Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 4 -3 4 -1 -4 -3 -1 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 49 0 17 0 0 0 0 0 0 23 0.54 0.23 2 T 2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 6 -5 -4 -1 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 73 0 0 2 1.13 0.83 3 D -3 -4 -3 3 -4 -3 -2 -5 -4 2 -1 -1 -2 -4 5 -2 -3 -5 -4 4 0 0 0 17 0 0 1 0 0 12 2 3 0 0 28 1 0 0 0 36 0.81 0.86 4 G 3 -4 -4 -5 0 -4 -4 0 -5 1 2 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -4 4 25 0 0 0 2 0 0 9 0 4 21 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0.62 0.87 5 L 0 -4 -4 -5 -4 -4 -4 2 2 -2 3 -4 1 3 -5 -2 -3 -2 5 -2 10 0 0 0 0 0 0 15 6 1 29 0 3 10 0 1 1 0 23 1 0.58 0.89 6 N -3 1 6 0 -5 0 -2 -2 -2 -5 -5 4 -4 -5 -4 1 -2 -6 -3 -2 0 5 41 4 0 2 1 2 0 0 0 32 0 0 0 9 0 0 0 3 0.91 1.01 7 Q -3 0 -2 -3 -5 8 0 -4 -2 -5 -5 0 -3 -6 -4 -2 -3 -4 -4 -5 0 2 0 0 0 96 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2.03 1.12 8 L -2 -4 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -5 3 5 -4 5 -1 -5 -5 -3 -4 -4 -1 3 1 0 0 1 1 1 1 0 15 59 0 15 2 0 0 0 0 0 2 1.01 1.17 9 Y -4 -4 -5 -6 -4 -4 -4 -6 -3 1 4 -5 1 1 -5 -4 -4 4 6 1 0 1 0 0 0 0 1 0 0 7 39 0 3 3 0 1 0 5 29 11 0.96 1.19 10 N -2 -1 3 4 -3 0 4 -3 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -1 0 -6 -5 -3 2 2 16 26 1 4 29 1 0 0 1 3 2 0 0 4 7 0 0 1 0.74 1.19 11 L 1 -5 -2 -5 6 -4 -4 -4 -1 -2 4 -4 1 -3 -5 0 -1 -5 -2 -1 12 0 2 0 16 0 1 0 2 0 52 0 3 0 0 7 3 0 1 2 0.79 1.19 12 V -1 -1 -4 -5 1 -2 -3 -5 -1 1 0 -3 0 2 -5 -1 2 -4 3 4 4 4 0 0 3 2 1 0 2 5 7 1 2 7 0 3 13 0 9 37 0.52 1.19 13 A 6 -4 -3 -4 2 -3 -2 -2 -4 -2 -4 -3 -3 -5 -3 1 0 -5 -4 -1 75 0 1 0 5 0 1 1 0 2 0 0 0 0 0 8 4 0 0 3 1.12 1.17 14 Q 1 0 -1 2 -5 0 5 -3 -2 -5 -4 2 -2 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -4 11 5 2 10 0 3 45 1 1 0 1 13 1 0 0 4 1 0 1 0 0.75 1.17 15 D -3 -3 0 6 -6 0 4 -4 0 -2 -4 -3 -5 -4 -4 -2 -3 -6 -2 -4 1 0 3 49 0 3 33 0 2 3 2 0 0 1 0 2 0 0 1 1 1.18 1.17 16 Y 1 3 1 -2 1 1 -1 -4 4 -3 1 1 0 -3 -4 0 -3 -4 2 -3 12 15 8 2 3 5 4 0 9 1 18 7 3 1 0 6 0 0 7 1 0.31 1.16 17 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -2 76 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 7 5 0 0 1 1.18 1.16 18 L -2 -5 -5 -6 3 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 1 -3 -5 -3 -1 -5 -2 0 2 0 0 0 7 0 0 0 0 48 32 0 2 0 0 2 3 0 1 2 1.00 1.16 19 T -1 -1 -1 3 -5 2 6 -1 0 -5 -5 -1 -4 -6 -4 0 1 -6 -4 -4 3 2 2 14 0 7 50 4 2 0 0 2 0 0 0 5 8 0 0 1 0.87 1.18 20 D -2 -2 -1 8 -6 0 1 -4 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -6 3 2 1 84 0 3 6 0 1 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.80 1.18 21 T 4 -4 -4 -4 0 -3 -4 -3 -4 -1 -1 -4 0 -4 -4 0 4 -1 -4 2 41 0 0 0 2 0 0 1 0 2 5 0 2 0 0 4 30 1 0 13 0.74 1.18 22 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 6 