Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 D -5 -5 -2 8 -7 -3 1 -4 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 0 94 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.38 1.66 2 P 2 -1 -1 2 -4 0 3 -1 -2 -4 -3 3 -4 -4 1 0 -2 -6 -4 -3 18 2 3 9 0 3 21 4 1 1 2 21 0 0 6 5 2 0 0 1 0.48 1.74 3 H 0 -1 3 5 -2 2 0 -4 3 -5 -5 -1 -4 -4 -5 0 -3 -4 -1 -4 8 3 12 39 1 9 6 1 6 0 1 4 0 1 0 6 1 0 3 1 0.78 1.74 4 E -1 -2 1 1 -3 -1 2 6 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 4 2 7 6 0 3 15 54 1 0 1 3 0 0 0 2 1 0 0 0 1.03 1.75 5 N -3 -2 8 0 -3 -2 -2 -3 -1 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 2 1 83 3 1 1 1 1 1 0 1 0 0 0 0 2 1 0 0 1 1.92 1.74 6 V 3 0 -2 -3 -2 -2 -4 2 -2 0 -3 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -5 -3 4 21 5 2 1 1 2 1 15 1 3 1 2 1 1 1 4 4 0 1 35 0.53 1.69 7 V -1 -3 4 -3 2 -3 -2 -4 -2 3 1 -3 -1 -1 -4 -2 -1 -4 -3 4 6 1 21 1 4 1 2 1 1 14 10 1 1 2 0 3 3 0 0 27 0.54 1.60 8 L 0 0 -1 -3 -2 -1 -2 -2 1 2 1 -1 0 -1 -3 0 0 -2 0 3 8 5 3 2 1 3 2 3 4 13 15 3 2 2 1 7 5 0 3 19 0.20 1.45 9 G 0 -3 -1 -2 -1 -1 -2 5 -1 0 -2 -2 -3 -2 -2 0 1 -2 -3 -1 8 1 3 2 2 2 2 42 2 5 4 2 1 2 2 6 9 1 1 4 0.54 1.43 10 E -2 1 2 4 -4 2 2 -3 1 -4 -3 2 -4 -4 -1 0 -1 -5 -4 -3 2 7 9 24 0 10 11 1 4 1 2 13 0 0 2 7 4 0 0 2 0.52 1.63 11 G 2 -3 0 -2 1 -2 -2 5 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 0 -1 -4 -4 -1 16 1 3 2 4 2 3 45 1 2 2 2 1 1 2 5 4 0 1 5 0.67 1.41 12 R -1 2 3 3 -2 0 1 -2 2 -2 -2 1 -2 -2 -1 -1 0 -2 -2 -3 5 9 14 18 1 4 10 3 4 3 4 8 1 1 3 4 5 0 1 2 0.29 1.38 13 H 0 -2 -2 -3 -1 -3 -3 -4 3 1 0 -3 -2 -1 -2 -2 1 -3 -1 5 8 2 2 1 1 1 1 1 9 7 6 1 0 3 2 3 7 0 2 43 0.59 1.52 14 V -3 -3 -4 -3 -2 -3 -2 -5 -2 4 3 -3 2 1 -5 -3 -1 -3 0 3 1 1 1 1 1 1 3 1 1 21 23 2 5 6 0 2 4 0 3 24 0.59 1.58 15 A 2 -3 -2 -2 -1 -1 -2 0 -3 -1 2 -3 1 1 -3 1 1 -3 -3 -1 21 1 2 2 1 3 3 8 1 4 21 1 3 7 1 11 8 0 1 5 0.24 1.57 16 L -3 -2 -2 -2 -3 0 2 -5 3 3 1 -1 0 0 -4 -2 -2 -3 2 2 2 2 2 2 0 4 13 1 7 20 12 4 2 3 0 2 2 0 6 15 0.37 1.57 17 D -3 -3 3 6 -4 -1 2 0 -1 -5 -5 -1 -4 -6 -4 -2 -3 -6 -4 -5 2 1 13 54 0 3 11 7 1 0 1 2 0 0 0 2 1 0 0 0 1.18 1.54 18 T 2 -4 -2 -3 5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -4 