Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -2 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 9 -2 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.67 0.65 2 W -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -3 -5 -3 -1 -6 -5 -4 12 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.63 0.70 3 E 3 -2 -1 4 -4 -2 1 -2 -3 -4 -4 3 -4 -5 0 0 -2 -5 -4 -3 26 0 2 30 0 0 5 1 0 0 0 25 0 0 4 5 1 0 0 1 0.64 0.78 4 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.90 0.84 5 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.90 0.84 6 D -4 -3 3 7 -5 -2 -1 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 0 0 13 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.69 0.84 7 K -1 1 3 -1 -4 1 -2 -3 2 -2 -1 0 1 3 -4 2 0 -4 -2 -1 4 6 17 2 0 6 1 1 4 1 6 7 4 13 0 20 4 0 0 4 0.28 0.84 8 A 3 -4 -4 -4 8 0 -4 -2 -4 -1 -3 -4 -3 -4 2 -2 1 -5 -4 0 29 0 0 0 35 5 0 2 0 4 0 0 0 0 10 0 10 0 0 5 0.96 0.91 9 I 0 -2 -4 -4 -4 -1 0 -2 -1 2 1 -3 0 0 -1 -1 0 -4 1 4 7 3 0 0 0 2 8 3 1 10 13 0 2 3 3 4 4 0 5 32 0.30 0.91 10 C -3 -5 -1 -5 11 -1 -5 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 3 0 89 4 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.51 0.91 11 T -2 -3 0 -1 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -1 -4 0 2 6 -5 -1 -3 1 0 2 2 0 0 0 0 0 0 0 2 1 0 3 15 70 0 2 0 1.07 0.91 12 R -3 6 -1 -3 -5 -1 0 -2 -3 -3 -3 5 -3 -3 -4 -3 -2 -5 -4 -4 1 47 2 0 0 0 6 3 0 2 2 35 0 1 0 0 1 0 0 0 1.02 0.91 13 S 0 -1 -2 -1 -3 -2 -3 2 -3 -4 -2 -1 -1 -4 -3 5 0 2 -4 -1 6 3 0 2 0 0 0 12 0 0 4 2 2 0 0 58 4 3 0 4 0.69 0.91 14 N -3 -2 0 -2 -4 -2 -2 -5 -3 4 1 -2 -1 3 -5 -1 -2 2 4 0 1 2 6 2 0 1 2 0 0 32 14 3 1 11 0 6 1 2 14 2 0.47 0.91 15 P -3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -4 3 0 -4 -3 -4 -4 8 -2 -3 -5 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 9 7 0 0 0 0 73 3 0 0 3 3 1.80 0.88 16 P -2 -2 -4 -3 -5 -1 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -5 -4 2 3 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 89 1 0 0 0 0 2.35 0.88 17 T -1 0 -2 -4 -4 3 -3 -4 -3 2 2 -1 1 -1 -4 -1 3 2 -2 0 6 5 2 0 0 18 0 0 0 11 19 3 4 2 0 2 19 3 1 5 0.34 0.91 18 C -3 -5 -5 -6 10 -5 -6 -5 -5 -3 1 -5 -3 0 -5 -3 -3 -4 0 -3 0 0 0 0 80 0 0 0 0 0 12 0 0 4 0 0 0 0 4 0 2.22 0.91 19 R -3 6 -2 -3 -5 1 -1 -2 3 -4 -3 0 -1 -4 -4 -1 -2 3 -3 -3 1 50 1 0 0 7 3 3 9 0 1 2 2 0 0 5 1 4 0 2 0.74 0.91 20 C -2 -5 -5 -6 11 -5 -6 -5 -1 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -5 -4 1 0 0 0 0 89 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 