Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -4 8 -3 -4 -6 -1 -2 -5 -3 -5 -5 1 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 1.98 1.06 2 E -2 -2 -2 6 -6 -2 5 -4 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -1 -2 -4 -6 -5 -4 3 1 0 43 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 1 1.41 1.26 3 E -4 -3 -3 0 -7 0 8 -5 -3 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 3 0 2 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.00 1.41 4 S -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -1 -4 -5 -5 -2 -4 -3 -4 7 -1 -6 -5 -5 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1 0 1 0 92 1 0 0 0 1.64 1.43 5 M 2 -1 -5 -1 -5 -3 1 -3 -5 -2 0 -2 -1 -4 3 -4 -2 7 -4 3 16 4 0 3 0 0 10 2 0 1 8 1 1 0 13 0 1 15 0 23 0.62 1.45 6 D -1 1 1 1 -3 -2 4 -5 0 -5 -5 -2 -2 -3 -3 -3 1 -4 5 -3 4 6 7 7 1 1 34 0 2 0 0 2 1 0 1 1 9 0 23 2 0.75 1.45 7 I -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 2 0 -4 -4 -1 -4 -1 0 1 0 1 2 0 0 1 1 0 16 60 1 3 4 0 1 3 0 2 3 0.93 1.31 8 Q 1 3 -2 -1 -4 3 -1 -4 -3 -2 -2 3 -1 -4 -3 -1 1 -4 -4 -1 14 16 1 4 0 16 2 1 0 2 4 22 1 0 0 3 9 0 0 4 0.48 1.31 9 P -1 -4 -2 0 -5 -1 1 -2 -4 -4 -5 -1 -4 -5 7 -1 -2 -5 -4 -3 5 0 2 6 0 2 11 3 0 0 1 3 0 0 59 3 2 0 0 2 1.40 1.33 10 A 1 -1 -4 -2 -4 -1 -2 -4 -4 0 3 2 -2 0 -2 -2 0 -4 0 1 11 3 0 3 0 3 3 1 0 4 33 12 0 4 2 2 6 0 3 11 0.31 1.31 11 A 1 -4 -5 -5 -1 -4 -4 -5 -5 4 4 -4 0 0 -4 -3 0 -4 -3 1 11 1 0 0 1 0 1 1 0 29 37 0 1 4 0 1 5 0 0 6 0.70 1.34 12 E 1 -1 2 3 -4 1 4 -3 -2 -4 -3 0 -4 -3 -3 0 0 -5 -4 -4 13 4 9 18 0 5 25 1 1 0 3 5 0 2 0 6 6 0 0 1 0.48 1.32 13 R 3 3 -1 2 -4 1 1 -3 -3 -4 -4 1 -3 -4 -2 0 1 -5 -4 -3 30 16 3 10 0 5 8 1 0 1 1 8 0 0 2 6 9 0 0 2 0.46 1.32 14 F -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 -1 1 -4 0 8 -5 -4 -4 -2 1 0 3 0 0 1 0 0 1 1 0 3 15 1 2 62 0 1 1 0 2 7 1.36 1.32 15 L -3 2 -3 -4 -5 -1 -2 -5 -3 -2 2 2 1 -3 -5 -3 2 8 -1 -3 2 11 1 1 0 2 2 0 1 2 23 13 4 0 0 2 12 23 1 1 0.84 1.44 16 K 2 1 -1 0 -5 1 3 -4 -2 -5 -4 3 -4 -1 -4 1 1 -5 -4 -3 18 7 3 4 0 5 16 0 1 0 1 20 0 3 0 9 10 0 0 1 0.44 1.43 17 A 3 -2 0 0 -4 1 -1 0 -1 -4 -3 2 -4 -3 -4 2 1 -5 -4 -1 30 2 4 5 0 5 3 6 1 0 3 14 0 1 0 12 10 0 0 3 0.39 1.44 18 F -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -5 -2 0 1 -3 0 4 -5 -3 -2 4 6 -1 7 4 1 1 1 1 0 1 1 4 15 1 3 16 0 1 2 5 32 4 0.77 1.37 19 K 1 3 -1 1 -3 0 2 -1 -3 -1 0 0 -3 -3 -3 -1 1 -2 -2 0 11 15 3 7 1 4 12 4 0 3 10 6 0 1 1 4 10 1 1 5 0.19 1.39 20 E 2 -1 2 -1 -4 2 1 -1 -1 -3 -3 2 -2 -3 -3 1 0 -5 -2 -4 17 3 10 3 0 10 7 5 1 2 3 15 1 1 1 12 6 0 1 0 0.28 1.39 21 G -2 -3 3 3 -5 -2 -1 5 -2 -5 -3 -1 -4 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -5 3 1 12 14 0 2 4 44 1 0 3 3 0 0 0 4 4 0 0 0 0.75 1.39 22 K 2 -1 0 1 -4 1 1 2 2 -2 -3 2 -2 -4 -1 -1 -2 -4 -3 -2 15 3 4 9 0 7 9 15 4 2 3 11 1 0 3 4 1 0 1 3 0.20 1.34 23 N -1 2 3 2 -4 -2 0 1 -2 -1 -3 -1 -4 -5 0 1 1 -1 -4 -3 5 11 14 12 0 1 5 10 1 3 2 3 0 0 5 10 10 1 0 2 0.24 1.35 24 Y 0 -1 -3 0 -2 -3 -2 -2 -1 2 0 -3 -2 1 -3 -2 0 4 3 2 9 4 1 5 1 0 2 3 2 11 9 1 1 5 1 3 6 6 11 15 0.22 1.30 25 D 0 -1 0 4 -4 0 1 0 -2 -3 -1 -1 -3 -2 0 0 2 -4 -4 -2 8 3 4 22 0 4 7 6 1 1 6 3 0 2 4 8 13 0 0 3 0.23 1.27 26 K -1 0 -2 1 -4 2 4 -1 -1 -3 -2 2 -1 -4 -1 -2 1 -4 -2 -2 6 4 1 8 0 9 25 4 2 1 4 12 1 0 3 2 7 0 1 3 0.29 1.30 27 A 3 2 -1 2 -4 0 2 -3 -3 -4 -4 2 -4 -5 -1 1 0 -5 -4 -1 23 10 3 10 0 3 13 1 0 0 1 11 0 0 3 8 5 0 0 4 0.32 1.36 28 D 4 -1 -3 3 -4 0 2 -1 -3 -1 -3 -2 -3 -4 -3 -1 0 -4 -2 -2 36 4 0 15 0 4 11 4 0 3 2 2 0 0 1 4 5 0 1 2 0.42 1.31 29 F 4 -1 -2 -3 0 -4 -4 -1 -2 -1 1 -3 -2 1 -4 -1 -1 1 2 1 35 3 2 1 2 0 0 4 1 2 11 1 1 7 0 3 3 2 7 10 0.34 1.36 30 E 2 2 2 2 -4 1 2 -3 -1 -4 -3 1 -1 -5 -4 1 0 -5 -4 -4 17 12 8 12 0 7 11 1 2 1 3 7 1 0 0 8 6 0 0 0 0.31 1.34 31 T 2 2 -1 0 -4 2 3 -3 -3 -2 0 1 -3 -5 -4 -1 1 -5 -4 -2 19 10 3 4 0 9 19 1 0 2 9 7 0 0 0 3 7 0 0 3 0.29 1.35 32 L -3 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 1 6 -5 2 -1 -6 -5 -3 -5 -4 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 5 76 0 3 1 0 0 1 0 0 8 1.22 1.38 33 Q -1 4 -2 -2 -5 1 -1 -3 -3 1 -1 2 0 -4 -4 -1 0 -1 1 -1 6 27 2 2 0 5 3 2 0 10 6 13 3 0 0 3 5 1 5 3 0.34 1.35 34 Y 3 0 2 1 -4 2 3 -2 -1 -5 -4 -1 -4 -3 -2 0 0 -5 -3 -3 28 4 10 8 0 9 17 3 1 0 1 2 0 1 1 6 5 0 1 1 0.39 1.36 35 T 1 -2 -3 -1 -5 0 5 -4 0 -2 -1 -1 -2 -3 -4 -2 0 -4 2 -4 14 2 0 2 0 3 46 0 2 2 6 3 1 1 0 1 5 0 8 0 0.66 1.35 36 F -2 -5 -4 -6 2 -5 -5 -5 -4 -3 -2 -5 0 8 -6 -3 -4 -2 2 -3 4 0 1 0 5 0 0 0 0 0 2 0 3 77 0 1 1 0 4 0 1.79 1.33 37 E 1 0 -1 2 -3 1 3 -1 -1 -3 -2 0 -4 -3 -4 0 2 -5 -3 -2 11 5 3 12 1 7 17 5 1 1 5 6 0 1 0 5 14 0 1 2 0.25 1.35 38 R -2 3 -1 0 -5 2 1 -4 -2 -2 -2 4 -3 -5 -4 -1 2 -5 -4 0 3 15 2 5 0 7 10 1 1 2 4 24 0 0 0 5 12 0 0 8 0.42 1.33 39 M -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 