Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 4 -4 8 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 41 0 49 0 0 0 0 0 0 0 1.40 1.04 2 D -2 -2 2 3 -4 -3 1 -4 -1 -4 -3 -2 -4 -4 -4 4 5 -6 -4 -4 1 1 9 14 0 0 8 0 1 0 2 1 0 1 0 29 33 0 0 0 0.76 1.20 3 A 2 -5 -4 -4 -1 -3 -4 -4 0 -5 -3 -4 -5 -2 8 -1 -2 -6 -5 -4 18 0 0 0 2 0 0 0 2 0 2 0 0 3 66 5 2 0 0 0 1.68 1.24 4 A 1 -2 0 0 -2 2 4 -3 -3 -2 -4 0 -1 -4 0 3 0 -5 -2 -4 13 1 4 4 1 9 24 1 0 2 1 5 1 1 4 22 5 0 1 0 0.43 1.27 5 E -4 -1 -3 1 -6 3 7 -5 -1 -4 -5 -1 -1 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -4 0 2 0 4 0 12 76 0 1 1 0 1 2 0 0 0 1 0 0 1 1.50 1.27 6 V -1 -5 -3 -6 3 -3 -5 -6 -3 4 3 -5 2 -3 -5 -2 -1 -5 -4 4 6 0 1 0 6 1 0 0 1 22 27 0 4 0 0 3 4 0 0 25 0.69 1.27 7 E 1 -1 -1 0 -5 2 6 -1 0 -2 -3 -1 -4 -3 -4 -1 -2 -5 -2 -4 10 2 2 4 0 9 49 6 2 3 3 3 0 1 0 3 2 0 1 0 0.72 1.29 8 F -5 -5 -3 -6 -5 -5 -5 -6 1 -3 -1 -5 -1 9 -6 -2 -4 -2 2 -4 0 0 1 0 0 0 0 0 4 0 4 0 1 81 0 4 0 0 4 0 1.90 1.29 9 L -2 -5 -4 -3 -2 -3 -4 -4 -5 4 5 -5 2 0 -6 -4 -3 -2 -4 0 2 0 1 2 1 1 1 2 0 27 50 0 5 4 0 1 1 1 0 3 0.88 1.32 10 A 6 -5 -4 -5 4 -4 -4 0 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -2 0 -1 -5 -5 0 64 0 0 0 9 0 0 5 0 3 4 0 0 0 2 5 3 0 0 7 0.97 1.31 11 E -1 -3 -3 -1 -2 1 6 -1 -1 -5 -4 -1 1 -5 -4 -1 -2 -5 1 -5 4 0 0 2 1 5 66 4 1 0 2 2 4 0 0 3 2 0 5 0 1.09 1.31 12 K -3 -1 4 4 -6 2 3 -4 2 -5 -5 1 3 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 2 23 23 0 10 18 0 4 0 0 9 8 0 0 2 1 0 0 0 0.81 1.33 13 E -2 0 -2 -1 0 2 6 -3 -3 -3 -5 -1 -1 -6 -4 -1 0 -6 -5 -1 3 5 1 2 2 6 57 1 0 2 0 2 2 0 0 4 7 0 0 6 0.90 1.35 14 L -4 -4 -2 -3 -5 -2 -2 -4 -2 1 4 0 5 -2 2 -2 0 2 -1 -2 0 0 2 2 0 1 2 1 1 8 36 5 15 1 12 2 7 3 2 1 0.56 1.35 15 V -1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -6 6 -1 -5 -2 -3 -5 -4 -2 -6 -4 5 5 0 0 0 0 0 0 1 0 46 3 0 0 0 0 0 2 0 0 44 1.26 1.31 16 T -2 -1 -1 0 -5 0 4 -3 -1 -3 -3 1 -2 -4 0 0 4 -6 -5 -3 3 3 2 5 0 4 24 2 1 1 2 9 1 1 4 7 30 0 0 1 0.53 1.31 17 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 7 -1 -6 -2 -3 -6 -5 -3 -5 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 3 19 1.64 1.33 18 I -4 -3 -3 -5 -4 -2 1 -6 -2 4 1 -3 2 2 -5 -4 0 -5 -3 4 0 2 2 0 0 1 9 0 1 23 11 1 4 8 0 0 5 0 0 33 0.66 1.40 19 P -1 -5 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -6 -6 -4 -6 -7 9 -4 -4 -7 -6 -5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 2.86 1.44 20 N -3 5 4 -3 -1 -2 -2 -5 3 -3 0 0 0 -2 -5 1 0 -6 -2 -4 1 34 19 1 2 1 1 0 6 1 10 5 2 2 0 9 6 0 1 0 0.66 1.44 21 F -3 -2 -3 -5 -2 2 -3 -6 -4 3 -2 -3 0 7 -6 -3 0 -3 1 0 1 2 1 0 1 11 2 0 0 14 2 1 2 46 0 2 5 0 4 6 0.95 1.44 22 S -1 