Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -4 -3 -2 -4 -6 -2 -3 -5 10 -6 -5 -3 -4 -2 -5 -4 -4 -3 5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 2.45 1.14 2 T -2 2 3 0 -3 -1 -2 -3 -2 -4 -4 3 -3 -4 -4 1 5 -6 -5 -3 3 13 13 4 0 2 0 1 1 1 1 17 0 0 0 8 34 0 0 1 0.66 1.32 3 K -3 3 -1 2 -4 1 1 -3 4 -4 -5 5 -3 -4 -4 -2 -2 -6 -3 -2 1 12 2 11 0 6 9 1 9 1 0 39 0 0 0 2 2 0 1 3 0.73 1.33 4 F -3 -6 -6 -6 -2 -6 -6 -5 -4 0 -1 -6 -1 8 -4 -5 -4 -2 1 1 1 0 0 0 1 0 0 1 0 4 4 0 1 77 1 0 0 0 1 9 1.76 1.30 5 E -2 1 -2 -1 -5 0 5 -4 -2 -1 -2 3 -1 -2 -4 -2 0 -5 -1 -2 3 6 1 3 0 3 36 0 0 4 5 21 1 1 0 2 7 0 2 3 0.57 1.33 6 A 6 -4 -4 -5 2 -4 -4 1 -5 -3 -4 -4 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 0 74 0 0 0 4 0 0 9 0 1 1 0 0 0 0 5 1 0 0 5 1.15 1.30 7 S -2 0 -1 1 -6 5 5 -4 -2 -3 -4 1 -2 -6 -3 0 0 -6 -5 -4 3 4 2 6 0 26 33 0 1 2 1 9 1 0 1 6 5 0 0 1 0.76 1.33 8 V -1 -5 -2 -6 -1 -5 -5 -5 -6 4 2 -5 2 -2 -5 -4 -2 -5 -4 5 3 0 2 0 1 0 0 1 0 22 19 0 4 1 0 1 2 0 0 45 0.93 1.31 9 Y -2 -1 -4 -3 -5 -4 -3 -5 2 -2 -2 -1 2 0 -5 -2 1 -1 8 -2 3 3 0 1 0 0 1 0 5 2 4 4 5 1 0 2 9 0 59 2 1.26 1.31 10 V -2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -6 -5 4 2 -5 3 2 -5 -4 -3 -4 1 4 2 0 0 0 1 0 0 0 0 20 20 0 8 9 0 1 1 0 4 34 0.81 1.29 11 L -2 -3 -3 -6 -4 -3 -5 -6 -5 0 6 -4 2 -1 -4 -5 -4 -4 0 -2 4 2 2 0 0 1 0 0 0 2 78 1 3 2 1 0 0 0 3 1 1.15 1.32 12 K 0 -2 3 -1 -4 -2 -2 -3 -2 -5 -4 2 -4 -5 1 3 4 -5 0 -3 8 1 12 3 0 1 1 1 1 0 1 12 0 0 6 23 26 0 3 2 0.55 1.36 13 K -1 -1 -2 -1 -5 1 3 -3 4 -4 -4 5 -4 -4 2 -1 0 -6 -4 -4 5 2 1 2 0 4 17 1 10 1 1 34 0 1 11 3 5 0 0 1 0.63 1.33 14 E -1 -2 -1 3 -5 1 5 -3 -3 -4 -4 0 -4 -5 1 -1 -2 -5 -4 -3 5 2 2 15 0 6 46 2 0 1 1 5 0 0 7 4 2 0 0 1 0.78 1.22 15 E -2 -2 -2 1 -5 1 7 -4 0 -4 -3 0 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -2 3 0 0 4 0 4 71 1 2 0 3 3 0 0 0 1 1 0 0 2 1.18 1.09 16 G -2 -1 0 -3 1 -3 -3 6 -4 -4 -5 0 -4 -5 -4 0 -3 -4 -4 -2 1 3 4 1 3 0 1 66 0 1 1 7 0 0 1 7 1 0 0 3 1.13 1.12 17 G 0 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 -4 -5 -5 0 -4 1 -4 -3 -4 -4 -4 -4 6 0 0 1 0 0 1 73 0 0 1 6 0 7 0 1 1 0 0 1 1.39 1.23 18 R -1 7 -1 -4 -5 0 -1 -2 0 -4 -3 0 0 -1 -4 -1 0 -5 -4 -2 4 54 3 0 