Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 4 3 -3 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 31 0 0 0 0 0 0 0 0 35 0.64 0.33 2 K -2 0 3 -2 -4 2 -1 -3 -2 -3 -3 5 -2 -4 -2 0 1 -4 -3 0 0 0 15 0 0 8 0 0 0 0 0 56 0 0 0 5 8 0 0 9 0.60 0.45 3 I -2 -3 1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 4 1 -3 -1 2 -4 2 -1 -3 -2 1 0 0 9 0 0 0 0 0 0 42 12 0 0 10 0 21 0 0 0 6 0.43 0.47 4 D -2 -2 -1 4 -3 -1 2 0 -2 -3 -1 -2 -2 -4 -3 1 3 -4 -3 -3 0 0 0 34 0 0 16 6 0 0 9 0 0 0 0 8 27 0 0 0 0.53 0.47 5 Q -2 1 1 1 -4 2 2 1 -2 -4 -4 3 -3 -4 2 1 -2 -4 -3 -4 0 6 8 8 0 11 13 12 0 0 0 21 0 0 10 11 0 0 0 0 0.42 0.47 6 K -2 1 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -4 7 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.46 7 I -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -4 6 2 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 19 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0.89 0.46 8 R 1 2 2 -1 -3 0 2 1 -2 -3 -4 2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -3 -1 9 12 11 0 0 3 17 11 0 0 0 14 0 0 0 16 0 0 0 6 0.33 0.52 9 G -2 2 5 2 -4 2 1 1 -1 -4 -4 -1 -3 -4 -3 2 -1 -4 -3 -4 0 14 34 9 0 10 7 9 0 0 0 0 0 0 0 16 0 0 0 0 0.59 0.52 10 Q -2 0 -1 -2 -4 8 1 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -1 -2 -3 -3 -4 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.50 0.52 11 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -3 2 2 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 10 0 71 0 0 0 0 0 0 6 1.11 0.52 12 P 1 -2 1 -2 -3 -1 2 2 -2 -3 -1 2 -2 -4 1 1 0 -4 -3 -1 12 0 7 0 0 0 15 17 0 0 6 17 0 0 8 8 4 0 0 5 0.26 0.52 13 E 0 0 0 2 -4 2 1 0 -2 -2 -4 4 -3 -4 -3 1 0 -4 -3 -3 7 0 4 10 0 12 5 7 0 3 0 40 0 0 0 9 3 0 0 0 0.45 0.52 14 R -3 7 -2 -3 -5 0 -1 -4 1 -4 -4 1 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 96 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.52 15 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 0.52 16 W -4 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -3 0 -5 -4 -4 12 1 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.39 0.52 17 T -1 -2 1 0 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -2 3 5 -4 -3 -2 0 0 6 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 58 0 0 0 0.81 0.52 18 E -2 -1 3 -1 -4 3 4 -3 -1 -3 -4 1 -3 -3 -3 -1 1 -3 2 -1 0 0 20 0 0 13 37 0 0 0 0 6 0 0 0 0 11 0 8 4 0.58 0.52 19 D 0 -1 -1 3 -4 5 3 -3 -2 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -2 7 0 0 15 0 31 20 0 0 0 0 15 0 0 0 8 0 0 0 3 0.60 0.52 20 D -1 -2 -1 3 -3 1 1 -3 -2 -3 -1 0 1 -4 -3 3 0 -4 -3 -1 0 0 0 22 0 8 10 0 0 0 5 6 5 0 0 33 4 0 0 6 0.40 0.52 21 I -1 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 5 1 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 48 10 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0.83 0.52 22 K 1 2 1 -2 -4 2 2 -3 -2 -3 -1 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 15 11 6 0 0 10 18 0 0 0 6 34 0 0 0 0 0 0 0 0 0.50 0.52 23 N -1 -2 2 5 -4 -1 3 0 -2 -4 -2 0 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 -4 3 0 10 38 0 0 20 5 0 0 5 7 0 0 0 13 0 0 0 0 0.61 0.52 24 T 0 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -4 -4 1 0 -3 -1 -3 -3 -1 4 -4 -3 4 8 0 0 0 0 0 0 0 0 4 7 0 0 0 0 0 40 0 0 41 0.61 0.52 25 V -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -5 -4 5 0 -4 1 1 -4 -3 -1 -3 1 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 45 0 0 3 6 0 0 3 0 5 34 0.69 0.52 26 S 1 -2 4 3 -3 1 1 -1 -2 -3 0 0 -2 -4 -3 