Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -3 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 1.44 1.01 2 F 0 -4 -4 -5 -4 -2 -4 -5 0 -2 -2 -4 -2 2 -5 -4 -3 -1 8 0 9 0 0 0 0 2 0 0 1 1 3 0 1 5 0 0 0 0 70 8 1.50 0.99 3 K -2 3 -2 -3 -5 0 -2 -3 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 1 17 1 0 0 3 0 1 0 0 0 73 0 0 1 4 0 0 0 0 1.33 1.01 4 K -3 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -5 1 4 0 3 0 -2 -4 -3 -2 -5 -3 4 1 0 0 0 0 2 0 0 3 21 5 23 2 1 0 1 2 0 0 38 0.68 1.04 5 V -3 -5 -2 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -5 -1 3 -5 -4 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 52 5 0 1 1 0 4 17 0 0 18 0.93 1.04 6 L -2 -2 -2 1 -6 0 7 -4 -1 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -2 1 -5 -4 -4 1 1 1 4 0 2 79 0 1 1 0 2 0 0 0 0 8 0 0 0 1.38 1.05 7 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -3 -6 -5 5 4 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 3 1 0 0 0 0 0 2 0 0 36 42 0 2 0 0 0 0 0 0 17 1.01 1.05 8 T -2 -5 -4 -5 -2 -4 -5 -5 -5 4 -1 -4 0 -3 -5 -1 2 -5 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 23 3 0 2 0 0 5 12 0 0 53 0.93 1.05 9 G 1 -4 -3 -4 -1 -4 -4 7 -4 -5 -6 -4 -5 -5 -4 -1 -2 -5 -5 -4 12 0 0 0 1 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 1 1.56 1.05 10 T -1 -1 0 -2 -3 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -4 -3 4 5 -5 -4 -2 3 3 3 2 0 0 3 1 1 1 1 0 0 0 0 42 37 0 0 2 0.82 1.09 11 S 0 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 7 -1 -5 -4 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 1.58 1.06 12 E -1 -1 0 1 -5 0 1 -1 0 -5 -4 2 -3 -5 4 0 3 -5 -4 -4 4 3 4 8 0 3 11 4 2 0 0 11 1 0 24 7 18 0 0 0 0.55 1.06 13 E -2 -2 1 1 -5 0 4 -4 0 0 -3 3 -3 -5 -4 -1 3 -5 -4 0 1 0 6 8 0 3 26 0 2 6 1 18 0 0 0 4 17 0 0 8 0.48 1.06 14 S -1 -3 0 -2 -4 -3 -3 3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 6 0 -5 -4 -4 1 0 2 1 0 0 0 21 0 0 0 0 0 0 0 72 2 0 0 0 1.19 1.07 15 F -4 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -3 4 -1 -5 -1 4 -5 0 -1 8 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 1 25 2 0 1 22 0 7 3 21 2 15 1.01 1.07 16 T -2 -3 -1 5 -3 0 5 -4 -2 -5 -5 -1 -5 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 3 0 1 39 1 3 48 0 1 0 0 2 0 0 0 1 3 0 0 0 1.24 1.09 17 A 1 -3 0 6 -5 1 2 -2 -1 -5 -5 0 -5 -6 -3 -2 -2 -6 -5 -5 12 1 2 57 0 5 13 2 1 0 0 5 0 0 1 0 1 0 0 0 1.09 1.09 18 A 7 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 1.09 19 A 2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 6 -1 -4 -1 -2 -5 -3 0 -5 -4 4 17 0 0 0 0 0 0 1 0 50 1 0 1 1 0 0 5 0 0 25 0.97 1.09 20 D 0 4 2 2 -5 3 2 -3 0 -5 -5 3 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 6 23 9 11 0 13 11 1 2 0 0 16 1 0 0 4 2 0 0 1 0.58 1.09 21 D -1 0 6 1 -3 1 -1 -1 -1 -4 -4 1 -2 -5 -4 0 0 -6 -4 -2 4 5 49 5 0 5 3 3 1 1 1 8 1 0 0 6 5 0 0 2 0.81 1.16 22 