Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -3 -2 6 5 -4 -1 0 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 55 45 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.38 2 P -2 -3 -3 -1 -5 -1 4 -4 -2 -4 -4 -2 -4 -4 7 -2 -2 -4 1 -4 0 0 0 0 0 0 40 0 0 0 0 0 0 0 53 0 0 0 6 0 1.39 0.53 3 K -2 -1 -2 -3 -4 3 -1 -4 -2 -3 -1 3 -2 -3 5 -2 -2 -4 1 -1 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 6 29 0 0 35 0 0 0 6 6 0.79 0.53 4 D -2 -3 -2 3 -5 -1 3 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 6 -2 1 -5 -4 -4 0 0 0 20 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 50 0 8 0 0 0 1.25 0.58 5 I -3 -1 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 6 2 -3 0 1 -4 -3 0 -3 -2 2 0 4 0 0 0 0 0 0 0 60 14 0 0 7 0 0 4 0 0 7 0.74 0.61 6 R -3 6 -2 0 -4 0 2 -4 -2 -2 -4 2 -3 -4 -3 0 1 -4 -3 -2 0 50 0 5 0 2 13 0 0 3 0 9 0 0 0 5 10 0 0 2 0.77 0.77 7 F -4 -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -1 -3 -3 -4 -3 5 -5 -4 -4 4 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 4 78 0 1.96 0.89 8 F 4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -1 2 -2 -3 -2 3 -4 -1 0 -4 -2 2 42 0 0 0 0 0 0 4 2 11 0 0 0 17 0 3 5 0 0 14 0.56 0.90 9 A 1 -3 2 3 0 -3 -2 -2 2 -4 -4 -3 -4 -5 -3 3 3 -5 -4 -2 14 0 11 20 2 0 0 2 6 0 0 0 0 0 0 23 19 0 0 3 0.57 0.94 10 M -3 -5 -3 -3 -4 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 2 3 -5 -4 -2 -4 -2 2 0 0 2 2 0 0 0 0 0 56 8 0 5 13 0 0 2 0 0 12 0.97 0.94 11 F -4 7 -3 -4 0 -2 -3 -5 -3 -4 -1 -1 -3 3 -5 -3 -3 -4 0 -4 0 75 0 0 3 0 0 0 0 0 5 0 0 15 0 0 0 0 3 0 1.38 0.96 12 H -3 6 -1 -2 -5 0 0 -4 7 -5 -5 0 -4 -4 -4 -1 -1 -4 1 -5 0 45 2 2 0 4 5 0 30 0 0 2 0 0 0 3 3 0 6 0 1.15 0.96 13 A 4 -5 -4 -5 8 -4 -4 -3 -5 -3 1 -4 -3 -1 -4 -2 -2 -4 -4 -1 40 0 0 0 40 0 0 0 0 0 14 0 0 3 0 0 2 0 0 2 1.23 0.96 14 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -5 -3 6 9 0 0 0 0 0 0 0 0 12 4 0 0 0 0 0 2 0 0 71 1.06 0.93 15 D -1 4 -2 2 -4 2 0 -4 -3 -1 -1 3 -3 -2 -1 -1 -1 -4 -3 -3 6 26 0 12 0 11 5 0 0 3 8 19 0 2 2 3 3 0 0 0 0.46 0.91 16 F 0 -3 -1 6 -4 0 0 -3 0 -3 -1 -3 -3 0 -3 -2 -2 -4 0 -1 10 0 0 58 0 3 3 0 2 0 7 0 0 5 0 0 2 0 3 5 0.88 0.91 17 V 0 -4 -4 -4 0 -4 -2 -5 -4 5 2 -4 1 -2 -4 -2 0 -4 -3 3 6 0 0 0 2 0 3 0 0 38 19 0 4 0 0 2 5 0 0 19 0.64 0.91 18 K 1 4 -2 0 1 1 2 -2 -3 -1 -2 2 0 -4 -3 -2 0 -4 -4 -3 11 27 0 4 3 5 17 2 0 5 3 14 3 0 0 1 5 0 0 0 0.44 0.89 19 N -1 3 1 1 -4 1 0 -2 -3 -3 -1 0 -3 -4 4 -1 0 -4 -3 -2 5 19 6 8 0 6 5 2 0 1 8 3 0 0 25 3 7 0 0 2 0.46 0.84 20 H -1 -2 -2 -1 -3 -1 2 -3 5 -1 3 -1 -1 1 -3 -1 -1 -2 1 -1 4 1 1 2 0 2 13 2 16 3 30 4 0 5 1 4 2 0 5 3 0.34 0.76 21 L -2 0 -3 -2 -3 -1 -2 -3 -3 1 4 -2 0 2 -3 -3 -2 -2 -2 1 3 6 1 3 0 4 3 2 0 7 47 1 2 9 1 2 1 0 1 7 0.45 0.75 22 K 0 0 1 2 -4 0 4 0 -3 -2 -3 1 -3 -4 0 0 -1 -5 -4 -4 7 4 7 13 0 2 32 7 0 3 3 8 0 0 5 4 4 0 0 0 0.43 0.92 23 N -2 -1 1 3 -5 -3 -1 5 -4 -5 -4 -1 -5 -5 -4 2 -3 -5 -5 -5 0 3 5 19 0 0 2 50 0 0 2 4 0 0 0 14 0 0 0 0 0.92 0.99 24 R 1 2 -1 -1 2 0 1 3 -3 -1 -4 -1 -3 -3 -4 0 0 -5 -4 0 14 14 3 3 4 3 12 21 0 4 0 2 0 1 0 6 7 0 0 7 0.28 0.96 25 N -1 0 1 3 -4 0 3 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 1 0 3 -5 -4 -3 4 6 6 15 0 4 22 0 1 0 1 4 0 0 7 4 24 0 0 1 0.50 0.93 26 I -3 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 4 3 -5 -1 4 -5 -3 -3 -3 -2 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 24 31 0 0 21 0 2 0 0 0 18 0.79 0.96 27 Y -1 2 -3 0 -4 -2 0 -3 -1 -1 -2 -2 0 0 -4 -3 0 4 6 1 4 14 0 6 0 0 6 2 1 3 2 2 3 2 0 0 8 5 33 9 0.55 0.92 28 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 0 -2 -3 -2 -4 -3 -1 -1 -4 -4 2 71 0 0 0 0 0 0 0 0 4 2 0 0 0 0 2 2 0 0 16 0.94 0.93 29 E -1 2 -1 -1 -4 -2 3 -4 1 -4 -3 -1 -3 -4 -3 1 5 -5 -4 -2 2 14 1 2 0 0 21 0 4 0 2 2 0 0 0 9 39 0 0 2 0.64 0.98 30 I -1 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 -1 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 31 2 0 0 0 0 0 0 0 0 61 1.16 0.97 31 T -2 1 -2 -1 -4 0 4 -2 1 1 -2 0 -3 -4 -3 0 1 -4 0 0 1 8 1 3 0 3 34 2 4 11 2 6 0 0 0 7 8 0 3 7 0.39 0.97 32 G 0 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 5 0 0 0 0 0 0 90 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.76 0.95 33 K -1 6 -3 -3 -5 -1 -2 -4 1 -4 -3 2 -3 0 -4 -2 -1 -3 2 -4 4 58 0 0 0 0 0 0 4 0 2 11 0 5 0 2 3 0 9 0 1.02 0.95 34 N -1 0 1 5 -5 -2 2 -3 0 -4 -2 -3 -1 0 -2 -1 -1 4 0 -4 4 5 7 39 0 0 12 1 3 0 4 0 2 5 1 3 4 6 4 0 0.61 0.98 35 L -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -5 2 0 -4 0 -3 -4 -3 4 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 7 0 2 0 0 0 29 0 0 53 0.97 1.01 36 E -1 0 -2 4 -5 0 5 -1 1 -5 -3 2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -2 5 4 0 22 0 3 37 4 4 0 2 10 0 0 0 4 1 0 0 3 0.66 1.01 37 S -1 -3 0 0 -3 -3 -1 -2 -4 -3 -3 -2 -3 -5 -3 2 6 -5 -4 0 4 0 5 4 0 0 4 2 0 0 1 2 0 0 0 14 61 0 0 5 0.91 1.01 38 G -1 0 0 -1 -5 -1 -2 6 -2 -6 -6 1 -5 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -5 4 5 4 3 0 2 1 63 1 0 0 9 0 0 0 3 4 0 0 0 1.04 1.01 39 R 0 0 0 4 -5 -1 5 0 -1 -5 -5 0 -4 -5 -3 0 0 -5 -2 -4 7 6 3 21 0 1 38 7 1 0 0 4 0 0 0 6 5 0 2 0 0.66 1.00 40 L -2 1 -2 1 -5 -1 1 -1 0 -2 -4 -3 -1 -1 5 0 1 -5 -2 -3 1 7 1 8 0 3 11 5 2 3 1 0 2 3 35 8 9 0 1 1 0.63 1.01 41 E 0 4 -4 -2 2 0 1 -5 -4 1 -2 -2 -2 -4 -3 -2 0 -5 -4 4 7 22 0 2 5 3 11 0 0 9 2 1 0 0 1 2 5 0 0 32 0.47 1.01 42 T -2 -2 -3 -1 -4 -2 3 -4 0 0 -3 -1 0 -4 -4 0 4 -5 -2 2 2 2 0 2 0 0 22 0 3 6 0 3 2 0 0 4 34 0 1 19 0.56 1.01 43 L -2 -2 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 4 3 -3 -1 0 -5 -4 -3 1 -3 4 1 3 0 0 0 0 0 0 0 22 30 1 0 3 0 0 0 2 0 38 0.85 1.01 44 T -1 4 -2 1 -5 1 3 -4 2 -4 -4 -1 -1 -3 -4 2 1 -5 -1 -1 4 22 1 6 0 5 21 0 5 0 0 2 1 1 0 14 11 0 2 5 0.46 1.01 45 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.09 