1 -2 -4 -3 -3 15 0 22 19 0 6 8 3 0 0 10 3 0 0 0 12 0 0 0 0 0.38 0.52 27 N -1 0 5 -1 -4 -1 1 -2 3 -4 -4 4 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -4 4 0 41 0 0 0 7 0 10 0 0 38 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.52 28 G -2 -4 0 -3 -4 -3 -3 5 -3 -5 -5 -3 -4 -5 6 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 5 0 0 0 0 51 0 0 0 0 0 0 44 0 0 0 0 0 1.37 0.52 29 A 1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 2 -2 -3 3 -2 -2 3 -2 -2 -3 3 2 15 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 30 0 0 17 0 0 0 11 17 0.46 0.51 30 T 0 -1 -2 -2 -2 -1 -2 0 -2 -1 -2 3 -2 -3 -2 -1 4 -3 -3 1 7 1 1 1 0 0 1 6 0 1 1 22 0 0 1 1 42 0 0 15 0.44 0.46 31 G -1 0 -1 -2 -2 -1 0 4 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 0 -2 1 1 2 7 1 2 1 1 7 34 1 2 8 2 1 1 2 2 8 0 7 13 0.26 0.37 32 T -1 -1 1 -1 -2 -1 -1 0 -1 -2 -2 2 -2 -2 -1 2 2 -2 0 0 2 2 8 2 1 1 2 7 1 2 3 18 1 1 2 19 19 0 4 7 0.22 0.37 33 S 1 -2 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -1 -2 -1 -1 -2 -1 3 4 -2 -2 0 11 2 1 2 1 1 2 2 1 2 3 2 1 1 2 28 31 0 1 8 0.36 0.37 34 F -1 2 -2 -2 -2 1 0 0 -2 0 -1 0 1 3 -2 1 0 -2 -1 1 5 12 1 1 0 9 5 8 0 5 2 6 4 14 1 10 5 0 1 11 0.12 0.41 35 D -2 -2 2 5 -3 -1 0 -2 3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -1 1 -3 1 -1 1 1 12 48 0 1 1 1 8 1 1 1 0 1 1 1 9 0 7 6 0.65 0.45 36 K -2 3 4 -1 -3 1 -1 -2 -1 -3 -3 4 -2 -3 2 -1 1 -3 -3 -3 1 14 23 1 0 4 1 1 0 1 1 30 0 1 9 1 11 0 0 1 0.51 0.45 37 R 2 5 -2 -2 1 -1 -1 -2 1 -3 -3 3 -2 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 25 45 0 1 4 0 1 1 4 0 1 16 0 0 1 1 1 0 0 1 0.64 0.47 38 S -1 1 -1 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -1 -2 1 -2 3 3 4 4 -2 1 11 0 1 0 0 1 1 0 0 1 1 0 5 1 34 20 6 17 1 0.48 0.47 39 P 1 -3 3 0 -3 -2 -2 2 -3 -1 -3 -2 -3 -4 3 -1 3 -4 -4 -3 10 0 19 5 0 0 0 20 0 4 0 0 0 0 18 0 25 0 0 0 0.53 0.52 40 K 0 2 3 -1 -3 -1 -1 1 -1 -3 -2 2 1 1 -2 1 -1 -3 -2 -2 5 14 19 1 0 1 1 10 0 1 1 16 5 9 1 14 1 0 1 1 0.27 0.44 41 K -1 0 0 -1 -2 0 0 -2 -1 -2 -2 5 -2 -2 -1 1 -1 -2 -2 -2 3 2 5 2 1 1 2 2 1 2 3 60 1 1 2 9 2 0 1 2 0.56 0.35 42 T 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -1 3 4 -2 -2 -1 15 2 1 2 1 1 2 2 1 2 3 2 1 1 2 22 38 0 1 2 0.40 0.35 43 P -1 -2 -1 0 -2 -1 -1 1 -2 -1 -2 -1 -2 -2 5 -1 2 -2 -2 1 2 2 1 5 1 1 2 10 1 2 3 2 1 1 32 2 17 0 1 15 0.50 0.36 44 P 0 -1 3 -1 -1 -1 -1 2 -1 0 -1 -1 -1 -2 3 -1 -1 -1 -1 -1 9 3 15 3 1 2 3 20 1 6 5 3 1 2 14 4 3 1 2 3 0.22 0.26 45 D -1 -1 0 5 -2 -1 0 -2 -2 -2 -2 2 -2 -3 2 0 -1 -3 -2 -2 2 2 1 44 1 1 2 2 1 2 3 15 1 1 10 7 2 0 1 2 0.54 0.36 46 Y 2 -2 0 -2 -2 -1 -2 4 1 -2 -2 -1 -2 0 -2 -1 -1 -2 1 -2 23 2 5 2 1 1 2 35 4 2 3 2 1 5 2 2 2 0 6 2 0.37 0.36 47 L -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -2 0 3 -2 0 -1 -2 -1 4 -2 -2 0 2 2 1 2 1 1 2 2 1 2 31 2 1 1 2 2 38 0 1 6 0.36 0.36 48 G 0 3 -1 -2 -2 -1 -1 4 -2 -2 -2 -1 -2 -2 2 -1 -1 -2 -2 -2 6 25 1 2 1 1 2 33 1 2 3 2 1 1 12 2 2 0 1 2 0.46 0.36 49 R -1 5 -1 -1 -2 0 -1 -2 -1 -2 0 1 -1 -1 -1 -1 -1 -1 2 -1 3 40 2 2 1 2 3 3 1 2 9 7 1 2 2 3 3 1 9 3 0.36 0.29 50 N -2 -2 6 2 -3 -1 1 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -2 1 -1 -4 -3 -3 1 1 62 11 0 1 9 1 0 1 1 1 0 0 1 8 1 0 0 1 0.89 0.46 51 D 0 -3 0 6 -4 -2 0 1 3 -4 -4 -2 -3 -4 1 1 -2 -4 -3 -4 6 0 0 55 0 0 0 10 8 0 1 0 0 0 6 11 0 0 0 0 0.77 0.49 52 P 3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 6 1 1 -4 -3 0 33 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 38 7 11 0 0 6 0.84 0.49 53 A 4 