0 3 3 3 2 0 3 4 2 3 0 4 6 0 0 4 0.94 1.57 19 H -2 0 1 0 1 0 1 -1 6 -5 -3 2 -4 -1 0 1 -1 1 -1 -3 2 5 5 6 3 3 7 5 18 0 2 14 0 3 4 10 5 2 2 2 0.38 1.58 20 T -1 0 2 -4 1 -3 -3 -2 0 -1 -1 4 0 -5 -4 0 4 -5 -4 -1 4 4 8 0 3 0 0 3 3 4 5 24 3 0 0 7 26 0 0 5 0.48 1.59 21 G -1 0 1 -4 3 1 -4 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -4 2 0 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0.14 1.78 22 F 0 -5 -5 -5 2 -4 -5 -1 -4 4 1 -5 2 5 0 -4 -4 -3 1 2 8 0 0 0 5 0 0 5 0 20 11 0 5 22 5 0 0 0 5 12 0.57 1.41 23 F -1 0 1 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 5 6 0 5 6 6 5 6 6 6 5 5 6 6 6 0 5 6 0.08 1.89 24 S -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 0 0 0 -5 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 0 6 0.06 1.89 25 G -2 -1 4 0 -5 -1 -2 4 2 -5 -2 -1 1 0 -5 -2 -2 -5 1 -2 3 3 17 4 0 3 2 31 4 0 5 4 4 4 0 2 3 0 5 3 0.49 1.78 26 Y -4 -4 1 0 3 1 0 0 3 0 -1 -4 2 1 1 0 -4 4 2 0 0 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0.25 1.67 27 R -1 0 1 -4 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 -4 1 0 0 -5 1 0 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.12 1.78 28 P -1 0 0 0 -5 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.04 2.01 29 Q -1 0 1 0 -5 4 -1 -2 3 -1 -1 2 2 -5 0 -1 -1 -5 -4 -1 4 5 6 6 0 22 3 3 7 4 5 11 6 0 5 5 4 0 0 4 0.35 1.84 30 F 0 -4 -3 -4 4 -3 -4 -4 3 1 0 -4 3 2 -4 0 1 -3 3 1 9 0 0 0 8 0 1 1 9 9 9 0 9 9 0 9 9 0 9 9 0.38 1.12 31 Y 0 1 1 1 -5 -3 0 0 3 0 -1 0 3 1 -4 0 -3 -4 2 0 7 7 7 7 0 0 7 7 6 7 7 7 6 6 0 7 0 0 6 7 0.15 1.56 32 F -1 -5 -4 -5 4 -4 -5 -2 -4 1 1 -4 1 5 -5 2 0 -3 2 1 4 0 0 0 9 0 0 3 0 7 12 0 4 25 0 15 5 0 7 8 0.57 1.56 33 R -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -4 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0.12 2.01 34 T -1 -4 0 1 1 -4 -1 -1 1 -1 -2 -4 1 0 -1 0 5 -5 1 -1 5 0 4 7 3 0 4 4 3 3 4 0 3 4 3 7 36 0 4 4 0.47 1.84 35 T 1 -4 0 1 0 -1 0 -2 2 0 -1 -2 0 -1 -5 -2 2 8 -3 0 11 0 4 7 2 3 7 4 5 7 6 3 2 2 0 2 12 17 0 6 0.47 1.85 36 D 0 1 1 1 3 1 1 0 3 -5 -4 1 -4 -4 -4 0 1 -4 2 -4 8 8 7 8 7 7 8 8 7 0 1 8 0 0 0 8 8 0 7 0 0.31 1.34 37 V -1 0 -4 0 3 1 0 -1 -4 0 -1 -4 2 1 0 0 0 4 2 0 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0.16 