2.55 0.91 21 V 1 3 0 -2 -4 0 -2 -1 0 -3 0 -1 2 -4 -4 0 3 -5 -4 0 12 17 4 2 0 5 1 5 2 0 10 2 7 0 0 5 20 0 0 7 0.27 0.87 22 D -4 2 -1 7 -6 -2 -1 -4 -3 -5 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 0 15 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.69 0.87 23 E -1 4 -3 -3 -4 1 3 -4 -3 0 -1 1 1 -1 -4 -3 -1 2 -3 2 6 22 0 0 0 5 19 0 0 5 4 7 4 2 0 0 3 3 0 19 0.40 0.87 24 V 0 -2 -1 -4 -4 -4 -4 3 -4 1 0 -1 0 -3 -4 -2 -3 -5 -4 4 5 2 2 0 0 0 0 27 0 5 9 5 2 0 0 2 0 0 0 41 0.55 0.87 25 K -1 -1 1 1 -5 0 4 3 -3 -5 -5 2 -4 -2 0 -2 -3 -5 -4 -5 5 2 8 8 0 2 37 20 0 0 0 11 0 2 5 0 0 0 0 0 0.62 0.87 26 K -1 1 -1 0 -4 2 1 -1 0 -4 -4 1 -3 -4 -3 4 3 -5 -1 -4 3 8 2 3 0 8 10 5 2 0 0 8 0 0 0 33 17 0 2 0 0.48 0.87 27 C -3 2 -4 -5 11 -4 -5 -5 -5 -4 -3 -3 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -3 0 15 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.40 0.87 28 A 4 -2 0 1 -4 -2 -2 -1 7 -4 -4 -3 -4 -2 0 1 -2 -5 -2 -4 39 1 3 7 0 0 0 2 32 0 0 0 0 1 5 10 0 0 0 0 0.83 0.87 29 P 1 -3 -2 -1 -4 -3 -1 1 -4 -5 -3 -3 -4 -5 5 4 -2 -5 -4 -4 13 0 0 3 0 0 4 12 0 0 2 0 0 0 28 38 0 0 0 0 0.82 0.87 30 T 5 -2 0 -3 4 -3 -2 0 -1 -4 -4 -3 -3 -4 -3 0 1 1 -4 -3 58 1 5 0 9 0 2 7 1 0 0 0 0 0 0 5 10 2 0 0 0.74 0.87 31 C 0 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -2 1 -5 -4 -3 7 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 2.33 0.87 32 K -3 2 0 -1 -5 1 1 -2 -3 -4 -3 6 -3 -5 -3 -1 0 -5 -4 -3 0 7 3 2 0 4 10 2 0 0 2 61 0 0 0 2 5 0 0 2 0.89 0.87 33 T 1 1 1 2 3 1 1 -2 1 -4 -1 0 -3 -4 -2 2 0 -5 -4 -3 13 9 6 11 7 7 7 2 3 0 7 5 0 0 1 17 6 0 0 0 0.27 0.87 34 C -2 -5 -5 -5 11 -4 -1 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 93 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.65 0.87 35 L -2 -1 -3 -2 -4 0 3 -1 -1 3 0 2 0 -2 -4 -1 -3 -5 -3 2 3 3 0 2 0 4 23 6 2 16 8 14 3 1 0 3 0 0 0 13 0.29 0.86 36 P -1 -1 -1 -1 8 0 -2 -3 -4 -3 0 -1 -1 -4 3 -2 -3 -5 -4 0 5 3 3 3 35 4 3 1 0 0 11 5 2 0 17 1 0 0 0 8 0.81 0.99 37 S 1 -3 -1 -2 -3 -1 0 -2 -4 -2 -1 -2 -2 -1 -2 2 3 -5 -2 3 10 1 2 1 0 2 6 2 0 0 4 1 0 2 1 18 19 0 1 27 0.35 0.99 38 R -2 3 -3 -2 -5 0 4 0 -1 -3 -2 0 -3 -1 0 1 -2 0 1 -3 1 17 0 1 0 3 30 8 1 1 4 5 0 3 5 10 2 1 6 2 0.41 1.00 39 S 0 -3 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -3 0 -3 -1 -3 -4 -3 6 1 -5 -4 -1 3 0 0 1 0 0 0 5 0 6 2 3 0 0 0 69 6 0 0 4 0.88 0.97 40 R -2 0 2 4 -4 -1 1 -1 0 1 -2 -3 -1 2 -2 -1 -3 4 1 -3 2 5 11 26 0 1 10 4 2 10 2 0 2 9 2 4 0 5 5 0 0.39 0.95 41 P -2 -2 -4 -1 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -4 -3 8 -1 -3 -5 -5 -4 2 2 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 84 5 0 0 0 0 2.18 0.95 42 S 0 1 0 -3 -4 -3 -3 -1 -4 -4 -3 -3 -4 0 6 2 -1 -5 -2 -2 7 8 4 0 0 0 0 3 0 0 2 0 0 4 49 17 2 0 1 2 1.04 0.96 43 R -3 6 -2 -3 -2 4 -2 -1 0 -3 0 2 -3 -4 -4 -3 -2 -5 -4 -2 0 46 1 0 1 18 0 5 2 1 9 11 0 0 0 0 2 0 0 3 0.82 0.96 44 R -3 2 -2 -5 8 -3 -4 -5 4 -4 -3 -2 -3 3 -5 -3 -3 -2 5 -3 0 12 1 0 36 0 0 0 11 0 2 2 0 11 0 0 0 0 25 1 1.25 0.98 45 V -3 4 -4 -3 -4 2 -3 -5 -1 1 -2 -2 2 -1 -4 -2 -1 -4 1 4 0 27 0 2 0 10 0 0 2 5 0 0 7 2 0 2 2 0 5 37 0.64 0.98 46 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.06 0.98 47 I -2 1 3 -2 -4 0 -1 -4 1 0 2 1 2 1 -4 -1 0 -4 0 1 2 7 14 1 0 4 3 0 3 4 20 7 5 6 0 4 6 0 3 10 0.21 0.98 48 D -4 -4 -1 8 -6 -2 -1 -4 -3 -6 -6 -3 -5 -6 -4 -2 -3 -7 -5 -6 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.15 0.98 49 S -1 3 -3 -4 -4 3 -3 -4 -1 1 -2 -2 0 -3 -4 0 3 7 -3 0 3 20 0 0 0 14 0 0 1 9 2 0 2 0 0 6 18 16 0 7 0.62 0.92 50 Y -3 -4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 3 0 -2 -4 -2 5 -4 -3 -2 -1 7 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 7 6 1 0 0 29 0 0 2 0 48 4 1.27 0.83 51 F -3 2 0 -3 -4 -2 -3 -4 7 -1 -2 -1 -3 1 1 -2 4 -4 0 -3 0 13 4 0 0 0 0 0 28 4 2 3 0 7 6 0 30 0 3 0 0.71 0.84 52 G -2 -4 2 1 -5 -3 -1 6 -3 -5 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -3 0 0 11 7 0 0 4 76 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.35 0.82 53 P -1 -3 -2 4 -5 1 0 -4 -1 -2 -2 -1 -3 4 -1 -1 -3 4 4 -4 4 0 0 30 0 8 5 0 1 2 3 3 0 16 2 4 0 7 15 0 0.60 0.82 54 V -1 -4 -4 -4 6 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -3 -4 -1 7 -3 -1 -5 -4 -2 3 0 0 0 20 0 0 0 0 3 0 0 0 3 66 0 3 0 0 2 1.79 0.82 55 P 0 -2 -3 -2 -4 -1 -4 6 -3 -5 -5 -3 -4 -4 1 -2 -3 -4 2 -5 8 3 0 2 0 2 0 70 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 8 0 1.18 0.82 56 P -2 2 -3 0 -5 0 -1 -4 -4 -5 -4 -2 -4 -6 8 -3 -3 -6 -5 -4 1 11 0 5 0 4 3 0 0 0 1 0 0 0 75 0 0 0 0 0 1.87 0.82 57 R -2 4 0 -3 -4 0 -2 0 -3 -4 -3 4 3 -4 -2 -1 1 -5 -4 -3 1 27 4 0 0 2 0 6 0 0 1 33 9 0 1 3 11 0 0 1 0.63 0.82 58 C -1 -5 -5 -6 11 -5 -6 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 4 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.73 0.82 59 T 1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 0 -4 -3 1 7 -4 -3 -2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 4 80 0 0 0 1.13 0.73 K Lambda Standard Ungapped 0.1391 0.3258 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1796 0.3178 PSI Gapped 0.0550 0.2670