Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -4 -3 -2 5 -6 4 5 -5 -3 -6 -6 2 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 0 0 31 0 16 43 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 1.38 2 R -2 2 2 0 -6 2 4 -3 -2 -4 -4 2 -4 -5 -2 -1 2 -6 -5 -3 3 9 10 4 0 9 28 1 0 1 1 13 0 0 1 4 15 0 0 1 0.58 1.52 3 I -4 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -7 -6 3 6 -5 2 -3 -6 -4 -4 0 -4 -1 0 0 0 1 0 0 0 0 0 15 76 0 5 0 0 1 0 1 0 1 1.39 1.57 4 Q 1 -2 1 3 -4 1 3 -1 1 -4 -1 1 -3 -5 -2 0 0 -4 -4 -3 14 2 7 13 0 7 18 4 3 1 7 9 0 0 1 7 6 0 0 1 0.31 1.61 5 A 1 0 -1 2 -2 2 4 -1 0 -3 -3 0 -1 -5 -1 0 0 -4 -4 -2 12 4 2 13 1 9 26 4 2 1 2 5 1 0 3 6 5 0 0 3 0.39 1.59 6 L -2 -5 -5 -6 -1 -3 -4 -6 2 3 5 -4 1 -1 -5 -3 -3 1 1 1 4 0 0 0 1 1 1 0 5 15 48 1 2 2 0 1 1 2 5 11 0.77 1.58 7 R -4 8 -3 -5 -7 -1 -2 -5 -3 -4 -4 -1 -4 -6 -5 -4 -4 -6 -4 -5 0 94 0 0 0 2 1 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2.21 1.57 8 K 2 1 1 1 -4 3 2 -1 0 -3 -3 2 -3 -5 -4 0 0 -4 -4 -2 17 6 6 8 0 12 12 4 2 1 3 12 1 0 0 7 6 0 0 3 0.31 1.60 9 E 0 2 -1 -1 -4 4 3 -2 -1 -4 -4 2 -3 -5 -4 1 -1 -6 -3 -4 7 13 2 3 0 20 21 2 1 1 1 14 0 0 0 10 3 0 1 1 0.58 1.59 10 V -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 8 1 -6 1 -3 -6 -5 -4 -1 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 9 0 3 0 0 0 0 1 0 6 1.76 1.58 11 D -3 -3 1 8 -6 -2 0 -2 -4 -5 -5 -3 -6 -5 -5 -1 -2 -7 -6 -5 1 1 6 77 0 1 3 3 0 0 1 1 0 0 0 3 2 0 0 0 1.71 1.63 12 R 2 2 2 0 -3 1 3 -1 -1 -2 -3 0 -3 -5 -5 0 -1 -1 -4 -2 18 13 10 5 0 7 18 4 1 2 3 5 1 0 0 5 3 1 0 3 0.35 1.62 13 V -3 -6 -3 -6 1 -4 -6 -6 -6 6 2 -5 0 -2 -6 -4 -2 -5 -3 3 1 0 1 0 3 1 0 0 0 54 20 0 1 1 0 1 2 0 1 14 1.16 1.59 14 N -5 -5 1 8 -6 -3 -1 -4 -2 -6 -7 -4 -6 -6 -4 -3 -2 -7 -6 -6 0 0 6 90 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 2.19 1.59 15 R 2 3 0 1 -3 1 1 -2 1 -4 -2 1 -2 -3 -4 0 0 -4 -2 -3 18 16 5 9 1 7 9 3 3 1 4 7 1 1 0 7 6 0 1 1 0.29 1.66 16 E 1 1 -1 0 -3 5 3 -4 -1 -2 -3 