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -4 3 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -2 78 0 0 0 0 0 0 18 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 1.26 1.16 23 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 0 -1 -5 -5 -3 -5 -2 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 41 18 0 1 2 0 0 0 0 1 35 1.09 1.16 24 D 3 0 0 2 -4 0 3 -3 0 -3 -4 1 -2 -5 -4 1 0 -3 -4 -1 27 4 3 11 0 4 20 1 2 1 0 8 1 0 0 9 5 0 0 4 0.42 1.16 25 R -2 5 -3 -1 -5 2 3 -4 -1 -5 -3 3 -2 -4 -4 -2 1 -5 -4 -3 2 39 0 2 0 7 18 0 1 0 2 15 1 1 0 1 11 0 0 2 0.81 1.16 26 A 6 -4 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -1 -5 -3 -1 0 -5 -4 -1 86 0 0 0 3 0 0 0 0 0 2 0 1 0 0 2 4 0 0 3 1.30 1.16 27 E 3 0 1 -1 -1 -2 0 0 0 -5 -5 -2 -4 -5 -4 4 0 -5 -4 -3 21 6 7 2 1 1 5 8 2 0 0 1 0 0 0 41 5 0 0 1 0.61 1.16 28 D -1 1 -1 1 -5 3 3 -3 -2 -5 -4 5 -2 -6 -4 -1 -2 -5 -4 -4 4 6 2 8 0 16 17 1 1 0 1 40 1 0 0 3 1 0 0 1 0.80 1.16 29 T -2 -1 -2 -2 -4 -3 -3 -2 -1 -4 -3 -1 -1 -5 -4 3 6 -5 -4 -3 0 2 1 1 0 0 0 3 1 0 2 2 1 0 0 24 63 0 0 0 1.11 1.16 30 L -3 -3 -5 -6 -4 -4 -3 -6 -1 3 5 -5 0 -1 -5 -3 -2 -4 -2 3 1 1 0 0 0 0 2 0 2 16 52 0 2 1 0 1 1 0 1 21 0.87 1.16 31 D -3 5 -1 2 -6 1 1 -1 3 -5 -4 3 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 1 39 2 10 0 5 7 5 7 0 0 19 1 0 1 1 1 0 0 1 0.80 1.16 32 N -3 -2 6 3 -5 -1 0 0 5 -6 -4 -1 -3 -5 -4 -2 -3 -6 -2 -5 1 1 48 16 0 1 6 7 13 0 1 4 1 0 0 1 0 0 1 0 1.06 1.16 33 V -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 5 4 -5 4 -2 -1 -5 -2 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 39 0 9 0 4 0 1 0 0 16 0.96 1.16 34 V -3 4 -1 4 -3 1 2 -3 1 -4 -4 1 -2 -5 -4 0 0 -5 -2 -4 1 28 1 25 0 5 11 1 4 0 1 9 1 0 0 6 6 0 2 1 0.66 1.16 35 W -3 -3 -3 -5 -4 -3 -5 1 -5 0 -4 -5 -4 -2 -5 0 -4 11 -1 0 1 1 1 0 0 1 0 12 0 5 0 0 0 1 0 10 0 60 0 7 2.09 1.16 36 A 2 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -3 -4 0 -2 -5 0 7 -5 -3 -3 -3 0 2 21 0 0 0 0 0 0 1 0 4 1 0 2 50 0 1 0 0 2 18 1.08 1.16 37 E -4 -1 -2 0 -6 1 6 -5 -1 -5 -5 -1 -4 -3 -4 -2 -2 5 1 -5 0 3 1 2 0 4 69 0 1 0 0 3 0 1 0 1 2 9 6 0 1.29 1.16 38 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 3 -1 -5 0 -3 -5 -4 -1 -5 -4 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 12 2 0 2 0 0 0 2 0 0 81 1.42 1.17 39 V -2 -2 -2 -1 -2 1 0 -3 -4 0 -1 3 -1 -4 -4 0 3 -5 -3 3 2 1 2 3 1 5 7 1 0 6 4 18 1 0 0 5 23 0 0 20 0.38 1.17 40 D -3 -1 2 3 -6 2 5 -2 -3 -6 -5 1 -3 -6 -4 0 -1 -6 -5 -5 1 1 8 14 0 7 49 2 0 0 0 7 1 0 0 7 3 0 0 0 0.93 1.17 41 Q -2 -3 -3 -4 -2 3 -3 -5 -1 2 1 -3 4 1 -4 -2 4 -1 -3 1 2 0 0 0 0 16 0 0 1 13 15 0 10 5 0 1 27 1 0 7 0.55 1.17 42 G -3 6 -1 3 -5 0 -2 0 -2 -5 -5 2 -4 -5 -4 -1 1 -5 -4 -3 0 52 1 15 0 3 1 6 1 0 0 8 0 0 0 4 8 0 0 1 0.97 1.17 43 V 1 -5 -4 -4 1 -4 -5 5 -5 0 -2 -4 2 -4 -5 -3 -2 -5 -5 3 14 0 0 0 3 0 0 49 0 4 2 0 7 0 0 0 1 0 0 21 0.90 1.17 44 E -2 0 1 0 -1 1 1 -3 8 -3 -4 1 -1 0 -3 -1 -1 -3 -1 -2 