Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 2 2 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 5 0 82 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.38 2 K -2 3 -2 -2 -4 0 -1 -3 -1 -4 -3 5 -2 -2 -3 -2 -2 5 3 -3 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0 0 0 0 0 9 13 0 0.84 0.42 3 L -3 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 1 2 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 8 0 0 0 0 0 4 0.90 0.42 4 S -1 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 4 5 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 59 0 0 0 0.83 0.42 5 P 2 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -3 0 -3 -4 7 0 2 -4 -4 -3 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 54 7 14 0 0 0 1.15 0.42 6 K -1 -1 0 3 -4 -1 2 -1 -2 -4 -2 4 -3 -4 2 0 -1 -4 -3 -3 4 0 3 23 0 0 10 3 0 0 4 36 0 0 10 3 4 0 0 0 0.48 0.42 7 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -1 92 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.42 8 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -2 -3 -2 -2 -3 -2 0 1 -4 -3 -1 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0.88 0.42 9 I -1 -1 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 4 3 0 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 1 6 4 0 0 0 3 0 0 0 42 29 8 0 0 0 0 0 0 0 7 0.46 0.42 10 E 0 -2 -1 2 -4 0 5 -3 -2 -3 -3 -1 -3 -4 -2 -1 1 -4 -3 0 8 0 0 10 0 0 61 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 10 0.68 0.42 11 V -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 2 -3 0 -2 -4 -3 0 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 19 0 0 0 0 0 6 0 0 68 0.71 0.42 12 C -2 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 0 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 1.83 0.42 13 N -2 -1 2 3 -4 3 3 -3 -1 -4 -3 2 0 -3 -3 0 -1 -3 2 -3 0 0 9 17 0 18 19 0 0 0 0 12 3 0 0 7 3 0 11 0 0.45 0.45 14 E -2 3 -2 -2 -4 2 4 -4 -2 1 1 0 -1 -3 -3 -2 -1 -4 -3 -2 0 23 0 0 0 8 32 0 0 11 20 3 0 0 0 0 3 0 0 0 0.43 0.45 15 A 5 -2 -3 -3 4 -2 -2 -1 -3 -3 -3 0 -2 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 78 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0.80 0.45 16 A 3 -2 -2 -3 -2 -2 -1 -1 -3 1 -1 0 -2 -3 -3 0 4 -4 -3 0 34 0 0 0 0 0 4 2 0 13 3 5 0 0 0 0 33 0 0 6 0.40 0.45 17 K 0 1 -1 2 -4 3 3 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 9 6 0 11 0 13 27 0 0 0 0 30 0 0 0 3 0 0 0 0 0.59 0.45 18 K -3 4 2 -2 -4 1 -1 -3 3 -3 -1 2 -2 2 -3 -2 -2 -2 2 -3 0 28 13 0 0 5 0 0 10 0 6 18 0 11 0 0 0 0 9 0 0.49 0.45 19 G -2 -2 5 3 -4 -2 0 4 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 36 17 0 0 6 41 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.45 20 L -3 -2 -4 -5 5 -3 -4 -5 -3 2 3 -4 2 4 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 2 0 0 14 0 0 0 0 12 43 0 7 21 0 0 0 0 0 0 0.61 0.40 21 W 0 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -1 0 -2 -3 -2 2 0 -2 -2 7 5 2 12 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 9 6 0 0 19 31 20 0.76 0.40 22 I -1 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -4 -4 6 0 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 0.82 0.40 23 L 1 -2 -1 2 -3 -2 -1 2 -3 -2 0 1 -2 -3 -3 2 -1 3 -3 0 11 0 0 14 0 0 0 14 0 0 11 12 0 0 0 26 0 5 0 6 0.25 0.40 24 G -2 4 -2 -3 -4 -1 -2 2 4 -2 -3 1 1 -3 -3 -2 -2 6 -1 -3 0 38 0 0 0 0 0 19 12 4 0 8 6 0 0 0 0 14 0 0 0.65 0.40 25 I -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -2 5 0 -4 0 0 -4 -3 -2 -2 5 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 0 0 0 0 0 0 26 7 0.82 0.40 26 D -2 -1 -1 3 -5 1 6 -3 -1 -4 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 