Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -2 -1 0 -2 -4 0 -1 -3 9 -4 -3 -1 -2 -1 -3 -2 -2 -2 3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 1.20 0.17 2 G -1 -3 -2 -2 -4 -3 -1 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 5 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.47 0.41 3 V -2 -3 -3 -3 -3 -2 2 -4 -3 2 1 -1 1 2 -3 -2 0 -3 -1 3 0 0 0 0 0 0 16 0 0 11 16 3 2 13 0 0 7 0 0 31 0.33 0.42 4 C -2 -4 -4 -4 10 -4 -2 -4 -4 -2 -1 -4 -2 -3 -4 -2 -2 4 -3 -2 0 0 0 0 84 0 3 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 7 0 0 1.81 0.42 5 W -3 -3 -4 -5 -4 2 -3 -4 -3 -4 -3 -3 -2 2 -5 -3 -3 11 1 -4 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 78 0 0 2.41 0.42 6 I -2 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 2 5 0 -4 0 3 -1 -2 -1 -2 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 6 54 3 0 0 18 3 3 1 0 5 6 0.57 0.42 7 Y -3 -3 0 -4 -4 -3 -3 -4 1 -2 -1 -3 -2 5 -4 -3 -3 1 7 -2 0 0 7 0 0 0 0 0 2 0 3 0 0 22 0 0 0 0 65 0 1.19 0.42 8 Y -2 -3 -1 1 1 -2 -2 -3 2 -2 0 -3 -2 4 -4 0 -2 0 6 -2 0 0 3 12 3 0 0 0 6 0 7 0 0 19 0 11 0 0 39 0 0.63 0.42 9 P -1 -2 -2 -2 -4 2 2 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -4 6 0 -2 -4 -4 -3 3 0 0 0 0 14 19 0 0 0 4 0 0 0 53 6 0 0 0 0 1.15 0.42 10 D -3 -3 0 7 -5 -2 0 -3 -2 -4 -4 -2 -3 2 -3 -2 -2 -3 1 -4 0 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 6 0 1.15 0.40 11 G -1 1 -2 -3 -4 -2 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 12 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.43 12 G 0 -3 -2 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 2 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.43 0.43 13 S 0 -1 -2 -3 6 -2 -2 -2 0 -1 -3 -2 -2 1 -3 4 1 -3 0 -2 6 3 0 0 21 0 0 0 2 4 0 0 0 9 0 43 8 0 3 0 0.52 0.43 14 L -2 -4 -5 -5 -2 -3 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 72 0 0 0 0 0 0 0 0 17 0.79 0.43 15 V -2 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 2 1 -4 2 4 -4 -3 -2 -3 -1 4 0 0 0 0 4 0 0 0 0 11 9 0 4 22 0 0 0 0 0 50 0.63 0.43 16 G -1 -3 2 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 9 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.43 0.43 17 E -2 1 1 1 -4 2 5 -3 -1 -3 0 -1 -2 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -3 0 6 5 6 0 9 59 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.43 18 V -2 -4 -3 1 -2 -3 -3 -4 -4 1 1 -3 0 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0.75 0.43 19 N -3 -2 7 2 -4 -1 -1 -2 3 -5 -5 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -3 -4 0 0 80 11 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.43 20 E 0 0 -1 2 -4 0 5 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 -2 2 -1 -4 -3 -3 5 4 0 12 0 0 51 0 0 0 0 9 0 0 0 18 0 0 0 0 0.68 0.43 21 D -2 -2 2 5 -4 -1 4 -3 -2 -4 -4 -1 -4 0 -3 0 -2 -4 -3 -4 0 0 12 48 0 0 28 0 0 0 0 0 0 6 0 5 0 0 0 0 0.85 0.43 22 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -2 6 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 3 88 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 1.34 0.43 23 E -2 -1 -1 2 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 2 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 11 0 0 77 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.05 0.43 24 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -3 0 3 -3 8 3 -4 -3 -2 -2 -1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0 62 12 0 0 0 0 0 0 0.97 0.46 25 T -1 -2 1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 3 6 -4 -3 -2 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 73 0 0 0 0.89 0.46 26 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 