Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S 0 -1 2 -1 -2 -1 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 1 -4 -2 -3 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0.73 0.24 2 E -2 -2 -1 3 -4 0 5 -3 -2 -3 -2 -1 3 -4 -2 -1 2 -4 -3 -3 0 0 0 19 0 0 53 0 0 0 0 0 13 0 0 0 14 0 0 0 0.69 0.37 3 H -1 0 -1 0 1 3 -1 -3 9 -5 -4 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 0 -4 3 3 0 6 4 14 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.38 0.58 4 V -2 -3 -2 -3 -3 1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 1 -4 -3 1 6 -4 -3 2 0 0 0 0 0 9 1 2 0 0 0 0 3 0 0 7 62 0 0 15 0.82 0.71 5 G 3 0 -3 0 -3 -3 -2 2 -4 -2 -1 -3 4 -4 0 -2 2 -4 -4 -2 35 6 0 6 0 0 1 13 0 1 6 0 14 0 4 0 14 0 0 0 0.46 0.92 6 K -2 3 -2 -3 -4 1 -1 -3 -3 -3 -4 6 -3 -4 -3 -2 -1 -4 -4 1 2 16 1 0 0 7 2 1 0 0 1 51 0 0 0 2 4 0 0 11 0.82 0.98 7 T -2 3 0 -2 -5 3 2 1 4 -4 -4 0 -4 -5 -4 0 3 -5 -3 -3 1 14 3 1 0 15 13 10 12 1 0 5 0 0 0 5 21 0 0 1 0.53 1.09 8 C -5 -5 -6 -7 1 -5 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -1 -6 -4 -5 12 0 -5 0 0 0 0 3 0 0 0 0 4 0 0 0 1 0 1 0 91 0 0 3.61 1.19 9 Q -3 1 2 0 -5 0 -3 -4 6 -3 -3 1 -4 -3 -1 1 4 -5 -2 -3 1 6 11 5 0 3 0 0 20 1 2 9 0 1 3 11 25 0 1 1 0.62 1.21 10 I -2 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -6 4 0 -5 1 -3 -5 -4 -1 -5 -4 6 2 0 0 0 0 0 0 0 0 19 7 0 4 0 0 0 3 0 0 66 1.22 1.21 11 D -2 2 2 4 -6 2 4 -2 0 -5 -5 0 -2 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -5 3 12 8 25 0 8 29 3 2 0 0 4 1 0 0 2 4 0 0 0 0.75 1.21 12 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 3 -3 -5 -5 -3 -5 -4 4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 37 28 0 8 0 0 0 0 0 0 26 1.05 1.21 13 L 0 -1 -2 1 -2 -1 3 -2 1 -3 -2 -3 -2 1 -4 1 0 -4 3 0 8 4 1 7 1 2 24 3 4 1 3 0 1 5 0 10 6 0 12 9 0.31 1.21 14 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 4 3 -5 0 5 -6 -5 -3 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 25 0 1 26 0 0 1 0 0 18 1.02 1.21 15 E -1 -1 -2 4 -2 0 1 -3 -1 -3 -3 -1 0 1 -4 1 1 -5 -2 1 4 4 0 26 1 5 9 1 1 0 2 2 2 8 0 12 10 0 1 11 0.38 1.21 16 E -3 -2 -3 0 -6 0 7 -3 2 -6 -5 -2 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -4 -5 0 1 0 2 0 2 88 1 5 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 1.69 1.21 17 H -2 -1 -1 5 -5 0 3 -2 5 -1 -4 -3 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -1 -2 3 4 1 34 0 3 19 3 16 5 1 0 0 0 1 4 2 0 1 2 0.76 1.21 18 D -1 -4 -1 5 -5 -1 2 4 0 -5 -4 -3 -5 -6 1 -1 -2 -6 -5 -3 4 0 1 35 0 2 12 28 2 0 1 0 0 0 6 4 2 0 0 2 0.80 1.21 19 E -1 1 0 4 -5 0 2 3 3 -3 -5 -2 -2 -5 0 -1 -1 -5 -1 -3 5 7 4 21 0 5 11 21 7 2 0 1 1 0 5 3 3 0 2 1 0.43 1.21 20 R -2 4 -2 1 -5 2 0 -1 5 -4 -2 -1 -1 -4 -4 0 1 -5 -1 -1 1 30 0 7 0 8 5 4 14 1 3 2 2 0 0 5 11 0 2 5 0.55 1.21 21 T -2 -4 -3 -2 0 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -3 -3 -5 -4 -1 7 -5 -4 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 2 89 0 0 6 1.61 1.21 22 R -2 6 -2 -3 -5 0 -1 -4 4 -3 -2 1 -4 -5 -4 0 2 1 -1 -3 3 44 0 1 0 4 4 0 10 1 3 8 0 0 0 5 12 2 1 1 0.79 1.23 23 A 6 -4 -4 -4 1 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 93 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 1.54 1.23 24 K 1 4 -2 0 -5 0 3 -4 3 -2 -4 0 -4 -5 -4 -1 2 -5 -4 -1 12 22 1 4 0 4 22 0 7 3 1 4 0 0 0 3 14 0 0 4 0.52 1.23 25 A 6 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 0 -2 -4 -2 -4 -4 -2 -2 -5 -4 2 77 0 0 0 0 0 0 0 0 6 1 0 1 0 0 0 1 0 0 14 1.20 1.23 26 R -2 4 -4 -3 -5 -1 -1 -2 1 -1 1 -2 2 -4 -5 -3 -1 -1 -2 3 2 29 0 1 0 3 4 3 4 3 13 1 6 0 0 1 4 1 1 21 0.48 1.27 27 L -1 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 0 6 -5 2 -1 -5 -5 -4 -4 -4 2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 2 76 0 3 1 0 0 0 0 0 13 1.24 1.27 28 S -1 5 -2 2 -2 0 -2 -2 4 -3 -3 -2 -2 -3 -3 0 1 -5 -1 -1 4 35 1 15 1 4 1 3 10 1 1 1 1 1 1 6 8 0 2 6 0.58 1.27 29 W -1 0 -3 -1 -4 -3 -1 2 -4 -3 1 -3 -1 -4 0 0 4 5 -4 -3 5 6 0 3 0 0 3 14 0 1 15 1 1 0 6 5 33 7 0 1 0.50 1.26 30 A -1 1 -1 6 -5 -2 0 3 -1 -5 -3 -3 -5 -6 -1 -1 0 -6 -5 -4 3 10 1 43 0 1 4 22 2 0 2 0 0 0 4 2 6 0 0 1 0.83 1.27 31 G 0 -3 1 3 -5 -3 -1 5 -4 -5 -4 -2 -5 -6 -1 -1 0 -6 -5 -4 7 1 7 17 0 0 3 48 0 0 2 2 0 0 2 4 7 0 0 1 0.86 1.27 32 R 0 2 1 0 -4 0 0 1 -2 -5 -3 -1 -4 -5 0 1 4 0 -4 -4 6 14 7 6 0 4 4 13 1 0 2 2 0 0 4 9 27 1 0 0 0.43 1.27 33 Q 0 1 -1 0 -5 1 4 -2 0 -4 -2 -1 -4 -5 -2 -1 3 -5 -4 -1 9 9 2 5 0 7 33 3 2 0 4 2 0 0 2 4 17 0 0 4 0.50 1.27 34 M -3 -2 -3 -6 -4 -4 -5 -6 -1 2 4 -5 2 3 -5 -3 -2 -4 -2 2 1 2 1 0 0 0 0 0 2 11 47 0 5 11 0 2 2 0 1 16 0.78 1.27 35 V -2 4 -2 -3 -4 -2 1 -4 1 0 -3 -1 -3 -3 -4 0 4 -5 -4 2 2 24 1 1 0 0 11 1 4 5 1 1 0 1 0 7 25 0 0 16 0.54 1.27 36 G 2 -5 -3 -4 0 -4 -4 6 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -4 0 0 -5 -5 -3 18 0 0 0 2 0 0 68 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 0 2 1.35 1.27 37 V -3 2 -2 -2 -1 1 0 -5 6 0 -2 -2 -1 -3 -5 -1 1 -2 -2 2 1 14 2 2 1 6 7 0 24 6 2 1 1 1 0 3 9 0 0 18 0.58 1.27 38 G 0 -5 -3 -4 -5 -4 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 7 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.04 1.27 39 L -2 2 -2 0 -5 -1 1 -5 4 0 1 -1 0 0 -5 0 1 -4 1 0 2 14 1 6 0 2 10 0 10 4 14 2 3 3 0 6 10 0 6 6 0.26 1.27 40 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -1 90 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 2 0 0 3 1.48 1.27 41 R -3 6 -1 -2 -5 0 0 -2 4 -5 -3 0 -2 -4 -3 0 -1 -5 1 -5 1 49 3 1 0 2 5 3 12 0 2 2 1 0 1 8 4 0 5 0 0.92 1.27 42 L -2 7 -1 -4 5 -2 -3 -5 -3 -4 0 1 -1 -5 -5 -2 -3 -5 -4 -2 4 62 3 0 12 0 0 0 0 0 9 6 1 0 0 2 0 0 0 3 1.23 1.27 43 D -2 0 6 1 -5 -1 -3 0 7 -5 -5 -1 -4 -3 -4 1 -3 -5 -3 -5 3 4 38 7 0 1 0 7 27 0 0 3 0 1 0 8 0 0 0 0 1.08 1.25 44 P -1 0 -1 -2 -5 -3 -3 -4 0 -5 -2 -3 -4 -5 8 -1 -3 -6 -4 -4 3 6 3 2 0 1 0 1 3 0 4 0 0 0 73 4 0 0 1 1 1.83 1.25 45 A 2 2 -2 1 -4 0 0 0 1 -2 -3 0 -2 -3 -4 1 0 -5 0 -1 21 14 1 9 0 4 5 6 4 2 3 4 1 1 0 12 6 0 3 5 0.26 1.25 46 D -1 0 1 7 -5 -3 0 0 4 -5 -5 -3 -5 -5 -4 -3 -3 -6 -4 -5 5 5 6 62 0 0 5 6 9 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 1.27 47 E 1 1 -1 -1 -4 -1 0 0 2 -4 -1 -3 0 -1 3 2 1 -5 -1 -2 11 7 2 2 0 3 6 7 4 0 6 0 2 3 17 15 9 0 2 3 0.27 1.33 48 P 0 0 2 4 -5 -1 1 0 2 -5 -3 -3 -4 -1 1 1 -1 -5 -1 -4 8 5 10 25 0 3 10 6 5 0 3 0 0 3 6 11 4 0 2 0 0.42 1.30 49 V 0 -1 -1 -1 -3 3 -2 -4 -3 1 0 -2 1 -3 0 -2 0 -4 -2 4 6 3 2 4 0 15 1 0 0 5 7 0 3 0 6 1 7 0 1 39 0.34 0.63 50 A 1 -3 -3 -1 -3 -2 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -4 7 0 -2 -5 -4 1 11 0 0 3 0 1 4 0 0 0 4 0 2 0 55 7 1 0 0 12 1.11 0.62 51 Q -1 3 -2 0 -4 3 4 -2 1 -3 -2 0 0 -4 -3 -1 0 -4 -3 -1 6 16 0 2 0 18 34 2 3 0 3 2 3 0 0 1 4 0 0 6 0.51 0.63 52 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 62 6 0 0 0 0 0 0 0 0 32 1.04 0.63 53 G 0 -1 -2 -1 -4 -3 -3 6 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 0 -3 -4 -4 -4 7 3 0 2 0 0 0 79 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.30 0.63 54 D 0 1 -1 5 -5 -1 4 -1 0 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 7 7 0 43 0 0 32 3 2 0 0 2 0 0 0 5 0 0 0 0 0.84 0.63 55 E -3 -2 0 1 -5 2 6 -4 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -3 2 -3 0 0 3 3 0 7 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 2 1.12 0.63 56 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 3 5 -4 3 0 -4 -4 -3 -3 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 63 0 7 2 0 0 0 0 0 12 0.87 0.63 57 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.15 0.63 58 I 4 -4 -3 -4 0 -3 -3 1 -4 1 -1 -3 -2 -3 -3 -1 0 -4 -3 3 41 0 0 0 1 0 0 13 0 6 5 0 0 0 0 1 6 0 0 27 0.49 0.63 59 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 1 1 -4 -4 -2 67 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0 