1.78 38 T 1 0 -1 0 0 -1 -2 -1 -4 -1 -2 -1 0 0 0 1 3 -5 0 -1 12 5 3 5 2 2 3 6 0 3 4 4 3 4 5 9 21 0 3 4 0.17 1.77 39 G 1 -1 -1 -1 4 -1 0 3 -4 -1 -4 -4 0 0 -5 0 1 1 -4 1 14 4 4 3 9 3 5 22 0 4 1 0 3 4 0 7 7 2 0 9 0.33 1.77 40 V -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.02 2.12 41 V 0 0 -4 0 3 1 0 0 -4 0 -1 -4 2 1 1 0 0 -4 2 0 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0.13 1.67 42 Q -2 0 1 1 1 1 1 -2 4 0 -2 0 0 0 -4 0 1 2 0 -1 4 4 6 8 3 7 9 4 9 5 4 5 3 3 0 6 10 3 3 4 0.17 1.81 43 L -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 44 P -1 0 0 0 -5 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.10 2.01 45 P -1 -1 0 2 1 0 2 1 1 -1 -2 0 2 -5 1 -1 0 -5 0 -1 5 3 4 11 3 4 15 10 4 4 3 5 5 0 7 4 5 0 3 4 0.17 1.96 46 G 0 1 1 0 3 1 0 0 3 0 -4 0 -4 1 1 0 0 -5 -4 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 1 6 0 6 6 6 6 0 0 6 0.15 1.67 47 V -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 0 0 0 -5 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 0 0 6 0.06 1.89 48 E -1 0 1 0 -5 1 0 -1 3 -4 -1 0 2 -4 0 0 0 4 1 0 6 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 0.16 1.78 49 M -1 0 -4 0 3 1 0 -1 -4 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 0 6 6 0 6 5 5 6 6 0 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.13 1.89 50 V 1 -1 -5 -1 2 -4 -4 0 -5 2 1 -1 1 0 -1 -1 -1 -5 -4 3 14 4 0 4 4 0 0 7 0 10 14 4 3 4 4 5 4 0 0 21 0.28 1.71 51 M -1 0 0 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.12 2.01 52 P 1 1 -3 -3 4 2 -3 1 -3 -3 0 -2 3 -4 2 1 1 -4 -4 -3 10 10 0 0 9 9 1 10 0 0 10 1 9 0 10 10 10 0 0 1 0.32 1.01 53 G 1 -2 2 -2 -3 -2 -2 2 -2 -3 1 2 -2 -3 -3 1 -2 -3 -3 -3 13 1 13 1 0 1 1 13 0 1 14 13 0 0 1 13 1 0 0 1 0.15 0.68 54 D 0 1 2 1 -4 2 1 1 3 -4 0 -2 -3 -4 -4 1 1 -4 -3 -4 9 9 9 9 0 9 9 9 9 0 9 0 0 0 0 9 9 0 0 1 0.27 1.12 55 N -2 -1 4 1 0 0 -1 -3 2 -2 -3 -1 0 -2 -1 1 3 -5 -1 -1 3 3 20 6 2 3 3 2 5 2 2 4 2 2 3 8 21 0 2 5 0.36 1.66 56 V 2 -2 -5 -2 0 -4 -2 0 1 2 0 -2 0 1 -1 -2 1 -5 0 3 15 2 0 2 2 0 3 8 3 10 8 2 2 6 3 3 9 0 3 21 0.25 1.74 57 T -1 0 0 0 2 0 -1 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.05 2.22 58 F 0 -4 -4 -4 