1.01 46 R -3 5 -1 -1 -5 2 3 -4 -1 -5 -3 2 -3 -4 0 -2 1 -5 -1 -3 1 33 2 2 0 8 19 0 1 0 2 13 0 1 4 1 11 0 2 1 0.66 1.01 47 V -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 5 1 -5 -1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 34 10 0 0 0 0 0 0 0 0 54 1.14 1.01 48 V -1 0 -4 -3 -3 -4 -3 -5 -5 2 -1 -3 0 -2 -4 -1 3 -5 -2 5 4 5 0 1 0 0 1 0 0 13 3 1 1 1 0 5 18 0 1 45 0.64 1.01 49 G -1 -2 1 6 -5 0 3 1 -3 -5 -5 -2 -5 -6 -2 -1 -2 -6 -5 -4 4 1 6 48 0 4 18 11 0 0 0 0 0 0 2 3 2 0 0 1 0.94 1.01 50 Y 0 -4 -1 -5 -3 -4 -4 -5 -3 3 0 -4 -2 1 -2 -3 1 1 4 4 7 0 3 0 0 0 0 0 0 17 5 0 0 6 2 0 10 1 17 31 0.58 0.99 51 T -1 2 0 0 -3 -1 0 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -1 -3 3 3 -4 -1 -1 5 10 4 5 0 2 7 2 1 3 5 1 0 3 0 25 18 0 2 5 0.27 0.93 52 L -1 0 0 -3 -4 2 0 -4 -2 -1 1 -3 -2 5 -4 -2 -1 -2 3 -1 5 5 5 0 0 12 6 1 0 3 13 0 0 29 0 2 3 0 10 5 0.47 0.93 53 S 1 -2 -1 1 -4 -2 4 1 -2 -3 -4 -2 -4 -4 -1 3 1 -5 -4 -3 9 1 2 8 0 0 29 8 1 2 0 0 0 0 3 26 8 0 0 1 0.52 0.96 54 L -1 -2 -1 1 -4 -2 1 1 1 0 0 -2 2 0 -2 0 -1 -4 3 1 3 1 2 9 0 1 12 11 3 5 9 2 5 4 2 6 4 0 10 10 0.14 0.99 55 R -1 -1 1 2 -3 -2 0 0 -3 -3 -1 -2 -3 -4 0 3 3 -4 -2 -1 4 4 6 10 0 0 5 6 0 0 8 0 0 0 4 22 23 0 2 4 0.34 0.96 56 E 1 2 -2 0 -4 0 4 -1 -3 -4 -1 1 -3 -5 2 -1 -1 -5 -4 -4 10 11 2 3 0 3 36 4 0 0 7 7 0 0 12 2 3 0 0 0 0.52 0.97 57 A 0 -1 -3 -1 -4 0 3 3 -4 0 0 -3 -3 -4 1 0 -1 -5 -4 -1 8 3 0 3 0 3 24 22 0 6 10 0 0 0 7 5 4 0 0 5 0.33 1.00 58 V -1 0 -4 -4 -3 0 -3 -5 -4 4 -2 -3 0 -2 -4 -2 4 -5 -2 4 3 6 0 0 0 4 1 0 0 22 0 0 1 1 0 0 27 0 1 32 0.66 1.00 59 N 5 -3 3 0 -3 -3 -3 -1 -3 -2 -4 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 -1 59 0 15 5 0 0 0 4 0 1 0 0 0 0 0 8 0 0 0 5 0.79 0.97 60 N 0 -2 5 -2 0 -1 -3 0 0 -4 -4 -2 -1 -5 -3 4 2 -5 -4 -4 8 1 28 0 2 2 0 7 2 0 0 0 1 0 0 32 15 0 0 0 0.69 1.00 61 I -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 4 -5 2 4 -5 -5 -2 -3 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 29 36 0 5 21 0 0 1 0 0 5 0.93 1.01 62 H -3 -2 -3 -2 -4 -2 -2 -5 1 1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 5 -4 0 3 0 1 0 2 0 1 2 0 3 5 5 2 0 2 3 1 45 0 3 23 0.63 1.01 63 L -3 -5 -5 -6 -3 -4 -3 -6 -5 4 4 -5 0 -1 -5 -4 -3 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 21 38 0 1 1 0 0 0 0 0 36 0.95 1.01 64 E -1 -1 -2 3 -5 -1 6 -4 -3 -5 -5 1 -4 -5 -4 -2 -1 -5 -3 -2 3 3 0 15 0 0 64 0 0 0 0 7 0 0 0 0 4 0 1 3 1.09 1.01 65 T 0 -3 -1 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -3 1 7 -5 -2 -1 5 0 2 3 0 0 2 2 0 0 2 0 0 0 0 6 74 0 1 2 1.12 1.01 66 E -2 -3 1 5 -5 -2 4 1 -3 -5 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -4 3 0 6 41 0 0 31 13 0 0 0 2 0 0 0 1 3 0 0 1 0.98 1.01 67 N -1 -1 2 6 -5 -2 3 1 -3 -5 -5 0 -5 -3 -4 -1 -1 -6 -5 -5 3 2 9 45 0 0 19 10 0 0 0 4 0 1 0 2 3 0 0 0 0.89 1.01 68 G -2 0 1 -1 -5 -3 1 6 