Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -3 -1 -1 -3 -5 5 -1 -4 9 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -5 0 0 0 0 0 33 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.69 0.69 2 L -4 -3 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 5 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -3 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 13 62 0 1 5 0 0 0 0 0 18 1.02 1.04 3 Y -4 0 -4 -3 -5 -2 1 -5 -2 1 3 3 -1 -2 -4 -4 -4 3 4 -2 0 3 0 1 0 1 8 0 1 7 34 22 1 0 1 0 0 4 15 2 0.59 1.18 4 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 0 6 -5 0 0 -6 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 93 0 1 3 0 0 0 0 0 1 1.57 1.29 5 T -2 -1 0 -3 2 -3 -4 -3 -2 1 0 -1 -1 -4 -4 2 5 1 -4 -1 1 3 4 1 5 1 0 1 1 10 10 4 1 0 0 13 42 2 0 3 0.61 1.33 6 K -2 4 2 -4 -5 1 -2 -4 4 0 -2 4 -1 -3 -4 -1 1 -2 -2 -2 2 21 8 0 0 7 1 0 10 7 3 24 1 1 0 4 7 1 1 3 0.54 1.32 7 P -2 -4 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -5 -4 -2 -5 -6 8 -1 -3 -6 -5 -5 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1 2 0 0 89 4 0 0 0 0 2.52 1.30 8 L -3 -2 -5 -6 0 -4 -5 -6 -2 2 5 -3 1 0 -4 -5 -3 -4 -2 2 1 2 0 0 2 0 0 0 1 10 60 2 2 4 1 0 1 0 1 13 0.90 1.32 9 Y -2 1 1 -4 -2 -2 -3 -4 5 -1 -2 -1 -1 0 3 1 -2 -3 4 0 2 8 8 0 1 1 0 0 16 4 2 3 2 4 15 10 1 0 17 6 0.54 1.32 10 T -2 6 -1 -2 2 0 -1 -1 1 -3 -4 2 -4 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 3 42 3 2 4 4 2 5 3 1 1 12 0 0 1 6 9 0 0 2 0.70 1.31 11 S 0 -1 2 -1 -1 2 0 -1 1 -4 -4 1 -4 -5 -1 3 3 -5 -4 -2 9 3 8 2 1 8 7 3 3 1 1 7 0 0 2 23 20 0 0 2 0.39 1.30 12 A -1 -4 -2 -4 0 -1 -4 -5 -3 0 0 -4 1 4 1 -2 1 -4 -2 4 5 1 2 1 2 3 0 0 1 4 7 0 3 21 7 2 7 0 0 34 0.57 1.29 13 P -1 2 -3 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -3 -3 -2 -2 -1 7 1 -1 -6 -5 -3 4 11 1 0 1 3 0 1 0 1 2 2 1 4 56 11 3 0 0 2 1.28 1.32 14 S -1 -3 -2 -2 -1 -2 -3 -1 -4 -5 -5 -3 -2 -5 1 6 1 -6 -5 -4 1 1 1 1 1 1 0 3 0 0 0 0 1 0 7 74 9 0 0 0 1.20 1.29 15 L -4 -5 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 -1 6 -5 -1 -2 -6 -5 -4 -4 -4 -2 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.67 1.31 16 Q -3 0 -3 -2 1 7 -1 -4 -1 -5 -4 2 0 -6 -4 0 -2 -5 -4 -5 1 3 0 1 3 68 0 0 1 0 1 11 3 0 0 8 1 0 0 0 1.39 1.31 17 H -3 -1 -2 -4 -6 0 -1 -5 10 -6 -5 -3 -4 -4 -5 -1 -3 -5 1 -6 1 2 0 0 0 4 2 0 81 0 0 0 0 0 0 6 1 0 4 0 2.25 1.31 18 L -2 -3 -6 -6 -1 -2 -5 -6 -3 2 6 -4 2 -2 -5 -4 -3 -5 -4 -1 3 1 0 0 1 1 0 0 1 12 72 1 4 1 0 1 1 0 0 1 1.11 1.31 19 C 1 -6 -5 -6 10 -5 -5 -3 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -1 0 -5 -5 -3 12 0 0 0 76 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 3 6 0 0 0 2.39 1.31 20 R -4 8 -3 -4 -6 -2 -3 -5 -3 -6 -5 0 -4 -6 -1 -3 -4 -6 -4 -5 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 3 0 0 0 0 0 2.13 1.31 21 L 2 -1 -4 -4 -1 -4 -4 -3 -5 1 3 0 2 3 -5 -2 1 -4 -2 -1 19 4 0 1 1 0 0 2 0 7 30 5 5 11 0 2 8 0 1 3 0.40 1.30 22 T 3 0 -4 -4 0 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -1 -4 -4 0 3 -5 -4 4 22 6 0 0 2 3 2 2 0 2 2 4 1 0 0 6 18 0 0 30 0.50 1.31 23 I -4 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -1 7 1 -5 0 -2 -5 -5 -1 -5 -4 3 0 0 0 0 1 0 0 0 2 67 7 0 1 1 0 0 3 0 0 17 1.34 1.31 24 N -3 3 6 -3 6 -3 -3 -3 3 -5 -2 -3 -1 -5 -5 0 -2 -1 -3 -3 1 17 40 0 17 0 0 1 7 0 4 0 1 0 0 7 2 1 1 2 0.98 1.31 25 K -2 5 1 -1 -1 2 -2 -1 -1 -3 -4 3 -4 -5 -4 1 -1 -6 -4 -2 3 31 7 3 1 10 1 4 1 1 