4 -4 -4 0 -3 1 0 -4 3 2 -4 0 1 -3 2 1 9 0 0 0 8 0 1 9 0 9 9 0 9 9 0 9 9 0 9 9 0.32 1.12 59 T -1 0 2 0 1 0 1 -2 2 0 -2 0 0 -1 -4 -1 2 -5 0 1 4 6 9 5 3 4 10 4 5 6 3 5 3 3 0 5 15 0 3 9 0.15 1.50 60 V 0 1 -3 1 4 -3 -3 0 -4 1 0 -3 3 2 -4 0 1 -4 -3 1 8 8 0 8 8 0 0 8 0 8 8 0 8 8 0 8 8 0 0 8 0.23 1.23 61 E 0 0 0 0 1 0 4 -2 1 -1 -2 0 0 -5 0 -1 1 -5 0 -1 7 4 5 5 3 3 27 3 3 4 3 6 3 0 5 4 7 0 3 4 0.28 1.61 62 L -2 -5 -1 -1 2 -4 -1 -2 1 0 4 -4 2 2 -1 -1 -1 -5 -4 -1 4 0 3 4 4 0 4 4 4 5 39 0 4 8 4 5 4 0 0 3 0.41 1.78 63 I -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 64 K -1 1 1 0 1 0 0 -2 4 -1 -3 1 0 1 -1 0 1 2 1 -2 5 7 7 6 2 4 7 3 9 3 3 10 3 5 3 7 7 2 4 3 0.15 1.98 65 P -1 0 1 0 3 1 0 -1 3 -4 -1 0 -4 1 0 0 0 -5 1 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 0.12 1.78 66 V -2 -4 1 -1 1 -1 0 -1 1 2 -1 0 5 -1 0 -1 -1 -5 1 1 3 0 6 4 3 3 5 4 3 13 4 5 16 3 6 4 4 0 4 10 0.26 1.78 67 A 2 1 -1 -1 2 -4 0 -2 -4 -1 -2 -1 -4 1 3 -1 -1 -4 3 0 17 7 3 3 4 0 6 3 0 3 4 4 0 6 13 5 3 0 10 8 0.25 1.82 68 L -2 -2 -5 -5 1 -1 -5 -3 0 3 3 -2 5 -1 -2 -2 -2 -5 -4 2 3 3 0 0 3 3 0 2 2 15 32 2 12 3 2 2 2 0 0 11 0.55 1.73 69 E -2 1 0 1 -6 0 5 -3 1 -3 -4 0 -1 -1 -5 -1 -1 3 0 -1 3 7 4 6 0 4 40 2 3 2 2 4 2 3 0 4 3 4 3 4 0.59 1.84 70 E -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 0 0 0 -6 1 0 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.11 1.89 71 G -1 -1 1 -1 1 0 -1 5 3 -6 -6 -1 -5 -1 -1 -1 -1 -6 -5 -2 3 4 6 3 3 4 4 45 6 0 0 4 0 3 3 4 3 0 0 3 0.68 1.72 72 L -2 -2 -2 -2 -5 4 -2 -3 0 -2 3 -1 4 -1 -5 -1 0 4 -4 -1 3 2 2 2 0 21 2 2 2 2 25 4 11 2 0 4 6 6 0 3 0.52 1.74 73 R -3 7 -1 -3 -6 -1 -2 -2 1 -2 -3 1 1 -3 -1 -2 -1 -6 -5 -3 2 55 3 1 0 2 2 3 3 2 2 8 4 1 3 3 5 0 0 1 1.00 1.75 74 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -1 -1 -6 2 9 -6 -3 -5 2 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 6 76 0 3 0 3 2 3 1.89 1.54 75 A 4 -1 1 -2 -4 -1 -1 -4 -1 -2 -2 -2 -4 -2 -4 2 3 -5 -2 -2 37 3 6 2 0 2 4 0 1 2 4 2 0 1 0 15 18 0 1 3 0.53 1.55 76 I -4 -6 -6 -6 2 -6 -6 -7 -6 6 2 -6 1 3 -6 -5 -4 -5 -3 2 0 0 0 0 5 0 0 0 0 51 18 0 4 12 0 0 0 0 0 11 1.17 1.44 77 R -1 7 -3 -5 -1 1 -3 -5 3 -4 -3 0 -2 -3 -5 -2 -3 -5 0 -2 5 67 0 0 1 5 0 0 7 