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -2 0 5 -4 -3 -1 54 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0.82 0.52 54 T 1 -3 1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -1 -1 -2 -2 -3 -3 2 5 -4 -3 2 9 0 6 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 14 48 0 0 18 0.54 0.52 55 V 0 -3 -3 -3 -3 -2 0 -1 -2 0 -1 -3 -1 3 -3 -2 -2 -1 5 4 6 0 0 0 0 0 7 6 0 0 1 0 0 11 0 1 0 0 28 37 0.51 0.48 56 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 0 -2 -2 -3 -2 3 -4 -3 -3 1 8 -2 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 1 0 0 6 0 1 0 0 87 1 1.55 0.48 57 G 0 1 0 3 -3 -2 -2 4 -3 1 -3 -2 -2 -3 -3 -1 0 -4 -3 0 6 11 5 17 0 0 1 33 0 12 1 0 0 0 0 1 6 0 0 7 0.37 0.48 58 S -1 -1 1 2 -3 0 2 -2 -2 -4 -4 4 -3 -4 -2 3 -1 -4 -3 -3 1 0 7 12 0 0 13 1 0 0 1 30 0 0 0 33 0 0 0 1 0.52 0.48 59 P -1 -1 -1 4 -4 0 1 -2 -2 -3 -3 3 -3 -1 3 0 -2 -4 -3 -3 5 0 0 31 0 4 7 1 0 0 1 21 0 4 18 6 0 0 0 1 0.57 0.48 60 G -2 -3 2 0 -4 -3 -3 6 -3 1 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -3 0 0 14 6 0 0 0 65 0 12 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0.95 0.52 61 K 1 1 0 -2 -3 -1 0 3 5 -4 -4 2 -3 -4 -3 2 -1 -4 -2 -3 10 8 3 0 0 0 3 22 17 0 0 17 0 0 0 15 3 0 0 0 0.46 0.52 62 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 0 -3 -2 -3 -2 3 -4 0 -3 1 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 8 0 0 86 0 1.55 0.52 63 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 1.04 0.52 64 V 1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 4 0 -3 2 -2 -3 -2 -1 -4 -2 4 13 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 5 0 0 0 0 0 0 53 0.57 0.32 65 V -2 2 -3 -4 3 -2 -3 -4 -3 3 0 -2 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 4 0 17 0 0 7 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 51 0.52 0.32 66 N -3 -2 5 5 -4 -1 0 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 0 49 51 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.32 67 D -3 -2 5 6 -4 -1 0 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -4 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 36 64 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.32 68 R 0 4 2 -2 -3 -1 -1 -3 -2 2 -2 2 -1 -3 -3 0 0 -4 -3 -1 6 35 13 0 0 0 0 0 0 22 0 11 0 0 0 6 6 0 0 0 0.36 0.32 69 T -1 -2 -1 2 -2 -2 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 6 -4 -3 -1 0 0 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 0 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10 15 0 0 0 0 0 15 39 0 0 0 0 0.49 0.25 88 R -1 5 -1 -2 -3 -1 -1 1 -2 -2 0 0 -1 -3 -3 2 -1 -3 -3 -2 0 49 0 0 0 0 0 15 0 0 15 0 0 0 0 21 0 0 0 0 0.45 0.25 89 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 6 1 -4 1 -1 -4 -3 -1 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.25 90 Q -2 0 1 -2 -3 4 0 -3 -1 3 -1 2 -1 -2 -3 -1 -1 -3 -2 0 0 0 7 0 0 39 0 0 0 38 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.38 0.23 91 W -3 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -2 1 -4 -3 -3 11 2 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 2.61 0.12 92 G 0 3 -1 -2 -3 -1 -2 5 -2 -4 -3 0 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 0 30 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.07 93 N -2 -1 6 4 -3 0 0 -1 0 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 0 0 73 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.75 0.07 K Lambda Standard Ungapped 0.1330 0.3098 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1567 0.3173 PSI Gapped 0.0480 0.2670