Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 R -3 1 -2 -2 -6 3 4 -4 -3 -5 -5 6 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 4 0 0 0 10 29 0 0 0 0 57 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 1.01 2 E -3 2 -2 -1 -6 4 4 -4 -3 -5 -5 5 -4 -6 -2 -1 -2 -5 -4 -2 0 9 0 3 0 23 24 0 0 0 0 33 0 0 2 2 2 0 0 3 0.88 1.10 3 V -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -4 6 -1 -5 -1 1 -5 -3 0 -4 2 4 0 0 0 0 0 1 0 0 0 48 2 0 0 4 0 1 5 0 7 31 1.00 1.11 4 K -3 1 -2 -4 -5 -1 -2 -5 -2 0 -1 -1 -3 0 6 -3 -2 4 2 -1 1 9 2 0 0 3 2 0 0 5 7 4 0 4 43 0 1 6 8 4 0.89 1.11 5 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 2 5 -5 7 -1 -5 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 51 0 35 1 0 0 0 0 0 4 1.30 1.20 6 T -2 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -5 -4 1 8 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 8 91 0 0 0 1.70 1.21 7 K 0 3 -2 -3 -5 5 0 -4 -2 -3 -2 3 -2 -5 1 -2 -3 -5 -2 0 9 17 1 0 0 27 3 0 0 1 4 16 0 0 8 2 0 0 1 7 0.58 1.23 8 A 0 1 -1 1 -4 1 6 -2 -2 -5 -5 0 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -2 -4 8 6 1 7 0 5 57 2 1 0 1 4 0 0 0 4 1 0 1 1 0.93 1.22 9 G 1 -3 -3 -4 -4 -2 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -1 -3 -5 -5 -5 13 1 0 0 0 1 0 80 0 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 0 1.61 1.21 10 Y 0 -2 -4 -5 -5 -2 -2 -5 2 -2 1 -1 -2 4 -5 -4 -4 -2 7 -1 9 2 0 0 0 1 3 0 4 1 13 3 0 14 0 0 0 0 44 3 0.98 1.21 11 E 0 -1 1 5 -4 1 4 -3 -2 -4 -4 2 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -4 6 2 5 30 0 6 29 1 0 1 1 13 0 0 0 1 2 0 0 1 0.79 1.21 12 R -1 5 -2 -2 -3 1 0 -4 -3 -4 -3 5 -2 -5 -4 -2 -2 -5 -4 -4 6 30 1 2 0 4 4 0 0 0 2 44 1 0 0 2 1 0 0 0 0.96 1.21 13 L -3 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -4 4 -2 -6 -5 -3 -4 -3 -1 1 0 1 0 0 0 0 0 0 4 82 0 8 0 0 0 0 0 1 2 1.32 1.21 14 M -2 3 -2 -2 -3 4 3 -4 -2 -3 -3 4 0 -5 -4 -2 -1 -5 -4 -2 2 13 1 1 1 20 16 0 0 1 2 29 3 0 0 2 4 0 0 3 0.68 1.21 15 Q 2 -2 0 2 -5 2 4 -3 -2 -5 -5 3 -4 -6 -4 -1 -1 -6 -4 -3 20 1 4 12 0 10 23 1 1 0 0 18 0 0 0 4 3 0 0 2 0.57 1.21 16 Q -2 -1 -3 0 -6 1 7 -5 -2 -6 -5 -1 -5 -6 -4 -3 -1 -6 -5 -5 3 2 0 3 0 3 83 0 0 0 0 2 0 0 0 0 4 0 0 0 1.54 1.21 17 L -4 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -2 0 6 -5 2 -1 -6 -5 -4 -4 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 88 0 4 1 0 0 0 0 1 1 1.41 1.21 18 E 0 0 1 3 -2 0 4 -4 1 -4 -2 1 -4 -5 -4 -1 -1 -6 -3 -3 10 4 6 17 1 4 34 0 4 0 5 9 0 0 0 2 2 0 1 1 0.58 1.20 19 R -2 3 0 0 -5 3 1 -4 5 -3 -2 -1 -3 0 -5 -2 -1 2 4 -4 2 17 5 4 0 12 9 0 14 1 5 3 0 3 0 1 4 2 17 0 0.56 