19 0 0 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.40 27 G 1 -4 -2 -3 6 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 12 0 0 0 22 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.40 28 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -3 6 -3 -4 -4 -3 -4 1 -3 -1 -3 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 1.39 0.40 29 H -2 -3 1 -3 -3 -2 -3 -4 5 5 0 -3 -1 -2 -4 -3 -2 -4 -1 1 0 0 9 0 0 0 0 0 25 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.70 0.40 30 W -4 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -4 -4 -3 0 -4 -2 0 -5 -4 -3 12 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 88 0 0 2.70 0.40 31 L -2 1 -1 -3 -4 -1 -2 -3 8 -2 1 -2 -1 0 -3 0 -2 -3 0 -3 0 6 0 0 0 0 0 0 60 0 21 0 0 4 0 9 0 0 0 0 0.90 0.40 32 N -1 -2 5 -1 -3 -1 0 2 -1 -2 -2 -2 -2 0 -2 1 -1 -3 -2 1 3 1 37 1 0 1 4 15 0 1 1 1 0 6 1 10 1 0 0 17 0.36 0.35 33 P -1 -2 -2 2 -3 -2 -1 0 -2 -3 -3 -2 -3 -4 7 0 -2 -4 -3 -3 1 1 1 14 0 1 1 9 0 1 1 1 0 0 58 10 1 0 0 1 1.18 0.35 34 G -1 1 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 1 9 1 1 0 1 1 67 0 1 1 14 0 0 1 1 1 0 0 1 0.87 0.35 35 F -3 -2 -3 -3 -3 2 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -1 7 -3 -2 -2 0 2 -2 1 1 1 1 0 14 1 1 0 1 1 1 0 75 1 1 1 0 0 1 0.96 0.35 36 R -2 3 -2 -1 3 2 5 1 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 19 0 0 9 6 53 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.69 0.40 37 I 3 -3 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -2 3 -1 -2 1 -1 4 -1 -2 -2 3 -1 36 0 0 0 0 0 0 0 0 24 0 0 5 0 22 0 0 0 14 0 0.53 0.40 38 D -3 5 -1 5 -5 0 2 -3 -2 -4 -4 0 -3 -4 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 41 0 46 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.40 39 S -1 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 -3 1 2 -3 -1 -2 -3 1 -2 -3 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 48 0 11 27 0 0 0 0 11 0 0 0 3 0.56 0.40 40 S -2 -2 3 6 -4 -1 0 -2 4 -4 -5 -2 -4 -4 -3 1 -2 -5 -3 -4 0 0 14 57 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 0 0.92 0.40 41 A 2 -3 -2 2 7 -2 -2 -3 -3 -2 -1 -3 4 -3 -3 -1 0 -4 -3 0 27 0 0 14 29 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 6 0 0 4 0.60 0.40 42 S -1 0 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 4 -1 -2 -1 -2 -3 3 1 -4 -3 2 0 6 0 0 0 0 0 0 0 41 0 0 0 0 0 31 9 0 0 14 0.42 0.40 43 W -4 -4 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -2 -4 -2 2 -5 -4 -4 11 4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 80 12 0 2.56 0.40 44 T 1 -3 -1 5 -3 -1 1 2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 0 2 -4 -4 -3 12 0 0 47 0 0 8 14 0 0 0 0 0 0 0 4 16 0 0 0 0.64 0.40 45 Y -2 3 -2 -3 -4 -2 -2 2 -2 -3 -3 2 -3 3 -3 2 -2 -2 4 -3 0 17 0 0 0 0 0 17 0 0 0 17 0 17 0 17 0 0 17 0 0.48 0.56 46 D 0 -2 2 4 -4 -2 -2 -3 -3 2 0 2 -2 0 -4 -2 -2 -4 -3 0 8 0 12 26 0 0 0 0 0 16 9 19 0 5 0 0 0 0 0 6 0.39 0.70 47 M -2 -3 -2 4 -4 -2 -2 -4 -3 -2 0 1 3 -4 2 0 1 -5 -4 0 0 0 0 30 0 0 0 0 0 0 11 12 10 0 11 8 9 0 0 9 0.45 0.70 48 P -1 -1 1 0 -4 -1 -1 -3 -3 -4 -2 4 -3 -4 5 0 -2 -5 -4 -3 4 0 7 5 0 0 0 0 0 0 5 36 0 0 36 6 0 0 0 0 0.83 0.53 49 E -2 -3 0 -2 -4 -2 2 -4 -3 -2 1 -2 -2 -3 6 0 -2 -4 -4 0 0 0 4 0 0 0 14 0 0 0 19 0 0 0 46 9 0 0 0 6 0.89 0.53 50 E -2 -3 1 0 -3 -2 3 -4 -3 2 -1 -2 -1 1 -3 -2 0 -4 -2 3 0 0 9 4 0 0 25 0 0 15 0 0 0 8 0 0 6 0 0 32 0.39 0.53 51 Y 0 -2 1 4 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -3 1 -3 -2 -2 3 1 -2 4 -3 6 1 5 26 0 0 1 1 0 1 1 8 0 0 1 26 7 0 17 1 0.43 0.47 52 K 1 -1 3 -2 -3 2 2 -3 -2 -2 1 2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -3 