5 2 -5 8 -2 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 18 0 39 1 0 0 0 0 0 10 1.26 1.33 40 K 2 2 -3 -3 -5 1 2 -2 0 0 -1 2 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -2 1 15 13 1 1 0 6 15 2 2 7 5 11 0 0 0 3 2 0 2 12 0.25 1.35 41 E 2 0 1 2 -5 2 3 -2 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 0 0 -2 -1 -2 16 5 7 10 0 7 18 2 0 0 2 9 2 0 0 7 6 1 2 2 0.30 1.35 42 S 5 -4 -2 1 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -5 -4 1 1 -5 -4 0 57 0 1 7 0 0 0 1 1 0 2 0 0 0 0 10 10 0 0 7 0.80 1.35 43 A 3 -5 -4 -5 3 -4 -4 -2 -3 0 -4 -3 -4 -5 6 0 -2 -6 -1 -1 29 0 0 0 6 0 0 3 1 5 0 1 0 0 43 5 1 0 2 4 1.12 1.35 44 D 2 0 0 5 -5 0 2 0 -2 -4 -3 0 -2 -5 -3 -1 -1 -5 -5 -3 17 5 4 28 0 4 16 8 1 1 2 4 1 0 1 3 3 0 0 1 0.51 1.29 45 I 0 3 -1 -1 -1 1 1 -1 0 1 0 0 -1 -4 -4 -1 2 -5 -1 0 8 14 2 4 1 6 8 4 2 8 11 6 2 0 0 4 12 0 2 5 0.16 1.31 46 L -4 -2 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -4 3 5 -5 2 2 -5 -5 -3 -4 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 16 56 0 5 8 0 0 1 0 8 3 0.98 1.31 47 L -2 4 -2 -3 -2 0 2 -4 1 -2 2 2 2 -3 -4 -1 -1 -4 0 -3 3 21 1 1 1 3 12 0 3 2 20 14 5 0 0 5 3 0 4 1 0.38 1.27 48 M 4 -1 0 -2 -3 0 1 1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 1 1 -4 -4 -2 37 3 5 1 0 4 9 8 0 0 2 7 1 0 0 10 9 0 0 2 0.45 1.23 49 N -2 -2 3 2 -5 1 0 2 2 -3 -4 2 -1 -3 -1 1 0 -1 0 -3 2 2 13 13 0 5 4 15 4 1 1 11 2 1 3 12 6 1 4 1 0.31 1.28 50 T 1 -2 -1 -3 5 0 -2 0 -1 -1 0 1 2 -3 0 1 0 -4 -4 -1 12 2 3 1 12 4 3 7 1 3 10 9 6 1 5 9 6 0 0 5 0.21 1.22 51 E -1 -1 1 4 -4 0 2 1 0 -3 -4 0 -2 -4 -1 0 2 -5 -3 -2 5 2 6 20 0 3 15 12 3 1 1 5 1 0 3 6 12 0 1 2 0.34 1.22 52 N -3 -3 7 1 -4 -2 -2 0 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -2 -1 -1 -5 -4 -3 1 0 66 8 0 1 2 7 0 0 1 3 0 0 2 2 4 0 0 1 1.29 1.23 53 K -1 3 0 -1 -4 1 2 -2 -1 -4 -3 2 -2 -5 5 -2 -1 -5 -4 -4 6 13 4 3 0 5 12 3 1 0 2 14 1 0 29 2 3 0 0 1 0.65 1.22 54 P 2 2 2 0 -4 0 1 0 -3 -4 -1 1 -3 -4 2 -1 -1 -1 -1 -2 20 10 9 5 0 3 10 7 0 1 5 9 0 0 9 4 3 1 2 2 0.23 1.19 55 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 5 -5 2 4 -6 -5 -2 -4 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 69 0 5 18 0 0 3 0 0 0 1.26 1.34 56 I 0 0 -4 -2 -4 -2 -4 -1 -5 3 2 -1 2 -1 -5 -1 -1 -5 -1 2 8 6 0 2 0 2 0 6 0 17 24 5 4 2 0 6 4 0 2 13 0.31 1.34 57 V 1 2 0 3 -5 1 3 -1 -1 -5 -5 2 -4 -6 -4 1 0 -6 -5 -2 13 9 3 17 0 5 