Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 E -3 -2 -1 4 -6 2 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 23 0 6 71 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.29 0.71 2 A -2 1 2 -3 -5 -1 -2 3 4 -5 -5 4 -4 -5 0 -1 -2 -5 -3 -5 1 6 10 0 0 2 0 28 13 0 0 33 0 0 4 2 1 0 0 0 0.72 0.82 3 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.93 0.87 4 K -1 4 -3 -4 -4 2 -2 -4 0 1 1 4 -2 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -1 4 27 0 0 0 10 0 0 2 11 14 27 0 0 0 0 0 0 0 4 0.59 0.87 5 F -4 -5 -5 -6 -5 -6 -6 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -6 -5 -4 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 2.19 0.91 6 L -2 -1 -1 5 -4 -1 -1 -2 -3 -3 2 -3 -2 4 -4 0 -3 -3 0 -3 2 3 2 32 0 3 2 3 0 0 24 0 0 20 0 6 0 0 3 0 0.57 0.91 7 H -4 -2 -1 -3 -5 -2 -2 -4 10 -5 -5 -3 -4 -3 -4 -3 -4 -4 2 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2.50 0.91 8 Q -3 0 -3 -4 -4 4 -1 -5 0 3 0 3 -2 -2 -4 -3 -1 -4 0 1 0 5 0 0 0 25 2 0 2 16 10 20 0 1 0 0 3 0 3 12 0.48 0.91 9 E -3 -2 2 0 -6 -1 5 -4 8 -5 -5 -1 -4 -4 -1 -2 -3 -5 0 -5 0 0 10 2 0 0 44 0 38 0 0 1 0 0 3 0 0 0 2 0 1.27 0.91 10 R -3 4 4 4 -5 2 -1 -4 -2 -5 -4 1 -4 -5 -1 1 -3 -5 -4 -5 0 29 18 23 0 8 2 0 0 0 1 6 0 0 2 10 0 0 0 0 0.75 0.91 11 M -1 0 -3 -4 -4 3 -1 0 -3 -3 -1 -3 7 -4 1 1 -1 -4 -4 -2 5 5 0 0 0 14 4 7 0 0 2 0 40 0 7 12 4 0 0 2 0.72 1.01 12 D -3 0 2 5 -5 1 2 -1 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -4 2 0 -6 -5 -4 0 5 7 38 0 5 11 4 0 0 0 2 0 0 0 20 5 0 0 1 0.75 1.01 13 V -2 0 0 -3 -3 1 0 -4 0 1 0 1 3 -3 -3 0 -1 -4 1 3 3 5 4 0 0 7 5 1 2 5 7 10 8 0 0 9 3 0 4 26 0.25 0.92 14 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 1 0 0 0 91 0 1 1 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 1 2.67 0.92 15 E -1 0 2 -2 -4 2 4 -4 -3 -3 -2 2 -1 -4 -3 -2 0 6 -3 -1 4 5 10 0 0 11 27 0 0 1 4 11 2 0 0 2 5 12 0 4 0.55 0.96 16 T -2 -3 2 2 -4 -1 2 0 -3 -4 -4 -1 -4 -4 -1 4 2 -4 -1 -4 0 0 8 13 0 2 12 7 0 0 1 2 0 0 3 33 12 0 2 0 0.47 0.96 17 H -3 -3 -3 -4 -4 -1 -3 -4 7 -3 -3 -3 1 5 1 1 -3 -2 4 -2 0 0 0 0 0 2 0 0 27 0 1 0 4 25 7 12 0 0 17 2 0.92 0.96 18 L 1 -2 -2 3 -4 4 0 -2 -1 -2 -1 1 -1 -2 -4 -1 0 -5 -2 0 11 1 0 19 0 24 4 3 2 1 5 7 2 2 0 4 7 0 2 6 0.37 0.99 19 H -2 2 -2 0 -5 2 2 -4 6 -5 -4 1 -3 2 -4 -1 -3 -3 4 -4 1 13 0 5 0 11 13 0 22 0 0 9 0 9 0 4 0 0 13 0 0.67 0.90 20 W -4 1 -6 -6 3 -4 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -4 -1 -6 -5 -4 12 0 -5 0 8 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 3.21 0.90 21 H -3 1 5 -2 -5 2 -2 -1 7 -5 -2 2 -3 -4 -4 -2 -3 -5 -2 -5 0 6 30 0 0 7 0 4 36 0 5 12 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.90 22 T 0 1 1 1 -4 3 1 0 2 -1 -1 -2 -3 -2 -4 0 2 -5 -3 -1 9 6 7 7 0 13 9 6 5 4 7 0 0 2 0 8 13 0 0 5 0.19 0.90 23 V -1 -3 -3 -3 -3 1 2 -4 -4 0 -2 -1 0 -4 -4 -2 4 -5 -4 3 4 0 0 0 0 8 14 0 0 3 2 3 2 0 0 0 34 0 0 29 0.59 0.90 24 A 6 -4 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -3 -3 -3 -3 0 -3 1 -1 -5 -3 0 73 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 5 0 9 2 0 0 7 0.95 0.90 25 K 2 2 0 -1 -5 1 -1 1 -3 0 -4 1 2 -4 0 -1 0 -5 0 -4 20 11 4 4 0 7 4 12 0 5 0 9 6 0 5 4 5 0 4 0 0.26 1.22 26 E 0 1 1 1 -5 3 3 -4 2 -5 -5 3 -4 -6 -4 1 0 -5 -4 -5 8 8 6 6 0 14 20 0 5 0 0 18 0 0 0 9 6 0 0 0 0.56 1.22 27 T 3 -3 -1 -1 -4 1 -1 1 -4 -1 -2 1 -3 -5 -4 3 0 -5 -2 -2 29 0 3 3 0 7 4 8 0 3 4 8 0 0 0 22 5 0 2 3 0.38 1.13 28 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -1 -5 -3 -5 -5 -3 1 -5 -5 -3 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 8 0 0 0 2.58 1.13 29 S 0 2 0 -2 -4 3 -1 0 1 -2 0 1 -1 -4 -4 3 -1 -5 -2 -2 7 10 4 1 0 15 2 8 3 2 12 7 2 0 0 21 3 0 1 2 0.27 1.13 30 E 2 0 0 3 -4 0 2 0 -3 -5 -5 1 -1 -5 -4 1 2 -5 -5 -4 19 4 3 17 0 4 13 6 0 0 0 8 2 0 0 11 13 0 0 0 0.43 1.10 31 K -3 2 2 2 -5 2 2 1 4 -5 -5 2 -4 -5 -4 1 -3 -5 -3 -5 0 11 11 11 0 