1 20 0 0 0 11 3 0 0 2 0.63 1.31 26 C 0 1 0 -3 6 0 -3 -3 5 -3 -2 -2 -2 -2 -5 2 0 -1 1 -1 6 8 5 0 19 4 0 1 15 1 3 2 1 1 0 16 6 1 6 5 0.56 1.30 27 T -1 -1 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -4 0 0 -1 1 -4 -4 0 6 -5 0 1 3 3 1 0 0 2 1 1 0 5 7 3 3 0 0 6 53 0 4 9 0.76 1.29 28 G -2 3 2 5 -5 1 -1 0 1 -5 -4 0 -4 -5 0 -1 -1 -2 -2 -5 3 16 8 33 0 6 2 7 4 0 2 5 0 0 6 4 3 1 2 0 0.59 1.27 29 A -1 1 -1 1 2 3 0 3 2 -5 -2 2 -4 -5 -1 0 -2 -5 -3 -4 4 6 2 7 4 13 6 25 5 0 4 11 0 0 3 6 2 0 1 1 0.39 1.27 30 I -3 -2 -5 -5 -4 -2 -3 -3 -3 6 0 -3 -1 -3 -1 -3 0 -5 -2 3 1 2 0 0 0 2 1 2 1 49 6 1 1 0 3 1 5 0 1 24 0.87 1.27 31 W -1 0 2 4 -3 3 2 -1 0 -4 -4 -1 -4 -4 -1 -1 0 4 -3 -5 5 4 8 22 1 14 14 4 3 1 1 3 0 1 4 4 5 5 1 0 0.49 1.28 32 G 1 1 -2 0 2 3 1 -1 0 -3 -2 2 -1 -4 -1 1 -1 -2 -2 -2 14 8 2 4 4 14 10 5 2 1 4 12 1 1 3 9 3 0 1 2 0.24 1.29 33 L -3 -4 -5 -4 -4 -1 -3 -6 -5 -1 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -4 -4 -1 1 0 0 1 0 3 1 0 0 1 87 1 1 1 0 1 1 0 0 1 1.32 1.22 34 P -2 -2 -1 -2 -2 0 -2 -4 -2 -5 -5 -2 -5 -6 8 -2 -3 -3 -4 -5 2 2 3 1 1 4 2 1 1 0 1 2 0 0 76 1 1 0 0 0 1.95 1.21 35 L -4 -5 -5 -6 -4 -3 -5 -4 -2 3 5 -5 1 -2 -5 -5 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 17 72 0 2 0 0 0 0 0 0 5 1.17 1.21 36 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -3 -5 -6 9 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 95 2 0 0 0 0 2.75 1.22 37 T -1 2 3 -2 -3 0 -2 -1 1 -2 -4 2 -2 -3 2 2 1 -5 -3 -1 3 11 12 1 0 5 2 4 3 3 1 14 1 1 9 16 9 0 0 4 0.30 1.19 38 R 1 4 -2 -4 -2 0 -2 -3 -2 -3 -2 2 0 -5 2 1 1 -5 -4 -1 11 26 1 0 1 3 1 1 1 1 4 13 3 0 10 12 9 0 0 4 0.44 1.21 39 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -1 3 5 -5 4 -2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 16 63 0 11 0 0 0 0 0 0 5 1.13 1.21 40 K -2 2 -3 -4 -5 2 -2 -3 0 0 -1 6 -1 -4 -4 -3 -2 -5 -4 -1 2 10 0 0 0 9 0 1 2 6 8 54 1 0 0 0 1 0 0 4 0.85 1.21 41 D -1 -1 1 5 -3 1 4 -1 -1 -4 -2 -1 -4 -4 -4 0 -1 -6 -3 -3 4 3 6 29 0 6 24 4 1 1 5 3 0 0 0 8 2 0 1 2 0.56 1.24 42 Y -5 -5 -5 -6 -5 -4 -2 -6 1 -4 -3 -5 -3 6 -6 -4 -4 1 8 -4 0 0 0 0 0 0 3 0 3 0 0 0 0 32 0 0 0 1 62 0 1.95 1.24 43 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 2 6 -5 1 -2 -6 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 85 0 2 0 0 0 0 0 0 5 1.43 1.24 44 E -1 3 0 -1 -3 3 1 -2 -3 -5 -1 4 -2 -5 -4 0 1 -5 -4 -4 4 13 3 4 1 14 7 2 0 0 6 30 0 0 0 5 10 0 0 0 0.55 1.23 45 E -2 -1 -1 3 -5 3 6 -4 -3 -5 -4 0 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -1 -3 3 2 2 15 0 11 56 0 0 0 1 3 0 0 0 1 2 0 2 1 1.02 1.16 46 Y -3 -3 -1 -5 -2 -3 -4 -4 0 -4 -4 -2 -3 1 -2 -3 -4 0 9 -4 1 1 3 0 1 1 0 1 1 0 0 2 0 2 2 1 0 0 83 0 1.94 1.17 47 K -2 -2 -3 -3 -5 2 -3 -4 8 -4 -5 -1 -4 -3 6 -2 -2 -5 -1 -4 2 2 0 0 0 8 0 1 35 1 0 2 0 1 41 1 2 0 2 0 1.45 1.13 48 F -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 1 -3 -3 -2 -3 4 -5 -3 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 2 0 17 0 1 0 0 77 0 2.01 1.12 49 Q -2 3 0 -1 -5 4 -2 -4 1 -5 -5 4 -3 -5 0 0 1 -5 -1 -4 1 13 3 2 0 20 0 0 3 0 0 33 0 0 4 7 11 0 2 0 0.69 1.05 50 V -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 3 4 -4 -1 -2 -5 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 37 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1.00 0.86 K Lambda Standard Ungapped 0.1405 0.3238 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2006 0.3187 PSI Gapped 0.0614 0.2670