5 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.54 0.46 27 E -2 -2 2 4 -5 0 4 -3 -2 -4 -2 1 -3 -4 0 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 8 33 0 0 36 0 0 0 5 10 0 0 4 2 0 0 0 0 0.70 0.46 28 K -1 0 4 -1 -4 1 0 0 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 1 -1 -4 -3 -4 5 0 27 0 0 3 5 6 0 0 0 41 0 0 0 13 0 0 0 0 0.59 0.46 29 I -1 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 1 -1 -4 -3 -2 -4 -3 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 74 3 0 3 0 0 0 0 0 0 16 0.87 0.46 30 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 1 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0.85 0.46 31 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.77 0.46 32 V 0 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -4 -4 4 2 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -2 4 6 0 0 0 0 0 0 0 0 26 22 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0.67 0.46 33 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 1 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.77 0.46 34 P -2 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.52 0.46 35 D -3 -3 0 7 -5 -2 0 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.46 36 E -2 2 1 -2 3 1 1 4 -2 -4 -4 1 0 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 0 15 6 0 7 7 8 41 0 0 0 8 3 0 0 4 0 0 0 0 0.54 0.46 37 R -2 4 -2 -2 3 2 0 -3 1 -4 -3 3 -3 -4 -3 0 0 3 -2 -3 0 33 0 0 9 9 5 0 3 0 0 25 0 0 0 4 6 5 0 0 0.60 0.46 38 T -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -2 1 -3 -2 1 6 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 5 0 0 4 87 0 0 0 0.97 0.46 39 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 0 -2 0 0 -3 -2 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 4 0 0 5 0.78 0.46 40 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 1 5 -4 2 2 -4 -4 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 72 0 4 10 0 0 0 0 9 2 0.79 0.46 41 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 1 0 0 -1 1 -4 -2 -2 0 7 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 10 6 0 0 0 2 0 0 61 12 0.90 0.46 42 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.65 0.46 43 K -1 3 -1 -2 -3 2 -1 -3 1 -3 -1 3 -2 -4 -2 3 1 -4 -3 -3 0 16 0 0 0 8 0 0 3 0 5 28 0 0 0 33 7 0 0 0 0.48 0.46 44 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.62 0.46 45 I -2 -3 -3 1 -3 -2 2 -4 -3 4 -1 -2 0 -2 -3 0 -2 -4 -3 3 0 0 0 7 0 0 22 0 0 35 0 0 2 0 0 8 0 0 0 27 0.45 0.46 46 D -3 -2 2 7 -5 1 2 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 7 73 0 7 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.46 47 G 0 -3 -2 -3 1 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 7 0 0 0 3 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 1.20 0.46 48 E -2 0 -1 2 -5 0 6 -3 -2 -4 -2 -1 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -3 0 5 0 12 0 0 70 0 0 0 5 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0.89 0.46 49 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -3 2 3 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 23 0 68 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.46 50 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 65 4 0 3 0 0 0 2 0 0 27 0.86 0.46 51 E -1 -2 -2 0 5 0 5 -3 -2 -4 -3 1 -1 -4 -3 1 0 -4 -3 -3 3 0 0 2 16 0 53 0 0 0 0 9 2 0 0 10 5 0 0 0 0.70 0.46 52 G 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 4 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 -2 67 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0.81 0.46 53 K -2 5 -1 -2 -4 3 -1 -3 2 -4 -4 5 -2 -3 -3 -2 -2 -3 1 -4 0 33 0 0 0 12 