Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 3 2 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 18 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0.72 0.38 2 E 0 -2 -1 2 -4 2 5 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 4 -1 -2 -4 -3 -3 8 0 0 12 0 8 54 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0.82 0.40 3 R -3 5 -2 -3 -4 1 -2 -4 -2 -4 -3 0 -3 -1 -4 0 -2 9 3 -4 0 44 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 31 13 0 1.16 0.46 4 V 1 -3 -3 -3 3 -3 -1 0 1 0 1 -3 -1 -2 -3 -2 0 -4 -2 4 12 0 0 0 7 0 5 6 5 0 12 0 0 0 0 0 6 0 0 47 0.36 0.46 5 G 1 0 -2 -1 -4 -1 4 1 2 -4 -4 -1 -3 -4 3 -1 1 -4 -3 -3 16 6 0 0 0 0 36 11 6 0 0 0 0 0 14 0 11 0 0 0 0.50 0.48 6 L 1 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 2 4 -3 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 14 0 0 0 0 0 0 0 0 10 47 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0.59 0.49 7 A 2 5 -2 1 -3 2 -1 -3 -2 -4 -3 0 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 22 43 0 9 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 10 0 0 0 0.59 0.49 8 F 1 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -4 0 3 -4 2 4 -4 -3 -2 -2 -1 2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 0 6 22 0 0 0 0 0 19 0.55 0.49 9 L 0 1 -2 -2 -3 1 1 -3 5 -2 2 -1 -1 -3 -3 0 0 -4 -2 -1 10 10 0 0 0 6 11 0 22 0 22 0 0 0 0 9 5 0 0 5 0.32 0.49 10 V 1 -4 -4 -4 2 -3 -4 -4 -3 1 -1 -3 -1 1 -4 -2 -2 -3 2 5 15 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 10 64 0.64 0.49 11 P 0 -3 -3 0 -4 -2 -2 -1 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 0 -2 -5 -4 -4 5 0 0 5 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 77 8 0 0 0 0 1.76 0.49 12 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 8 0 1.58 0.49 13 A 3 -2 -2 1 -3 0 5 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 2 -1 -2 -4 -3 -3 34 0 0 5 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0.75 0.49 14 E -1 -2 -1 4 -4 3 2 -3 5 -3 0 -1 1 -3 -3 -2 -2 -4 -2 -3 4 0 0 29 0 14 17 0 19 0 11 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0.57 0.49 15 V 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 3 -3 4 -2 -4 -1 1 -4 -3 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 5 26 0 14 0 0 5 10 0 0 35 0.48 0.49 16 G -1 -3 -1 -2 -3 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 1 0 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 13 8 0 0 0 1.23 0.49 17 R 4 3 -2 -3 -3 1 -2 0 -2 -3 -3 -1 -3 -4 3 0 0 -4 -3 -2 41 23 0 0 0 6 0 4 0 0 0 0 0 0 17 4 5 0 0 0 0.57 0.49 18 V 0 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 2 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 65 0.73 0.49 19 Y -3 1 -2 -3 -4 -2 -2 -4 7 -4 -3 -2 -3 0 -4 -3 -3 -1 7 -3 0 8 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0 1.33 0.49 20 A 3 2 -2 -3 -3 1 -2 2 4 -4 -4 -1 -3 -4 2 0 -2 -4 -3 -3 32 14 0 0 0 8 0 18 13 0 0 0 0 0 10 5 0 0 0 0 0.49 0.49 21 L 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 4 -3 0 -2 -4 -2 -2 -3 -3 2 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0.62 0.49 22 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 1 1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 4 0 0 0 0 0 8 0.96 0.49 23 E 3 0 0 1 -3 0 3 1 