Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -4 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -6 4 4 -6 2 4 -6 -5 -4 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 38 0 4 20 0 0 0 0 0 10 1.13 1.58 2 K -1 1 0 -1 -6 2 3 -5 3 -5 -5 4 -2 -6 1 0 0 -6 -2 -2 6 8 3 2 0 9 19 0 6 0 0 22 1 0 6 8 6 0 1 3 0.52 1.64 3 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -2 -7 -6 5 2 -4 -1 -3 -3 -5 -3 -6 -4 5 1 0 0 0 0 0 3 0 0 27 15 0 0 0 2 0 0 0 0 49 1.13 1.69 4 G -2 -4 1 -1 -6 -4 -4 7 -3 -7 -6 -4 -6 -6 -5 -3 -4 -6 -5 -6 1 1 7 3 0 0 1 84 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.87 1.73 5 D -1 -1 -1 5 -1 2 1 -4 0 -3 -5 0 0 -6 -5 2 -1 -6 -4 -4 5 4 2 37 2 11 8 1 2 1 1 4 2 0 0 16 3 0 0 1 0.73 1.74 6 R -3 7 -2 -4 -3 0 -3 -5 0 -2 -2 1 1 -3 -2 -2 -1 -4 0 -1 1 58 1 0 0 3 1 0 2 2 5 6 4 1 2 2 3 0 3 4 1.06 1.75 7 V -2 -4 -5 -6 6 -5 -6 -6 -6 2 0 -5 -3 -3 -6 -5 -3 -6 -2 6 2 1 0 0 17 0 0 0 0 9 5 0 0 1 0 0 0 0 1 63 1.43 1.74 8 L -2 2 -1 -1 1 2 3 -5 0 0 1 1 0 -3 -5 0 0 -1 -1 0 3 10 2 2 3 9 19 0 2 5 13 7 2 1 0 8 5 1 3 6 0.25 1.77 9 V -3 -5 -4 -3 0 -5 -5 -6 -3 3 2 -5 -1 0 -5 -3 -1 -1 0 5 1 0 1 2 2 0 0 0 1 14 17 0 1 4 0 1 3 1 3 49 0.92 1.76 10 G -1 -2 2 1 -3 0 0 1 -1 -2 -3 1 -3 -2 2 2 1 -4 -2 -3 6 2 9 8 0 5 6 11 2 2 2 8 0 2 10 15 8 0 1 2 0.24 1.70 11 G -1 -1 2 2 -4 -1 -1 5 -2 -4 -4 0 -3 -5 -1 1 -1 -3 -3 -3 3 4 10 10 0 2 4 37 1 1 1 6 0 0 3 11 3 0 1 2 0.57 1.73 12 T -1 -1 2 1 -3 1 1 2 -1 -2 -4 2 -3 -3 0 0 0 -4 -1 -1 4 3 9 8 0 6 8 17 2 2 1 11 0 1 5 8 6 0 3 5 0.22 1.68 13 K -1 5 -2 -3 -2 0 -1 0 3 -4 -2 2 1 -2 -1 -2 -1 -2 1 -2 4 28 2 1 1 4 4 7 7 1 5 14 4 2 3 2 3 0 6 3 0.44 1.67 14 A 0 4 -1 -4 2 0 -2 -4 -1 0 -1 1 -2 -1 0 -1 1 -2 3 0 8 23 2 0 4 3 3 1 1 6 6 7 1 2 5 5 7 0 9 6 0.29 1.63 15 G 0 -5 -3 -4 0 -2 -4 7 -5 -5 -5 -4 -5 -3 -5 -2 -4 -5 -5 -3 7 0 1 0 2 2 0 81 0 0 1 0 0 1 0 1 0 0 0 2 1.69 1.58 16 V -3 -1 -4 -4 -2 -2 -1 -5 0 2 -2 -2 -2 -2 -5 -2 5 -1 -1 3 1 4 0 1 1 1 4 0 2 13 2 3 1 2 0 2 36 1 2 24 0.70 1.69 17 V -2 -6 -6 -6 0 -5 -3 -5 -6 5 1 -6 -2 -4 -6 -5 -4 -6 -4 6 3 0 0 0 1 0 2 1 0 32 12 0 0 0 0 0 0 0 0 50 1.25 1.68 18 R 0 7 -4 -5 -2 -1 -3 -4 -1 -4 -3 3 1 -6 -4 -3 -4 -3 -4 -3 8 58 0 0 1 2 1 0 1 