0 0 5 0 0 43 0 0 0 0 0 0 6 0 0.80 0.46 54 L 1 -3 -4 -4 -3 -3 -1 -4 -4 1 4 -3 0 -2 3 -1 -2 -3 -3 -1 12 0 0 0 0 0 5 0 0 4 61 0 0 0 14 3 0 0 0 0 0.55 0.46 55 A 6 -3 1 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 0 -4 -3 -2 89 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0.86 0.46 56 T 0 0 1 -2 -3 -1 1 -3 -3 0 -1 -2 -2 -3 -3 1 5 -4 -3 0 5 5 8 0 0 0 11 0 0 5 4 0 0 0 0 5 50 0 0 6 0.45 0.46 57 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -3 1 4 -4 2 1 -4 -3 -2 -2 1 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0 4 5 0 0 0 0 6 32 0.62 0.45 58 M -2 -2 -2 -3 -2 0 -2 -3 -3 3 1 -1 2 -2 -3 1 3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 5 0 0 0 26 11 4 6 0 0 13 26 0 0 8 0.35 0.46 59 S 1 -2 2 -2 0 -2 -2 2 -2 -1 -2 0 -2 -1 -3 3 1 -4 -3 -2 11 0 13 0 2 0 0 18 0 5 3 5 0 3 0 33 6 0 0 0 0.35 0.46 60 T -1 -3 0 -3 2 0 -1 -3 -3 2 -1 -1 -1 -3 -3 1 3 -4 -3 3 3 0 4 0 4 4 2 0 0 14 3 3 0 0 0 11 24 0 0 26 0.31 0.46 61 E -2 2 -1 1 -4 0 4 1 -2 -3 -3 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 0 0 15 0 9 0 2 37 13 0 0 0 3 0 0 0 8 5 0 0 9 0.43 0.46 62 E -2 0 3 3 -4 1 4 -2 1 -4 -4 0 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -4 0 5 20 17 0 3 36 2 3 0 0 3 0 0 0 6 4 0 0 0 0.61 0.46 63 G -2 -2 4 0 -4 0 -1 5 -2 -5 -5 0 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 23 4 0 5 4 58 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.44 64 R -2 5 -2 -3 -4 0 -1 0 -2 -3 -3 3 -2 -3 -3 -2 0 -3 2 -1 0 51 0 0 0 0 0 6 0 0 0 24 0 0 0 0 5 0 8 6 0.69 0.44 65 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 0 -4 -3 -3 -1 -2 -3 -4 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 10 0 0 0 84 0 0 0 0 0 1.93 0.44 66 H -3 3 -1 -2 -4 3 2 -4 6 1 -2 -1 -2 -3 -3 -2 -2 -3 0 -2 0 17 0 0 0 18 13 0 31 16 2 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0.62 0.46 67 F -3 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -3 2 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 -1 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 1.35 0.46 68 E -2 -1 -1 1 -4 1 6 -3 -1 -4 -4 1 -3 -3 -2 1 -1 -4 1 -4 0 0 0 5 0 3 70 0 0 0 0 5 0 0 0 9 2 0 6 0 0.88 0.46 69 L -2 -3 0 -4 -3 0 -3 -4 -3 2 3 -3 2 3 -4 -3 -2 -3 -1 2 0 0 7 0 0 4 0 0 0 14 35 0 6 13 0 0 0 0 0 19 0.45 0.46 70 M 0 -3 -3 0 -2 -1 -3 -4 -4 2 2 -3 2 -2 1 -1 0 -4 -3 3 10 0 0 8 0 2 0 0 0 9 18 0 5 0 7 4 4 0 0 32 0.30 0.46 71 P 0 -2 -2 1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -3 -1 -3 -4 7 0 0 -4 -3 -3 5 0 0 8 0 0 1 1 0 0 1 4 0 0 63 7 8 0 0 1 1.31 0.42 72 G 0 -2 3 2 -3 -2 -2 4 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 1 1 -4 -3 0 6 0 18 11 0 0 1 33 0 0 1 0 0 0 0 11 8 0 0 8 0.44 0.42 73 N -1 -2 3 -1 -3 -1 1 2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 5 0 -4 -3 -3 0 0 17 0 0 0 7 19 0 0 0 0 0 0 0 57 0 0 0 0 0.69 0.46 74 S 0 -3 -2 1 -3 -2 1 -1 2 -4 -4 -2 -3 -4 6 2 -1 -5 -3 -3 8 0 0 8 0 0 7 5 6 0 0 0 0 0 45 22 0 0 0 0 0.93 0.46 75 V -2 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -4 -4 3 1 0 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 6 0 0 18 7 8 0 0 0 0 0 0 0 62 0.62 0.46 76 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -2 -1 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 7 0 0 0 0 88 0 1.52 0.43 77 H -1 -1 0 -2 0 -1 -1 -2 6 -4 -4 2 -3 -3 -2 4 0 -4 -1 -3 0 0 3 0 3 0 0 0 28 0 0 14 0 0 0 51 3 0 0 0 0.67 0.41 78 F -3 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 1 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 33 0 1.25 0.34 K Lambda Standard Ungapped 0.1411 0.3170 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1820 0.3170 PSI Gapped 0.0557 0.2670