1 12 0 16 0 0 9 14 0 0 0 17 18 0 0 0 4 0 0 0 11 0.27 0.53 53 S 1 0 0 2 -3 -2 0 2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 0 3 1 -4 -4 -3 10 5 4 14 0 0 6 13 0 0 0 0 0 0 5 35 8 0 0 0 0.43 0.53 54 K 3 -1 1 2 -3 -1 1 -2 -2 -3 -4 3 -3 -4 -2 1 0 -4 -3 -1 27 0 5 14 0 0 10 0 0 0 0 25 0 0 0 9 5 0 0 4 0.40 0.53 55 I 3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 5 1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 1 35 0 0 0 0 0 0 0 0 45 13 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0.62 0.53 56 P -1 -1 2 -1 -4 3 4 -3 2 -1 -4 2 -3 -4 1 0 0 -4 -3 -3 4 0 11 0 0 13 30 0 5 4 0 16 0 0 8 4 4 0 0 0 0.48 0.53 57 E -2 0 2 2 -4 3 3 -3 -1 -1 -2 1 -2 -3 -3 1 -2 -4 0 -3 0 3 14 9 0 16 28 0 0 4 5 6 0 0 0 10 0 0 5 0 0.43 0.53 58 N -3 -2 8 0 -4 -1 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -4 -3 1 -1 -5 -4 -4 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.49 0.53 59 N -3 -2 8 0 -4 -1 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.60 0.53 60 R -1 4 -2 1 -4 3 -1 -3 -2 -3 1 0 -2 -3 -3 1 0 -4 -3 -3 4 29 0 11 0 15 0 0 0 0 19 4 0 0 0 10 7 0 0 0 0.38 0.53 61 L 0 3 0 -3 -3 -2 0 -4 -3 1 3 1 -1 -2 -4 -2 -2 -4 -3 1 8 18 6 0 0 0 6 0 0 6 35 10 0 0 0 0 0 0 0 10 0.31 0.53 62 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.53 63 I 2 -2 -3 -3 -3 -2 1 -1 -3 4 2 1 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 0 19 0 0 0 0 0 9 5 0 31 21 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0.33 0.53 64 E 0 -2 -1 3 -5 0 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 10 0 0 15 0 0 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.53 65 N -3 -3 5 -2 -4 -3 -3 -3 -2 -2 0 -3 1 6 -4 0 -2 -2 0 -3 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 6 0 4 44 0 7 0 0 0 0 0.81 0.53 66 I -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -3 0 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0 0 0 0 0 0 7 0 0 19 0.96 0.53 67 K -3 5 2 -2 -5 1 1 -3 -2 -4 -4 4 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 45 11 0 0 4 7 0 0 0 0 32 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.53 68 D 0 -2 2 3 2 -1 4 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 0 -5 -4 -3 10 0 10 18 6 0 40 0 0 0 0 0 0 0 0 10 5 0 0 0 0.61 0.53 69 D -3 -2 -1 6 -5 0 4 -3 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 51 0 0 38 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.53 70 I 2 -2 -2 -2 -2 -2 1 -2 -3 3 1 -2 4 -2 -2 1 -1 -3 -2 0 18 1 1 1 0 1 9 1 0 26 12 1 15 1 1 11 1 0 0 1 0.29 0.45 71 E 2 -2 -1 -1 -2 2 3 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -3 2 3 -1 -3 -3 -2 20 1 1 1 0 10 19 1 0 1 1 1 0 1 11 29 1 0 0 1 0.44 0.45 72 N 2 -2 3 3 -3 -1 1 -2 -2 -3 -1 0 -2 -4 1 1 1 -4 -3 -3 18 0 17 16 0 0 9 0 0 0 8 6 0 0 7 7 11 0 0 0 0.31 0.50 73 G -1 -3 -2 -2 2 -2 1 5 -3 -3 -3 -2 -3 -4 1 1 -2 -4 -4 1 0 0 0 0 5 0 11 52 0 0 0 0 0 0 7 10 0 0 0 13 0.65 0.51 74 Y -3 -3 -2 -4 2 -2 -3 -4 7 1 -3 -3 -2 0 -4 -3 -3 -1 6 -2 0 0 0 0 5 0 0 0 42 10 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0 1.19 0.53 75 T -2 -3 3 6 -4 -2 -1 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -1 4 -5 -4 -3 0 0 17 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 32 0 0 0 0.96 0.53 76 A 4 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -4 0 -2 -3 -1 -3 -3 -1 1 -4 -3 4 50 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 39 0.65 0.53 77 F -3 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -3 -1 -1 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 5 10 1.42 0.53 78 I -2 -4 -4 -4 3 -3 -1 -5 -4 6 2 -4 0 -2 -4 -3 -2 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