1 2 19 4 0 0 1 0 0 0 1 1.28 1.73 19 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -5 -4 0 -3 -4 -5 -4 6 -6 -4 -4 6 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 1 1 1 0 0 0 34 0 1 1 11 47 1 1.91 1.71 20 L -3 -3 -3 -6 2 -4 -4 -5 -3 5 0 -1 0 -1 -6 -3 -2 -2 -1 4 1 2 1 0 4 0 1 0 0 35 7 4 2 3 0 2 2 1 2 32 0.84 1.76 21 G -2 -4 -3 -2 -5 -2 -3 7 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -3 -3 -4 -5 -6 -6 1 1 0 2 0 2 2 88 0 0 1 0 0 0 1 1 0 0 0 0 1.94 1.71 22 E -2 0 0 -2 -2 1 2 -4 1 -1 -3 1 -2 -2 4 0 2 -2 -1 -2 3 6 4 2 1 6 14 1 3 4 3 9 1 1 20 5 11 1 2 2 0.37 1.77 23 T -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -5 -1 2 1 -4 1 -3 0 -3 4 -5 -3 4 6 1 1 1 1 1 1 1 2 12 13 0 3 1 6 1 24 0 1 27 0.58 1.73 24 D -1 -2 0 3 -2 1 2 -2 5 -4 -4 1 0 -4 3 0 -3 -6 -3 -3 5 2 4 15 1 6 11 3 12 1 2 8 2 1 16 8 1 0 1 1 0.48 1.71 25 F -3 -3 -1 -1 -3 -3 -1 3 -2 -2 -1 -1 -2 6 -1 -2 -1 -4 -1 -1 1 1 4 4 1 1 4 25 1 2 5 4 1 33 4 2 3 0 1 4 0.63 1.66 26 A 3 -1 -1 -1 -1 -1 -1 1 0 -1 -2 2 0 -2 -2 0 0 1 -1 -2 25 3 2 4 1 3 4 10 2 3 4 13 3 2 1 7 6 2 2 3 0.22 1.58 27 K 0 0 1 1 -2 0 1 -1 -2 -3 -3 3 -2 -5 3 1 1 -1 -3 -3 6 5 7 6 1 3 8 5 1 1 2 17 1 0 16 10 8 1 1 2 0.33 1.52 28 G -1 -3 -1 1 -2 -1 1 5 -1 -4 -3 -2 -2 -3 -3 0 -1 -5 -3 -3 3 1 3 7 1 2 8 52 1 1 2 2 1 1 1 6 4 0 1 2 0.77 1.44 29 E -2 -2 -2 -1 -1 1 1 0 -1 2 -1 1 -1 -1 -1 -2 1 0 1 2 2 2 2 3 1 6 10 8 1 12 6 8 2 3 3 2 11 1 4 12 0.12 1.33 30 W -3 -2 -3 -4 -1 -2 -4 -2 1 0 -1 -3 2 3 -4 -3 -1 9 2 0 2 2 1 1 2 1 1 4 3 5 6 2 5 12 1 2 4 34 6 8 1.08 1.22 31 C 1 0 -4 -4 2 -3 -4 -3 -4 3 0 -3 0 0 -4 -2 -2 4 1 4 15 5 0 1 4 0 1 2 0 15 9 1 2 4 1 2 2 6 5 27 0.42 1.13 32 G -1 -4 -3 -3 -4 -3 -4 6 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -2 -1 3 0 0 5 1 1 1 0 1 1 68 0 1 1 1 0 0 1 1 4 4 4 7 1.18 1.08 33 V -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -4 4 1 -4 3 -3 -4 -3 -3 3 -3 5 5 1 0 1 0 0 1 5 0 22 10 1 7 0 1 1 1 4 0 40 0.77 1.25 34 E -2 -1 -1 0 1 1 5 -2 1 -2 -2 0 0 -1 -4 -1 -1 2 0 -2 3 4 3 4 3 5 42 3 3 3 3 5 3 3 0 3 3 3 3 3 0.54 1.61 35 L -3 -3 -4 -4 4 -3 0 -4 -3 1 0 1 3 2 -4 0 1 5 2 1 1 0 0 0 8 0 8 1 0 8 8 8 8 8 0 8 8 8 8 8 0.37 1.23 36 D -1 -2 -1 6 