1 1 2 1 1 0 2 1 0 3 2 1.33 1.44 78 E -1 -2 -2 1 -2 0 7 -4 0 -6 -4 -1 -2 -4 -4 -2 -4 -6 -5 -4 5 1 1 4 1 2 76 1 2 0 2 2 1 1 0 1 0 0 0 1 1.41 1.44 79 G -1 -2 1 -1 -5 -1 -3 7 -4 -6 -6 -4 0 -6 -5 0 -3 -6 -6 -6 3 2 6 4 0 2 1 72 0 0 0 0 2 0 0 5 1 0 0 0 1.39 1.40 80 G -1 -2 2 -1 -1 -1 -2 6 -2 -6 -6 -1 -3 -5 -1 0 -2 -5 -5 -4 3 1 9 3 2 2 2 56 1 0 0 5 1 0 4 8 2 0 0 1 0.95 1.37 81 R -3 6 0 -4 0 1 -3 -3 2 -2 -2 3 -1 -4 -5 -1 -1 -2 -3 -2 2 41 3 0 3 6 0 1 5 3 4 16 2 1 0 5 4 1 1 3 0.73 1.42 82 T -2 -1 -2 -3 -4 -3 -3 -4 -5 -1 -1 -1 -3 -3 -3 -1 7 -5 -4 -1 1 4 1 1 0 0 1 1 0 3 5 4 0 1 1 3 71 0 0 3 1.17 1.42 83 V -2 -3 -3 -4 -4 -5 -4 -6 -5 4 0 -1 0 -3 -5 -4 -2 -5 -2 6 2 1 2 1 0 0 1 0 0 23 4 4 2 0 0 1 2 0 1 57 1.04 1.40 84 G 3 -5 -4 -4 0 -3 -5 6 -5 -3 -3 -4 -5 -6 -5 -2 -4 -2 -5 -3 23 0 0 0 2 1 0 67 0 2 2 0 0 0 0 1 0 1 0 2 1.37 1.39 85 A 3 -1 -3 -3 -2 -3 -1 -4 0 -3 -2 -2 -2 0 -4 1 4 -2 1 0 24 3 0 1 1 0 5 0 3 1 3 2 1 3 0 11 30 1 5 7 0.50 1.41 86 G -1 -4 -3 -4 -1 -5 -5 7 -5 -4 -4 -4 -5 -6 -5 -2 -4 0 -6 -4 3 1 0 0 1 0 0 89 0 1 1 0 0 0 0 1 0 1 0 1 1.85 1.37 87 V -3 0 -3 -5 -4 -1 -2 -6 -2 3 0 0 0 -4 -5 -2 1 -6 -4 5 1 4 1 0 0 2 2 0 1 15 9 6 2 0 0 3 10 0 0 44 0.68 1.37 88 V -3 -6 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -6 5 -1 -5 -2 -1 -5 -5 -3 -6 -4 6 1 0 0 0 1 0 0 0 0 31 2 0 0 2 0 0 0 0 0 63 1.39 1.32 89 T -1 -2 -2 -3 -4 -3 -3 -2 -3 0 -2 -3 -2 -4 -3 2 6 -5 -4 0 4 2 1 1 0 1 0 2 0 4 3 0 1 0 0 13 61 0 0 6 0.99 1.31 90 K -2 2 1 2 -6 -1 4 -1 -2 -6 -6 5 -5 -4 -4 -1 -2 -6 -5 -5 3 12 7 10 0 1 23 4 1 0 0 32 0 1 0 4 2 0 0 0 0.73 1.31 91 I -3 -4 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 6 2 -3 0 -3 -5 -5 -1 -5 -3 4 1 1 0 0 1 0 0 0 0 50 13 1 1 0 0 0 4 0 1 27 1.10 1.28 92 L -3 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -6 -1 4 4 -4 1 2 -4 -4 -2 -4 -1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 2 29 44 0 3 7 1 0 2 0 1 8 0.85 1.26 93 E -3 -2 3 3 -6 1 5 -4 -2 -6 -6 3 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 17 15 0 4 47 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 1.06 K Lambda Standard Ungapped 0.1414 0.3208 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1452 0.3162 PSI Gapped 0.0444 0.2670