1 -3 -4 -4 -1 -1 -6 -4 -3 13 7 2 5 0 26 22 1 1 3 2 9 0 0 0 4 3 0 0 2 0.60 1.64 17 I -4 -6 -6 -7 -4 -4 -6 -7 -6 6 5 -6 3 -2 -6 -5 -3 -5 -4 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 40 46 0 7 1 0 0 1 0 0 4 1.28 1.63 18 L -2 -4 -6 -5 -2 -2 -5 -5 1 4 4 -4 1 -1 -6 -4 -2 -5 -2 4 3 1 0 0 1 2 0 0 4 19 36 1 2 2 0 1 2 0 1 26 0.80 1.63 19 R 1 1 -1 2 -3 1 3 -2 3 -4 -4 2 -3 -3 -3 -1 -1 -6 -1 -3 13 9 3 13 0 6 18 3 8 1 1 10 1 1 1 4 4 0 2 2 0.37 1.67 20 L -2 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -4 0 6 -4 2 -2 -6 -2 -2 -5 -3 -2 4 1 0 0 1 1 0 0 0 4 74 1 4 1 0 3 2 0 0 1 1.16 1.65 21 L -3 -6 -6 -7 -5 -5 -6 -7 -6 3 5 -6 1 3 -6 -4 -4 0 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 16 61 0 2 11 0 1 0 1 2 5 1.17 1.64 22 S 3 -2 3 -2 -1 0 1 0 -2 -3 -2 0 1 -4 -5 1 -1 -3 -4 -2 29 2 14 2 1 4 11 6 1 1 4 5 4 0 0 9 2 0 0 2 0.38 1.64 23 E -1 3 -2 0 -6 3 5 -4 0 -5 -4 3 -2 -6 -5 -3 -2 -2 -3 -4 5 12 1 4 0 14 38 0 2 0 1 17 1 0 0 1 1 1 1 1 0.86 1.67 24 R -5 8 -4 -5 -7 0 -3 -6 -3 -6 -5 -1 -5 -6 -5 -4 -4 -6 -1 -6 0 95 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 2.32 1.67 25 G 3 -1 -3 -5 -3 0 -3 -1 -1 -2 1 -3 6 3 -5 -2 0 -2 -2 -1 25 4 1 0 0 4 1 4 2 1 11 1 19 12 0 3 5 1 1 3 0.52 1.76 26 R 1 3 -1 1 -3 2 3 -1 0 -4 -3 2 -3 -3 -5 0 -1 -6 -3 -4 12 17 3 7 0 8 16 6 2 1 2 14 1 1 0 5 4 0 1 1 0.41 1.75 27 L -1 -4 -4 -6 4 -3 -4 -6 2 3 4 -4 -1 -1 -6 -4 -1 -1 2 2 6 1 1 0 9 1 1 0 5 13 34 1 1 2 0 1 3 1 7 15 0.65 1.76 28 V 4 -5 -5 -5 2 -4 -5 -2 -5 1 -3 -5 -1 -5 -5 2 2 -6 -5 4 31 0 0 0 4 0 0 2 0 7 1 0 1 0 0 14 10 0 0 29 0.75 1.73 29 Q 0 2 -2 1 -3 3 2 -2 1 -2 -1 2 -1 -2 -3 -1 -1 -6 -3 -1 9 12 1 9 1 13 11 3 3 3 6 13 2 1 1 4 4 0 1 4 0.27 1.73 30 E 0 2 -1 1 -5 4 4 -3 -1 -2 -4 2 -2 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -3 10 11 3 9 0 17 23 2 1 2 2 13 1 0 0 2 2 0 0 2 0.56 1.68 31 I 1 -5 -5 -5 -4 -5 -3 -5 -5 5 0 -5 1 -2 -5 -3 -2 -5 -2 5 11 0 0 0 0 0 2 0 0 31 7 0 3 2 0 2 2 0 2 38 0.93 1.72 32 G 3 -2 -1 -3 -2 -1 -3 