.87 0.52 6 K -2 1 -2 -2 -5 0 0 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -2 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 0.52 7 F 0 -4 -4 -5 5 -4 -4 -4 -3 -1 1 -4 2 7 -5 -3 -3 -1 1 -2 9 0 0 0 16 0 0 0 0 0 12 0 7 57 0 0 0 0 0 0 0.96 0.52 8 E -2 -2 -2 1 3 0 7 -4 -2 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -4 -4 0 0 0 2 8 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.52 9 H -3 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 7 -2 0 -3 -2 5 -4 -3 -3 -1 5 -3 0 0 0 0 0 2 0 0 31 0 9 0 0 31 0 0 0 0 26 0 1.03 0.52 10 N -2 3 2 0 2 2 2 1 -2 -4 -1 0 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 22 12 3 5 12 15 13 0 0 6 3 0 0 0 8 0 0 0 0 0.38 0.52 11 G -1 0 -2 -3 -4 0 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -3 -4 -5 -5 2 7 0 0 0 5 0 80 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.33 0.68 12 E -3 -2 -2 0 -5 3 7 -4 1 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 13 84 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.37 0.68 13 R -2 4 1 -2 -4 -1 -1 -3 -2 -4 -4 5 -3 -5 -3 -1 3 -5 -4 -3 0 21 5 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0 0 0 0 23 0 0 0 0.88 0.68 14 R -3 7 -2 -4 -5 -1 -2 -4 3 -5 -4 0 -3 1 -4 -3 -3 -4 -2 -4 0 84 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 1.46 0.73 15 I -3 -5 0 -5 5 -4 -5 -5 -5 6 -1 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -5 -3 2 0 0 6 0 14 0 0 0 0 73 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1.13 0.73 16 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 3 -4 2 2 -5 -4 -1 -4 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 23 0 3 7 0 0 4 0 0 9 0.87 0.73 17 A -1 1 -2 -2 -1 5 2 -3 -2 -4 -2 -1 1 -1 2 1 -1 -4 -3 -2 3 7 0 0 1 32 16 1 0 0 3 0 4 4 11 13 3 0 0 3 0.49 0.73 18 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 3 1 -4 5 6 -5 -4 -3 -2 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 7 0 16 40 0 0 0 0 0 20 0.92 0.73 19 S -1 2 -2 1 -4 2 -1 1 2 -3 -4 0 -3 -5 3 3 -1 -5 -4 -3 3 15 0 10 0 9 1 11 5 1 1 5 0 0 15 23 3 0 0 1 0.42 0.73 20 R -3 7 -2 -3 -5 1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 0 89 0 0 0 3 0 0 0 0 0 4 0 0 0 4 0 0 0 0 1.56 0.73 21 P -3 -4 0 2 -5 -3 -2 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -1 -3 -6 -5 -4 0 0 4 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 4 0 0 0 0 1.98 0.73 22 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 2 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 18 0 0 0 0 0 0 0 0 74 1.06 0.73 23 K -2 2 -1 -2 -4 1 0 -3 -1 -2 -2 4 1 -4 -3 3 1 -5 -3 -2 0 13 2 0 0 7 4 0 1 2 2 28 4 0 0 27 7 0 0 2 0.47 0.73 24 Y -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -3 1 2 -5 2 6 -5 -4 -4 5 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 20 0 5 48 0 0 0 7 14 0 1.10 0.73 25 E -3 0 2 4 -5 2 4 -1 -2 -5 -5 2 -2 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 0 3 9 24 0 8 28 4 0 0 0 15 1 0 0 5 2 0 0 0 0.66 0.73 26 D -1 -2 0 5 -5 2 5 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -4 -3 -2 -2 -4 1 -4 3 0 3 30 0 10 40 2 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 7 0 0.84 0.73 27 V -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 5 -4 1 1 -5 -4 -3 -3 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 73 0 2 4 0 0 0 0 0 14 0.99 0.73 28 E -2 1 -2 -2 2 5 2 -4 -1 -3 0 2 0 -1 -3 -1 0 0 -3 0 2 7 1 0 4 29 13 0 1 0 11 13 2 2 0 2 5 1 0 8 0.40 0.73 29 H -1 0 -1 1 -4 6 0 -3 1 -2 -2 -1 2 -4 -1 1 -2 -4 -3 -1 4 3 1 9 0 49 2 0 3 2 1 0 8 0 2 10 0 0 0 6 0.67 0.73 30 K -3 2 -2 -3 -5 -1 -1 -3 5 -5 -4 6 -3 -5 -3 -2 0 -5 -3 -4 0 6 0 0 0 0 0 0 14 0 0 75 0 0 0 0 5 0 0 0 1.18 0.73 31 V 2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 2 2 -4 5 -2 -4 -2 0 -4 -3 3 19 0 0 0 0 0 0 0 0 9 18 0 16 0 0 1 7 0 0 29 0.56 0.73 32 T -1 1 1 -3 -4 3 -1 -4 -3 -1 -3 4 1 -4 -3 -1 3 -5 -4 0 4 7 7 0 0 13 2 0 0 3 1 28 4 0 0 2 20 0 0 9 0.44 0.75 33 T 1 1 -1 3 -4 0 2 -2 -3 -1 -4 0 -3 -4 -3 1 2 -5 -4 0 10 9 1 16 0 4 15 1 0 3 0 5 0 0 0 12 16 0 0 9 0.34 0.75 34 V 4 2 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -3 1 -2 -1 1 -2 -3 -1 2 -4 2 2 36 12 0 0 0 0 0 0 0 10 0 2 4 1 0 1 13 0 8 14 0.42 0.75 35 F -4 -4 -5 -5 4 -4 -5 -5 -2 -2 -2 -5 -2 7 -5 -4 -4 0 7 -3 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0 0 0 0 38 0 1.53 0.75 36 G -2 -1 2 -3 -5 0 -3 6 1 -6 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 0 4 10 0 0 6 0 72 4 0 0 2 0 0 0 2 0 0 0 0 1.21 0.75 37 Q -3 1 -2 -2 -5 7 1 -4 -2 -4 -1 2 1 -2 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 5 0 0 0 66 3 0 0 0 6 14 4 2 0 0 0 0 0 0 1.08 0.75 38 P 0 -2 -2 0 -4 3 0 -4 1 -4 -2 1 -2 -5 6 0 1 -5 -4 -4 6 0 0 4 0 17 3 0 3 0 4 7 1 0 38 7 10 0 0 0 0.79 0.75 39 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 2 1 4 -4 6 -2 -5 -4 -3 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 45 0 27 0 0 0 0 0 0 18 0.87 0.75 40 D -1 -3 4 5 -4 -2 0 -2 -3 -3 -4 -1 -3 -5 -4 0 -1 -6 -4 2 4 0 23 38 0 0 4 2 0 0 0 4 0 0 0 5 2 0 0 18 0.70 0.75 41 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 4 -4 5 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 40 0 22 0 0 0 0 0 0 5 0.96 0.75 42 H -3 -2 0 -4 -4 -2 -3 -4 7 -3 0 3 -2 3 -4 -3 -3 -2 5 -3 0 0 4 0 0 0 0 0 28 0 9 20 0 15 0 0 0 0 24 1 0.87 0.75 43 Y -4 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 0 -3 -2 -4 -2 4 -5 -4 -3 0 8 -1 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 2 0 0 12 0 0 0 0 78 4 1.68 0.75 44 M -1 -2 -2 -3 3 4 -1 -4 -3 -2 -2 -1 4 -4 -1 0 4 -4 -3 0 2 0 0 0 6 25 3 0 0 0 2 1 13 0 2 5 35 0 0 7 0.59 0.75 45 N -3 -1 6 4 -5 1 1 -2 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -6 -4 -5 0 3 49 28 0 5 6 1 2 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.05 0.75 46 N -3 -1 5 -1 -4 0 -2 1 3 -3 1 0 -2 -4 -4 -1 0 -5 -3 -3 0 1 36 1 0 4 0 12 9 0 20 7 0 0 0 4 5 0 0 0 0.54 0.75 47 E -1 -2 -2 4 -5 0 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -4 3 0 0 24 0 0 70 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 1.25 0.75 48 L 0 -3 2 -4 -3 -3 -3 -4 -3 1 0 1 3 2 -4 -3 1 5 -2 1 10 0 9 0 0 0 1 1 0 10 10 10 9 9 0 1 10 9 0 10 0.37 1.01 49 S -2 2 -3 -3 -3 1 -3 -4 -3 1 3 -2 0 -2 -3 1 1 -3 0 1 1 12 0 0 0 6 0 0 0 7 34 0 1 0 0 14 7 0 3 11 0.31 0.64 50 I -2 -4 -4 -4 2 -3 -1 -5 -4 5 0 -1 -1 -2 -4 -1 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 4 0 6 0 0 50 5 4 0 0 0 5 0 0 0 26 0.71 0.68 51 L -1 -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -3 0 -2 2 -4 6 3 -2 -5 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 6 0 48 27 0 0 0 0 1.07 0.68 52 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 0 -1 -4 -4 -2 -3 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 58 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0.80 0.64 53 K -1 3 -2 -2 -3 0 -2 -3 1 -3 -1 2 -2 -4 1 3 2 -4 -3 -2 3 20 0 0 0 3 0 1 3 0 7 13 0 0 8 26 12 0 0 3 0.38 0.63 54 N -2 -3 3 1 7 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -1 -3 -4 -3 3 2 -4 -3 -3 0 0 18 9 24 0 0 3 0 2 1 3 0 0 0 24 14 0 0 0 0.66 0.64 55 Q -1 -1 1 0 -4 7 0 -3 4 -4 -2 -1 -2 -4 0 -1 -2 -4 -3 -4 4 0 6 3 0 61 0 0 13 0 3 0 0 0 5 4 0 0 0 0 0.97 