11 11 11 11 0 0 11 0 0 0 11 0 0 0 0 0.52 0.89 32 S -2 -1 0 2 -4 1 0 4 -1 -3 -5 1 -4 -3 -4 2 0 -5 -4 -3 1 2 4 12 0 7 6 29 1 1 0 10 0 1 0 20 4 0 0 1 0.48 0.86 33 T -1 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -1 3 -4 8 1 -5 -3 0 -3 1 -1 4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 25 0 52 6 0 0 6 0 5 0 1.07 0.86 34 N -2 -1 3 -1 -4 0 1 -1 -1 1 0 0 1 -4 -4 0 1 -5 -4 2 2 3 17 3 0 4 12 4 2 7 9 5 3 0 0 7 8 0 0 15 0.21 0.86 35 L -2 -4 -5 -5 -3 -1 -4 -5 -5 2 5 -2 1 -2 -5 -1 -1 -4 -3 1 2 0 0 0 0 3 0 0 0 11 64 3 2 0 0 4 2 0 0 8 0.79 0.86 36 H -4 4 1 -3 -5 1 1 -4 8 -5 -3 0 -3 -3 -4 -3 -3 -4 3 -5 0 28 5 0 0 4 7 0 40 0 3 5 0 0 0 0 0 0 9 0 1.08 0.86 37 D -1 -3 0 2 -3 -2 -1 0 -3 -4 -5 -2 -4 -4 -3 5 2 -5 0 -4 0 0 3 11 0 0 2 5 0 0 0 0 0 0 0 62 13 0 4 0 0.85 0.86 38 Y -4 -4 -4 -5 -4 0 -4 -5 -2 -3 0 -4 -2 6 -5 -1 0 -1 7 -3 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 7 0 0 40 0 6 6 0 37 0 1.17 0.86 39 G 4 0 -3 -3 -4 -3 -3 5 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -4 -4 36 7 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0.99 0.86 40 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 1 1 1 -3 8 -2 1 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 5 5 4 0 68 0 7 0 0 0 0 11 1.05 0.58 41 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 89 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.02 0.56 42 L 1 -3 -4 -4 -3 1 0 -4 -4 -1 5 -1 0 -2 -4 -3 -2 2 -3 -1 15 0 0 0 0 6 8 0 0 0 64 3 0 0 0 0 0 3 0 2 0.57 0.58 43 P -2 -3 -1 -3 -4 -2 -1 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 1 0 -5 -4 -4 0 0 3 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 77 11 7 0 0 0 1.83 0.58 44 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.53 0.58 45 G 1 -2 -1 -1 -4 -1 0 6 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -3 -4 -4 -4 12 1 2 2 0 2 5 68 0 0 0 6 0 0 0 2 0 0 0 0 1.01 0.58 46 I 0 -3 -3 0 -3 -3 -3 -4 -4 4 2 -3 0 -2 0 -2 1 -4 -3 2 7 0 0 7 0 0 0 0 0 37 18 0 1 0 4 2 8 0 0 13 0.41 0.55 47 D -3 -3 2 7 -5 -2 0 1 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 0 -2 -6 -5 -5 0 0 6 78 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 1.31 0.58 48 K -3 3 -2 -3 -4 1 -1 -4 3 -1 1 4 2 -3 0 -2 -2 -4 0 0 0 19 0 0 0 5 1 0 8 3 13 29 8 0 4 0 0 0 3 8 0.41 0.58 49 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 0 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 87 0 0 0 0 9 0 1.60 0.58 50 R -2 4 0 -2 -2 1 -1 -2 5 -4 -2 0 -3 -3 -3 2 2 -4 0 -3 1 28 5 0 1 7 2 2 15 0 5 3 0 0 0 15 14 0 2 0 0.46 0.58 51 G -1 -1 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 5 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.63 0.58 52 V -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 0 -4 1 0 -3 -1 -2 -3 -2 3 -4 -3 5 2 0 0 0 0 0 0 10 0 0 8 0 0 0 0 0 21 0 0 59 0.56 0.47 53 E -2 2 -2 0 -5 2 6 -4 -1 -5 -4 0 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 10 0 0 0 8 81 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.14 0.47 54 F -3 -4 -2 -5 -4 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -2 6 -5 -3 -3 0 6 1 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 49 0 0 0 0 39 10 1.15 0.47 55 V -2 -4 -4 -5 -2 -4 -4 -5 -5 1 1 -4 0 -2 -4 -3 0 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 4 0 0 86 0.89 0.47 56 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.34 0.47 57 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -3 -4 -4 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.22 0.41 58 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.46 0.38 59 L -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 2 -3 2 -1 -3 -3 -1 -3 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 21 0 6 0 0 0 0 0 0 45 0.46 0.15 K Lambda Standard Ungapped 0.1393 0.3270 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1778 0.3178 PSI Gapped 0.0544 0.2670