0 0 11 7 0 0 0 0.82 0.63 60 R -3 8 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.70 0.63 61 A 6 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -2 95 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.20 0.71 62 L -3 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 4 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 83 0 10 1 0 0 0 0 0 3 1.10 0.71 63 S 1 1 2 -1 0 -1 -1 -3 2 0 -2 -1 1 -2 -3 3 1 -4 -2 -2 13 8 12 1 2 1 2 0 5 7 3 2 5 1 0 29 8 0 1 1 0.30 0.71 64 D 0 -2 1 6 -5 0 2 -2 0 -4 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 10 2 6 56 0 3 14 1 2 0 0 0 0 0 0 3 1 0 0 3 0.92 0.71 65 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 6 -4 2 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 87 0 2 0 0 0 0 0 0 5 1.15 0.71 66 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 1 -4 -4 -2 59 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 1 0 0 0 13 8 0 0 1 0.77 0.71 67 N -1 3 1 0 -4 1 1 0 6 -3 -3 0 2 -4 -4 -1 0 -4 -1 -4 4 20 6 6 0 4 8 7 22 1 1 4 7 0 0 3 7 0 1 0 0.46 0.71 68 Q -2 3 -2 -1 -5 6 3 -3 -1 -3 -3 2 -2 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -3 1 17 0 2 0 45 16 1 1 1 1 10 1 0 0 2 1 0 0 1 0.86 0.80 69 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 3 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 90 0 8 0 0 0 0 0 0 2 1.27 0.80 70 F -2 -1 -4 -5 -3 0 -4 -3 -2 1 4 -3 3 2 -5 -3 -2 -3 0 0 2 3 0 0 0 4 0 3 1 8 52 1 7 9 0 1 2 0 3 5 0.59 0.80 71 A 1 2 -1 2 -4 1 3 0 3 -3 -4 0 -2 -4 -3 0 0 -5 -2 -2 15 10 2 10 0 7 22 6 7 0 1 4 1 0 0 5 7 0 1 2 0.34 0.80 72 L 3 0 -2 -1 -3 1 -1 -3 1 -1 -1 2 -2 -3 -3 -1 2 -4 -1 1 27 4 1 2 0 6 4 1 3 3 6 14 1 0 0 2 12 0 2 13 0.26 0.81 73 T 5 -3 -3 -4 -2 -3 -3 0 -4 -3 -3 -3 -3 -4 -3 1 2 -5 -4 1 64 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 9 14 0 0 9 0.82 0.82 74 S 4 -2 -1 1 -3 0 1 -2 4 -2 -4 -2 -3 -4 -3 1 0 -5 -1 -2 41 1 1 8 0 3 11 2 12 2 0 0 0 0 0 10 5 0 2 2 0.51 0.86 75 S 1 2 -2 1 -4 0 2 1 3 -4 -4 0 -1 -5 -3 1 1 -5 -3 -3 12 14 0 8 0 4 14 12 9 1 0 3 1 0 0 12 9 0 0 1 0.35 0.86 76 D -2 0 -1 6 -5 -1 4 -1 -1 -5 -4 -2 -2 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 2 6 1 57 0 1 27 4 1 0 1 0 1 0 0 0 1 0 0 0 1.16 0.87 77 I -2 -5 -5 -2 -1 -4 -5 -5 -5 6 1 -4 2 -2 -4 -4 -3 -4 -2 3 2 0 0 2 1 0 0 0 0 63 8 0 6 0 0 0 0 0 1 15 1.01 0.86 78 E 0 -1 -1 4 -5 1 5 -2 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -3 9 2 2 20 0 6 48 2 0 0 0 2 0 0 0 6 1 0 0 2 0.81 0.87 79 A 3 -1 -3 1 -4 2 1 1 -1 -4 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