3 4 6 4 1 6 8 1 39 1 1 9 1 5 1 3 4 0 1 2 0.79 1.16 45 I -3 -5 -6 -4 -1 -5 -5 -6 -6 5 2 -5 0 -2 -5 -5 -3 -5 -4 5 1 0 0 1 1 0 0 0 0 42 15 0 1 1 0 0 0 0 0 38 1.12 1.17 46 G 0 -1 -1 2 -5 1 5 -2 -2 -4 -4 2 -4 -5 -4 0 -1 -6 -5 0 9 3 2 9 0 4 40 3 1 0 0 11 0 0 0 5 3 0 0 9 0.61 1.22 47 A -2 -3 4 6 -5 -1 1 1 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -3 0 -2 -6 -5 -5 2 0 21 45 0 1 7 10 1 0 0 4 0 0 1 5 2 0 0 0 1.00 1.22 48 V -1 -4 2 0 -5 -1 -2 6 -4 -5 -6 -2 -5 -6 -5 -2 -3 -5 -5 -2 4 0 8 5 0 3 1 71 0 0 0 1 0 0 0 2 1 0 0 3 1.31 1.22 49 E 0 2 -1 0 -5 2 1 0 -1 -5 -4 5 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -4 8 9 2 5 0 11 10 7 1 0 1 38 0 0 1 4 2 0 1 1 0.62 1.22 50 E -2 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -2 -3 5 -1 -3 -2 -3 -2 -3 -2 -5 -4 5 1 1 1 2 0 1 2 3 1 36 3 1 0 0 2 1 1 0 0 44 0.91 1.20 51 R 3 1 -2 -1 -3 0 0 0 -1 -1 -2 -1 -1 -4 -2 0 2 -5 -3 1 28 9 1 2 0 4 7 5 1 3 3 3 2 0 2 7 13 0 1 9 0.27 1.22 52 T 0 -2 -2 -1 -3 0 4 -3 8 -4 -3 -2 -3 -3 -4 0 -1 -3 1 -3 8 1 1 2 0 3 25 1 38 1 2 1 0 0 0 6 4 0 5 1 0.96 1.22 53 Y -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -3 4 -6 -5 -3 7 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 19 0 0 1 16 62 1 2.01 1.22 54 Q -3 4 -3 -3 -6 7 -1 -1 -1 -5 -5 1 -3 -6 -4 -2 -3 -5 -3 -4 1 27 0 0 0 58 1 4 1 0 0 6 0 0 0 1 0 0 1 0 1.36 1.22 55 T 2 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -5 0 -2 -4 -2 -4 -5 -3 0 -5 -4 6 18 0 0 0 1 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1 6 0 0 73 1.21 1.22 56 E -2 1 2 -1 -2 -2 1 0 0 -1 -4 1 -3 -5 -4 -1 4 -5 -4 0 2 7 12 3 1 0 10 6 2 3 1 9 0 0 0 3 34 0 0 7 0.47 1.22 57 V -1 -5 -6 -6 2 -5 -5 -6 -5 2 4 -5 4 -2 -5 -4 -3 -5 -4 4 4 0 0 0 4 0 0 0 0 11 42 0 12 0 0 0 1 0 0 27 0.92 1.22 58 Q -3 2 0 -1 -4 1 2 -4 -1 -5 -4 6 -1 -6 -4 -2 -1 -6 -4 -4 1 7 4 2 0 4 14 0 1 0 1 59 1 0 0 1 3 0 0 0 1.02 1.20 59 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 2 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -4 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 27 14 0 0 1 0 0 0 0 0 57 1.21 1.20 60 A 2 -4 -3 -4 -4 -4 -4 5 -4 -3 -5 -4 -4 -5 -4 3 2 -1 -3 -4 15 0 0 0 0 0 0 47 0 2 0 0 0 0 0 23 12 1 1 0 0.96 1.20 61 F -4 -5 -6 -6 -5 -4 -6 -6 -2 -3 -1 -6 -1 9 -6 -5 -5 -1 2 -3 0 0 0 0 0 1 0 0 1 0 2 0 1 91 0 0 0 0 4 1 2.17 1.19 62 E -2 5 -3 -2 -4 -1 2 -3 -3 -2 -2 3 -3 -5 -4 -2 2 -5 -4 0 2 32 0 1 0 1 15 1 0 2 3 19 0 0 0 1 15 0 0 8 0.66 1.18 63 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -1 3 5 -5 1 0 -5 -5 -3 -4 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 16 56 0 2 2 0 0 0 0 8 14 0.96 1.15 64 D -3 -3 -2 5 -6 1 6 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 34 0 3 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 1.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1284 0.3116 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2108 0.3178 PSI Gapped 0.0645 0.2670