4 3 -5 -5 -1 14 0 1 1 13 1 2 2 0 0 1 1 0 0 0 37 22 0 0 5 0.85 1.56 19 F -1 3 0 -1 -4 1 2 -3 3 -4 -4 3 -4 -3 -3 2 1 -5 -2 -4 5 17 4 2 0 6 11 2 7 1 1 17 0 1 1 13 9 0 1 1 0.46 1.59 20 G -2 -1 7 3 -4 -3 -2 3 -1 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -4 -6 2 3 49 13 0 1 2 24 1 0 0 1 0 0 0 3 0 0 0 0 1.22 1.57 21 C -2 -4 5 -3 7 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -4 -4 3 1 -6 -5 -2 3 0 29 1 25 0 0 1 0 2 1 0 1 1 1 22 10 0 0 3 1.08 1.56 22 V -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -6 -2 3 3 -5 2 2 -6 -4 -1 -2 5 2 1 0 1 1 0 0 0 0 1 18 30 0 6 8 0 1 3 0 18 11 0.78 1.57 23 V -1 -5 -5 -6 -3 -4 -6 -5 -4 5 1 -5 -1 -1 -5 -4 -2 -5 -2 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 33 13 0 1 2 0 1 1 0 1 43 1.08 1.57 24 Y -1 3 0 -3 -3 -1 -3 -4 4 2 -2 -1 0 2 -3 -1 -2 0 4 0 4 19 4 1 0 3 1 1 12 10 4 4 2 8 1 4 2 1 13 5 0.43 1.57 25 A 2 -3 1 -3 -2 -3 -3 2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -3 5 2 -6 -5 -2 20 0 5 1 1 1 1 12 0 1 2 1 0 0 1 42 10 0 0 2 0.71 1.54 26 D -3 -1 1 4 -3 0 4 -1 0 -5 -5 0 -5 -4 1 1 1 -6 -3 -4 1 2 7 21 1 4 26 4 2 0 1 5 0 1 6 9 10 0 1 0 0.59 1.50 27 R -2 -1 3 3 -3 0 1 3 2 -5 -4 2 -3 -5 -3 1 -2 -5 -3 -4 1 2 12 17 0 4 8 21 4 0 1 12 0 0 1 11 2 0 1 1 0.52 1.47 28 G -2 5 -1 -2 -3 0 -1 0 1 -2 -4 4 -2 -4 1 -2 -2 -6 -4 -3 3 33 2 2 1 3 3 7 3 3 1 25 1 0 6 2 3 0 0 2 0.68 1.50 29 V -2 -1 -3 -4 -3 -1 -3 -5 2 0 4 1 1 0 -1 -2 -1 -5 -1 1 3 3 1 1 0 2 1 0 6 3 45 8 3 3 4 2 4 0 2 9 0.49 1.44 30 V -2 -5 -5 -6 -2 -5 -5 -5 -6 5 1 -4 -1 -2 -5 -3 0 -5 -3 5 2 0 0 0 1 0 0 1 0 28 9 1 1 1 0 1 6 0 1 49 1.06 1.39 31 A 4 -4 -3 -4 -1 -3 -2 -1 -5 0 -2 -3 -2 -3 -4 1 1 -5 -3 3 44 0 1 0 1 1 2 3 0 4 1 1 1 1 0 10 7 0 1 23 0.68 1.39 32 T 1 -4 -3 -5 2 -3 -4 0 -5 1 2 -4 -1 0 -4 -3 3 -5 -4 3 14 1 1 0 4 1 1 8 0 6 18 0 1 5 0 1 16 0 0 23 0.44 1.39 33 L -1 -3 -3 -2 -1 0 -2 -5 -3 4 2 -3 0 -2 -5 -2 -2 -2 -2 4 4 1 1 2 1 6 2 1 1 28 16 1 1 1 0 3 1 0 1 28 0.59 1.35 34 G -3 -5 -1 0 -5 -4 -3 7 -1 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -2 -4 0 -5 -6 0 0 2 5 0 0 1 88 1 0 0 0 0 0 0 1 0 1 0 0 1.84 1.29 35 V -3 -3 -6 -6 -1 -5 -4 -4 -6 2 4 -5 2 -2 -5 -5 -2 -5 -4 4 1 1 0 0 1 0 1 1 0 9 48 0 4 1 0 