0 -1 1 -3 2 -2 -2 -2 -1 -2 0 -1 -1 -6 -1 -2 4 2 3 42 2 3 9 2 5 2 4 2 2 2 4 4 3 0 2 3 0.66 2.00 37 E 0 -1 1 2 1 0 3 0 1 -2 -2 0 0 -1 -1 -1 -1 -5 0 -2 6 3 5 12 3 4 19 9 3 3 3 6 3 3 3 5 5 0 4 3 0.19 2.00 38 P -1 0 1 0 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 -5 0 0 0 4 -4 0 6 6 5 6 5 5 6 6 5 6 6 6 5 0 6 6 6 5 0 6 0.14 1.89 39 L -2 2 1 -1 0 -1 0 -2 0 1 0 1 1 -1 -1 -1 0 2 -1 1 4 10 7 4 2 2 6 3 3 8 8 8 3 3 3 5 6 3 2 11 0.09 1.85 40 G -1 -5 0 -1 0 -4 -2 6 0 -5 -3 -2 0 -5 -1 -1 -2 -5 -1 -5 3 0 4 3 2 0 3 60 3 0 3 3 2 0 4 4 3 0 2 0 1.04 1.83 41 K -1 2 0 -1 3 -1 0 0 0 -2 -3 5 -1 -2 -2 -2 0 0 -4 -2 4 10 4 3 7 2 5 6 2 2 3 33 2 2 2 3 6 1 0 3 0.45 1.87 42 N 0 1 1 0 3 1 -3 0 3 -4 -1 0 2 -4 -4 0 0 4 2 -4 7 7 7 7 6 7 0 7 6 0 7 7 6 0 0 7 7 6 6 0 0.28 1.56 43 D -1 -1 2 5 1 0 0 -1 -3 -5 -5 -1 -4 0 -4 0 1 -5 0 -5 4 4 11 37 4 4 4 4 0 0 0 4 0 4 0 8 8 0 4 0 0.63 1.48 44 G -1 -4 -3 0 2 -4 -4 6 -4 -4 -5 -4 -4 0 -4 -3 -1 -4 -4 -1 5 0 0 5 5 0 0 68 0 0 1 0 0 5 0 0 5 0 0 5 1.22 1.22 45 A -2 -1 -1 -2 1 -1 -1 -3 -1 0 -3 -1 0 -2 -1 4 3 0 -1 1 3 3 2 2 3 2 4 2 2 6 2 3 2 2 3 28 20 1 2 9 0.36 1.46 46 V -2 -3 -3 -3 0 -3 -3 -4 3 2 -1 -2 -1 2 -3 -3 -3 2 3 5 2 1 1 1 2 1 1 2 7 9 4 3 1 10 1 2 1 3 11 37 0.60 1.60 47 A -1 0 4 2 -2 2 1 0 0 -5 -3 2 -2 -3 -1 0 -2 -5 -2 -5 5 5 17 11 1 9 8 8 2 0 3 15 1 1 3 7 1 0 1 0 0.38 1.60 48 G -2 -2 -1 -1 -1 -2 -3 6 -2 -6 -5 0 -5 -6 -3 -1 -2 -5 -3 -5 2 2 3 4 1 2 2 69 1 0 1 5 0 0 1 3 2 0 1 0 1.29 1.64 49 T -3 1 -2 -3 -2 1 0 -4 2 1 -3 4 0 -3 -3 -3 1 -2 -2 3 1 7 2 1 1 5 5 1 5 8 1 25 2 1 1 1 10 1 1 20 0.44 1.72 50 R -1 0 0 -4 3 1 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 0 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.13 2.01 51 Y -4 0 -4 -5 2 0 -4 -5 2 0 0 -1 2 2 -5 -4 -4 -2 7 -1 1 5 0 0 4 4 0 1 5 6 7 5 4 5 0 0 0 0 46 5 1.06 1.55 52 F -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 0 -1 -5 1 8 -1 -4 -1 3 2 -1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 4 4 0 4 63 4 1 5 4 4 4 1.39 1.33 53 Q -1 0 -1 0 -1 1 2 -1 1 -2 -1 1 -1 1 -1 1 1 0 -2 -1 4 5 3 5 1 5 16 4 3 2 6 9 1 6 3 9 10 1 1 5 0.13 1.57 54 C -1 -5 -4 -2 9 -2 -1 -2 -5 -2 -3 -4 -1 -5 -2 1 2 -5 -2 -1 5 0 0 2 48 