Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G -1 -3 0 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 0.35 2 Y -3 -3 -1 -4 -4 -3 -3 -4 3 -2 -1 -3 0 5 -4 -3 -3 0 7 -2 0 0 3 0 0 0 0 0 8 0 3 0 2 24 0 0 0 0 61 0 1.21 0.46 3 F -3 -4 -1 -4 -4 -4 -4 -3 -1 -2 1 -4 0 6 -3 0 -3 3 5 -1 0 0 4 0 0 0 0 2 1 0 12 0 3 41 1 8 0 3 23 3 0.81 0.62 4 D -3 -3 0 7 -5 -2 2 0 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -2 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 2 70 0 0 15 8 0 0 0 0 0 0 1 3 0 0 0 0 1.27 0.69 5 A 3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 1 -4 -4 -4 -1 -4 -5 6 2 -1 -5 -4 -2 28 0 0 2 0 0 0 9 0 0 0 2 0 0 37 17 3 0 0 2 0.89 0.73 6 H 0 2 0 -3 -4 1 0 -3 6 -4 -4 0 -3 -4 -2 1 2 -4 -1 -3 9 14 4 0 0 7 4 1 27 0 0 4 0 0 1 10 18 0 1 1 0.58 0.73 7 A 4 1 -3 -3 -3 -2 -1 -3 -3 -2 -2 3 -1 -2 0 0 0 -5 -3 1 40 9 0 0 0 0 2 0 0 1 1 19 2 2 4 4 5 0 0 12 0.44 0.76 8 L -3 -1 -4 -2 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 3 3 -5 -2 -3 -3 0 0 0 4 0 3 0 0 0 0 0 6 58 0 7 11 0 3 0 0 3 4 0.69 0.74 9 A 5 -3 -3 0 -1 -3 -1 1 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -1 1 -2 -4 -4 -2 71 0 0 5 1 0 3 8 0 1 0 0 0 0 2 7 0 0 0 1 0.84 0.78 10 M 0 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 1 0 -2 6 -2 -3 -1 1 -3 -3 3 7 1 2 2 0 1 2 3 0 8 4 2 32 1 1 2 11 0 0 21 0.49 0.66 11 D -3 0 0 6 -5 0 2 -3 -3 -5 -5 3 -4 -5 -3 -1 -3 -6 -5 -5 0 4 2 60 0 1 12 0 0 0 0 20 0 0 0 1 0 0 0 0 1.15 0.76 12 Y -4 -2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 2 -3 -1 -2 0 4 -2 -4 -4 0 8 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 5 0 3 3 2 18 2 0 0 0 64 0 1.42 0.79 13 R -3 5 -2 -3 -5 1 -2 -4 7 -3 -3 1 0 0 -4 -3 -3 -4 1 -4 0 42 0 0 0 4 0 0 33 1 2 6 3 3 0 0 0 0 5 0 1.06 0.78 14 S 4 1 -1 -3 -1 -1 -2 -1 -1 -2 -3 0 0 -4 -3 3 -1 -4 -3 -1 44 9 2 0 1 2 0 2 1 2 1 6 2 0 0 22 2 0 0 2 0.51 0.76 15 L 0 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 3 1 -2 2 0 -1 -1 0 -1 1 1 9 2 2 2 1 2 3 3 1 20 15 3 6 3 2 3 7 1 5 9 0.15 0.41 16 G -1 -3 -2 -2 -3 -2 -3 7 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 2 1 1 1 0 1 1 81 0 1 2 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1.31 0.61 17 F -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -1 -3 -1 7 -3 -3 -3 3 4 -2 2 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 64 1 1 1 3 14 1 1.19 0.61 18 R -1 3 3 0 -3 1 -1 0 0 -2 -3 1 -2 -3 -2 1 0 3 0 -2 4 19 14 6 0 8 1 7 2 2 2 7 0 1 1 9 6 4 3 3 0.26 0.61 19 E -1 -1 -1 1 -3 0 6 -1 0 -3 