5 -5 -1 -3 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -1 -3 -2 28 2 2 1 1 3 1 41 0 4 2 2 1 1 1 3 2 1 1 3 0.74 1.84 33 R 1 3 -1 -1 -2 1 3 -3 2 -1 -2 2 -2 -3 -2 0 -2 -1 -2 -2 11 15 2 4 1 5 17 2 4 4 4 13 1 1 2 6 3 1 1 3 0.27 1.82 34 L 1 -2 -3 -3 -1 0 -2 -2 -1 2 2 -3 0 1 -5 -2 -2 0 3 1 14 2 1 1 1 4 2 3 2 11 22 2 2 5 0 3 3 1 11 11 0.31 1.88 35 Q -2 1 -3 -1 -6 0 0 -2 -4 -6 -6 7 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -5 3 4 0 2 0 3 4 3 0 0 0 77 0 0 0 3 0 0 0 0 1.60 1.87 36 T 2 2 -1 -1 -1 0 -1 0 1 0 -2 2 1 -2 0 0 -1 0 -2 -2 15 10 4 3 1 4 5 7 3 7 4 12 4 1 5 5 4 1 1 2 0.13 1.86 37 E 1 1 0 1 -2 1 2 0 0 -3 -3 3 -2 -3 -3 -1 0 -6 -2 -3 13 7 4 6 1 6 15 6 2 2 3 20 1 1 1 4 5 0 1 2 0.30 1.87 38 L 0 0 2 0 -2 2 -1 -1 4 -3 -1 -1 -2 0 -1 0 2 1 0 -3 8 5 9 4 1 8 4 5 10 2 6 4 1 4 3 8 11 2 3 1 0.19 1.95 39 G -1 -2 3 1 -2 0 -2 5 2 -4 -5 0 -3 -4 -2 -1 -3 1 -3 -4 4 3 12 9 1 4 3 41 4 1 1 6 1 1 2 3 1 2 1 1 0.67 1.94 40 L 0 -1 -1 -1 1 -1 -1 0 0 0 0 0 2 -1 -1 0 0 2 -1 1 8 3 3 4 2 3 4 9 3 6 9 6 6 3 4 6 5 2 3 10 0.04 2.08 41 P 1 -1 0 0 1 0 -1 -2 1 -1 -2 0 0 -1 4 0 0 -5 -1 -1 11 3 4 5 3 5 4 3 4 4 4 5 3 3 20 8 5 0 3 5 0.23 2.09 42 H 1 0 -2 -3 0 -2 -3 -3 -1 3 -1 -1 1 1 0 -2 -1 -5 0 3 10 6 2 2 2 2 2 2 2 18 5 3 3 5 5 3 3 0 3 21 0.30 2.09 43 Y -1 1 -1 0 1 -1 -1 -2 2 -1 0 -2 0 3 -2 -1 -2 2 4 -1 5 8 3 5 2 3 3 3 4 3 10 3 3 13 3 4 3 3 15 4 0.28 2.08 44 D 0 0 0 5 1 2 -1 -2 1 -1 -3 -1 0 -1 -5 -1 -2 2 -1 0 8 6 4 31 3 8 3 3 3 3 3 3 3 3 0 4 3 3 3 7 0.43 2.10 45 P -2 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -3 0 -2 -1 -1 -1 -2 6 -1 -1 0 -1 -2 4 3 2 2 2 3 4 2 2 2 8 4 2 2 42 5 4 2 2 2 0.75 2.17 46 K 1 -2 1 3 -6 1 3 0 0 -2 -3 1 -1 -2 -2 0 -1 0 -2 -1 10 2 5 13 0 5 18 6 2 3 3 7 2 2 2 8 3 1 1 4 0.21 2.18 47 R -3 8 -4 -2 -6 0 -2 -3 -1 -3 -5 -1 -5 -6 -5 -3 -3 -6 -2 -3 2 75 0 3 0 3 2 2 2 2 0 2 0 0 0 2 2 0 1 2 1.65 2.05 48 E -3 -3 -2 0 -6 -1 7 -4 -4 -2 -4 -2 -1 -3 -5 -3 -4 4 -1 0 1 1 2 4 0 1 63 1 0 2 1 1 1 1 0 1 0 5 2 8 1.19 2.03 49 