Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 G 3 -4 -2 -2 -4 -3 -3 6 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 -2 -5 -5 -4 24 0 0 2 0 0 0 57 0 0 0 0 0 0 0 17 0 0 0 0 1.09 0.84 2 H -2 -3 6 3 -5 -1 -2 3 4 -2 -4 -3 -4 -5 -4 0 -3 -6 -4 -3 1 0 38 16 0 2 0 20 10 3 2 0 0 0 0 7 0 0 0 1 0.84 1.02 3 P -1 -4 -1 0 -5 -2 -3 -2 -1 -3 -5 -3 -2 -5 7 -1 2 -6 -4 -1 4 0 3 4 0 2 1 2 1 1 0 0 1 0 60 3 13 0 1 4 1.37 1.03 4 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 1 6 -5 0 3 -6 -5 -2 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 80 0 1 12 0 0 1 0 0 1 1.31 1.18 5 E 3 -3 1 4 -5 0 5 -2 -2 -5 -5 -3 -5 -6 -4 -1 -3 -6 -3 -5 23 0 7 26 0 3 34 2 1 0 0 0 0 0 0 3 1 0 1 0 0.87 1.22 6 F 2 -5 -3 -3 -4 -1 -2 -3 -2 -1 -3 -4 1 7 -4 -1 -2 2 0 -1 20 0 1 1 0 3 3 2 1 2 0 0 4 48 1 4 2 2 1 3 0.88 1.24 7 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 6 -5 1 1 -6 -5 -4 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 89 0 2 5 0 0 0 0 0 2 1.47 1.23 8 R 0 7 -3 -3 -5 1 -3 -2 -1 -5 -4 -1 0 -5 -3 -2 -3 3 -4 -3 7 68 0 1 0 5 0 3 1 0 1 0 2 0 1 3 1 5 0 2 1.26 1.23 9 N -2 0 6 2 -5 1 -1 -2 2 -4 -5 -3 -3 -4 -4 1 1 -6 -3 -5 2 4 46 12 0 8 2 2 4 1 0 0 1 1 0 9 8 0 0 0 0.91 1.26 10 Q -3 -2 5 2 -5 4 -2 -4 3 0 -2 -3 -1 -2 -3 1 -2 -6 -4 -3 1 1 32 9 0 18 1 0 8 5 4 0 1 1 1 12 2 0 0 1 0.68 1.27 11 P -1 -3 -4 -1 -5 1 -2 -5 -3 -5 -5 -3 -5 -6 8 -2 -3 -6 -5 -3 6 1 0 3 0 6 2 0 1 0 0 0 0 0 78 1 1 0 0 1 2.07 1.27 12 Q -1 0 0 -2 -5 7 0 -5 2 -3 -4 -2 2 -2 -3 -3 -3 -5 -2 -2 4 3 3 1 0 66 4 0 5 1 1 0 5 2 0 0 1 0 1 3 1.25 1.29 13 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -4 1 0 -5 1 8 -5 -3 -4 -2 0 -1 1 0 0 0 0 0 0 1 0 7 7 0 4 74 0 2 0 0 0 3 1.63 1.18 14 Q 1 1 1 0 -5 6 1 -2 -1 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -2 -2 -4 -4 -3 10 8 6 6 0 41 8 3 1 2 5 2 1 1 1 1 1 0 0 1 0.66 1.22 15 Q 0 -1 2 0 -4 6 1 -3 1 -1 0 -2 1 -2 -4 -1 -2 -4 -2 -2 9 2 10 4 0 34 7 1 3 4 8 0 4 2 0 4 2 0 1 3 0.49 1.18 16 M -3 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -4 3 4 -4 6 1 -5 -4 -1 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 45 0 21 5 0 0 3 0 0 5 0.95 1.16 17 R -2 8 -3 -4 -2 -1 -3 -2 -3 -3 -3 0 -1 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -3 2 79 0 0 1 2 0 4 0 2 2 3 1 0 0 0 0 0 0 2 1.50 1.16 18 Q 1 1 0 0 -4 5 1 -2 -1 -3 -3 -1 -2 -5 0 1 0 -4 -4 -4 10 8 3 5 0 34 10 3 1 2 2 3 1 0 5 8 5 0 0 1 0.53 1.14 19 I 1 -1 -4 -4 -1 -1 -4 -2 -1 2 3 -4 3 -2 -4 -3 -1 1 -3 3 11 3 0 1 1 3 1 3 1 11 31 1 9 1 1 1 3 2 0 18 0.45 1.14 20 I 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 4 1 -4 1 1 -4 -3 -2 -4 1 4 7 1 0 1 0 0 1 1 0 28 9 1 3 4 1 1 2 0 6 35 0.72 1.11 21 Q 0 2 0 -3 -4 7 -1 -3 1 -3 -1 0 -1 -4 -3 -1 -1 -4 0 -4 6 11 3 0 0 49 1 2 2 2 5 3 1 0 0 5 4 0 3 1 0.81 1.13 22 Q 0 0 -1 -1 -4 6 0 0 0 -4 -4 -1 -3 -1 -3 1 1 -4 -1 -4 6 4 3 2 0 41 5 6 2 0 1 2 0 3 0 12 9 0 2 1 0.65 1.13 23 N -3 0 7 3 -5 1 -1 -3 1 -5 -5 -2 -4 -1 -4 -1 -2 -5 -4 -5 1 4 62 13 0 5 3 1 3 0 1 0 0 3 0 2 0 0 0 1 1.25 1.13 24 P -2 -1 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -1 -5 8 -1 -1 -5 -4 -4 2 3 3 0 0 3 1 1 0 0 1 0 2 0 76 4 3 0 0 1 1.92 1.13 25 S 2 -1 0 1 -4 4 2 -1 0 -4 -2 -2 -2 -2 -3 2 -1 -4 -3 -3 15 3 3 6 0 23 15 4 2 0 5 0 1 2 0 16 3 0 0 1 0.42 1.13 26 L 1 -1 -1 -4 -3 -1 -4 -4 0 1 4 -3 4 1 -1 -1 -1 -4 -3 0 11 3 3 0 0 3 1 1 3 5 36 0 10 5 3 5 3 0 0 7 0.40 1.18 27 L 0 -4 -4 -5 -3 -4 -4 0 -4 3 4 -4 -1 2 -4 -4 -3 -3 2 1 7 0 0 1 0 0 1 8 0 18 41 1 0 7 0 1 1 0 7 7 0.58 1.11 28 P 0 1 1 1 -5 1 0 0 3 -4 -1 0 -4 -4 1 0 0 -5 2 0 7 7 7 7 0 7 7 7 6 0 7 7 0 0 7 7 7 0 6 7 0.15 1.56 29 A 1 -1 0 0 -1 1 0 -1 0 -2 -3 -3 -1 -4 5 0 0 -4 -1 -2 15 4 4 4 2 6 6 5 2 2 3 1 2 0 28 7 5 0 3 3 0.44 1.13 30 L -1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 4 -4 3 2 -4 -4 -3 -3 1 3 5 0 0 1 0 0 1 1 0 14 35 1 8 8 1 1 1 0 4 19 0.65 1.13 31 L -3 -4 -4 -5 -3 0 -4 -5 -4 3 5 -4 4 -2 -4 -4 -3 -4 -3 1 1 0 0 1 0 4 1 1 0 15 53 1 10 0 1 1 1 0 0 7 0.82 1.13 32 Q -1 0 -3 -2 -4 7 2 -2 0 -4 -3 -1 0 -5 -3 -1 0 -4 -4 -3 4 3 0 2 0 53 9 3 2 0 2 2 2 0 0 3 5 0 0 2 0.91 1.26 33 Q 0 1 1 -4 -4 1 0 0 3 -4 -1 0 3 1 -4 0 0 -4 -3 0 7 7 7 0 0 7 7 7 6 0 7 7 6 6 0 7 7 0 0 7 0.11 1.56 34 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 5 4 -4 1 -1 -4 -4 -2 -4 -1 1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 33 40 0 2 2 0 1 2 0 2 5 0.77 1.24 35 G 2 0 -2 -2 1 0 -1 5 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 1 -2 -4 -4 -1 15 5 2 2 3 5 3 38 0 0 1 0 0 0 0 11 2 0 0 4 0.49 1.24 36 R 1 2 0 -2 -4 4 1 -2 -3 -2 -2 1 -2 -4 0 -1 0 -4 -2 -3 12 11 5 2 0 23 8 2 0 2 3 7 1 0 4 3 5 0 2 2 0.26 1.24 37 E -1 2 -1 0 -4 3 1 0 2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 2 1 -4 -4 -2 3 10 3 5 0 14 9 7 4 0 2 1 1 0 0 19 8 0 0 3 0.27 1.24 38 N -3 -3 7 1 -4 -1 -3 -2 1 -5 -5 -2 -4 -2 -4 -1 -1 -4 2 -4 1 0 56 7 0 2 1 2 3 0 1 2 0 2 0 4 2 0 8 1 1.01 1.24 39 P -2 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -4 -4 3 0 0 0 0 0 1 1 0 0 4 0 0 0 76 3 0 0 0 1 1.92 1.24 40 Q 0 0 0 1 -4 6 2 -2 1 -4 -3 -2 -3 -4 -1 0 -2 -4 -4 -3 7 4 4 7 0 34 13 2 3 0 2 0 0 0 3 6 2 0 0 1 0.51 1.24 41 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 1 1 -4 -4 -3 -4 -3 0 4 0 0 0 0 0 1 1 0 8 61 1 2 5 0 1 1 0 0 6 0.80 1.23 42 L 2 0 -3 -4 0 -2 -3 -3 -2 -1 3 -3 1 2 -4 -2 -2 -3 0 0 18 7 1 0 2 2 2 1 1 3 28 1 4 8 0 2 1 0 3 7 0.24 1.23 43 Q -1 3 -1 -1 -5 6 2 -2 -1 -2 -4 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 5 18 3 3 0 37 14 2 1 3 1 0 0 0 0 3 2 0 0 0 0.70 1.33 44 Q 0 -2 -4 -5 -4 4 -1 -5 -2 1 3 -3 2 -1 -5 -3 -1 -5 -2 -1 7 2 0 0 0 24 3 0 1 6 31 1 6 2 0 1 3 0 1 3 0.47 1.37 45 I -4 -5 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 7 1 -5 2 0 -5 -5 -4 -5 -4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 72 8 0 4 3 0 0 0 0 0 2 1.31 1.33 46 S 0 1 1 -2 -4 4 -1 -2 0 -3 -3 0 1 -5 -4 3 1 -5 -4 -3 7 8 7 1 0 18 3 3 2 2 2 4 4 0 0 23 7 0 0 1 0.34 1.33 47 Q 0 1 1 0 -5 6 3 -2 -3 -5 -4 -1 -4 -6 -4 0 -2 -5 -5 -5 9 6 7 4 0 36 18 2 0 0 1 1 0 0 0 6 1 0 0 0 0.70 1.33 48 H -4 -2 7 1 -5 -1 -3 -2 6 -6 -6 -3 -5 -5 -3 -3 -3 -5 1 -6 0 1 56 6 0 1 0 1 22 0 0 0 0 0 1 0 0 0 4 0 1.35 1.30 49 Q -4 -2 -2 -3 -5 6 1 -5 1 -5 -4 -1 -4 -6 5 -2 -3 -5 -4 -5 0 1 1 1 0 45 6 0 3 0 1 2 0 0 30 2 1 0 0 0 1.18 1.30 50 E 0 -2 -1 3 -5 2 5 -2 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 0 -2 -5 -5 -4 9 1 2 13 0 10 46 3 0 0 0 0 0 1 1 5 1 0 0 1 0.76 1.30 51 H 2 -2 -2 1 -5 3 4 0 2 -4 -3 -3 0 -5 -4 -2 -3 -5 0 -2 18 2 1 7 0 13 29 6 5 0 2 0 3 0 0 1 1 0 3 3 0.44 1.26 52 F -5 -6 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -1 1 -6 -2 9 -6 -5 -5 -2 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 11 0 0 85 0 0 0 0 0 2 2.04 1.26 53 I -1 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -1 4 4 -5 3 -1 -5 -4 -3 -4 0 2 4 0 0 0 0 1 0 0 2 23 42 0 7 2 0 1 0 0 3 16 0.85 1.25 54 Q -1 4 0 0 -5 6 1 -3 1 -4 -4 -1 -1 -6 -4 1 -2 -5 -4 -5 6 21 4 5 0 42 6 1 4 1 0 0 1 0 0 9 1 0 0 0 0.90 1.25 55 M -2 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 4 -5 8 1 -5 -4 -3 0 -1 -1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 39 0 39 5 0 1 1 1 1 1 1.17 1.24 56 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 3 5 -5 3 0 -3 -5 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 68 0 8 2 1 0 0 0 0 2 1.20 1.20 57 N -1 -2 7 -2 -5 0 -2 1 1 -4 -1 -3 -3 -5 -4 1 -1 -6 -4 -5 5 1 56 0 0 3 1 11 3 1 7 0 1 0 0 8 4 0 0 0 1.00 1.17 58 E -1 -3 -1 1 -6 1 7 -3 -3 -6 -5 -2 -4 -6 -4 -2 -2 -6 -5 -5 6 0 2 7 0 3 79 2 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 1.43 1.12 59 P 0 -3 -2 1 -5 -2 -1 0 -4 -5 -5 -3 -5 -6 8 -2 -2 -6 -5 -5 8 1 1 8 0 1 3 6 0 0 0 0 0 0 69 1 2 0 0 0 1.69 1.03 60 V -1 -4 -5 -5 -3 -1 -2 -3 -5 3 1 -4 3 -2 0 -3 -1 -5 -4 5 5 0 0 0 0 3 3 2 0 14 14 0 9 1 5 1 2 0 0 41 0.59 0.99 61 G 2 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -4 19 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.69 K Lambda Standard Ungapped 0.1372 0.3212 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1917 0.3183 PSI Gapped 0.0587 0.2670