Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -4 -2 -3 4 -3 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -4 5 4 -5 -4 -4 5 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 29 0 0 0 1.19 1.25 2 Q -2 -1 -2 -1 -6 6 5 -4 -2 -6 -5 2 -2 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -4 3 1 1 3 0 38 38 1 1 0 0 11 1 0 0 1 1 0 0 1 1.20 1.58 3 A 4 -2 -3 0 -5 0 4 -4 -2 -4 -5 2 -2 -6 -4 1 0 -6 -5 -2 30 2 1 4 0 3 29 1 1 1 1 11 1 0 0 9 5 0 0 3 0.66 1.71 4 E 0 3 -2 3 -6 3 4 -4 -3 -5 -3 2 -5 -5 -4 -3 -3 -6 -5 -5 7 14 2 15 0 14 29 1 0 0 3 14 0 0 0 1 1 0 0 0 0.77 1.77 5 F -4 -6 -7 -7 -6 -7 -7 -7 -5 -3 -2 -7 -3 9 -7 -6 -6 -2 1 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 95 0 0 0 0 2 0 2.66 1.84 6 E -1 -1 1 3 -4 2 5 -3 1 -5 -3 1 -3 -5 -5 -2 -2 -3 -2 -2 6 2 6 17 0 8 34 2 3 0 2 7 1 0 0 3 3 0 1 3 0.63 1.89 7 K 2 1 -1 -1 -3 2 2 -3 0 -2 -2 4 -3 -2 -5 -1 0 -4 -2 -3 20 8 3 3 0 7 12 1 2 2 5 23 1 2 0 3 5 0 1 1 0.40 1.89 8 A 6 -4 -4 -5 0 -4 -4 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -1 -2 -6 0 -2 79 1 0 0 2 0 0 1 1 1 1 1 1 1 0 2 2 0 4 3 1.37 1.88 9 A 4 -4 -5 -5 2 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -3 -2 -1 -4 -1 1 -4 -1 4 32 1 0 0 5 3 1 0 1 3 5 1 1 3 0 3 7 0 2 32 0.65 1.89 10 E 2 -2 2 1 -3 0 4 -3 -1 -3 -3 3 -2 -5 -5 0 -2 0 -4 -3 15 2 9 6 1 4 28 1 1 2 2 15 1 0 0 7 2 1 0 2 0.51 1.88 11 E -1 1 -2 2 -2 0 1 -5 1 1 -1 1 -2 3 -5 -2 -2 0 2 0 6 8 2 11 1 3 10 0 4 10 6 8 1 11 0 2 3 1 7 7 0.24 1.87 12 V 0 -4 -6 -5 -3 -4 -6 -4 -4 3 1 -5 1 0 -6 -1 -2 -3 -2 5 9 1 0 1 0 0 0 1 0 17 10 0 4 4 0 5 1 0 2 44 0.82 1.86 13 R -2 3 1 -2 -4 3 0 -2 -1 -5 -4 5 -1 -6 -2 0 -2 -2 -5 -4 3 14 7 1 0 15 4 3 1 0 1 37 2 0 2 7 2 1 0 1 0.76 1.86 14 H 0 1 2 -1 -2 0 0 -1 3 -4 -3 2 0 -3 -3 3 2 -6 -3 -3 7 7 10 3 1 4 7 6 6 1 2 11 2 1 1 19 10 0 1 1 0.32 1.87 15 L -1 -3 -1 -5 -3 -3 -4 -1 0 1 5 -2 1 0 -4 -2 -2 -2 -1 -1 5 1 3 1 0 1 1 5 2 6 57 2 2 3 1 3 3 1 2 3 0.71 1.86 16 K -1 1 -1 -2 -5 0 0 -3 -1 -3 -2 3 -2 -6 5 0 1 -6 -4 -2 5 6 3 1 0 3 6 2 1 1 4 19 1 0 26 8 8 0 0 4 0.54 1.84 17 T 0 -2 0 -1 -3 1 1 0 -2 -2 -3 3 -3 -4 0 2 2 -6 -3 0 6 1 4 4 0 6 8 8 1 3 2 15 0 1 4 14 15 0 1 6 0.27 1.82 18 K -1 2 -1 -1 -3 4 0 -2 -2 -4 -3 4 -2 -6 1 -1 0 -6 -3 -3 4 11 3 4 1 16 5 3 1 1 3 27 1 0 8 4 6 0 1 2 0.52 1.80 19 P -2 -5 -3 -3 -2 -3 -2 -4 -2 -2 2 -4 0 1 6 -3 0 -5 -3 0 4 0 1 1 1 1 2 1 1 2 19 1 2 6 43 1 7 0 1 7 