Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -4 5 1 -3 -6 3 2 -5 -3 -6 -5 5 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 33 8 0 0 15 15 0 0 0 0 31 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 1.47 2 T -2 -3 1 -3 -5 2 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -4 4 2 5 -6 -3 -2 3 1 7 1 0 8 4 2 1 0 1 2 0 0 17 17 34 0 1 2 0.73 1.63 3 C -3 -7 -4 -7 11 -6 -7 -4 -6 -4 -5 -6 -5 -6 -6 -3 -4 -6 -6 -3 1 0 1 0 96 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 3.45 1.70 4 S 0 0 0 0 -4 1 0 1 -1 -4 -2 -1 -2 -3 3 3 1 -2 -3 -4 6 5 5 4 0 6 5 10 2 1 5 4 1 1 14 22 7 1 1 1 0.30 1.74 5 Q 1 -1 -2 2 -4 0 2 -1 0 -3 -2 -1 -3 -4 4 1 -1 -3 -4 -2 11 3 2 10 0 5 12 4 2 1 4 3 0 1 22 11 4 0 1 3 0.39 1.73 6 A -2 -2 3 4 -4 -2 0 2 1 -5 -5 -1 -3 -2 -4 2 0 0 -1 -4 2 2 14 23 0 2 5 18 3 0 1 3 1 2 1 14 6 2 2 1 0.53 1.72 7 E -2 -1 -1 0 -6 4 5 -4 3 -5 -4 0 0 -3 -4 -1 0 -3 0 -4 2 2 3 5 0 21 38 1 6 0 1 4 2 1 0 4 5 0 3 1 0.81 1.69 8 F -4 -4 -5 -6 -5 -5 -5 -6 0 -2 -1 -5 0 8 -6 -4 -4 1 2 -3 1 1 0 0 0 0 1 0 2 1 5 0 2 76 0 1 0 2 6 1 1.90 1.70 9 R -1 4 -2 -3 -4 4 0 -4 3 -3 -1 1 0 -3 -1 0 1 -3 -2 -2 5 22 1 1 0 19 4 1 6 1 6 7 2 1 3 5 11 0 1 3 0.45 1.68 10 C -3 -6 -6 -7 11 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -3 -6 -3 -3 -5 -3 -4 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 1 0 1 0 3.40 1.66 11 H 1 1 2 2 -4 0 -1 2 1 -4 -3 1 -3 -3 -1 1 -1 -3 -3 -3 9 9 8 13 0 5 4 15 3 1 3 8 1 1 3 11 4 0 1 1 0.28 1.72 12 D -3 -3 6 4 -4 -2 -2 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -4 -4 3 0 -6 -3 -4 1 1 40 20 0 1 2 2 1 0 1 1 0 0 1 22 5 0 1 1 1.02 1.70 13 G -2 -2 -1 -3 -4 -2 -3 7 -1 -5 -5 -1 -4 -4 -4 -1 -2 -3 -4 -5 2 3 2 1 0 1 1 74 1 0 1 3 0 1 0 5 2 0 0 0 1.43 1.67 14 K -2 3 0 -2 0 3 2 -2 2 -3 -3 2 -2 -3 -3 0 0 -2 -1 -1 3 19 3 2 2 13 11 3 5 1 3 12 1 1 1 7 6 1 2 5 0.35 1.64 15 C -3 -5 -6 -7 11 -4 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -4 -3 -6 -3 -3 -5 -4 -4 1 1 0 0 93 1 1 0 0 1 1 1 0 1 0 1 1 0 1 0 3.18 1.60 16 I -3 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -6 7 1 -4 -1 -2 -5 -5 -3 -6 -2 3 1 1 0 0 0 1 0 0 0 67 8 1 1 1 0 0 1 0 1 16 1.38 1.60 17 S 0 -1 0 1 -5 -2 -1 -3 1 -4 -3 -1 -2 -3 6 2 -2 -3 -3 -4 6 3 4 7 0 1 3 1 3 1 3 4 1 1 42 16 2 0 1 1 0.87 1.60 18 R -1 2 -1 -2 -4 2 0 -1 -2 0 0 3 1 -3 -1 0 -1 0 -2 -2 6 11 3 2 0 9 4 4 1 6 10 20 3 1 3 8 3 1 1 2 0.21 1.60 19 Q 0 1 0 1 -3 0 2 -2 1 -3 -3 -1 -2 -2 -2 3 1 -1 -1 -2 8 9 5 9 0 4 12 3 4 2 2 4 1 1 1 21 8 1 2 3 0.25 1.56 20 F -2 -1 0 -3 -5 1 -3 -4 0 -3 2 0 -1 2 -3 -2 -3 9 2 -3 4 4 4 2 0 6 1 1 3 1 18 6 1 8 1 3 1 27 6 2 0.86 1.55 21 V -2 3 -3 -5 -5 2 -1 -6 1 0 0 1 -1 0 -5 -3 -2 