3 -5 4 -1 -5 -5 -2 -5 -1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 28 0 10 1 0 0 1 0 2 6 1.15 1.18 23 E -3 -2 -3 0 -1 -1 -1 -3 1 -2 -1 -2 -3 2 -5 -3 -4 0 8 -3 1 2 1 6 2 3 5 2 3 2 5 2 0 7 0 1 0 1 59 1 1.21 1.18 24 A 3 -4 -1 -3 1 -2 -3 -3 3 -1 0 -3 1 1 -4 0 -1 -3 4 2 26 0 3 1 3 1 1 1 8 2 7 1 3 5 0 5 2 0 15 13 0.41 1.18 25 L -3 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 2 -1 -5 -5 -4 -4 -4 0 1 0 0 0 2 0 0 0 0 4 85 0 5 1 0 0 0 0 0 3 1.36 1.18 26 S -1 -2 -1 4 -5 3 1 3 0 -5 -5 -2 -1 -5 -4 1 -2 -5 -2 -3 4 2 1 28 0 12 9 23 3 0 0 1 2 0 0 11 2 0 1 2 0.63 1.18 27 R -1 5 -1 1 -6 2 3 -4 -3 -5 -4 4 -4 -6 -4 -1 -2 -5 -4 -3 4 29 2 6 0 9 19 0 0 0 1 24 0 0 0 3 1 0 0 2 0.79 1.18 28 M 5 -4 -4 -4 -1 -2 -4 2 -4 -3 0 -3 2 -4 -4 0 -2 -5 -4 -3 63 0 0 0 1 1 0 14 0 0 10 0 6 0 0 4 1 0 0 0 0.92 1.18 29 L -2 -4 -3 -6 -4 -5 -5 -6 0 1 5 -5 0 3 -5 -4 -4 0 -3 2 3 1 1 0 0 0 0 0 3 5 61 0 1 11 0 1 0 1 0 12 0.91 1.18 30 H -1 2 3 2 -5 3 2 -1 2 -4 -4 1 -4 -5 -4 0 -1 -5 -2 0 4 10 13 11 0 13 13 3 6 0 1 9 0 0 0 5 3 0 1 8 0.40 1.18 31 R 0 5 1 1 -1 1 1 -3 0 -5 -4 3 -3 -5 -4 1 -2 -5 -4 -4 6 29 5 7 1 5 10 1 2 0 1 21 1 0 0 9 1 0 0 1 0.61 1.18 32 G -2 -1 0 0 -5 -2 1 6 -2 -6 -5 -1 -5 -6 -4 -2 -4 -5 -5 -5 1 3 5 5 0 1 10 68 1 0 1 3 0 0 0 2 0 0 0 0 1.22 1.18 33 T 0 4 -1 -4 -4 1 0 -3 -4 0 -2 2 -1 -3 -4 1 0 -5 -4 2 7 23 2 0 0 5 5 1 0 4 3 15 1 1 0 10 4 0 0 18 0.40 1.18 34 I -3 -5 -3 -5 -4 -5 -5 -6 -5 6 2 -5 2 -1 -5 -4 -2 -5 -3 3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 55 15 0 4 1 0 0 1 0 0 21 1.12 1.15 35 P -1 -3 -1 4 -4 -1 1 1 -4 -5 -5 -1 -4 -5 3 2 2 -5 -5 -4 4 1 2 26 0 1 8 11 0 0 0 2 0 0 13 17 13 0 0 0 0.60 1.15 36 L -1 -5 -5 -5 1 -4 -5 -2 -5 1 4 -4 0 3 0 -2 -1 -4 -2 2 5 0 0 0 3 0 0 4 0 8 37 0 2 15 5 3 3 0 0 14 0.54 1.15 37 D 0 -3 0 5 -5 0 4 -1 -1 -5 -5 -2 -4 -5 0 -1 -1 -5 -5 -3 7 0 4 41 0 3 24 4 1 0 0 2 0 0 4 4 4 0 0 2 0.82 1.15 38 T 0 -1 -2 0 -4 1 1 -2 -4 1 -1 -1 -1 -4 -1 0 3 -5 -4 2 8 4 2 5 0 6 10 2 0 7 6 3 2 0 2 6 17 0 0 19 0.23 1.15 39 F -4 -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 0 -3 -2 -5 0 6 -5 -4 -4 6 7 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 2 0 3 42 0 0 0 10 39 1 1.63 1.15 40 V 0 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 2 4 -4 1 -2 -5 -1 -2 -4 -3 3 9 0 0 0 0 0 0 1 0 11 50 0 3 1 0 5 2 0 0 17 0.74 1.15 41 K -3 5 -3 -3 -5 0 -1 -3 -3 -5 -5 6 -4 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 35 0 0 0 1 2 1 0 0 0 58 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 1.11 42 Q -2 1 2 -3 0 4 0 -4 5 -3 -1 2 1 -4 -4 0 0 -4 -1 -1 3 6 12 0 2 17 6 0 15 1 5 11 4 0 0 6 7 0 2 4 0.43 1.12 43 G -1 -4 -3 -5 -1 -4 -4 -3 -5 2 -2 -4 1 -4 -3 -2 4 -5 -4 5 3 0 1 0 1 0 0 1 0 9 1 0 3 0 1 2 28 0 0 49 0.89 1.17 44 R -4 8 -2 -4 -6 -1 -2 -4 -1 -5 -5 0 -2 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 88 1 0 0 1 0 1 1 