E 2 2 0 1 -5 3 2 -2 0 -3 -4 2 0 -6 -5 -1 -1 -6 -3 -3 18 12 5 9 0 12 13 3 2 1 2 11 2 0 0 3 3 0 1 2 0.35 2.01 50 E 1 0 -2 1 -3 4 4 -4 0 -2 -2 1 -2 -2 -5 -1 -2 -2 -2 -2 12 5 1 7 1 17 23 1 2 3 3 7 1 2 0 4 2 1 1 3 0.40 2.01 51 M -3 -2 -4 -4 -5 2 -4 -6 -2 4 1 0 4 -4 -6 -4 -3 -6 -2 4 2 2 1 1 0 10 1 0 1 19 11 6 10 0 0 1 1 0 1 29 0.65 2.00 52 L -3 -2 -6 -6 -3 -3 -3 -6 0 4 4 -3 1 1 -6 -4 -3 -1 -1 1 2 2 0 0 1 1 1 0 2 24 40 1 3 5 0 1 1 1 2 9 0.74 1.98 53 A 2 2 1 2 -3 1 3 -3 -2 -4 -4 2 -3 -4 -5 -1 -2 -2 -3 -2 17 10 6 12 0 5 19 2 1 1 2 11 0 0 0 4 2 1 1 3 0.38 2.02 54 Y -1 5 2 -2 -4 0 -1 -3 1 -4 -3 3 -1 -4 -5 0 -2 -2 -3 -4 6 36 8 2 0 3 4 1 3 1 3 15 2 1 0 6 3 1 1 1 0.65 2.02 55 L 0 1 -3 -5 -2 -3 -4 -5 -3 2 4 -3 1 -1 -6 -4 -3 -1 0 3 8 7 1 0 1 1 1 1 0 12 34 1 3 2 0 1 1 1 3 18 0.51 2.02 56 T 0 3 -2 -2 1 1 1 -2 -1 0 0 2 2 -3 -4 -1 0 -1 -3 -1 9 16 1 2 2 5 9 3 2 5 8 11 4 1 1 3 6 1 1 5 0.17 2.02 57 A 3 0 -2 1 -3 1 3 -1 -2 -4 -4 1 -3 -4 -4 1 -1 -1 -4 -3 27 4 2 8 0 6 16 5 1 1 1 9 0 0 0 9 3 1 0 1 0.39 2.05 58 E 1 2 -1 -3 -3 1 2 -3 2 -1 2 1 1 -2 -4 -2 -3 -2 -1 -3 10 10 3 1 0 6 13 2 4 3 22 9 3 2 0 3 1 1 2 1 0.22 2.06 59 N 3 -3 5 -2 0 -2 -1 -1 1 -3 -2 -1 -2 -4 -3 0 -1 -6 -4 -1 25 1 24 2 2 1 4 4 4 2 5 4 1 1 1 8 3 0 0 5 0.42 2.07 60 P -1 0 0 1 -4 2 2 -3 1 -3 -2 2 -2 -4 2 0 0 -6 -3 -3 6 6 4 8 0 9 15 2 4 2 5 11 1 1 10 6 5 0 1 1 0.23 2.08 61 G 0 -2 1 1 -4 -2 -1 5 0 -5 -3 0 -3 -3 0 -1 -2 -6 -3 -4 6 2 6 8 0 2 5 41 2 0 2 5 1 1 5 4 3 0 1 1 0.57 2.03 62 P -1 -2 0 2 -3 -1 1 1 1 -1 0 -1 -1 -4 4 -2 -3 -3 -2 0 5 2 4 9 1 3 9 9 3 4 8 5 1 1 20 2 1 0 1 6 0.24 1.98 63 F -2 -4 -3 -1 -3 -3 -2 -3 -4 1 4 -3 1 4 -2 -2 -3 -3 -1 -2 3 1 1 5 1 1 3 2 0 6 42 2 3 16 2 3 1 0 2 2 0.55 2.10 64 P -1 -3 2 2 -4 -2 -1 -2 -1 -2 -2 -1 -3 -2 4 1 0 -6 2 -4 5 1 8 13 0 2 4 2 1 2 4 3 1 2 22 13 5 0 6 1 0.38 2.10 65 D 1 0 1 3 -2 0 3 -2 -3 -4 -4 1 -4 -5 2 -1 -1 -4 -4 -3 10 4 6 15 1 4 18 4 0 1 2 9 0 0 10 5 3 0 0 2 0.32 2.11 66 E 0 -1 -1 4 -4 1 3 -2 1 -4 -4 2 -3 -4 0 0 -2 -3 -2 -3 7 