Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -2 0 -1 -2 -3 3 -1 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 3 4 -4 -3 -3 0 3 0 0 0 14 0 0 0 0 0 29 0 0 0 21 33 0 0 0 0.66 0.63 2 P -1 -1 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 4 -4 -5 6 0 0 -5 -4 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 46 5 7 0 0 0 1.23 0.74 3 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 4 -2 -5 -3 -2 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 14 0 11 0 0 2 1 0 4 23 1.02 1.15 4 E -2 0 -1 -1 -5 2 4 -4 -1 -4 -5 2 -4 -6 -4 0 4 -6 -4 -2 1 4 3 1 0 8 33 0 1 1 0 12 0 0 0 5 29 0 0 2 0.77 1.36 5 F -5 -4 -6 -6 -3 -4 -6 -3 -4 -2 -1 -6 -3 9 -6 -5 -5 -2 2 -3 0 1 0 0 1 1 0 2 0 1 3 0 0 88 0 0 0 0 4 0 2.19 1.43 6 D -3 1 -2 3 -3 1 3 -5 0 -4 -5 1 -4 -6 -3 0 4 -6 -5 -4 1 8 1 18 0 6 22 0 2 1 1 10 0 0 1 6 24 0 0 0 0.68 1.49 7 A 5 -4 -4 -4 0 -3 -2 -1 -4 -4 -3 -4 -4 -2 -4 1 3 -5 -3 -2 60 0 0 0 1 0 2 4 0 0 2 0 0 1 0 8 18 0 1 2 0.97 1.48 8 I -2 0 -3 -2 -5 0 2 -5 -4 1 0 0 -2 -5 1 -3 4 -6 -5 2 2 5 0 1 0 4 17 0 0 9 8 7 0 0 7 1 24 0 0 16 0.45 1.51 9 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 6 5 -6 0 -3 -6 -5 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 48 0 1 0 0 0 1 0 0 6 1.35 1.55 10 R -2 1 -4 -1 -2 2 4 -1 0 -2 0 2 -2 0 -4 -3 -2 3 1 -3 2 8 0 2 1 9 28 4 2 2 12 11 1 4 0 1 3 3 5 1 0.42 1.54 11 Q 1 3 -2 -2 -5 2 0 -3 -2 -5 -2 5 -2 -5 0 -2 -2 -5 -2 -3 10 13 1 2 0 10 6 2 1 0 5 36 1 0 5 3 1 0 1 2 0.61 1.53 12 V 1 -1 -1 1 -5 -2 -2 -4 1 0 -1 -3 0 4 1 1 -1 0 -1 2 10 3 3 9 0 1 2 1 3 5 5 1 2 15 7 12 3 1 2 14 0.23 1.55 13 P 0 0 -2 1 -5 -1 3 2 -2 -5 -5 0 -4 -5 5 -2 0 -5 -5 -3 7 6 2 8 0 2 18 18 1 0 1 5 0 0 24 2 5 0 0 1 0.61 1.47 14 D 1 -3 1 3 -5 -2 1 4 -4 -4 -5 0 -5 -4 -4 -1 0 -5 -2 -5 12 1 7 14 0 1 9 37 0 1 1 7 0 1 0 2 6 0 1 0 0.65 1.51 15 M -2 0 0 0 -3 -1 -1 2 -1 -1 -3 5 3 -2 -3 -1 0 -5 -4 -3 3 4 5 6 1 2 3 14 1 3 2 35 9 2 1 3 5 0 0 1 0.50 1.53 16 D -2 0 2 2 -5 -4 -4 5 -4 -5 -4 -1 -5 -5 -2 0 2 -5 -3 -3 2 5 11 11 0 0 0 46 0 0 1 3 0 0 2 5 11 0 1 2 0.82 1.52 17 A 1 -3 -3 -5 -3 -4 -5 5 -5 -5 -2 -3 -4 -4 -5 -3 0 10 -1 -4 10 2 1 0 1 0 0 39 0 0 3 1 0 0 0 0 5 35 1 1 1.59 1.52 18 A 3 -3 -2 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -2 -2 -1 -4 -3 1 5 -2 -2 0 23 1 1 0 1 0 0 2 2 2 2 2 1 0 1 7 44 1 1 6 0.74 1.49 19 Y -3 -5 -5 -6 3 -5 -4 0 0 -1 -3 -5 -3 5 -6 -4 -4 1 7 -1 2 0 0 0 6 0 1 8 2 3 1 0 0 27 0 0 0 1 44 4 1.37 1.53 20 V 0 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 4 2 -5 0 -1 -5 -5 -1 -6 -4 5 6 0 0 0 1 0 0 0 0 24 15 0 1 2 0 0 3 0 0 47 1.06 1.58 21 E -1 2 -2 