0 0 2 1 0 1 2 1 0 0 0 1.80 1.16 45 E 1 0 0 1 -3 1 2 0 -2 -2 -2 0 -1 -4 -2 1 0 -5 -2 0 11 5 3 9 0 6 14 7 1 2 5 7 1 0 2 13 5 0 2 7 0.16 1.15 46 L -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 1 6 -5 0 -2 -5 -5 -2 -1 -1 1 0 0 0 0 0 1 0 0 0 4 82 0 1 0 0 0 2 1 2 7 1.24 1.15 47 A 5 -4 -3 -3 1 -3 -2 1 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -3 4 -2 -5 -4 -3 47 0 0 0 2 0 2 10 0 0 0 0 0 0 0 38 0 0 0 0 0.95 1.15 48 R -3 7 -3 -4 -5 -1 0 -4 -2 -5 -3 2 -4 -3 -4 -2 -2 -5 -4 -5 1 75 0 0 0 1 7 1 1 0 3 8 0 1 0 2 1 0 0 0 1.45 1.15 49 Q -3 1 -2 1 -6 1 6 -4 -3 -5 -3 2 -4 -5 -4 -3 -2 -5 -4 -5 1 6 1 4 0 6 65 0 0 0 2 13 0 0 0 0 1 0 0 0 1.18 1.14 50 Q -1 -2 -3 -3 0 8 0 -2 -2 -5 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -3 4 -3 -4 6 0 0 0 2 76 3 2 0 0 1 1 0 1 0 0 0 6 0 1 1.48 1.11 51 F -5 -5 -6 -6 0 -6 -6 -6 -3 -3 -2 -6 -2 9 -6 -5 -5 0 3 -3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 1 0 0 88 0 0 0 1 7 0 2.12 1.14 52 L -3 -2 -2 -5 -4 -1 -1 -5 -4 1 3 0 5 4 -5 -4 -2 -4 -1 -1 1 2 2 0 0 2 4 0 0 7 32 6 19 19 0 0 2 0 1 3 0.68 1.14 53 V 0 0 -1 -3 3 0 -2 -4 4 -1 0 4 -3 -3 -4 -1 1 -5 -1 0 7 4 2 0 6 3 1 0 13 3 10 28 0 0 0 4 9 0 2 8 0.41 1.15 54 R -4 7 -3 -4 -6 0 -2 -5 -1 -3 -3 3 1 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -3 0 69 0 0 0 2 0 0 1 1 2 20 3 0 0 1 0 0 0 1 1.46 1.15 55 W 5 -4 -4 -4 -3 -2 -3 -3 0 -3 -1 -4 0 1 -4 -1 -2 3 0 0 62 0 0 1 0 1 1 1 2 0 6 0 2 7 0 2 1 4 3 7 0.80 1.16 56 H -4 -3 -4 -5 -2 -2 -3 -5 5 -1 5 -1 1 -3 -5 -3 2 -4 -3 -1 0 0 0 0 1 1 1 0 14 2 55 4 3 0 0 0 16 0 0 3 0.84 1.15 57 I 1 -2 -5 -5 -1 -4 -3 -3 -5 5 1 -4 4 -1 -5 -1 -2 0 -1 2 13 2 0 0 1 0 1 2 0 33 10 0 12 2 0 4 2 2 2 14 0.58 1.15 58 Q 0 4 2 0 -2 4 1 -4 -1 -1 -3 2 0 -5 -4 -1 -2 -5 -3 -3 9 21 8 4 1 19 9 0 1 3 2 13 2 0 0 4 1 0 0 2 0.49 1.15 59 R -3 3 -2 -3 -6 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 12 1 0 0 3 1 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 1.12 60 I -2 -5 -3 -6 3 -5 -5 -6 -5 6 1 -4 0 -3 -5 -4 -3 -5 -4 4 2 0 1 0 6 0 0 0 0 49 11 1 1 0 0 0 0 0 0 29 1.06 1.09 61 T 3 0 0 -4 1 0 -2 1 0 0 -1 -1 -1 -4 -4 0 1 -5 -1 0 26 4 6 0 4 5 2 12 2 6 5 2 1 0 0 7 10 0 2 6 0.23 1.02 62 S 1 2 2 0 -4 3 1 -2 0 -2 -1 1 -3 -5 -2 0 1 -5 -2 -3 15 13 9 5 0 12 8 2 2 2 5 10 0 0 1 5 9 0 1 1 0.27 1.02 63 P -1 1 -3 -4 -4 2 -2 5 -1 -1 0 -3 -2 -4 0 1 -2 -5 -2 -2 5 8 0 0 0 10 1 42 2 4 9 0 1 0 4 10 1 0 1 2 0.54 0.97 64 L -3 -4 -5 -6 1 -4 -5 -6 -5 1 5 -4 7 -2 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 7 53 0 34 0 0 0 0 0 0 4 1.16 0.94 65 S 4 -2 4 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -4 -2 -3 -4 -2 4 1 -4 -3 -3 38 0 21 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 35 6 0 0 0 0.66 0.53 K Lambda Standard Ungapped 0.1365 0.3245 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1997 0.3177 PSI Gapped 0.0611 0.2670