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 0 0 -3 -3 -2 27 5 5 5 0 3 27 13 0 0 1 1 0 0 0 5 5 0 0 1 0.36 0.44 24 A 3 2 -2 -2 -2 3 -1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 1 2 1 -3 -3 -2 38 11 0 0 0 17 1 1 0 0 1 1 0 0 5 14 9 0 0 1 0.42 0.44 25 R -1 4 -2 -4 -4 -2 -2 -4 4 -3 0 -1 -2 4 -4 -3 -3 4 3 -3 5 34 0 0 0 0 0 0 14 0 9 0 0 22 0 0 0 6 11 0 0.65 0.49 26 A 2 -3 -1 1 -3 -2 -2 5 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 1 0 -4 -3 -3 20 0 0 9 0 0 0 47 5 0 0 6 0 0 0 9 5 0 0 0 0.66 0.49 27 L 3 -3 -3 -3 -2 -2 1 -3 -3 0 2 -3 -1 -2 -3 -2 0 3 -2 3 29 0 0 0 0 0 11 0 0 0 28 0 0 0 0 0 4 5 0 23 0.37 0.49 28 K 0 2 -2 -1 -4 0 4 -3 -2 0 -3 4 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 6 9 0 0 0 0 32 0 0 8 0 37 0 0 0 4 5 0 0 0 0.56 0.49 29 A 2 0 -2 0 -3 1 1 1 -3 0 1 1 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 1 18 6 0 5 0 6 9 13 0 5 18 8 0 0 0 0 0 0 0 13 0.16 0.49 30 E 1 0 -2 2 -4 1 4 -1 4 -3 -1 -1 -2 -4 -3 0 -2 -4 -2 -3 18 5 0 9 0 6 32 4 12 0 9 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0.41 0.49 31 E -2 -1 -2 0 -5 1 7 -4 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.49 32 T 2 1 -2 0 -3 -1 2 0 1 -3 -3 -1 -3 -4 -3 1 2 -4 -3 -1 26 9 0 6 0 0 16 6 5 0 0 0 0 0 0 10 18 0 0 5 0.32 0.49 33 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -2 -2 -4 -2 5 -5 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 31 0 0 0 0 69 0 1.50 0.49 34 T 1 -1 -1 3 -3 -2 -2 0 -3 -2 0 -2 -2 -3 -3 -1 4 -4 -3 -2 17 4 0 18 0 0 0 8 0 0 9 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0.46 0.49 35 P 3 -2 -2 -2 -3 1 3 0 -2 -3 -3 -2 -3 -4 4 -1 -2 -4 -3 -1 36 0 0 0 0 7 24 5 0 0 0 0 0 0 24 0 0 0 0 5 0.63 0.49 36 E 0 0 -1 4 -4 1 4 -3 3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 10 5 0 26 0 5 33 0 9 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0.62 0.49 37 G -1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 7 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -4 1 0 0 0 0 0 0 93 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.47 0.45 38 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -1 -4 1 2 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 24 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0.75 0.49 39 R -1 4 2 -2 -3 -1 2 -3 2 -3 0 1 -2 -3 -3 1 1 -4 -3 -1 5 26 10 0 0 0 13 0 5 0 9 5 0 0 0 10 12 0 0 6 0.31 0.49 40 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 0 4 -4 2 4 -4 -4 -3 -2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 0 4 18 0 0 0 0 8 10 0.74 0.49 41 A 2 1 -2 0 -3 0 0 -3 4 -2 -1 -2 1 -3 -3 -1 3 -4 -2 0 26 9 0 5 0 4 6 0 13 0 6 0 5 0 0 0 22 0 0 6 0.30 0.49 42 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 4 -4 0 3 -4 -3 -2 -3 -1 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 9 48 0 0 17 0 0 0 0 0 20 0.63 0.49 43 L -2 5 -2 0 -4 1 0 -1 -2 -3 0 1 -2 -3 -3 1 -2 -4 -3 -1 0 48 0 5 0 4 4 5 0 0 13 5 0 0 0 11 0 0 0 6 0.51 0.49 44 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0.91 0.49 45 P -2 -3 -3 0 -4 -2 1 -4 -2 -4 -4 -2 -4 -3 7 -2 -2 -3 3 -4 0 0 0 4 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 71 0 0 0 13 0 1.63 0.49 46 K 4 -2 -2 -2 -3 -1 2 -2 2 -3 -3 1 -3 -4 3 -1 0 -4 -3 -2 45 0 0 0 0 0 18 0 5 0 0 10 0 0 13 0 5 0 0 0 0.51 0.47 47 P 1 -3 -1 4 -4 -1 