17 3 1 0 0 14 0 0 0 9 5 0 0 3 0.47 1.34 58 E -4 -3 -3 1 -6 4 7 -5 -3 -6 -6 -2 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 4 0 18 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 1.34 59 I -1 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 3 -3 -5 -2 1 -5 -4 2 4 0 0 0 1 0 0 0 0 40 22 0 7 0 0 3 8 0 0 14 0.87 1.34 60 T 0 4 1 0 -5 -1 1 0 2 -2 -2 2 0 -4 -4 0 1 -6 -4 -3 7 23 8 5 0 2 9 8 4 3 3 11 2 1 0 6 8 0 0 1 0.35 1.34 61 P -2 -4 -4 -3 -6 0 -3 -3 -4 -5 -5 -2 -5 -3 8 -2 -4 -5 2 -5 3 0 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-5 -3 4 -3 -5 -4 0 -2 -5 -4 -4 15 8 7 4 0 22 0 0 8 0 2 28 0 0 0 6 1 0 0 0 0.63 1.03 143 K 1 2 0 -3 -5 4 1 -3 -3 -1 -1 2 -3 -4 0 -2 -3 5 -3 -4 12 11 5 0 0 21 10 2 0 4 6 15 0 0 4 2 0 8 0 0 0.48 1.02 144 F 0 -3 2 -3 -4 -2 0 -2 2 -3 -3 -1 1 4 -4 0 1 -2 5 -1 8 0 11 0 0 1 6 2 6 0 0 4 4 19 0 7 9 0 19 4 0.46 0.98 145 N -3 -3 3 1 -5 1 -3 5 3 -5 -3 -1 -4 -1 -4 -1 -1 -4 1 -5 0 0 14 6 0 7 0 44 9 0 3 3 0 2 0 4 3 0 6 0 0.72 0.97 146 A 2 -1 -1 -3 -4 -2 1 -1 -3 -1 -4 0 -1 -4 0 0 5 -4 1 -3 17 3 2 0 0 0 10 4 0 5 0 4 1 0 5 3 40 0 6 0 0.49 0.94 147 H -1 2 2 2 -5 4 -1 -2 4 -5 -2 2 -3 -5 -4 -1 1 -5 -3 -4 6 11 9 12 0 20 2 2 12 0 3 12 0 0 0 3 8 0 0 0 0.49 0.94 148 L -2 0 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 1 5 -4 0 -1 -5 -1 -3 -4 0 0 3 5 0 0 0 0 0 0 0 5 73 0 0 2 0 6 0 0 3 4 0.90 0.91 149 D -1 0 4 6 -5 -2 2 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -5 -1 -1 -1 -6 -5 -3 4 5 21 45 0 0 11 0 0 0 4 0 0 0 3 4 3 0 0 2 0.85 0.89 150 A 3 0 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 -3 2 4 -5 -4 2 29 5 2 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 17 25 0 0 18 0.56 0.87 151 T -2 2 -3 -3 -4 -1 0 -1 -3 -2 -3 0 0 -4 0 0 4 -5 -4 3 1 14 0 0 0 3 6 6 0 0 0 4 2 0 4 6 32 0 0 22 0.44 0.86 152 T 4 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -2 0 -3 -2 -4 -3 0 5 -5 -4 1 36 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 4 40 0 0 11 0.70 0.82 153 D -1 -3 3 3 -4 0 3 -2 -3 1 -2 -2 -3 -4 -4 0 -1 -5 -4 1 5 0 14 14 0 4 26 2 0 10 2 0 0 0 0 6 3 0 0 14 0.40 0.75 154 Y -4 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 3 -5 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 95 0 1.98 0.67 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3185 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1647 0.3167 PSI Gapped 0.0504 0.2670