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -1 -3 -1 -3 4 3 1 4 0 2 64 4 2 1 2 1 0 1 1 1 3 0 3 1 0.82 0.61 20 C -2 -3 -3 -3 10 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 2 1 1 1 80 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1.97 0.61 21 L 3 -1 -3 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -1 2 -2 3 2 -2 -1 0 -2 -2 0 30 4 1 1 0 3 1 1 0 1 22 1 10 8 1 3 4 0 1 7 0.30 0.61 22 A 2 -1 2 0 -2 0 0 0 -2 -2 -2 1 1 -3 -2 1 2 -3 -3 -2 17 2 12 4 0 3 4 6 0 1 3 11 4 1 1 11 16 0 1 1 0.23 0.61 23 E -2 -1 -2 0 -4 2 6 -3 -1 -3 -3 0 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 2 1 1 1 0 6 73 1 0 1 2 5 0 1 1 1 1 0 1 1 1.03 0.61 24 V 0 -4 -4 -4 4 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 -1 -3 -3 -2 1 -4 -3 5 8 1 1 1 8 0 1 1 0 8 9 1 0 0 1 1 11 0 0 49 0.66 0.84 25 A 1 -3 1 0 -3 0 -3 -1 -3 2 -1 -3 3 -3 -3 0 1 -4 -3 2 15 1 9 5 0 5 1 5 0 14 5 1 7 0 1 8 10 0 0 13 0.22 0.84 26 R -1 6 -2 -3 -4 2 -2 -3 3 -4 -3 1 -3 -3 -3 -1 -1 -3 1 -1 4 50 0 1 0 8 1 1 8 1 1 6 0 0 1 5 4 0 5 4 0.80 0.86 27 Y -3 -4 -2 -4 1 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -4 -3 5 -4 -3 -3 0 8 -2 1 0 2 0 3 0 1 1 0 0 3 0 0 20 0 1 1 0 63 3 1.52 0.97 28 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 3 -2 -4 -4 -3 -3 0 1 3 0 0 0 0 0 1 1 0 5 68 0 7 0 0 1 1 0 3 9 0.93 0.97 29 S 1 -3 0 -1 -3 -3 -2 2 -1 -1 -3 -3 -3 -4 -3 4 1 -4 -4 1 9 0 3 2 0 0 2 18 2 2 2 0 0 0 0 38 7 0 0 13 0.49 0.97 30 I 0 1 2 1 -1 0 1 -2 -1 -1 -3 -1 -1 -4 -3 2 3 -4 -3 -1 8 9 8 6 1 4 9 2 1 3 2 2 1 0 0 17 20 0 0 4 0.29 0.97 31 I -2 -3 -3 -4 4 -3 -3 -4 1 2 2 -2 5 1 -4 0 -2 -3 0 2 3 1 1 1 9 1 1 1 4 11 18 3 14 6 1 7 2 0 3 16 0.41 0.93 32 E -3 -2 -1 3 -6 0 6 -3 1 -5 -5 -2 -4 -5 1 -2 -2 -5 -4 -5 0 2 2 15 0 2 64 2 3 0 0 0 0 0 7 0 1 0 0 0 1.17 1.04 33 G -1 -4 0 -3 -4 -4 -2 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -5 -5 -2 2 0 4 0 0 0 3 77 0 0 1 0 0 0 0 5 1 0 0 3 1.40 1.13 34 L -2 0 -4 -4 -3 -1 -2 -3 -4 2 3 -3 4 0 0 -2 -3 1 -1 3 1 6 0 0 0 2 2 2 0 9 25 0 12 3 6 3 1 2 2 22 0.43 1.09 35 D -1 -3 3 6 -2 -1 0 -1 -2 -4 -4 -3 0 0 -2 0 0 -4 -1 -4 4 1 15 44 1 2 5 4 1 1 1 1 3 4 1 6 4 0 2 1 0.75 1.07 36 A 1 -3 -2 -2 1 -3 1 -1 1 1 -2 -2 -2 -4 2 2 2 -4 -4 1 14 1 1 2 3 0 8 4 4 7 3 2 1 0 9 13 15 0 0 13 0.24 1.10 37 S 1 2 0 -1 -4 4 -1 0 -3 -2 -3 0 -1 -4 0 2 2 -4 -3 -2 9 13 4 3 0 18 3 6 0 2 2 3 1 0 5 15 12 0 0 2 0.33 1.06 38 D -1 -2 2 6 -1 0 1 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -1 0 -2 -3 -3 -3 5 1 8 54 1 4 6 2 1 1 2 1 1 1 2 5 2 0 1 2 0.89 0.90 39 