Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Q -2 0 3 0 -4 5 2 -2 -1 -4 -4 2 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -3 -3 0 0 21 0 0 50 15 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.34 2 G -1 -2 0 -2 -4 3 -2 6 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 0 0 3 0 0 17 0 71 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.07 0.45 3 R -1 6 -1 -2 -4 2 0 -1 0 -4 -3 2 -2 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 3 52 0 0 0 8 3 3 2 0 0 12 0 0 0 13 0 0 0 4 0.69 0.46 4 Y -3 -1 -2 -4 -4 -2 -3 -4 5 -3 -3 -1 -2 2 -4 -1 -1 0 7 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 18 0 0 3 0 5 0 4 4 0 64 0 1.17 0.50 5 T -1 0 -1 0 -3 -1 0 -1 -3 -2 -3 -1 -1 -4 -1 1 5 -4 -3 1 2 7 0 6 0 2 4 5 0 0 0 1 1 0 2 11 48 0 0 10 0.45 0.51 6 T 0 -2 -2 -2 -3 -1 2 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -2 -3 0 5 -4 -3 0 7 0 0 0 0 0 18 1 0 2 3 0 0 1 0 3 60 0 0 6 0.63 0.51 7 D -2 -2 1 5 -4 -1 4 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 2 -2 -5 -4 -4 1 0 3 47 0 0 27 2 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0.88 0.50 8 D -3 -3 0 7 -5 -1 0 -3 4 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -5 0 0 0 88 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.50 9 G -1 -3 1 0 -4 -2 -2 6 4 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 -5 0 0 5 6 0 0 1 76 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.50 10 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -5 3 -2 0 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 8 0 0 0 0 0 0 0 85 0 1.54 0.52 11 I -2 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -1 -1 5 0 -3 -1 -2 -4 -3 0 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 4 7 2 39 3 1 0 0 0 0 4 0 0 40 0.60 0.52 12 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.73 0.53 13 N -1 -2 5 4 -4 -1 -1 -2 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 3 1 -5 -3 -4 2 0 37 27 0 0 0 0 2 0 0 2 0 0 0 23 7 0 0 0 0.78 0.53 14 A 1 -3 -3 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -2 -4 0 -3 -3 7 -2 -2 -5 -4 -1 13 0 0 0 0 0 4 0 0 1 0 5 0 1 70 0 0 0 0 5 1.54 0.53 15 S 1 1 2 1 -3 -1 0 -1 1 -4 -3 2 0 -4 -3 1 2 -4 -2 -3 14 8 12 8 0 0 5 3 4 0 0 16 3 0 0 13 13 0 1 0 0.29 0.53 16 D -3 0 0 7 -4 1 0 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 0 6 0 74 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 1.17 0.53 17 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 1.07 0.53 18 I -2 -4 -3 0 -3 -3 -2 -4 -4 5 0 -3 -1 -2 -4 -2 2 -4 -3 4 0 0 0 5 0 0 3 0 0 38 2 0 0 0 0 0 15 0 0 37 0.63 0.53 19 E 1 0 0 2 -3 0 3 -1 -2 -4 -4 1 -3 -4 -2 4 -1 -4 -3 -3 12 6 3 10 0 2 19 1 0 0 0 7 0 0 0 41 0 0 0 0 0.51 0.53 20 D -3 0 -1 5 -5 -1 4 -3 -2 -4 -4 0 -3 -2 -3 -2 -2 -5 -3 -1 0 6 0 47 0 0 37 0 0 0 0 2 0 3 0 0 0 0 0 5 0.90 0.51 21 T -2 -2 0 4 -3 0 1 -3 -2 -1 -1 -2 1 -1 -3 -1 4 -4 0 -2 0 0 4 27 0 4 10 0 0 2 6 0 5 2 0 0 38 0 3 0 0.49 0.52 22 G 3 -3 -2 -2 -3 -1 0 5 -3 -4 -4 0 -3 -4 0 -1 -2 -4 -4 -2 26 0 0 0 0 3 8 52 0 0 0 6 0 0 3 0 0 0 0 2 0.76 0.52 23 D -2 -1 3 6 -4 0 -1 -3 1 -3 -2 -2 -1 -2 -3 0 0 -4 -1 -3 2 3 17 51 0 3 0 0 3 1 5 0 2 1 0 6 4 0 3 0 0.69 0.52 24 A 4 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 39 0 0 0 0 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.52 25 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -2 -2 -4 -2 5 -5 -3 -3 0 8 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 0 0 67 10 1.35 0.52 26 I -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 1 -3 0 -2 -3 -2 1 -4 -2 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 38 12 0 0 0 0 0 12 0 0 33 0.57 0.41 27 V 0 -3 -3 -4 2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 1 -2 -3 -2 2 -4 -2 5 4 0 0 0 5 0 0 0 0 3 0 0 4 0 0 0 14 0 0 70 0.65 0.41 28 P -1 4 -2 -2 -4 1 -1 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 6 0 -1 -4 -3 -3 3 27 0 0 0 5 0 0 0 0 0 7 0 0 48 6 4 0 0 0 1.08 0.41 29 H -3 -1 0 -2 -4 -1 -1 -3 10 -5 -4 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -4 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 0.41 30 G -1 -3 1 0 -4 -2 -3 6 -3 -3 -2 -1 3 -3 -3 -1 -2 -4 -4 -3 3 0 6 6 0 0 0 66 0 0 3 2 14 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.41 31 D -2 -2 3 5 -4 -1 1 1 -2 -4 -4 -2 -4 -4 -3 0 1 -5 -4 -4 0 0 17 49 0 0 7 14 0 0 0 0 0 0 0 4 11 0 0 0 0.77 0.41 32 H -3 -1 0 -2 -4 -1 -1 -3 10 -5 -4 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -4 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.84 0.41 33 Y -2 -3 0 -3 -3 -3 -2 -4 -1 0 -1 -3 -1 5 -4 0 -2 0 5 -2 2 0 5 0 0 0 3 0 0 6 2 0 1 38 0 11 1 0 30 0 0.71 0.45 34 H -3 -1 -1 -2 -4 -1 -1 -3 10 -5 -4 -2 -3 -2 -3 -2 -3 -4 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.92 0.45 35 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -4 0 -2 -2 -4 -2 4 -5 -3 -3 7 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 16 65 0 1.50 0.45 36 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 0 -4 2 1 -4 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 0 0 5 7 0 0 4 0 0 10 0.85 0.45 37 P -2 -2 -3 -3 -4 -2 -2 -1 -3 -3 0 1 -2 1 6 -2 -2 2 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 12 12 0 7 51 1 0 4 7 0 0.97 0.45 38 K -1 1 -2 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -3 -2 -1 -2 -3 2 -3 4 2 0 0 0 0 2 0 0 0 2 82 0 0 0 0 0 0 9 0 0.90 0.45 39 N 0 0 1 2 -3 -1 0 0 0 -4 -4 3 -3 -4 -3 3 -1 -4 -2 -3 6 2 6 13 0 1 4 7 2 0 0 21 0 0 0 37 0 0 1 0 0.45 0.50 40 E 0 -2 0 5 -4 2 2 -2 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 3 -1 -5 -3 -4 5 0 0 45 0 8 9 0 2 0 0 2 0 0 0 26 1 0 0 0 0.74 0.52 41 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 2 0 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 4 2 0 0 0 0 0 4 0.95 0.51 42 S 0 -1 1 -2 -3 0 0 -1 -2 -4 -4 -1 -3 -4 0 5 1 -4 -3 -3 5 2 6 0 0 3 5 3 0 0 0 0 0 0 5 63 7 0 0 0 0.66 0.54 43 A 2 0 1 -1 -3 1 2 0 -2 -4 -4 0 -3 -4 4 0 -1 -4 -2 -2 23 4 8 2 0 5 17 6 0 0 0 6 0 0 19 4 3 0 2 3 0.39 0.59 44 S 1 -2 1 0 -3 1 0 2 -1 -3 0 -1 -2 0 0 3 -1 0 -3 -3 11 1 7 6 0 6 6 13 1 0 10 2 0 5 4 25 3 1 0 0 0.21 0.64 45 E -2 -2 1 0 -5 3 6 -2 -2 -4 -3 -1 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -2 1 0 8 3 0 15 61 2 0 0 1 1 0 0 0 0 4 0 0 4 0.87 0.64 46 L -3 2 -2 -3 -4 1 0 -4 -3 1 4 0 -1 -2 -4 -2 -1 -4 -1 -1 0 14 2 0 0 7 7 0 0 9 47 7 0 0 0 3 2 0 1 0 0.44 0.67 47 A 4 1 -2 -3 -3 1 -2 -1 -3 -3 -2 2 -1 -4 -3 1 0 -4 0 0 38 8 0 0 0 8 0 3 0 0 1 17 1 0 0 8 4 0 3 7 0.40 0.68 48 A 4 -2 -3 -3 -1 3 -1 -2 -1 1 -2 -1 -2 -4 -3 -1 1 -4 -3 -2 53 0 0 0 1 19 1 0 1 8 3 2 0 0 0 2 10 0 0 0 0.59 0.68 49 A 6 0 -3 -3 0 -2 -3 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -1 0 -2 -4 0 -1 80 5 0 0 1 0 0 4 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 3 2 0.88 0.65 50 E -3 3 -1 -1 -5 6 1 -4 -2 -4 -3 2 -2 0 0 -1 -2 -4 -3 -4 0 14 2 1 0 53 5 0 0 0 2 13 0 4 4 2 0 0 0 0 0.86 0.65 51 A 4 -1 -2 1 -3 0 2 -2 -3 -2 -3 0 -1 -4 0 1 -2 -4 -3 -2 49 2 0 7 0 4 14 0 0 2 0 5 1 0 4 12 0 0 0 0 0.50 0.59 52 F -2 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 4 -2 -2 -2 -2 4 -4 -3 -3 0 7 0 3 0 0 0 0 3 0 0 14 1 2 2 0 14 0 0 0 0 51 10 0.97 0.56 53 L -1 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -4 -1 4 -4 0 -1 -4 -4 -3 9 -1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0 0 39 0 6 1.30 0.51 54 S 1 -1 5 -1 -3 0 -1 0 2 -4 -4 1 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -3 12 0 37 1 0 2 0 7 7 0 0 10 0 0 0 24 0 0 0 0 0.57 0.47 55 G 2 -3 2 -2 -3 -2 -3 6 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 22 0 11 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.37 K Lambda Standard Ungapped 0.1351 0.3142 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1743 0.3173 PSI Gapped 0.0533 0.2670