0 2 0 0 30 0.94 1.36 36 S -3 1 1 4 -3 1 4 -4 1 -5 -5 2 -3 -5 -2 1 -1 -6 -2 -3 1 6 6 23 1 4 26 1 4 0 0 11 1 0 2 10 3 0 2 2 0.62 1.36 37 G -3 -3 5 6 -6 -2 -1 1 -1 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -6 1 1 29 51 0 1 2 10 1 0 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 1.33 1.36 38 L -2 -5 -5 -6 0 -3 -5 -6 -1 2 4 -4 3 0 -5 -3 0 -4 3 2 2 0 0 0 2 1 0 0 2 10 37 1 9 3 0 1 7 0 10 16 0.66 1.36 39 V 0 -5 -3 -6 0 -5 -5 -4 -2 5 1 -5 2 -2 -5 -3 -2 -5 -2 4 7 0 1 0 2 0 0 1 1 39 9 0 5 1 0 1 2 0 1 29 0.86 1.39 40 V -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 0 -5 1 0 -5 -4 -1 -5 -4 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 32 6 0 2 3 0 0 2 0 0 50 1.16 1.39 41 A 1 -5 -2 -5 -4 -5 -3 -5 -5 4 -1 -5 0 -4 -5 -2 -1 -6 -4 6 11 0 2 0 0 0 2 0 0 19 2 0 2 0 0 2 2 0 0 59 1.06 1.39 42 K 2 -1 0 4 -1 2 4 -3 0 -3 -4 -2 -4 -3 -4 -1 -2 -5 -2 -1 16 3 4 21 2 7 28 1 2 1 1 2 0 1 0 4 2 0 2 4 0.54 1.39 43 V -2 -2 0 0 -1 -2 -1 -3 -1 -4 -3 -1 2 -2 -4 0 6 0 -2 -2 2 2 5 4 1 1 3 1 1 0 1 4 5 1 0 6 57 1 1 1 0.85 1.39 44 G -1 1 1 3 -2 -1 2 1 0 -4 -4 2 -2 -6 3 -1 -2 -6 -5 -4 4 6 7 18 1 2 11 10 3 1 1 13 1 0 13 5 1 0 0 1 0.43 1.39 45 D -3 -2 2 7 -2 -1 0 1 -1 -6 -6 -1 -5 -4 -4 -2 -2 -7 -5 -6 1 2 11 64 1 1 4 9 2 0 0 2 0 1 0 1 1 0 0 0 1.35 1.43 46 E 5 -1 -3 -2 -1 -2 -1 0 -1 -1 -3 -2 0 -5 -4 -1 -1 -5 -3 2 48 4 1 2 1 1 4 6 2 2 2 2 2 0 0 2 3 0 1 18 0.61 1.43 47 V -3 -5 -2 -5 -4 -5 -5 -6 -5 3 3 -3 0 -1 -5 -3 2 -5 -4 4 0 0 2 0 0 0 0 0 0 18 31 1 2 2 0 1 13 0 0 30 0.80 1.37 48 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 3 0 -5 -5 -4 -4 -1 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 80 0 8 4 0 0 0 0 2 3 1.32 1.25 49 V -2 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -4 -6 5 -1 -5 -2 -3 -5 -3 -2 -5 -4 6 3 0 0 0 1 0 0 1 0 35 2 0 0 0 0 2 1 0 0 54 1.22 1.25 50 V 3 -5 -4 -5 7 -3 -4 -1 -2 -1 0 -4 1 -2 -4 -1 0 -5 0 1 28 0 0 0 26 1 0 4 1 2 8 0 4 1 0 4 7 0 3 10 0.76 1.26 51 P -2 2 1 2 -3 -1 -2 -3 4 -5 -5 2 -2 -5 5 0 -1 -6 -4 -4 2 10 5 12 1 2 1 1 13 0 0 14 1 0 28 5 4 0 0 0 0.76 1.29 52 K -2 4 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -2 0 6 1 -4 -2 -3 -3 -5 -3 -2 2 21 1 1 0 2 1 1 1 2 11 50 3 0 1 1 1 