0.95 1.79 20 S -1 -3 0 2 -3 -2 -2 1 -2 -4 -5 -2 0 -5 2 4 2 -6 -5 -4 5 1 4 12 0 1 2 9 1 1 1 2 2 0 10 34 13 0 0 1 0.59 1.77 21 D -2 0 4 4 -5 1 -1 -3 0 -2 -3 -1 -2 -3 -1 0 -1 -5 3 -3 4 6 19 22 0 6 3 2 2 2 2 3 1 1 4 6 3 0 12 2 0.49 1.77 22 E -1 -2 0 5 -3 0 4 -2 -1 -5 -5 -1 -2 -3 -1 -1 -1 -6 -4 -4 6 1 3 29 1 4 31 3 1 1 1 3 1 1 3 4 4 0 0 1 0.74 1.78 23 E -2 -3 -1 3 -3 1 5 -4 -1 -2 -3 -1 0 -3 -4 0 1 -6 -3 1 2 1 3 17 1 7 32 1 1 2 3 2 3 1 1 6 9 0 1 9 0.56 1.74 24 M -2 1 -2 -4 -5 2 -2 -4 0 -3 1 5 4 -1 -3 -3 -3 1 -2 -3 2 8 2 0 0 9 1 1 2 1 16 35 12 3 1 1 1 2 1 2 0.66 1.72 25 L -3 -3 -3 -6 -4 -3 -4 -5 -5 1 5 -1 2 0 -5 -4 -3 -1 0 0 1 1 2 0 0 1 1 1 0 6 64 4 4 3 0 1 1 1 3 5 0.95 1.66 26 F 0 2 -2 0 -1 2 2 -3 0 -2 0 2 -1 2 -3 -2 -1 -2 0 -3 8 10 2 5 1 10 15 2 2 2 9 12 2 10 1 2 4 1 4 1 0.26 1.66 27 I -3 -3 -5 -6 -1 -5 -4 -4 -5 2 5 -2 4 3 -3 -5 -1 -4 -2 -1 1 1 0 0 1 0 1 1 0 8 51 3 10 10 1 0 5 0 1 4 0.84 1.61 28 Y -3 -4 -3 1 -2 -2 -3 -5 0 -2 -3 -2 -1 1 -5 -2 -4 1 9 -1 2 0 1 8 1 2 2 0 1 2 2 2 1 3 0 4 0 2 64 4 1.51 1.61 29 G 4 0 -2 -1 -1 -4 -4 4 -4 -3 -5 -2 -4 -1 -2 1 -2 -5 -4 -3 38 5 1 3 2 0 0 26 0 2 1 2 0 3 2 11 2 0 0 2 0.67 1.59 30 H -2 -1 -1 -5 -1 -4 -2 -5 1 0 4 -4 -1 1 -2 -4 0 0 4 -2 4 3 3 0 1 0 3 0 3 3 45 0 1 6 2 0 6 1 15 1 0.65 1.61 31 Y -2 -2 -3 -5 -2 -2 -2 -3 2 -4 -2 -1 -1 4 -5 -1 -1 3 7 -1 3 2 1 0 1 1 2 2 5 0 4 4 1 19 0 5 3 4 36 5 0.90 1.59 32 K -1 1 0 -4 2 0 0 -4 1 -4 -1 6 1 0 -4 -1 -3 -5 -4 -4 4 5 4 0 4 4 4 0 4 0 6 48 4 5 0 5 0 0 0 0 0.77 1.58 33 Q -1 0 0 -4 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 0 6 6 5 0 5 5 6 0 5 6 6 6 5 5 6 6 6 5 5 6 0.18 1.89 34 A 0 -4 -3 1 4 -3 -3 0 -4 1 0 -3 -3 2 2 1 1 -4 -3 1 9 0 0 9 8 0 1 9 0 9 9 0 0 9 9 9 9 0 0 9 0.25 1.12 35 T -2 -1 0 -1 -5 0 -1 -5 1 0 -1 0 1 -5 0 0 4 2 0 0 3 4 5 3 0 3 4 0 3 4 7 7 4 0 4 7 30 3 3 5 0.36 1.98 36 V -1 -1 0 0 1 0 2 -1 4 -1 -2 -1 0 1 0 -1 -1 2 0 1 4 3 4 5 3 4 13 6 10 4 4 3 3 7 6 4 3 3 3 8 0.16 1.88 37 G -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 5 1 -2 -3 -1 0 -1 -1 0 -1 2 -4 -4 6 3 3 4 3 3 4 41 3 3 3 3 3 3 3 6 3 3 0 0 0.52 1.82 38 D -1 -1 3 4 1 0 0 -1 1 -1 -3 0 -4 -5 1 2 -1 2 -5 -2 5 3 13 20 3 3 5 4 3 3 3 5 0 0 7 13 3 3 0 3 0.34 1.87 39 I -1 -2 0 -5 6 -1 -2 0 0 1 -2 -1 0 2 1 0 0 -5 0 0 5 2 5 0 18 3 2 9 2 8 4 4 2 7 7 6 5 0 3 7 0.36 1.85 40 N -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 41 T -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 -5 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 0.07 2.01 42 E -1 -1 0 1 1 0 1 -1 1 0 -2 0 0 -1 3 0 0 -5 0 -1 6 4 5 8 3 4 11 4 3 5 3 6 3 3 13 6 5 0 3 5 0.13 2.07 43 R -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 44 P -1 -1 -1 0 2 0 -1 -2 1 -1 -2 -1 0 -5 5 -1 -1 -5 0 -1 5 4 3 5 4 4 5 3 4 5 4 4 3 0 32 4 4 0 3 5 0.50 2.01 45 G -1 0 1 -1 0 -2 -1 4 0 -3 -3 -2 0 -2 0 2 -1 3 0 -2 4 6 6 4 2 2 4 26 2 2 2 3 3 2 5 15 3 4 3 3 0.31 2.12 46 M 0 -1 0 0 -5 -1 0 0 0 -1 -2 -2 3 3 1 0 -1 3 0 -1 8 4 4 5 0 3 7 7 3 4 4 3 8 10 8 8 4 3 3 4 0.14 2.06 47 L -1 -1 -1 -1 1 -1 -1 -2 1 0 1 -1 2 3 -1 -1 0 4 1 -1 4 3 3 3 3 3 4 3 3 6 15 3 6 14 3 5 6 5 5 4 0.20 2.07 48 D -1 -1 2 6 -6 0 0 -2 0 -3 -3 0 -1 -3 -2 0 -2 0 -2 -3 5 4 8 38 0 5 5 3 3 2 3 6 2 1 2 7 3 2 2 2 0.58 1.95 49 F -2 -2 -2 -2 0 0 -1 -2 1 1 1 -2 3 3 2 -2 -1 1 1 1 4 3 2 2 2 4 5 3 4 6 12 2 7 13 9 3 3 2 4 11 0.20 1.91 50 T -1 1 -1 -1 -5 0 0 -2 0 2 -1 1 0 -1 -1 0 0 2 0 1 5 6 3 3 0 4 6 4 3 14 6 10 3 3 3 6 5 3 3 12 0.11 1.79 51 G 2 0 1 0 1 0 1 3 -4 -1 -2 0 -4 -5 -1 0 -1 -5 -5 -2 14 4 7 5 3 3 9 24 0 4 4 5 0 0 4 6 3 0 0 3 0.29 1.80 52 K -1 4 0 -2 0 0 -1 -3 1 -2 -2 4 -1 -2 -2 -2 -2 -5 1 -2 5 26 5 2 2 4 3 2 3 3 5 22 2 2 2 3 3 0 4 2 0.46 1.87 53 A 4 -1 -2 0 1 -1 -1 -2 -1 -2 -2 0 0 1 -2 -1 -2 0 1 -1 36 4 2 5 3 3 4 3 2 3 4 5 2 5 2 5 2 1 5 3 0.33 1.96 54 K 0 1 1 0 -5 1 0 0 -4 0 -1 0 2 1 1 0 0 -5 -4 -4 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 6 6 6 6 0 0 0 0.06 1.67 55 W -2 1 -1 -2 1 -1 -2 0 3 -1 -2 -1 0 0 -2 -2 -2 9 3 -2 3 9 3 3 2 3 3 7 6 3 4 3 3 3 3 3 3 26 8 3 0.75 1.89 56 D -1 0 0 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 -5 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0 5 5 5 5 5 0.13 2.01 57 A 5 0 -2 -4 1 -2 -2 -2 -1 -4 -2 -1 -1 -2 -4 0 -1 0 -4 -2 56 5 2 0 3 2 3 3 2 0 4 3 2 2 0 6 3 1 0 2 0.73 1.77 58 W -5 -2 -5 -6 -5 0 -2 -3 0 -5 -1 -2 -4 0 -6 -5 -5 12 0 -3 0 3 0 0 0 4 3 2 2 0 6 2 0 3 0 0 0 66 2 2 2.55 1.77 59 N 0 0 4 -1 -1 2 0 -3 2 -2 -2 2 2 0 0 0 -1 -5 -2 -3 8 5 19 3 2 8 5 2 5 2 4 12 5 4 4 6 4 0 2 2 0.27 1.75 60 E 1 0 1 1 -1 3 1 0 -1 -3 -2 3 -1 -3 -4 1 -2 -5 -4 -3 13 4 6 6 1 11 9 8 1 1 4 16 1 1 0 11 2 0 0 2 0.29 1.76 61 L -2 0 -1 -5 3 2 -2 -5 0 0 4 0 0 -1 -5 -1 -2 -1 -1 1 4 5 3 0 5 8 2 0 3 6 36 6 2 2 0 4 2 1 3 8 0.39 1.78 62 K -2 1 -1 -2 -5 0 1 3 -2 -4 -3 5 -2 -5 -3 -1 -2 -5 -2 -4 3 7 3 1 0 4 9 20 1 1 4 37 1 0 1 4 2 0 1 1 0.66 1.79 63 G -2 -1 2 1 -2 -1 -2 5 2 -4 -6 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -2 -3 -4 3 4 10 9 1 2 2 47 4 1 0 4 1 1 1 4 2 1 1 1 0.79 1.84 64 T -3 -3 -3 -3 -2 -1 -4 -4 -5 1 3 0 7 -2 -5 -3 2 -5 -2 0 1 1 1 2 1 3 1 1 0 7 22 7 32 1 0 1 13 0 1 4 0.84 1.83 65 S -1 -2 -1 0 -1 -2 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -5 -4 1 6 2 -6 -2 -4 3 2 3 5 1 1 2 2 1 1 2 1 0 1 8 53 12 0 1 1 0.84 1.87 66 K 0 2 -2 -3 -1 3 -1 -3 -2 -3 -4 4 -2 -4 3 1 -1 -6 -5 -2 7 10 2 1 1 11 2 1 1 1 1 30 1 1 15 9 4 0 0 2 0.62 1.87 67 E -1 -1 -2 3 -2 1 5 -4 -1 -3 -3 -1 0 -2 -4 -1 0 -6 -3 -3 5 2 2 18 1 6 38 1 1 2 3 4 3 2 1 4 7 0 1 1 0.66 1.90 68 D -1 -1 -1 4 -4 2 5 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -5 -2 -1 -3 -4 -2 6 2 2 25 0 8 37 1 0 1 3 3 1 1 0 1 4 0 1 3 0.80 1.86 69 A 7 -5 -5 -2 2 -4 -4 -3 -5 -3 -5 -4 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -2 -2 86 0 0 2 5 0 0 1 0 1 0 0 0 0 0 2 1 0 1 1 1.61 1.86 70 M -3 1 -3 -4 -3 3 0 -6 -2 -3 -3 4 8 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -3 2 8 1 0 0 13 7 0 1 0 1 24 38 0 1 1 1 0 0 1 1.14 1.87 71 K 0 3 -1 -1 -4 3 2 -3 -1 -4 -3 3 -3 -3 -5 -1 -1 0 -2 -2 9 15 3 3 0 15 14 1 2 1 2 20 1 1 0 5 3 1 1 3 0.47 1.87 72 A 2 3 -1 -1 -3 3 2 -2 0 -3 0 2 0 -4 -5 -2 -2 -6 -3 -3 16 15 3 3 0 12 13 2 2 1 9 14 2 1 0 3 2 0 1 1 0.40 1.87 73 Y -3 -5 -5 -4 -2 -5 -5 -6 0 -5 -4 -5 -4 3 -6 -4 -5 1 9 -4 2 0 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 9 0 1 0 1 85 1 2.49 1.81 74 I -3 -6 -3 -6 0 -6 -4 -5 -6 6 0 -6 0 -4 -6 -4 -2 -6 -5 5 1 0 1 0 2 0 1 1 0 45 6 0 1 0 0 1 2 0 0 39 1.28 1.78 75 N 1 -1 1 3 -2 2 4 -3 -2 -4 -5 2 -3 -5 -4 0 0 -6 -5 -4 14 3 8 14 1 9 23 2 1 1 1 10 0 0 0 7 6 0 0 1 0.50 1.77 76 K -1 -1 -4 -4 -1 -2 0 -4 -1 2 3 3 -1 0 -5 -3 0 -2 0 0 6 3 0 0 1 2 5 1 2 9 30 21 1 3 0 1 5 0 3 5 0.39 1.78 77 V 2 -5 -6 -6 -1 -5 -5 -4 -6 1 3 -5 1 -2 -5 -3 -3 -5 0 5 15 0 0 0 1 0 0 1 0 7 25 0 3 1 0 2 1 0 3 40 0.84 1.75 78 E -2 1 2 1 -3 0 4 -3 -1 -1 -1 3 -3 -3 -5 0 -1 -4 -4 -4 3 7 10 7 1 4 27 2 1 4 6 16 0 1 0 6 3 0 1 1 0.46 1.76 79 E -1 0 -2 2 -4 2 4 -2 -2 -5 -4 3 -4 -5 -5 1 -1 -6 -4 -4 5 5 2 9 0 7 32 2 1 0 2 19 0 0 0 11 3 0 0 1 0.65 1.78 80 L -3 -4 -5 -5 -2 -3 -4 -6 -3 2 5 -4 1 -1 -6 -4 -1 -3 -1 1 2 1 1 1 1 1 1 0 1 12 57 1 3 2 0 1 4 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