0 -3 0 3 -5 -3 1 -2 -1 -4 -1 -1 -1 0 -5 -1 2 4 13 1 5 0 4 24 0 0 8 3 3 0 3 4 5 5 0 2 17 0.35 1.61 22 I -3 -5 -6 -6 -1 -5 -6 -6 -5 4 3 -5 2 4 -4 -5 -2 2 -2 3 2 0 0 0 1 0 0 0 0 26 22 0 4 15 1 0 1 3 1 22 0.89 1.60 23 P -3 -3 -5 -3 -6 -4 -4 -4 -2 -6 -6 -4 -5 -6 9 -3 -3 -6 -6 -5 1 1 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 0 91 1 1 0 0 0 2.69 1.60 24 F 0 -1 -2 2 -3 -1 2 0 -2 -2 -2 1 -4 4 -1 -3 -2 1 3 -2 9 4 2 10 1 3 16 9 1 2 3 8 0 16 3 1 2 2 9 2 0.31 1.60 25 D 0 -3 3 5 -5 -2 2 -3 -2 -3 -4 -3 -2 -4 -2 3 -2 -6 -5 -3 7 1 11 38 0 1 10 1 1 1 1 0 1 1 2 20 2 0 0 2 0.83 1.65 26 V 2 -4 -3 -3 -4 -4 -5 -3 -5 4 -1 -1 -1 -4 -1 -2 0 -6 -3 4 20 1 1 1 0 0 0 1 0 20 5 3 1 0 3 3 5 0 1 35 0.66 1.62 27 K 1 3 -2 -1 -5 0 2 -3 0 -2 -3 2 -2 -2 -1 1 -1 1 -4 1 13 14 1 4 0 4 14 1 2 3 1 12 1 2 3 12 3 2 0 9 0.29 1.60 28 T 1 -1 -1 2 -5 0 4 -3 -1 -3 -2 2 -4 1 -3 -2 0 -5 -1 -4 15 2 3 13 0 4 25 2 2 2 4 13 0 7 1 2 5 0 2 1 0.41 1.61 29 V 0 -2 -3 -4 -2 1 3 -3 -1 0 1 -1 -2 3 -2 -1 0 -2 -1 0 10 2 1 0 1 5 24 2 1 6 13 4 1 11 2 3 5 1 2 5 0.27 1.61 30 Y -3 -4 -3 -6 -1 -5 -5 3 -5 -1 2 -3 -1 6 -1 -4 -3 1 0 -2 1 1 1 0 2 0 0 20 0 4 17 2 1 41 4 0 1 2 3 1 0.91 1.54 31 G -2 1 1 -2 0 0 -3 5 1 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 2 -5 -4 -5 3 8 7 1 2 4 1 44 3 0 1 4 0 0 1 5 14 0 0 0 0.75 1.46 32 K 0 4 -1 -4 -5 0 -1 0 -2 -5 -4 4 -2 -1 -2 -1 1 2 -4 -3 8 23 2 0 0 3 3 6 1 0 1 31 1 3 2 5 8 3 0 1 0.60 1.46 33 G -2 0 -2 -3 -5 -1 -4 6 -4 -4 -5 2 -1 -6 -5 -1 -3 -5 -5 -3 1 5 1 1 0 2 0 67 0 1 1 11 2 0 0 4 1 0 0 2 1.26 1.52 34 R -2 6 -2 -3 -5 1 -3 -4 -1 -3 -1 0 3 -3 -2 0 0 3 -1 -2 2 42 2 1 0 6 1 1 1 1 6 5 7 1 2 8 6 4 2 3 0.69 1.54 35 V -1 -2 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -1 2 0 -2 0 1 -1 -2 0 -5 -1 5 4 2 0 0 0 0 0 0 2 12 7 3 2 6 4 2 6 0 2 49 0.76 1.56 36 R -2 3 -2 -4 -2 0 -2 -4 0 -3 -4 5 -2 -3 3 0 -1 -6 -1 -2 2 17 2 0 1 4 1 1 2 1 1 34 1 1 17 6 3 0 2 3 0.70 1.56 37 V 1 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 -6 2 0 -5 2 -4 -5 -4 -3 -6 -4 6 10 0 0 4 0 0 0 0 0 9 5 0 4 0 0 0 0 0 0 67 1.16 1.39 38 N -2 3 0 2 -1 2 0 -3 3 -2 -1 2 0 -2 -2 -1 -1 0 -2 -2 2 16 4 11 1 8 6 2 8 3 6 15 2 1 2 4 4 2 1 2 0.29 1.39 39 A 3 -4 -4 -4 3 -4 -4 3 -4 1 0 -4 -3 1 -4 -3 -3 -4 -3 2 26 0 0 0 7 0 1 26 0 8 7 1 0 7 0 1 1 0 0 15 0.57 1.32 40 T -1 0 -1 -1 1 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -1 0 0 -1 0 5 2 0 -1 3 4 3 4 3 3 4 3 0 3 4 4 3 5 3 7 35 3 3 3 0.36 1.32 41 F -2 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 5 2 -5 0 4 -6 -3 -4 -4 -2 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 