3 3 -2 -5 1 -2 -4 2 -5 -4 2 -4 -6 -4 3 2 -6 -5 -3 5 18 11 1 0 5 2 0 4 0 2 11 0 0 0 26 14 0 0 2 0.61 1.54 23 L -3 0 -2 -2 -1 -3 0 -3 2 1 3 -3 6 -1 -6 -1 -1 -5 -1 -1 2 5 2 2 1 1 6 2 6 8 26 1 24 3 0 5 4 0 2 2 0.55 1.58 24 D -3 1 1 4 -6 1 3 -1 -4 -6 -6 0 -5 -6 3 -1 1 -7 -6 -6 2 8 5 26 0 5 21 4 0 0 0 4 0 0 14 3 8 0 0 0 0.72 1.57 25 K 0 3 -2 -3 -5 1 0 -1 -1 -2 -1 3 1 -5 1 0 1 -6 -5 -1 8 18 1 1 0 6 6 4 2 2 5 17 4 0 7 8 8 0 0 5 0.31 1.57 26 I -3 -1 -1 -4 -1 -5 -5 -4 -2 4 3 -2 1 1 -2 -5 -1 5 -3 1 1 4 4 1 1 0 0 2 1 26 27 2 3 5 2 0 3 8 0 9 0.61 1.57 27 Y -2 1 1 1 1 2 0 -2 4 -2 -2 0 -4 0 -1 -1 1 -1 2 -3 4 8 7 7 3 10 6 3 8 2 5 6 0 5 3 4 9 1 7 1 0.20 1.53 28 L -2 -2 -5 -5 1 -4 -5 -1 -5 0 5 -5 5 3 -5 0 -1 -4 -3 -2 3 3 0 0 3 0 0 5 0 4 48 0 13 10 0 6 4 0 0 0 0.75 1.48 29 I -2 -5 0 -2 1 -4 -5 -2 -5 5 2 -5 3 0 0 0 -4 2 -4 0 4 0 6 3 3 0 0 3 0 32 19 0 8 4 5 7 0 3 0 4 0.54 1.60 30 G 0 -1 -1 1 1 0 1 2 2 -1 -1 1 -4 -1 0 1 1 -5 0 -4 6 3 3 6 3 3 9 13 5 4 6 7 0 3 4 9 10 0 3 0 0.14 1.73 31 G 0 0 1 0 3 -4 0 0 -4 0 -1 0 -4 1 1 0 0 -5 2 0 6 6 6 6 6 0 6 6 0 6 6 6 0 6 6 6 6 0 6 6 0.11 1.67 32 D -2 1 1 2 -5 0 0 -5 1 -1 -2 1 1 -5 1 0 3 -6 0 -1 3 8 6 12 0 5 7 0 3 4 3 8 3 0 7 7 16 0 3 4 0.26 1.67 33 L -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -6 -3 2 2 -5 0 3 -5 -3 2 1 5 1 1 0 0 1 0 0 1 0 0 13 16 0 1 12 0 1 13 1 21 10 0.56 1.29 34 G -2 -1 2 -3 -3 -2 -2 6 -1 -6 -6 -3 -5 -6 4 -3 -2 -6 -5 -5 2 3 8 1 0 1 2 52 1 0 0 1 0 0 18 0 2 0 0 0 0.95 1.29 35 P 0 -2 2 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -5 -3 7 -2 -2 -6 -5 -3 8 2 10 0 0 2 1 0 0 1 1 1 0 1 61 1 2 0 0 1 1.41 1.29 36 F -4 -5 -6 -6 -5 -5 -5 -6 -4 0 3 -5 4 7 -6 -3 -4 -3 0 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 27 0 10 47 0 2 0 0 2 0 1.12 1.29 37 N -3 5 2 -3 -5 0 0 -3 1 0 -3 0 0 -3 -5 0 0 -5 -1 0 1 29 12 0 0 3 7 2 3 5 2 5 3 1 0 5 5 0 2 7 0.33 1.29 38 P 3 -4 -5 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -2 -4 -2 -5 7 -3 -4 -6 -5 -3 22 1 0 0 0 0 2 2 0 1 3 0 1 0 59 1 0 0 0 1 1.42 1.29 39 G -1 -4 2 -4 -5 0 -4 3 -1 -2 0 -4 4 -3 4 -2 -2 -5 -3 -4 4 0 10 0 0 5 0 21 1 1 11 0 11 1 22 2 2 0 0 0 0.49 1.29 40 L -2 2 -1 -2 -5 3 -2 -4 2 2 0 -1 1 0 -5 -1 -1 -4 1 0 3 13 3 2 0 12 2 0 5 12 10 4 4 3 0 4 4 0 6 5 0.16 1.29 41 P -2 3 -3 -3 -5 -2 -2 -5 -4 0 -5 1 -4 -5 6 1 -1 -6 -5 -3 2 17 1 0 0 1 2 0 0 6 0 10 0 0 37 9 4 0 0 1 0.80 1.29 42 V 2 -4 -3 -5 3 -3 -2 -4 -5 1 -1 -4 0 -4 -3 0 3 2 -1 3 16 0 1 0 6 1 3 0 0 9 3 0 2 0 1 5 18 3 2 22 0.37 1.29 43 E -3 2 0 3 -4 2 3 -4 1 -4 -4 3 -3 -4 -3 -1 1 -5 -3 -3 1 9 4 13 0 9 17 0 3 0 1 17 0 0 1 4 8 0 1 2 0.38 1.29 44 V -2 -5 -6 -6 1 -5 -5 -6 -6 3 1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 