Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 0 -3 -1 -2 -3 -3 -3 7 -3 -5 -5 -2 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.34 0.19 2 M -1 0 -4 -4 -3 -2 -3 -4 -3 2 0 -3 7 -2 -4 -3 -2 -3 -2 3 5 6 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 49 0 0 0 0 0 0 30 0.72 0.45 3 G 1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 5 -3 -1 -4 0 -3 -4 0 1 -2 -4 -4 -3 12 0 0 0 0 0 0 62 0 5 0 6 0 0 4 12 0 0 0 0 0.84 0.45 4 T -1 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 3 1 -3 8 -2 -4 0 0 -4 -3 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 15 6 0 55 0 0 7 5 0 0 9 1.02 0.82 5 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 3 5 -5 2 4 -5 -5 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 60 0 4 18 0 0 0 0 0 0 1.02 0.87 6 T 1 0 -1 -3 1 -1 -3 -3 -3 -1 -2 -1 -2 -4 -3 3 5 -5 -4 -1 10 5 2 0 3 2 0 1 0 3 4 3 1 0 0 22 41 0 0 3 0.57 0.87 7 R -1 2 2 3 -5 0 4 -3 -2 -5 -4 2 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -1 -4 5 10 9 20 0 1 32 1 0 0 1 12 0 0 0 4 2 0 2 0 0.63 0.89 8 Y -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 0 -3 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 95 0 2.24 0.89 9 L -3 -5 -5 -5 1 -4 -5 -6 -5 6 2 -5 2 -1 -5 -4 0 -4 -3 3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 51 19 0 4 1 0 0 5 0 0 17 0.93 0.89 10 E -1 2 1 0 -5 4 3 -2 -1 -5 -4 1 -3 -5 -4 0 -2 -5 0 -3 6 12 8 5 0 21 24 2 1 0 1 7 0 0 0 7 2 0 4 2 0.52 0.93 11 E 4 -1 -1 -3 -4 1 2 -3 -1 -4 -2 3 -3 -5 -3 0 1 -5 -4 -3 42 2 2 0 0 6 16 0 2 0 4 17 0 0 0 4 7 0 0 0 0.56 0.93 12 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 0 -1 -3 -3 -4 -3 0 -1 -5 -4 1 77 0 0 0 0 0 0 0 0 6 4 0 0 0 0 2 2 0 0 9 1.01 0.93 13 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 1 4 -4 8 -2 -5 -4 -1 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 47 0 45 0 0 0 3 0 0 0 1.29 0.94 14 A 2 2 -2 -1 -4 1 2 -2 3 -4 -3 3 -3 -4 -3 2 -1 -5 -3 -4 18 13 1 2 0 4 16 1 8 0 2 18 0 0 0 14 3 0 0 0 0.45 0.90 15 R -3 3 0 -3 -4 3 -1 -4 1 -2 -2 3 -2 -4 -3 0 3 -4 -1 -3 0 19 4 0 0 15 2 0 4 3 3 20 1 0 0 6 20 0 2 0 0.53 0.96 16 A 6 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 0 -2 -5 -4 -1 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 2 1.31 0.95 17 R -2 2 -1 -1 -4 1 2 -4 1 1 -3 3 -1 -3 -4 -2 1 -5 -4 2 1 13 2 3 0 6 11 0 4 9 1 19 1 1 0 1 10 0 0 17 0.37 1.04 18 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 1 1 -3 -4 -3 3 -5 -4 -4 0 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 9 0 0 0 7 0 0 0 0 79 3 1.90 1.06 19 E -3 0 -2 3 -6 1 5 -4 3 -5 -5 2 -4 -5 -4 -3 -1 -5 -1 -1 0 3 0 15 0 3 46 0 7 0 0 15 0 0 0 0 4 0 3 5 0.86 1.06 20 L -2 2 -4 -4 -4 0 -3 -4 -4 4 2 2 1 0 2 -3 -2 -5 -4 0 2 12 0 0 0 4 0 1 0 25 17 13 2 3 10 1 2 0 0 5 0.42 1.07 21 I -1 -4 -2 2 -3 -2 -1 -4 -4 3 4 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 5 0 2 12 0 2 3 0 0 19 42 0 1 1 0 0 2 0 0 7 0.55 1.02 22 A 0 -3 -1 2 -5 -1 5 0 -3 -5 -5 0 -4 -5 1 1 -2 -5 -4 -4 9 0 2 10 0 1 45 8 0 0 0 4 0 0 7 12 1 0 0 0 0.72 1.05 23 D -2 -3 1 6 -6 0 3 -2 -3 -5 -6 0 -5 -6 0 0 -2 -6 -5 -5 2 0 6 49 0 3 22 3 0 0 0 5 0 0 4 5 2 0 0 0 1.01 1.06 24 E -3 -4 1 4 0 -1 0 5 -4 -1 -5 -2 -4 -5 -2 -2 -1 1 -4 -4 0 0 5 24 2 2 5 46 0 5 0 2 0 0 1 2 3 2 0 0 0.83 1.03 25 E -1 1 2 -1 -3 2 2 3 1 -4 -3 0 -3 -4 -3 0 -2 -3 -3 -3 4 9 8 3 0 10 17 27 4 1 3 4 0 1 1 5 1 0 1 1 0.41 0.87 26 P 0 -2 -3 -3 3 -3 -3 2 -3 -1 -2 -3 -3 -1 2 1 3 1 2 -1 5 2 0 0 7 0 1 16 0 3 3 1 0 3 12 8 23 2 7 5 0.38 0.97 27 Y -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -2 0 -1 -5 -2 6 -5 -4 -4 3 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 3 0 0 33 0 0 0 3 43 11 1.39 1.05 28 Y -2 -4 -4 -5 -1 -4 -1 -3 1 1 -2 -4 0 2 -5 -2 0 3 6 3 3 0 0 0 1 0 5 2 3 6 2 0 2 8 0 3 5 4 35 20 0.73 1.07 29 G 4 -4 -3 -4 -3 -3 -3 4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 2 38 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 15 0.81 0.81 30 E -1 0 -1 0 -4 0 4 -4 1 0 -4 0 -3 -1 -3 0 2 2 2 -3 5 5 3 3 0 4 33 0 3 7 0 5 0 3 0 5 15 3 8 0 0.41 0.81 31 I 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 1 -4 -1 1 -4 -1 -2 -4 1 4 7 0 0 0 0 0 0 0 0 38 8 0 0 6 0 6 0 0 5 30 0.69 0.81 32 P -1 -4 -4 -2 -5 -2 -1 -4 -3 -4 -2 -2 -3 -6 8 -3 -2 -6 -5 -3 4 0 0 2 0 1 3 0 1 0 4 1 1 0 81 0 2 0 0 2 2.05 1.02 33 D 0 -3 0 2 -1 -1 5 3 -3 -1 -2 -2 -4 -5 0 0 -2 -5 -5 -3 6 0 3 10 1 1 39 20 0 4 3 0 0 0 4 5 2 0 0 1 0.57 1.02 34 L -2 -5 -6 -6 6 -5 -5 -6 -5 -1 4 -5 0 4 -5 -4 -4 1 -1 -1 2 0 0 0 21 0 0 0 0 2 52 0 2 16 0 0 0 2 1 1 1.07 1.02 35 P -1 -1 -1 0 -5 3 0 -2 -1 -4 -4 2 -4 -5 6 0 -2 -5 -4 -3 3 2 3 6 0 14 6 2 1 0 1 12 0 0 39 7 2 0 0 1 0.84 0.97 36 G -2 -4 -1 -3 -5 -4 -2 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 0 -5 -5 0 0 2 0 0 0 2 92 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 1.84 1.00 37 V -1 -5 -5 -6 7 -5 -5 -5 -5 1 1 -5 -2 -2 -5 -4 -2 -5 -1 5 3 0 0 0 27 0 0 0 0 4 10 0 0 1 0 0 1 0 2 53 1.16 1.02 38 W -4 -1 -1 -5 -4 -1 -4 -3 0 3 -1 -2 4 1 -5 -2 -4 9 3 -1 0 3 3 0 0 2 0 1 3 17 5 3 11 5 0 3 0 32 9 3 1.06 1.02 39 A 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 2 2 -5 -4 1 64 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 14 12 0 0 8 0.93 1.02 40 T -2 0 4 1 -1 3 2 -4 1 -4 -4 -2 -3 3 -4 -1 2 -4 0 -3 2 5 20 9 2 12 12 0 3 0 0 0 0 13 0 3 17 0 2 1 0.49 1.02 41 G 3 -4 -3 -4 -4 -3 -2 6 0 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -3 -4 26 