0.68 56 D -2 -1 -1 5 -4 -1 4 -1 -3 -4 -2 0 -4 -5 -3 1 -1 -5 -4 -2 0 3 0 41 0 0 26 3 0 0 4 4 0 0 0 12 4 0 0 3 0.72 0.68 57 D -2 -3 -1 7 -5 -2 2 0 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 3 0 0 78 0 0 13 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.40 0.68 58 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 3 -1 -5 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 81 0 9 0 0 0 0 0 0 8 1.06 0.68 59 D -3 -1 1 7 -5 -2 1 -3 -3 -5 -5 -2 -5 -5 1 -2 -3 -6 -5 -5 0 3 4 82 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 1.47 0.68 60 K -3 3 4 -2 -5 2 -1 -3 1 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 0 -5 -3 -4 0 13 26 0 0 11 0 0 4 0 0 42 0 0 0 0 4 0 0 0 0.83 0.68 61 A 5 -3 -3 -4 2 1 -3 0 -3 -2 -2 -3 5 -3 -3 -1 -1 -4 -3 0 57 0 0 0 4 7 0 5 0 0 0 0 18 0 0 0 3 0 0 6 0.68 0.68 62 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 1 -2 5 1 -4 -4 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 8 2 20 5 0 0 0 0 0 36 0.80 0.68 63 D -2 2 0 3 -5 1 5 -4 -2 -2 -2 1 -1 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 3 11 4 18 0 4 43 0 0 2 4 6 1 0 0 2 1 0 0 0 0.67 0.73 64 I -2 -4 -2 -5 -1 -3 -4 -3 -2 3 4 -4 0 -2 -4 -1 -1 -4 0 1 1 0 2 0 1 1 0 1 1 17 52 0 0 0 0 7 3 0 3 10 0.58 0.73 65 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 1 4 -4 3 -2 -4 -2 1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 3 52 0 6 0 0 2 10 0 0 25 0.70 0.70 66 D -3 -3 -1 7 -5 0 3 0 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 -2 -6 -5 -5 0 0 0 70 0 3 15 6 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.26 0.68 67 R 0 6 1 -3 -1 1 -2 -2 0 -4 -1 1 -3 -4 -4 0 -2 -4 -3 -4 8 51 7 0 1 7 0 2 2 0 7 6 0 0 0 8 0 0 0 0 0.71 0.73 68 S -1 -2 3 0 1 0 -2 0 -2 -4 -4 0 -3 -5 -3 5 0 -5 -4 -4 0 0 16 4 4 4 0 4 0 0 0 6 0 0 0 59 4 0 0 0 0.76 0.75 69 S -1 -3 -2 -1 -3 -2 0 0 -3 -1 -3 -1 -3 -1 4 4 0 -4 -3 0 0 0 0 2 0 0 5 7 0 4 1 3 0 3 22 42 3 0 0 7 0.57 0.72 70 S 0 0 2 -3 -4 -2 -3 3 6 -3 -4 -2 2 -4 -4 2 0 -5 -3 -4 5 4 11 0 0 0 0 26 21 2 0 0 6 0 0 20 5 0 0 0 0.60 0.75 71 M 0 -3 0 -2 -3 2 -3 -3 -3 -2 2 -3 6 -3 -4 2 0 -4 -3 0 7 0 4 2 0 10 0 0 0 0 16 0 31 0 0 20 6 0 0 4 0.51 0.75 72 K 0 2 1 -2 -4 0 -1 0 1 -4 -4 5 -3 -5 -1 -2 1 -5 -3 -4 7 12 8 0 0 2 0 8 4 0 0 46 0 0 3 0 10 0 0 0 0.61 0.66 73 S 1 -2 1 -2 2 -2 -2 1 -2 -3 -2 2 -3 -4 -3 4 -1 -4 -3 -3 9 0 6 0 5 0 0 8 0 0 5 16 0 0 0 49 0 0 0 0 0.53 0.63 74 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 0 -1 -5 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 89 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.12 0.66 75 R -3 7 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 3 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -3 -4 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.66 76 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 24 0 2 0 0 0 0 0 0 25 0.92 0.66 77 L -2 -1 -4 -5 -3 -2 -4 -5 3 0 4 -3 1 4 -5 -3 -1 -2 2 1 2 4 0 0 0 1 0 0 8 2 43 0 2 22 0 0 3 0 5 8 0.60 0.66 78 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 6 -4 0 -1 -5 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 10 1.14 0.66 79 L -2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -4 -4 0 2 -3 0 4 -4 -1 2 -3 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 20 0 4 17 0 0 36 0.49 0.45 80 S 2 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 2 -4 -3 -2 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 15 0 0 0 0.65 0.34 K Lambda Standard Ungapped 0.1376 0.3200 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1963 0.3173 PSI Gapped 0.0601 0.2670