0 0 3 0.90 1.36 53 D -1 -2 1 5 -3 -1 2 1 0 -5 -6 0 -5 -4 -3 2 -1 -3 -3 -4 5 2 6 29 0 2 13 12 2 0 0 6 0 0 1 17 3 0 1 1 0.59 1.36 54 W -1 4 0 1 -1 1 2 -3 3 -5 -4 3 -2 -4 -4 0 -3 -3 -1 -4 4 28 4 9 1 6 12 1 7 0 1 16 1 1 0 6 1 0 2 0 0.60 1.40 55 A 3 -4 -3 -1 -2 -2 2 -2 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -3 3 1 -5 -4 2 25 0 0 3 1 0 14 2 0 1 1 0 1 1 1 26 8 0 0 14 0.50 1.43 56 R -2 -1 -1 -1 -4 8 1 -1 0 -6 -5 -1 -3 -6 -2 -2 -3 -5 -4 -4 2 1 2 2 0 76 4 4 2 0 0 2 0 0 2 2 1 0 0 0 1.58 1.43 57 E -2 2 1 5 -6 0 3 -2 0 -5 -3 2 -3 -5 -4 -1 -3 -6 -3 -4 2 13 5 31 0 4 18 3 2 0 2 12 0 0 0 4 1 0 1 1 0.69 1.45 58 V -3 -5 -3 -6 -4 -5 -5 -6 -6 4 0 -5 0 -1 -5 -4 -2 -5 -2 6 1 0 1 0 0 0 0 0 0 24 6 0 1 2 0 1 1 0 1 61 1.26 1.43 59 R -3 3 -2 -4 -6 -1 -2 0 -3 -5 -5 7 -4 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -4 1 12 1 0 0 1 1 6 0 0 0 74 0 0 1 1 0 0 0 1 1.45 1.42 60 E 0 1 1 2 -5 2 3 -2 0 -4 -3 3 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 7 6 7 10 0 11 18 3 3 1 2 22 1 0 1 4 4 0 1 1 0.47 1.44 61 V -1 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -5 4 3 -5 0 0 -5 -4 -3 -2 -1 4 6 1 0 0 0 0 0 1 0 28 27 0 2 4 0 0 1 0 2 28 0.86 1.42 62 V -1 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -4 1 1 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -5 1 6 4 1 0 0 0 0 0 0 0 6 9 1 1 1 0 1 2 0 4 68 1.14 1.45 63 K 2 -1 2 3 -4 2 3 -1 -2 -5 -5 2 -2 -6 -3 0 -1 -6 -5 -4 15 2 10 13 0 8 21 4 1 0 1 12 1 0 1 6 4 0 0 1 0.49 1.46 64 R 0 3 -1 0 -4 3 2 -3 1 -1 -2 3 -1 -2 -4 -1 0 -1 -1 -3 10 14 2 4 0 13 14 1 3 3 4 15 2 1 0 3 6 1 2 1 0.35 1.47 65 L -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 2 6 -5 2 -1 -4 -5 -3 -5 -4 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 8 76 0 4 1 1 0 0 0 0 7 1.28 1.45 66 E -2 3 -2 -2 -4 1 2 -4 -3 -5 -5 6 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 2 12 1 1 0 6 13 0 0 0 1 62 0 0 0 1 1 0 0 0 1.23 1.44 67 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 3 -2 -5 -4 -3 70 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 0 1.17 1.17 K Lambda Standard Ungapped 0.1398 0.3200 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1967 0.3175 PSI Gapped 0.0602 0.2670