0 0 0 0 1 2 66 2 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 1.30 1.02 42 K -2 1 1 3 -5 -1 3 -3 0 -4 -4 4 -4 -5 1 0 0 -6 -4 -4 3 6 5 16 0 1 23 1 2 1 1 24 0 0 6 5 5 0 0 1 0.54 1.06 43 S -1 -1 0 0 -3 -3 -3 -4 1 -3 -4 -3 -3 -5 -3 1 7 -5 -4 -3 2 2 4 5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 10 74 0 0 0 1.19 1.03 44 L -4 -4 -5 -5 -4 -1 -2 -6 -4 0 5 -2 1 2 -1 -3 -3 0 2 1 0 0 0 0 0 4 3 0 0 4 57 2 3 8 4 1 0 1 6 7 0.71 1.03 45 K -2 1 -1 0 -6 0 6 -4 0 -5 -3 0 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -1 -4 1 6 2 2 0 3 68 0 2 0 3 5 2 0 0 5 1 0 2 0 1.07 1.03 46 E 1 -3 -1 2 -5 1 6 -2 -3 -5 -3 -1 -4 -5 -4 -1 0 -5 -1 -3 10 0 2 9 0 6 55 2 0 0 2 2 0 0 0 4 5 0 2 1 0.84 1.03 47 C 3 -3 -4 -5 9 -4 -5 -4 -5 -3 -2 -4 -3 -4 -4 -2 0 -5 -1 -1 26 2 0 0 56 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 6 0 3 4 1.58 1.03 48 E -3 6 -3 -1 -5 1 1 -3 -3 0 1 0 -3 -2 -4 -3 -2 -5 -1 -1 0 45 0 2 0 7 10 2 0 6 14 4 0 2 0 0 2 0 2 5 0.66 1.03 49 A 0 2 0 2 -5 2 3 -1 3 -3 -3 1 -4 -4 -4 0 -1 -5 0 -2 9 11 3 10 0 9 21 4 7 1 2 10 0 0 0 5 2 0 3 3 0.36 1.03 50 N -1 1 5 1 -5 1 4 -4 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -3 4 8 37 5 0 6 29 0 0 0 1 2 2 0 0 3 1 0 0 2 0.80 1.03 51 L 0 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -5 -5 2 5 -5 0 0 -5 -4 -3 -4 -3 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 8 74 0 0 3 0 0 0 0 0 6 1.06 1.03 52 Q -1 4 -1 -3 -5 4 1 -4 -3 0 -2 2 -3 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -2 6 27 2 0 0 24 10 0 0 7 3 11 0 0 0 3 4 0 0 3 0.60 1.03 53 A -2 -1 -2 3 -5 0 5 -1 -3 -3 -5 0 -1 -5 -4 2 -2 -5 -4 -2 2 3 0 15 0 3 48 3 0 2 0 3 2 0 0 16 1 0 0 3 0.79 1.03 54 A 4 -4 -4 -4 -3 -4 -2 -4 -5 0 -1 -4 -2 -4 -4 -1 1 -5 -4 4 39 0 0 0 0 0 3 0 0 4 3 0 0 0 0 4 7 0 0 39 0.74 1.03 55 L -2 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -6 -5 4 4 -1 3 0 -5 -4 -1 -4 -3 1 2 0 0 0 0 0 0 0 0 25 47 5 8 3 0 0 3 0 0 7 0.81 1.03 56 E -3 -1 -2 2 -6 1 6 -4 0 -5 -5 1 -1 -5 -3 0 -3 -5 -4 -5 0 2 0 7 0 3 70 0 2 0 0 7 2 0 0 6 0 0 0 0 1.21 1.00 57 D 0 -3 -2 4 -5 -2 4 3 -3 -4 0 -3 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -2 9 0 0 23 0 0 28 24 0 0 11 0 0 0 0 0 2 0 0 3 0.62 0.89 58 W -5 -2 -2 -6 -5 -4 -5 -5 0 -4 -4 -5 1 -1 -6 -5 -4 12 2 -5 0 2 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 4 0 0 0 0 86 3 0 3.18 0.89 59 L -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 6 3 -5 2 -2 -5 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 33 0 5 0 0 0 2 0 0 11 1.02 0.89 60 L 1 -4 -4 0 -4 -3 1 -4 -4 1 3 -3 0 0 -4 -1 -1 1 -1 1 15 0 0 7 0 0 13 0 0 6 34 0 2 4 0 4 4 2 2 8 0.34 0.96 61 F 0 -1 -3 -3 -4 -3 0 -4 -1 1 3 -2 0 2 -4 -1 2 -4 -1 2 10 3 1 1 