2 0 0 0 3 0 0 0 0 13 14 0 1 0 0 0 0 0 0 58 0.99 1.29 45 P -2 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 8 -2 -2 -6 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 82 2 2 0 0 1 2.21 1.29 46 L -4 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 1 1 -2 -5 -3 -4 -1 -1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 9 66 0 2 5 2 0 1 0 2 2 0.92 1.24 47 W -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -2 -1 -5 -4 -5 -4 -1 -5 -5 -5 12 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 4 1 0 0 0 0 1 0 0 0 77 5 0 2.95 1.24 48 L -1 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -5 2 5 -5 3 -1 -5 -4 -1 3 -3 1 4 0 0 0 0 0 0 0 0 9 52 0 7 2 0 0 3 4 0 8 0.72 1.24 49 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 0 -1 -3 -5 -4 -3 80 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0 1.18 1.24 50 I -3 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -3 4 4 -3 0 -1 -5 -3 -1 -4 -4 2 1 1 0 0 1 1 0 0 1 20 44 2 1 1 0 2 3 0 0 13 0.64 1.24 51 N 0 -4 3 -2 -1 -2 -1 -4 3 0 3 -3 1 0 -4 -1 -2 -4 1 -2 8 0 14 2 1 1 4 1 8 6 25 1 4 3 0 4 2 0 5 1 0.23 1.24 52 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 6 -5 1 0 -5 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 81 0 2 3 0 0 0 0 0 1 1.20 1.24 53 K -3 4 -1 -2 -6 0 -1 -4 0 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -1 -3 -4 1 17 2 1 0 2 1 0 2 0 0 73 0 0 0 0 0 1 1 1 1.44 1.27 54 Q -3 3 0 -3 -6 6 0 -2 -3 -5 -2 4 -2 -6 -4 -1 -2 -5 -4 -5 1 17 3 0 0 34 3 3 0 0 5 30 1 0 0 3 1 0 0 0 0.92 1.27 55 R -2 5 -1 -4 0 6 -1 -4 -2 -2 -3 2 -3 -6 -4 -1 -1 -5 -4 -4 2 28 2 0 2 39 1 0 0 3 3 11 0 0 0 4 4 0 0 1 0.94 1.27 56 Q -3 3 3 2 -6 4 -2 2 1 -6 -6 2 -4 -6 -4 -1 -3 -6 -5 -5 1 17 17 9 0 23 1 14 3 0 0 12 0 0 0 4 0 0 0 0 0.72 1.27 57 K -3 5 -2 -4 -6 1 -2 -5 0 -5 -1 6 1 -5 -4 -2 -1 0 -2 -5 1 26 1 0 0 4 0 0 2 0 5 51 4 0 0 1 3 1 1 0 1.03 1.23 58 C 2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -6 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -2 18 0 0 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2.54 1.23 59 R -2 5 4 -3 1 0 -2 -4 2 -4 -4 2 -4 -5 -4 1 1 -6 -3 -3 3 28 22 0 3 3 1 0 5 0 1 11 0 0 0 10 9 0 1 2 0.68 1.24 60 L -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -7 -6 7 1 -5 -1 -1 -6 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 78 11 0 0 2 0 0 0 0 0 10 1.52 1.21 61 L -3 -5 -6 -6 -3 -5 -5 -6 -6 4 2 -5 2 -3 -5 -4 -3 -5 -4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 18 0 5 0 0 0 0 0 0 57 1.10 1.05 K Lambda Standard Ungapped 0.1455 0.3232 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2010 0.3182 PSI Gapped 0.0615 0.2670