1.21 20 E -3 -2 -5 -4 -4 -1 2 -6 -3 0 5 0 0 -3 -5 -2 -1 -5 -3 -1 1 1 0 0 0 3 15 0 0 4 60 6 1 0 0 2 4 0 1 2 0.75 1.21 21 R -3 2 -1 -3 -5 3 -1 -2 -1 -1 -3 5 -2 -5 -4 0 1 -5 -4 -2 0 10 2 1 0 11 2 4 1 5 2 42 1 0 0 7 11 0 0 3 0.65 1.21 22 E -1 -3 2 0 -4 -2 2 1 -1 -3 -4 1 -3 -5 -3 1 3 -6 -5 1 5 0 10 4 0 1 14 13 1 1 0 8 0 0 1 9 20 0 0 13 0.37 1.21 23 R -1 4 0 0 -6 1 4 -2 -2 -4 -4 4 -4 -5 -1 -2 -2 -3 -3 -2 4 22 3 4 0 4 24 2 1 1 1 25 0 0 2 1 1 0 1 3 0.64 1.21 24 L -4 8 -3 -4 -6 -2 -2 -5 -2 -4 1 0 0 -3 -3 -3 -4 -5 -4 -3 0 78 0 0 0 0 1 0 1 0 12 1 2 1 1 0 0 0 0 1 1.52 1.21 25 Q 1 0 -3 -2 -5 1 0 -4 -2 -1 -4 1 -3 -5 6 -1 -1 -6 -3 -2 13 5 1 2 0 6 6 1 1 4 1 10 1 0 42 3 3 0 1 2 0.88 1.21 26 E 0 1 -1 1 -4 2 6 -3 -2 -3 -3 1 -3 -5 -3 -2 -2 -3 -4 -2 7 8 2 5 0 6 54 1 0 1 2 6 1 0 0 2 1 0 0 3 0.80 1.08 27 A 1 -5 -1 -5 -3 -5 -4 -5 -5 6 0 -5 0 -3 -4 -4 -2 -5 -4 4 13 0 3 0 0 0 0 0 0 49 4 0 1 0 0 0 0 0 0 28 0.97 1.08 28 T 3 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -5 4 -1 -3 -2 -4 -3 1 3 -5 -4 2 26 0 0 0 0 1 0 1 0 24 4 1 0 0 1 11 19 0 0 12 0.56 1.08 29 K 1 3 -1 0 -5 3 4 -4 -2 -3 -4 3 -3 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -2 13 16 3 5 0 12 24 0 0 2 0 18 0 0 0 2 1 0 0 2 0.57 1.08 30 I 3 4 -3 -1 -4 0 1 -4 -2 2 -3 2 -2 -4 -4 -1 -2 -5 0 -2 23 23 0 3 0 3 11 0 0 14 2 12 0 0 0 3 1 0 4 1 0.45 1.04 31 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 7 3 -5 2 -1 -5 -5 -3 -5 -3 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 64 26 0 4 1 0 0 0 0 0 3 1.23 1.03 32 Q 2 1 0 -1 -4 4 2 -1 1 -4 -5 3 -4 -5 -4 1 -2 -5 -4 -4 22 6 3 3 0 18 13 3 4 1 0 18 0 0 0 9 0 0 0 0 0.51 1.04 33 E 0 -2 -1 1 -5 1 6 -4 -2 -1 -2 -1 -3 -4 -4 -1 -1 -5 -4 -1 9 1 2 5 0 6 57 0 0 4 3 1 0 1 0 3 3 0 0 4 0.81 1.03 34 L 6 -2 -4 -4 -3 2 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 85 2 0 0 0 10 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.24 1.04 35 M -1 7 -3 -4 -5 -2 -3 -5 -3 0 -1 1 4 -4 -5 -3 -3 -5 -4 -3 4 64 0 0 0 0 0 0 0 6 5 7 13 0 0 0 0 0 0 1 1.17 1.04 36 E 2 -3 -1 2 -5 0 5 -2 -3 -5 -4 -2 -2 -5 -3 1 -2 -5 -4 -4 21 0 1 10 0 3 46 3 0 0 1 1 1 0 0 12 0 0 0 0 0.79 1.04 37 S -3 -3 -2 1 -5 2 3 -2 6 -4 -2 0 -1 3 -4 -1 1 -4 1 -4 1 0 0 6 0 9 18 3 21 0 4 5 1 13 0 4 10 0 5 0 0.54 1.04 38 S -1 -4 -3 -2 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 1 -3 -5 -5 -5 3 0 0 1 0 0 0 80 0 0 0 4 0 0 0 12 0 0 0 0 1.55 1.04 39 D 0 -4 -1 8 -6 -2 1 -4 -1 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -5 10 0 0 84 0 0 5 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.72 1.04 40 D -4 -5 -4 2 -4 -4 -4 -6 -5 1 6 -5 1 0 -5 -4 -4 -4 -3 -1 0 0 