2 2 19 0 6 21 2 3 1 2 14 1 1 5 6 2 0 2 2 0.46 2.12 67 T 2 -3 -2 -2 -2 -2 0 0 0 0 -1 -3 0 3 -4 -1 1 -3 3 1 14 1 1 2 1 2 7 8 3 5 6 1 2 14 1 5 9 0 8 9 0.24 2.13 68 I -1 -5 -6 -6 -3 -5 -6 -5 -4 5 3 -6 1 -1 -6 -4 -3 -3 -2 4 6 0 0 0 0 0 0 1 0 33 25 0 3 2 0 1 1 0 2 24 0.99 2.08 69 R 1 4 -1 -1 -4 1 4 -4 0 -2 -2 1 -1 -5 -5 -2 0 -3 -3 -1 11 19 3 3 0 6 24 1 2 2 4 7 2 0 0 2 6 0 1 6 0.47 2.11 70 K 1 4 0 0 -4 0 2 -1 3 -4 -3 1 -3 0 -2 0 -1 -4 -2 -3 12 19 4 5 0 4 14 4 6 1 2 8 0 5 2 6 4 0 1 1 0.33 2.12 71 L -4 -6 -7 -7 -3 -5 -5 -7 -6 6 3 -5 1 1 -6 -5 -1 -2 -2 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 40 30 1 3 6 0 0 3 1 2 14 1.10 2.11 72 F -4 -6 -6 -7 -2 -5 -6 -6 -2 0 -1 -6 3 7 -7 -5 -5 6 5 -3 1 0 0 0 1 0 0 0 1 4 4 0 8 46 0 1 0 11 20 1 1.66 2.09 73 K -2 6 -1 -2 -5 2 2 -4 1 -4 -3 3 -4 -5 -4 -1 0 -4 -4 -5 3 38 2 2 0 9 12 1 3 1 2 15 0 0 1 4 5 0 0 1 0.84 2.09 74 E 1 -1 -2 0 -2 3 5 -4 0 -2 -1 -2 -1 -4 -4 -1 0 -4 -2 -2 10 3 2 5 1 13 37 1 2 3 6 1 1 0 0 5 5 0 1 3 0.59 2.09 75 I -3 -6 -6 -7 -4 -3 -5 -7 -6 7 2 -5 3 -2 -6 -1 -3 -2 -4 2 1 0 0 0 0 1 0 0 0 57 14 0 6 2 0 5 1 1 0 11 1.27 2.07 76 F -5 -5 -6 -5 -5 -5 -6 -6 3 5 0 -6 7 3 -6 -5 -4 -5 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 6 32 6 0 31 12 0 0 0 0 5 4 1.31 2.04 77 K 1 2 -1 0 -4 1 2 -2 -2 -5 -5 2 -3 -5 -5 4 0 -6 -4 -5 12 10 2 6 0 7 15 2 1 0 1 10 0 0 0 29 4 0 0 0 0.58 2.02 78 A 4 -4 0 0 -3 -1 2 -2 -1 1 -2 -4 3 -3 -5 1 -2 2 -3 0 30 1 4 5 1 2 12 2 1 9 4 0 7 1 0 10 2 2 1 7 0.38 2.00 79 S 0 -5 -2 -4 6 -2 -4 -2 -3 -6 -5 -4 -5 -6 -5 6 -1 -6 -5 -5 4 0 1 0 16 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 73 1 0 0 0 1.59 1.94 80 L -4 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 6 5 -6 2 -3 -6 -6 -4 -5 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 40 57 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1.45 1.55 K Lambda Standard Ungapped 0.1399 0.3188 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1809 0.3178 PSI Gapped 0.0554 0.2670