0 0 6 0 1 5 26 1 1 11 0 3 15 0 2 13 0.30 0.96 62 L 3 3 -3 -4 -4 -2 -3 3 0 -4 -3 1 -3 -4 -4 1 -1 0 0 -4 28 19 0 0 0 0 0 20 3 0 3 10 0 0 0 10 4 1 4 0 0.50 0.96 63 L -2 1 -5 -5 -4 -2 -1 -5 -1 2 5 0 -1 -2 -5 -4 -2 -4 -3 1 2 8 0 0 0 2 4 0 1 11 55 6 0 1 0 0 2 0 0 9 0.64 0.97 64 S 0 4 -3 -2 -2 3 2 -3 -1 -4 -2 3 -1 -5 -4 1 -1 -5 -2 -4 8 26 0 2 1 12 11 1 1 0 5 16 1 0 0 11 4 0 1 0 0.52 1.02 65 R -2 3 -1 0 -3 1 -1 -3 3 -3 3 0 0 2 -4 -1 -3 1 -3 -3 3 18 3 5 1 8 3 1 8 0 29 5 2 8 0 5 1 2 0 0 0.35 1.02 66 G -2 -2 1 -2 -5 -1 -3 6 3 -6 -6 -2 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -4 -5 0 2 8 2 0 3 0 71 8 0 0 2 0 0 0 3 0 0 0 0 1.33 1.02 67 E -3 1 -2 2 -2 1 1 -5 6 -2 3 -1 0 0 -5 -3 -3 -1 -1 -2 1 6 1 13 1 6 9 0 21 2 29 3 2 4 0 0 0 1 1 1 0.53 1.03 68 T -1 -1 0 -1 -5 0 1 -3 -1 -2 -1 -1 -1 -2 6 0 1 -5 -3 -2 5 2 4 3 0 5 8 1 2 2 6 3 2 2 38 6 10 0 1 2 0.65 1.03 69 P -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 2 -1 1 -5 -3 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 30 0 4 2 7 0 0 0 0 11 0.98 1.03 70 P -1 -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 0 -5 -5 -3 -5 -6 8 -3 -2 -6 -2 -5 3 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 92 0 2 0 1 0 2.53 1.03 71 P -2 -2 -3 -1 -5 -2 4 0 -4 2 -3 -1 -3 -4 4 -3 0 -5 -4 2 2 1 0 2 0 1 29 8 0 12 1 3 0 0 19 0 5 0 0 16 0.55 1.02 72 L -2 -5 -3 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 3 -4 0 0 -5 -1 -2 -4 -3 2 2 0 1 0 0 0 0 0 0 40 31 0 1 4 0 6 2 0 0 13 0.77 0.92 73 G 0 -3 1 5 -5 -2 2 4 -3 -5 -5 -3 -5 -5 -1 -1 -1 -5 -5 -4 9 1 7 34 0 0 13 29 0 0 0 0 0 0 2 2 2 0 0 1 0.77 0.91 74 E -2 -2 2 0 0 -1 1 6 -2 -6 -6 0 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 1 10 6 2 1 9 61 1 0 0 7 0 0 0 1 0 0 0 0 1.02 0.86 75 V -1 -4 -4 -5 -1 0 -3 -5 1 6 1 -4 0 -1 -5 -4 -1 -4 1 2 5 0 0 0 1 5 1 0 4 49 11 0 1 2 0 0 3 0 6 13 0.69 0.86 76 R -3 0 2 4 1 0 3 -3 -1 -4 -2 0 -4 -5 -4 0 2 -5 -2 -4 0 6 11 30 3 2 20 1 1 0 5 5 0 0 0 4 12 0 1 0 0.57 0.86 77 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -1 -6 -5 4 5 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 5 0 0 25 63 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.95 0.82 78 E -2 0 5 0 -5 1 2 -3 0 -4 -5 3 -4 -5 -1 0 0 -5 -4 -2 1 4 39 2 0 6 13 0 2 0 0 19 0 0 3 3 4 0 0 3 0.68 0.77 79 L -2 -4 -4 -4 -3 -3 -2 -5 -4 4 2 -4 3 2 -4 -3 -1 -4 -2 3 3 0 0 0 0 0 4 0 0 34 14 0 9 8 0 0 3 0 0 26 0.61 0.63 80 P -2 -1 -2 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 3 -3 -5 6 2 1 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 47 17 9 0 0 0 1.11 0.55 K Lambda Standard Ungapped 0.1384 0.3157 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1918 0.3178 PSI Gapped 0.0587 0.2670