40 14 0 2 21 0 2 0 0 0 19 1.05 1.38 42 D -1 -2 3 6 -6 -2 1 2 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -4 -6 -5 -6 6 1 13 55 0 1 6 13 1 0 0 2 0 0 0 1 0 0 0 0 1.18 1.38 43 G 0 -4 1 2 -5 -1 -1 6 -1 -6 -6 -2 -5 -6 -3 -1 -2 -6 -5 -4 6 0 7 13 0 2 5 55 2 0 0 2 0 0 1 3 3 0 0 1 1.00 1.38 44 Y -3 -1 -3 -4 -1 1 0 -5 5 1 -1 -2 -3 2 -5 -1 1 -4 4 2 1 3 1 0 1 6 6 0 15 8 4 2 0 8 0 3 9 0 16 17 0.50 1.38 45 P 1 -1 -2 -1 -5 0 3 -3 -2 -3 -3 -1 -1 -5 4 1 3 -5 -3 -2 10 2 1 3 0 3 22 1 1 1 2 2 2 0 21 8 18 0 1 2 0.56 1.36 46 Y -3 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -5 -3 2 0 -5 1 5 -5 -4 -4 7 6 -1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 10 6 0 3 25 0 0 0 14 34 4 1.32 1.34 47 T -1 5 -1 1 -1 3 2 -3 1 -4 -3 0 -2 -5 -3 0 -1 -5 -4 -3 4 31 3 8 1 13 13 1 3 1 3 5 1 0 1 7 3 0 0 1 0.57 1.34 48 G 0 0 1 -4 3 1 -4 0 3 0 -1 0 2 -4 1 0 0 -4 2 0 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 6 6 6 0 6 6 6 0 6 6 0.17 1.67 49 Y 0 0 1 -3 -4 0 -3 -2 0 -4 -3 -1 -1 -2 -1 5 3 -5 -1 -3 7 5 5 0 0 3 0 3 2 0 2 4 1 2 3 41 19 0 2 2 0.61 1.46 50 I -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 5 -5 1 1 -5 -5 -2 -5 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 24 48 0 3 5 0 0 2 0 0 14 0.98 1.46 51 V 1 -5 -5 -3 -4 -1 0 -2 -2 1 0 -4 6 3 -3 -3 -1 -4 -3 3 12 0 0 1 0 2 6 3 1 6 7 0 19 13 1 1 4 0 0 22 0.52 1.47 52 R 0 0 1 -2 -5 -3 -3 -4 -4 -2 -3 1 -4 -2 6 0 -1 -6 -5 -1 7 6 8 3 0 0 0 0 0 3 3 9 0 2 42 7 4 0 0 5 0.87 1.49 53 M -3 -1 -4 2 -5 -2 -2 -2 0 -1 -1 -1 8 0 -5 -2 0 -4 2 -2 2 4 0 11 0 2 2 4 2 3 5 4 39 4 0 3 6 0 8 2 0.77 1.50 54 G -1 0 1 0 2 0 1 5 -4 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -1 5 5 6 5 4 5 8 41 0 0 1 10 0 0 0 5 0 0 0 5 0.63 1.40 55 L 0 0 2 2 -4 0 -1 0 1 -1 -2 -1 1 -4 -4 1 3 -5 1 -1 6 4 11 11 0 4 4 6 4 3 3 3 4 0 0 9 19 0 4 4 0.25 1.45 56 P -2 0 -1 -1 -5 -1 -2 5 0 -2 -2 1 -4 -5 2 -1 -1 1 -5 -2 2 4 3 4 0 2 3 39 2 2 5 8 0 0 12 5 3 2 0 3 0.55 1.55 57 C -2 2 0 0 7 2 -1 0 1 -3 -3 -1 -2 -2 -3 0 1 -5 -2 -2 2 13 5 5 21 9 4 8 3 1 1 4 1 2 1 8 8 0 1 2 0.48 1.43 58 H -2 -2 -2 -3 -5 -2 -4 -5 7 -3 0 -1 -1 3 -2 -2 -4 0 6 -3 2 1 1 1 0 2 0 0 33 1 9 4 1 10 2 2 0 1 27 1 1.12 1.43 59 I -1 -2 -5 -6 -4 -4 -5 -2 -5 4 2 0 3 2 -5 -4 -4 6 1 1 5 2 0 0 0 0 0 4 0 25 19 6 7 8 0 0 0 10 5 8 0.66 1.45 60 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 4 5 -5 3 1 -6 -5 -4 -5 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 52 0 8 5 0 0 0 0 0 8 1.18 1.48 61 G 0 0 -2 -4 -5 -2 -4 3 -4 -2 -3 -1 -4 -1 5 1 -2 -5 -5 -1 8 6 1 0 0 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