Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -3 -2 -1 6 -5 0 5 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 49 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.55 2 D 1 -1 2 3 -3 2 0 -3 -2 -4 -3 1 -3 -4 -3 1 3 -5 -4 -3 15 2 9 20 0 10 3 0 0 0 2 10 0 0 0 10 20 0 0 0 0.41 0.60 3 G -1 -1 -2 -3 -4 -3 -3 6 -1 -5 -5 1 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -4 -5 0 3 0 0 0 0 0 85 2 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.39 0.59 4 T 4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -3 -3 0 1 -4 -3 4 43 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 8 0 0 42 0.67 0.66 5 Q 0 -1 1 0 -4 3 0 1 -2 -4 -3 4 -3 -4 -3 1 2 -4 -4 -2 6 0 6 4 0 13 4 11 0 0 2 28 0 0 0 12 12 0 0 3 0.38 0.68 6 T -3 -2 3 5 -4 -1 3 -1 -2 -4 -3 1 -4 -5 -3 0 0 -5 -4 -2 0 0 14 35 0 1 17 5 0 0 1 11 0 0 0 6 7 0 0 3 0.62 0.68 7 L -1 -3 -4 -5 -3 0 -4 -5 -4 0 5 -4 5 -1 -4 -4 -3 -3 1 -1 4 0 0 0 0 4 0 0 0 0 65 0 22 0 0 0 0 0 5 0 0.90 0.68 8 Q 0 0 3 -2 -4 4 -1 -2 2 -2 -3 2 4 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 7 3 18 0 0 20 0 1 6 1 0 17 18 0 0 9 0 0 0 0 0.50 0.66 9 G -2 0 0 3 -4 1 1 -1 -3 -2 -2 2 -3 -4 -3 1 3 -4 -1 -2 1 3 3 17 0 6 8 5 0 1 4 12 0 0 0 9 26 0 2 1 0.36 0.66 10 E 2 0 -2 2 -4 4 3 -3 -2 -2 -4 1 -3 -5 -3 -1 0 -4 -4 -3 17 3 0 11 0 23 26 0 0 3 0 10 0 0 0 3 5 0 0 0 0.55 0.64 11 L -3 -4 -5 -5 -3 -3 -2 -5 -4 1 5 -4 0 -1 -4 -4 -3 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 4 0 0 6 69 0 0 0 0 0 0 0 7 15 0.81 0.63 12 T -2 -1 3 4 -4 1 2 -3 -2 -4 -4 3 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -4 2 0 15 26 0 7 12 0 0 0 0 22 0 0 0 4 11 0 0 0 0.61 0.63 13 L 0 -1 1 2 -4 1 3 -3 -2 -3 -2 3 -3 -4 -3 0 2 -5 -4 -2 9 1 7 12 0 7 18 0 0 0 3 19 0 0 0 5 18 0 0 2 0.39 0.63 14 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -2 2 -1 -3 -2 -2 -4 -3 0 -1 -4 -3 -2 85 0 0 0 0 0 0 0 7 4 0 0 0 0 0 2 3 0 0 0 0.97 0.63 15 L -3 1 -4 -4 -3 2 0 -5 -3 1 5 -2 1 -2 -4 -3 -3 -4 -3 0 0 7 0 0 0 12 6 0 0 5 63 0 2 0 0 0 0 0 0 4 0.65 0.63 16 D 1 -2 1 2 -4 0 3 -1 -2 -4 -2 2 -3 -4 -3 1 1 -5 -4 -3 16 0 8 11 0 3 21 3 0 0 3 16 0 0 0 11 8 0 0 0 0.38 0.63 17 K 3 0 1 3 -3 -1 2 -2 -3 -3 -4 1 -3 -4 -3 -1 0 -5 -4 -2 37 4 6 20 0 1 12 0 0 0 0 11 0 0 0 0 6 0 0 2 0.47 0.63 18 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 0 3 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 84 7 6 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.63 19 A 0 0 1 -1 -4 3 3 -3 0 -4 -4 4 -3 -5 -3 0 0 -4 -3 -3 9 3 7 0 0 12 26 0 2 0 0 27 0 0 0 7 6 0 0 1 0.53 0.63 20 K 1 -1 2 0 -3 0 0 1 1 -3 -2 3 -3 -4 -3 0 2 -4 -3 -3 15 0 11 4 0 3 4 11 4 0 5 27 0 0 0 4 12 0 0 0 0.32 0.57 21 N 0 -1 3 5 -4 -1 1 0 -2 -4 -5 0 -4 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 10 2 19 43 0 0 9 4 0 0 0 6 0 0 0 5 2 0 0 0 0.71 0.53 22 P 1 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 2 -4 7 -1 0 -5 -4 -2 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 69 2 6 0 0 2 1.54 0.53 23 S -1 -2 1 3 -3 -1 -1 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 0 -5 -3 -3 0 0 4 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0.93 0.53 24 N -3 -2 5 6 -5 -1 0 -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 0 42 52 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 1.17 0.53 25 P 0 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -1 -1 -5 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 4 3 0 0 0 2.13 0.53 26 Q 3 -2 0 -2 -2 -1 -2 1 -3 1 -2 0 -1 -3 -3 1 0 -4 -3 1 34 1 3 2 0 3 0 9 0 10 0 6 1 0 0 13 6 0 0 10 0.28 0.53 27 L 2 -3 -2 -1 -3 -3 -3 -3 -3 0 3 0 -1 0 -3 -2 0 -3 0 2 19 0 2 4 0 0 0 0 0 3 29 9 0 4 0 0 5 0 3 21 0.27 0.53 28 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.53 29 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.02 0.53 30 E 2 0 3 1 -4 1 3 -2 1 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -3 18 2 21 8 0 4 19 0 3 0 0 16 0 0 0 8 2 0 0 0 0.45 0.53 31 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 1 0 -4 -2 3 -4 -3 -3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 5 0 0 12 0 0 0 0 66 8 1.19 