2 0 -3 -4 -4 -2 -4 -5 4 2 -2 -5 -4 -4 10 0 0 31 0 0 13 6 0 0 0 0 0 0 21 19 0 0 0 0 0.67 0.49 48 E -1 3 1 3 -4 3 2 -1 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 6 21 5 20 0 17 13 5 0 0 5 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0.44 0.49 49 R 3 2 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -3 -1 1 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -3 0 3 34 13 0 0 0 0 0 5 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 5 25 0.34 0.49 50 E -2 -2 -1 4 -5 0 6 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 0 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 22 0 0 68 6 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 1.02 0.49 51 G 4 -3 -3 -3 -2 -2 -2 1 1 -3 -2 -2 -3 -4 4 0 0 -4 -3 -2 52 0 0 0 0 0 0 10 5 0 4 0 0 0 22 3 5 0 0 0 0.67 0.49 52 F -3 -4 -5 -5 2 -4 -5 -5 -3 0 4 -4 0 6 -5 -4 -3 -1 0 -1 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 47 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0.95 0.49 53 L 1 4 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -2 0 3 -2 -3 -3 -2 -2 3 -3 1 17 31 0 0 0 0 0 0 0 0 13 21 0 0 0 0 0 5 0 13 0.44 0.49 54 R 3 2 1 -2 -3 3 -1 -2 -2 -2 0 1 -2 -3 -3 0 -2 -4 -3 0 31 15 8 0 0 17 0 0 0 0 10 8 0 0 0 6 0 0 0 6 0.33 0.49 55 A 4 2 -2 -3 -3 2 0 0 1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -2 59 16 0 0 0 10 5 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.59 0.49 56 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 89 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.98 0.49 57 L 0 6 -2 -3 -4 -1 -2 -1 -2 -3 -1 0 -2 -4 -3 0 1 -4 -3 -3 6 66 0 0 0 0 0 5 0 0 5 0 0 0 0 5 13 0 0 0 0.81 0.49 58 D -3 -3 0 7 -5 -1 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -2 -6 -4 -5 0 0 0 91 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 0.49 59 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 1 -2 -2 -3 -2 1 -1 -4 -3 -1 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0.77 0.49 60 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 2 6 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 89 0 0 0 1.09 0.49 61 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 -2 -4 -4 1 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.40 0.49 62 G -1 -3 2 2 -4 -3 -2 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -5 0 0 9 12 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.26 0.49 63 Q 2 5 -2 -2 -4 4 1 -3 -2 -4 -3 1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 26 42 0 0 0 22 6 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0.71 0.48 64 V 2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 1 1 -3 -1 -2 -3 0 -1 -4 -3 5 25 0 0 0 0 0 0 0 0 5 11 0 0 0 0 6 0 0 0 53 0.55 0.48 65 A 0 6 -2 -3 -4 -1 -2 0 -2 0 -3 0 -2 -3 -3 0 -2 5 -2 0 6 54 0 0 0 0 0 7 0 8 0 0 0 0 0 6 0 10 0 10 0.66 0.48 66 L 0 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 2 3 -4 0 1 -4 -3 -2 4 -2 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 9 39 0 0 5 0 0 0 6 0 34 0.57 0.46 67 E -2 -1 -1 3 -5 2 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 13 0 7 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.40 K Lambda Standard Ungapped 0.1412 0.3229 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1770 0.3195 PSI Gapped 0.0542 0.2670