0 -1 4 2 18 1 0 0 8 3 0 3 4 11 9 1 5 0 1 2 1 1 29 0.47 1.56 22 C -3 -4 -3 -4 11 -4 -6 -4 -2 -4 -4 -4 -2 -6 -6 -3 -4 -5 -5 -4 0 1 1 1 92 1 0 1 1 0 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 3.11 1.56 23 D -5 -4 4 8 -6 -3 -1 -4 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -2 -4 -7 -6 -6 0 0 18 78 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.98 1.56 24 S -3 -2 0 -2 -3 -2 -3 6 -1 -5 -4 -2 -3 -1 -4 -1 -2 -2 -2 -5 1 2 3 2 0 2 2 69 2 1 2 2 1 3 0 3 2 0 1 1 1.23 1.56 25 D -2 1 0 3 -3 1 2 -4 3 0 -3 0 -1 0 -4 -1 0 2 1 1 3 7 3 14 0 5 16 0 6 7 2 5 2 4 0 3 6 3 4 9 0.26 1.56 26 R -1 0 3 3 -3 0 0 -3 0 -1 -3 1 -1 -2 2 -1 -1 -2 -1 -1 6 5 15 16 0 4 6 1 2 3 3 9 1 2 12 4 4 1 2 5 0.30 1.56 27 D -4 -4 1 8 -6 0 0 -4 1 -6 -5 -3 -3 -6 -5 -3 -3 -7 -3 -6 1 0 5 77 0 5 4 0 4 0 1 0 1 0 0 1 1 0 1 0 1.75 1.56 28 C -3 -7 -6 -7 12 -6 -7 -6 -6 -4 -4 -6 -4 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -4 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.56 1.56 29 L 0 0 -2 0 -3 -1 0 3 -1 -2 -1 -1 -2 -2 2 1 -1 -2 -1 -3 9 4 2 6 1 2 7 24 1 3 8 4 1 1 10 9 4 1 2 2 0.22 1.56 30 D -4 -4 0 8 -6 -2 -1 -3 0 -6 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -6 1 1 3 85 0 1 1 1 2 0 1 1 1 1 1 1 1 1 1 0 1.92 1.56 31 G -1 -1 2 -2 -5 -1 -2 6 0 -6 -3 -1 0 -1 -5 -1 -3 0 -2 -5 3 3 8 2 0 2 2 57 2 0 3 5 3 2 0 3 1 1 2 1 0.95 1.60 32 S -1 -3 -2 -1 -2 -2 1 -3 -3 -4 -4 -3 -2 -4 -4 6 1 -2 -3 -4 2 1 1 2 1 1 8 0 0 0 1 1 1 1 0 72 6 1 1 0 1.19 1.61 33 D -5 -5 0 8 -7 -3 0 -4 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -5 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 2 95 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.34 1.53 34 E -4 -3 -3 0 -6 0 8 -5 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 2 0 2 93 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1.98 1.44 35 A 2 0 -1 1 -5 0 2 -2 1 0 0 1 0 -2 -4 0 -1 -1 -2 0 15 6 3 7 0 4 13 2 3 5 9 10 2 1 0 5 4 1 1 8 0.15 1.47 36 S -2 -2 6 3 -1 -1 -1 1 2 -5 -4 -1 -3 -1 -4 0 -2 -2 -1 -4 3 2 34 15 2 2 3 12 5 1 1 3 1 3 0 8 2 1 3 1 0.65 1.51 37 C -3 -5 -6 -5 11 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -6 -4 -5 -5 -4 -4 0 -5 -4 0 1 0 1 93 1 1 1 1 0 1 0 0 0 1 0 0 1 0 0 3.13 1.49 38 P -1 -3 -2 0 -5 -3 -2 -1 -2 -5 -5 -2 -4 -6 8 -1 -1 -6 -5 -2 3 1 1 5 0 1 2 4 1 0 0 3 0 0 68 5 4 0 0 3 1.68 1.36 39 V 1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -5 1 -3 -4 0 -4 -4 -2 6 -5 -4 4 11 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 2 0 0 0 53 0 0 27 1.03 1.24 K Lambda Standard Ungapped 0.1358 0.3239 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1820 0.3161 PSI Gapped 0.0557 0.2670