0.53 32 Q -2 0 -1 -2 -4 7 1 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.34 0.53 33 S 4 1 -2 -2 -2 -2 -1 -2 2 -3 -3 -1 0 -4 -2 3 1 -4 -3 -2 40 8 0 0 0 0 3 0 5 0 0 0 3 0 0 32 8 0 0 0 0.53 0.53 34 K 2 0 -2 -3 -1 -1 -2 -3 -3 0 0 4 -2 -3 -3 1 -2 -4 -3 0 24 3 0 0 2 0 0 0 0 4 11 35 0 0 0 12 0 0 0 9 0.36 0.52 35 L -3 -3 0 -4 -3 -3 -4 -4 -3 2 4 -3 3 2 -4 -2 -1 -3 -2 1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 9 52 0 9 12 0 3 3 0 0 6 0.57 0.52 36 S 1 -2 3 -2 -3 3 -1 1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 4 -1 -4 -3 -3 12 0 15 0 0 15 0 10 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0.61 0.52 37 E 0 -1 -1 2 -4 1 5 -1 2 -4 -4 1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 10 0 0 9 0 3 46 5 7 0 0 9 0 0 0 12 0 0 0 0 0.61 0.52 38 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -2 0 -3 -2 2 -4 -3 -3 5 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 9 83 0 1.58 0.52 39 T -1 -2 4 -1 -3 1 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -4 -3 3 5 -4 -3 -2 0 0 24 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 45 0 0 0 0.73 0.52 40 L -2 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -1 -4 2 3 -4 3 -2 -4 -3 -1 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 7 0 13 41 0 8 0 0 0 3 0 0 29 0.58 0.52 41 Y 0 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 0 -4 3 5 -4 -3 -1 -1 5 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 9 5 0 9 34 0 0 4 0 24 6 0.69 0.52 42 R -3 6 -2 -3 -1 -1 -2 -4 -2 0 -1 1 2 -2 -4 -2 -2 -3 2 -3 0 70 0 0 1 0 0 0 0 6 5 3 6 0 0 0 0 0 9 0 0.93 0.52 43 N -2 -2 7 0 -4 2 -1 -1 -1 -5 -5 -1 -3 -4 -3 2 -1 -5 -3 -4 0 0 75 0 0 9 0 3 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 1.14 0.52 44 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 1 0 -2 -2 -2 -3 -1 -1 -3 1 0 72 0 0 0 0 0 0 0 0 9 8 0 0 0 0 0 3 0 5 4 0.65 0.52 45 Q -1 -1 2 -2 -4 7 1 -3 -1 -1 -3 0 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -1 3 0 9 0 0 75 2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.99 0.52 46 S 1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 5 4 -4 -3 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 31 0 0 0 0.84 0.52 47 N 0 -2 5 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -3 3 3 -4 -3 -3 5 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 25 0 0 0 0.77 0.52 48 T 2 -3 -2 -3 -2 -3 -3 -3 -4 2 -2 -3 -1 -3 -3 0 4 -4 -3 3 18 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 6 37 0 0 27 0.53 0.52 49 V -2 -4 -4 -4 -2 0 -3 -5 -4 5 0 -3 2 -2 -4 -3 0 -4 -3 4 0 0 0 0 0 6 0 0 0 38 2 0 7 0 0 0 4 0 0 43 0.71 0.52 50 K -2 2 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -2 -2 -2 -4 -3 -4 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.52 51 V 3 -2 -2 -3 -2 -2 -2 1 -3 -2 -3 0 0 -4 -3 3 1 -4 -3 1 37 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 6 3 0 0 23 6 0 0 13 0.43 0.52 52 I -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 2 1 0 -4 4 5 -4 -3 -3 -1 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 9 2 0 19 31 0 0 0 0 24 9 0.79 0.52 53 K -2 1 -1 -2 -4 0 -1 -1 -2 -4 -4 6 -3 -4 -2 -1 0 -4 -3 -4 0 3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 86 0 0 0 3 6 0 0 0 1.05 0.52 54 D -3 -3 0 7 -5 -1 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 0 -2 -6 -4 -4 0 0 0 84 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 1.41 0.52 55 V -1 -4 1 -3 -3 -3 -4 -4 -4 5 2 -3 0 -2 -4 -2 1 -4 -3 2 6 0 11 0 0 0 0 0 0 47 16 0 0 0 0 0 8 0 0 13 0.54 0.52 56 D 2 -3 -1 4 0 -2 -1 2 -3 -3 -3 -2 4 -4 -3 1 -2 -4 -4 -3 25 0 0 36 3 0 0 14 0 0 0 0 15 0 0 8 0 0 0 0 0.56 0.52 57 A 2 -1 -1 -2 -3 4 -1 -2 -2 -3 -2 0 4 -3 -3 2 1 -4 -3 -2 20 0 2 0 0 27 0 0 0 0 0 5 18 0 0 21 6 0 0 0 0.48 0.52 58 A 4 -3 0 0 -2 -2 -1 2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 1 2 -4 -3 -2 48 0 5 4 0 0 3 17 0 0 0 0 0 0 0 10 13 0 0 0 0.54 0.52 59 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.50 K Lambda Standard Ungapped 0.1247 0.3066 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1765 0.3172 PSI Gapped 0.0540 0.2670