P -2 -3 -2 1 -3 -1 3 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -4 6 -1 0 -4 -3 -3 3 1 1 9 0 2 17 3 0 3 2 3 0 1 41 4 6 0 1 2 0.86 0.97 40 L -2 0 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 2 4 -4 1 0 -5 -2 -2 -4 -3 4 2 6 0 0 0 0 0 0 0 9 40 0 3 4 0 2 2 0 0 32 0.75 1.15 41 R -2 7 -3 -4 5 0 -3 -3 -3 -5 -4 2 -4 -1 -5 -2 -3 -5 -2 -5 3 63 0 0 12 3 0 1 0 0 0 11 0 3 0 2 0 0 2 0 1.27 1.14 42 V 0 0 -3 -3 -2 3 -2 -2 -4 1 1 -3 -1 -1 -4 2 1 -5 -4 2 6 5 1 1 1 14 1 3 0 6 15 0 1 2 0 15 9 0 0 17 0.28 1.14 43 R -4 7 0 -4 -2 2 -2 -2 1 -6 -5 0 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -5 0 72 5 0 1 9 0 3 2 0 0 3 0 0 0 4 1 0 0 0 1.41 1.14 44 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 1 -2 -5 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 89 0 1 0 0 0 0 0 0 4 1.43 1.14 45 V -3 -3 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -5 2 5 -4 4 -2 -4 -2 -1 -4 -2 2 0 1 1 0 0 0 2 2 0 8 56 0 9 0 1 4 3 0 1 14 0.80 1.14 46 S 0 -2 4 -1 1 -3 -2 1 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 5 2 -5 -4 -4 5 1 21 2 3 0 2 11 0 0 0 3 0 0 0 43 10 0 0 0 0.73 1.04 47 H -4 -3 -2 -4 -5 -2 -2 -4 11 -6 -5 -3 -4 -3 -5 -3 -4 -4 1 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 2.65 1.04 48 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 6 -5 0 -2 -5 -5 -4 -4 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 4 0 1.49 1.04 49 N 2 -3 3 -2 -4 4 0 -2 3 -5 -5 -2 -2 -5 -4 3 0 -5 -4 -4 19 0 13 1 0 23 5 2 9 0 0 0 1 0 0 22 6 0 0 0 0.62 1.03 50 N 0 1 4 -3 3 3 -2 -1 2 -5 -5 -1 -4 -4 -4 2 1 -2 0 -4 6 7 20 0 6 17 0 5 5 0 0 2 0 0 0 18 9 0 4 0 0.50 1.01 51 Y -3 -3 -4 -5 9 -4 -5 -5 3 -1 -3 -4 -3 2 -5 -3 -3 -2 5 -1 0 1 0 0 52 0 0 0 6 3 0 0 0 9 0 1 0 0 23 3 1.56 0.95 52 A 3 -4 -4 -1 4 -3 -2 -3 -4 0 1 -3 3 -3 -4 0 -1 -4 -2 3 24 0 0 4 9 0 3 1 0 3 16 0 8 0 0 7 3 0 1 20 0.38 0.83 53 S 2 -3 2 -1 -2 -2 -2 0 1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 3 3 -5 -4 -3 20 0 11 2 1 1 0 5 4 0 1 3 0 0 0 27 24 0 0 0 0.55 0.82 54 Q -3 -1 -2 -2 -5 7 2 -4 4 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -2 -3 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 79 12 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.44 0.75 55 R -3 7 -2 -3 -5 2 -1 -4 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 76 0 0 0 7 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 1.24 0.51 K Lambda Standard Ungapped 0.1386 0.3252 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1794 0.3182 PSI Gapped 0.0549 0.2670