1 6 3 0 2 2 0 1 0 2 9 13 0 1 3 1.33 1.57 55 Q 0 1 0 0 -2 0 1 -1 1 -3 -3 2 -2 -3 3 1 0 -1 -3 -2 7 8 4 5 1 4 8 4 3 1 2 15 1 1 16 10 5 1 1 3 0.29 1.67 56 P -1 -2 -2 1 -5 0 1 -3 -1 -2 -2 0 -1 -4 6 -1 -1 -2 -3 -2 5 2 2 7 0 4 8 2 1 2 4 5 2 1 41 5 3 1 1 3 0.79 1.75 57 K -3 0 4 0 -2 0 -1 3 -1 -5 -3 3 0 -3 -3 -2 1 -6 -2 -5 1 4 22 4 1 3 3 19 2 0 3 22 3 1 1 2 9 0 1 0 0.58 1.77 58 Y 0 2 -2 -3 2 1 -4 -2 7 -5 -4 0 -2 1 -3 1 -2 -4 5 -5 8 10 1 1 5 5 0 4 26 0 1 5 1 5 1 9 3 0 17 0 0.79 1.78 59 G 2 -5 -2 -3 -1 -5 -3 7 -5 -6 -6 -4 -5 -3 -2 -2 -4 -6 -6 -5 14 0 1 1 1 0 1 76 0 0 0 0 0 1 2 1 0 0 0 0 1.62 1.68 60 L -1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -1 -2 3 2 -2 2 -1 -5 2 -1 0 -2 3 4 1 0 1 1 1 1 6 1 16 18 2 4 2 0 19 3 1 1 17 0.41 1.70 61 F -4 -4 -6 -6 -2 -6 -6 -5 -2 -2 0 -6 0 8 -5 -4 -5 -1 0 -2 1 1 0 0 1 0 0 1 1 2 8 0 2 79 1 1 0 1 1 2 1.97 1.70 62 A 1 -4 -5 -6 2 -4 -4 -3 -6 2 0 -4 1 -1 -5 -2 -1 -5 -3 6 13 1 0 0 4 1 1 2 0 9 7 1 3 2 0 2 3 0 1 52 0.88 1.68 63 P -2 6 -2 -2 -3 -1 -1 -4 -1 -5 -4 3 -3 -4 4 -1 -2 -6 -2 -4 2 42 1 2 0 2 3 1 1 0 1 17 0 1 17 4 2 0 1 1 0.96 1.72 64 V 0 -1 -3 -4 -3 -1 -2 -3 -2 0 0 -3 0 0 6 -1 -3 -2 1 0 7 3 1 1 0 3 3 2 1 6 10 1 2 4 40 4 1 1 4 7 0.74 1.74 65 H 0 0 2 2 -3 0 2 -2 2 -4 -4 1 -1 -3 -2 3 1 -6 -3 -4 6 4 11 11 1 3 13 2 4 1 1 7 2 1 2 21 8 0 1 1 0.37 1.75 66 K -1 3 1 1 -2 3 -1 -3 -1 -4 -4 5 -2 -4 -3 0 -1 -3 -4 -3 5 17 7 7 1 11 3 1 1 1 1 31 1 1 1 6 3 0 0 2 0.60 1.80 67 V -2 -6 -6 -6 1 -5 -6 -6 -6 4 2 -4 -1 -2 -4 -5 -2 -6 -4 5 3 0 0 0 3 0 0 0 0 23 19 1 1 2 1 0 1 0 0 46 1.10 1.73 68 T -1 0 -2 -3 -2 -1 -1 -4 -1 2 -2 1 -2 -3 -3 2 3 -5 -3 2 5 6 1 1 1 3 3 1 1 12 3 10 0 1 1 18 20 0 1 12 0.37 1.67 69 K -1 4 -2 -3 -2 1 -1 -4 2 -2 -1 5 -2 -3 1 -1 -2 -6 -3 -1 4 21 1 1 1 5 2 0 4 3 5 33 1 1 6 5 2 0 1 5 0.58 1.61 70 I -3 -3 -5 -4 -3 -5 -5 -5 -4 5 2 -5 -1 -3 -4 -5 -2 -5 -3 5 1 2 0 1 0 0 0 1 0 33 18 0 1 0 1 0 1 0 1 40 1.04 1.49 71 G 2 -5 -3 -4 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 20 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.66 1.08 K Lambda Standard Ungapped 0.1445 0.3207 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1711 0.3173 PSI Gapped 0.0524 0.2670