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -2 -2 -5 -5 -5 0 5 5 3 0 0 9 72 0 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 1.28 1.01 69 V -2 2 -3 -1 -4 0 3 -4 -3 1 -3 1 -3 -5 2 -1 3 -5 -4 1 1 10 0 3 0 3 24 0 0 7 0 7 0 0 9 2 21 0 0 13 0.45 1.01 70 V -3 -5 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -1 2 0 -5 -2 2 -5 -4 -1 4 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1 12 8 0 0 7 0 0 2 5 15 48 0.89 1.01 71 K -1 0 -1 0 -4 -2 2 -2 -3 -2 -3 2 -3 -5 -3 3 4 -5 -4 -1 3 5 1 5 0 0 11 2 0 1 2 14 0 0 0 23 28 0 0 4 0.49 1.01 72 V -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 4 -1 -5 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -4 6 3 0 0 0 0 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0 75 1.34 1.01 73 G -2 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -6 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.09 1.01 74 G -1 -5 -3 -2 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -4 -1 -4 -5 -5 -5 2 0 0 1 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.91 1.01 75 M -4 2 -4 -4 -5 4 -2 -5 -3 -1 1 -2 2 0 1 -3 -4 9 -2 -2 0 12 0 0 0 20 1 0 0 4 16 2 5 4 6 1 0 27 0 1 0.95 1.01 76 F -1 -2 1 1 -4 -4 -4 5 -4 -3 -3 -4 -3 1 -4 -1 -2 -5 -4 3 4 2 7 10 0 0 0 40 0 0 1 0 0 8 0 4 2 0 0 21 0.62 1.01 77 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 2 -1 -5 -4 -3 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 2 0 0 0 1.28 1.01 78 V 3 -4 -4 -4 -4 -1 -1 -4 -3 2 -1 -4 3 3 -4 -1 0 -3 3 2 25 0 0 0 0 3 4 0 0 10 2 0 8 12 0 4 6 0 11 17 0.44 1.01 79 I -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 3 4 -5 1 2 -5 -4 -2 -4 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 46 0 2 8 0 0 1 0 3 26 0.85 0.97 80 E -3 -2 -2 0 -6 0 7 -4 -2 -6 -5 -1 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.85 0.97 81 D -1 -3 -1 7 -6 -2 2 -4 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -2 -2 -3 -6 -5 -5 5 1 0 82 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 1.65 0.97 82 Y -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -4 5 0 -5 0 2 -5 -4 -3 -3 3 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 38 4 0 2 8 0 0 0 0 12 34 0.94 0.97 83 E -1 0 -2 -1 -6 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 4 3 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.94 84 S 6 -4 -3 -4 -3 -3 -2 2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -2 73 0 0 0 0 0 2 14 0 0 0 0 0 0 0 6 3 0 0 2 1.03 0.94 85 T -3 -2 0 2 -5 3 2 -4 6 -3 -4 -1 0 -1 -4 -1 3 -4 0 -3 0 0 4 12 0 13 13 0 22 2 0 3 2 3 0 3 20 0 2 1 0.61 0.96 86 E -1 5 -2 -2 -5 0 4 -2 -3 -4 -1 2 0 -2 -4 -1 -1 -5 -2 -3 6 30 1 0 0 3 30 2 0 0 5 10 2 2 0 2 4 0 1 2 0.60 0.96 87 I -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 1 -5 -1 -2 -5 -4 -3 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 10 0 0 0 0 0 0 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