0 15 0 0 0 0 0 6 74 0 2 3 0 0 0 0 0 1 1.06 1.04 41 Y -1 2 2 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -3 -4 3 -4 -1 -4 5 -1 -5 -1 -4 2 11 10 0 0 0 1 0 0 2 1 23 0 3 0 43 2 0 2 0 0.68 1.03 42 D -3 -3 -2 1 -6 0 7 -2 -2 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 0 0 0 5 0 0 92 3 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.70 1.04 43 D -4 -3 8 3 -5 -2 -2 -3 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 0 0 85 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.82 1.04 44 S 5 -4 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -4 -3 -3 -3 -3 -3 2 2 -5 -4 -3 56 0 0 0 0 0 0 12 0 0 3 0 0 1 0 18 11 0 0 0 0.84 1.04 45 G -1 -3 -3 1 -6 -1 6 3 -3 -6 -6 -2 -5 -6 0 -2 -3 -5 -5 -5 5 0 0 6 0 0 58 27 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 1.11 1.04 46 L -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -1 -3 -1 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 1 0 0 0 0 85 0 1.91 1.04 47 E -2 -2 -2 4 -3 0 2 -4 8 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -2 -3 -5 -1 -4 2 1 0 25 1 4 12 0 41 1 0 1 0 0 0 1 1 0 1 0 1.05 1.04 48 A 5 -3 -3 0 -3 -2 1 -2 -4 -3 -4 -3 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 64 0 1 6 0 1 11 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1 0 0 1 0.77 1.04 49 A 6 -4 -4 -4 -3 -2 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 89 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 1.04 50 K -3 5 -3 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -5 6 -4 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -5 0 35 0 0 0 0 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 1 0 0 0 1.20 1.04 51 Q -3 -1 3 2 -5 1 5 -4 -2 -4 -4 -1 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -5 1 3 15 11 0 4 49 0 0 0 0 1 2 0 0 3 0 0 0 0 0.79 1.04 52 E 0 2 -1 0 -5 3 5 -4 -1 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -2 -5 -2 -4 7 10 2 4 0 11 46 0 1 0 1 5 0 0 0 1 1 0 1 0 0.67 1.04 53 K -3 0 -2 -3 -5 8 -1 -4 -2 -5 -2 0 -2 -5 -4 -3 -3 -4 -4 -4 1 2 0 0 0 78 0 0 0 0 4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 1.38 1.04 54 A 3 -3 -2 -4 -4 -3 -3 5 -3 -3 -4 -3 -3 -5 -4 2 -2 0 -4 -3 29 0 1 0 0 0 1 38 0 1 0 0 1 0 0 16 1 1 0 0 0.70 1.04 55 R -4 0 -2 -3 -5 2 -1 -5 1 -1 1 2 3 6 -5 -3 -4 -1 -1 -3 0 6 1 1 0 9 4 0 4 3 11 12 7 32 0 0 0 0 1 1 0.48 1.04 56 I -3 -4 2 -4 2 0 -4 -5 -3 4 2 -4 1 -3 -5 -3 -2 -5 -3 2 1 0 11 0 4 5 1 0 0 31 16 0 3 0 0 0 1 0 0 16 0.47 1.04 57 E -3 -3 -2 1 -6 0 7 -4 -2 -4 -2 -2 -2 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -4 1 0 0 4 0 2 77 1 0 0 3 0 1 0 0 0 0 0 1 0 1.21 1.04 58 A 3 -2 -3 -3 -2 -2 -3 5 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -4 0 -1 -5 -4 -3 28 1 0 1 0 1 0 42 0 0 1 1 1 0 0 7 4 0 0 0 0.68 1.04 59 R -4 7 -3 -3 -5 0 -1 -5 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -4 0 76 0 0 0 2 3 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1 0 0 0 1.40 1.04 60 I -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 0 -3 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 1 0 1 0 0 0 0 0 0 6 1.36 1.04 61 D 2 2 1 -1 -4 1 -2 -2 -2 -1 0 2 0 -4 -4 0 -1 -5 -3 -2 16 12 7 4 0 7 1 2 1 3 10 12 2 0 0 6 3 0 0 3 0.12 1.04 62 S -2 -2 -2 1 -4 3 6 -4 0 -4 -4 0 -3 -3 -4 -1 -1 -2 -1 -4 1 1 0 6 0 12 52 0 1 0 1 3 0 1 0 3 4 1 2 1 0.73 1.04 63 L -4 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 4 5 -4 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 62 1 1 0 0 0 0 0 0 3 0.94 1.04 64 E -3 -1 -2 0 -5 2 6 -3 -3 -4 -5 1 -3 -5 -4 -1 0 -5 -4 -4 0 2 1 2 0 7 60 2 0 1 0 7 0 0 0 4 5 0 0 0 0.88 1.04 65 D 0 -1 2 3 -5 1 1 0 3 -3 -4 0 0 -3 -4 0 -2 -3 1 -3 8 2 10 18 0 5 8 6 7 2 1 5 3 1 0 7 2 0 5 2 0.21 1.08 66 I -3 -1 -4 -3 -3 0 -1 -5 -4 3 2 3 4 -2 -4 -3 -1 -3 -3 0 1 2 0 1 0 5 3 0 0 19 17 22 12 1 0 0 4 0 0 4 0.38 1.08 67 L -3 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 6 -4 1 -2 -5 -5 -3 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 78 0 2 0 0 0 1 0 0 5 1.23 1.08 68 S 2 2 0 -2 -3 0 1 0 -3 -4 -4 2 -3 -4 -3 3 -1 -5 -4 -4 21 12 5 1 0 3 7 7 0 0 1 11 0 0 0 26 3 0 0 0 0.45 1.10 69 R -2 5 5 -1 -3 0 -2 -3 3 -4 -3 0 -2 -4 -4 0 0 -5 -2 -3 2 29 33 2 1 2 1 1 8 0 2 3 1 0 0 6 5 0 2 2 0.77 1.12 70 A 6 -4 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -1 -3 -3 0 -2 -5 -2 -1 85 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 4 1 0 1 4 1.26 1.12 71 V -3 2 -1 -1 -3 4 3 -5 -1 -3 -3 3 -3 -4 -4 -2 2 -5 -2 1 0 12 2 3 1 17 17 0 1 1 1 17 0 0 0 2 12 0 1 12 0.50 1.13 72 I -3 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -6 -6 6 1 -5 -1 -2 -4 -5 -2 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 44 9 0 0 0 0 0 1 0 0 44 1.20 1.13 73 L -3 -5 -5 -5 -4 -4 -5 0 -4 7 0 -5 -1 -2 -5 -2 -3 -5 -4 2 1 0 0 0 0 1 0 9 0 70 3 0 0 0 0 3 0 0 0 11 1.17 1.11 74 E -3 -2 -1 6 -6 -1 5 -4 -3 -6 -6 0 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 1 1 52 0 1 39 0 0 0 0 4 0 0 0 1 0 0 0 0 1.40 1.09 75 E -3 -2 -2 4 -6 1 6 -4 -2 -5 -5 2 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 22 0 2 60 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 1.18 0.81 K Lambda Standard Ungapped 0.1276 0.3090 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2086 0.3175 PSI Gapped 0.0638 0.2670