Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -2 -1 7 1 -3 0 -1 -1 0 -4 -4 0 -3 -4 -2 0 0 -4 -3 -3 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.10 2 D -3 -3 2 7 -5 -1 0 -2 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -6 -4 -5 0 0 11 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.45 0.44 3 A 2 -2 5 -1 -3 1 0 -2 2 1 -3 -2 -2 -3 -3 1 1 -4 -3 -2 20 0 34 0 0 6 6 0 7 11 0 0 0 0 0 9 7 0 0 0 0.42 0.44 4 A 1 -3 1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -4 7 0 -2 -5 -4 -3 13 0 7 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 64 7 0 0 0 0 1.33 0.44 5 E -2 -1 -1 2 -5 1 7 -3 -1 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 0 0 8 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.32 0.50 6 V 0 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -4 -4 1 3 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 5 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 63 0.74 0.50 7 A 1 3 -2 1 -4 1 1 -3 -2 0 -3 5 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -2 18 14 0 8 0 5 5 0 0 8 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0.51 0.50 8 L 1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 -4 1 4 0 0 3 -4 -3 -2 -3 -1 2 13 0 0 0 0 0 0 0 0 7 45 8 0 15 0 0 0 0 0 12 0.46 0.50 9 Y -3 -3 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 -3 -2 -3 -2 4 -5 -3 -3 5 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 7 82 0 1.62 0.50 10 E -2 -1 -2 0 -5 1 7 -4 -1 -5 -4 0 -3 -5 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 0.50 11 R -1 3 -2 -2 -4 3 3 -3 3 -3 -3 3 2 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 5 18 0 0 0 12 19 0 7 0 0 17 8 0 0 8 6 0 0 0 0.45 0.50 12 L 0 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 5 -3 0 -1 -4 -3 0 -3 2 -1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 0 8 0 8 0 0.74 0.50 13 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.50 14 Q -1 -3 -2 -3 3 2 -3 6 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 8 12 0 80 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.50 15 L -3 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -3 6 -1 -4 -4 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 66 0 34 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.50 16 R -2 4 1 -2 -4 2 0 -3 2 -4 -4 3 -3 -3 -3 0 1 -3 1 -3 0 31 7 0 0 11 5 0 6 0 0 21 0 0 0 5 8 0 6 0 0.55 0.50 17 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 6 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 0 0 0 0 0 30 1.00 0.50 18 L -1 1 -1 4 -3 -1 2 -2 -2 -2 -1 -1 -2 -3 -2 1 1 -3 -2 0 2 7 1 28 0 1 17 2 0 1 8 1 0 1 1 12 7 0 1 7 0.31 0.39 19 P 5 -2 -2 -2 -2 -1 2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -4 3 0 0 -4 -3 -2 60 0 0 0 0 0 16 0 0 0 1 0 0 0 12 0 6 0 0 0 0.63 0.46 20 G -1 -3 1 1 -3 -2 -2 3 -3 -3 -4 -2 -3 -4 3 4 -1 -4 -4 0 0 0 6 7 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 14 39 0 0 0 8 0.58 0.50 21 A 3 1 -2 -2 -3 4 1 -2 -2 -3 -3 1 -2 -4 -2 1 1 -4 -3 -1 32 6 0 0 0 27 8 0 0 0 0 6 0 0 0 8 7 0 0 5 0.45 0.50 22 S -2 -2 0 -2 -4 3 -2 3 -2 -3 -3 -2 -3 1 4 0 0 -4 -3 -1 0 0 5 0 0 22 0 21 0 0 0 0 0 8 26 6 7 0 0 5 0.57 0.50 23 D -2 -2 -1 5 -4 1 1 3 -2 0 -3 0 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -4 -3 0 0 0 43 0 8 8 22 0 8 1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0.62 0.47 24 V 2 -3 -2 1 -2 -2 -2 -2 -3 1 0 -2 -1 -3 1 1 3 -4 -3 1 20 0 0 8 0 0 0 0 0 8 8 0 0 0 7 7 27 0 0 12 0.29 0.47 25 H -2 0 -2 2 -2 -2 -2 0 2 -1 3 -2 0 -2 -2 0 -2 -3 -2 -1 1 7 1 16 0 1 1 7 7 1 43 1 0 1 1 8 1 0 1 1 0.27 0.41 26 D -1 1 -1 2 3 1 1 -2 2 -2 -2 1 -2 0 -2 1 2 -3 -2 -2 1 9 1 13 6 6 8 1 6 1 2 9 0 6 1 9 19 0 1 1 0.23 0.41 27 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -3 2 3 -4 3 6 -5 -4 -3 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 34 0 8 41 0 0 0 0 0 6 0.80 0.50 28 R 0 5 1 -2 -4 -1 0 -3 -2 0 -3 3 -2 -4 -3 -1 2 -4 -3 -2 6 37 6 0 0 0 6 0 0 8 0 21 0 0 0 0 16 0 0 0 0.54 0.50 29 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 -1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.69 0.50 30 V -2 0 1 -3 -3 -2 0 -4 3 2 -2 -2 -1 -3 -3 0 2 -4 -2 3 0 6 8 0 0 0 5 0 11 12 0 0 0 0 0 7 18 0 0 34 0.35 0.50 31 F -3 -3 0 -3 -4 0 -3 -4 3 -2 -2 -3 -2 7 -4 -1 -3 -1 3 -3 0 0 6 0 0 6 0 0 10 0 0 0 0 63 0 6 0 0 8 0 0.97 0.50 32 G -2 -3 1 3 -3 -2 2 1 -2 -3 -1 -2 -2 2 -3 0 3 -4 -2 -3 0 0 7 18 0 0 14 12 0 0 5 0 0 11 0 6 27 0 0 0 0.36 0.50 33 D 0 -2 3 5 -4 -1 1 1 3 -4 -5 -2 -4 -4 -3 1 -2 -5 -3 -4 6 0 14 39 0 0 8 13 8 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0.66 0.50 34 D -3 0 3 6 -5 -1 2 0 2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 6 14 55 0 0 13 7 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.91 0.50 35 S 3 1 -1 1 -3 1 1 -2 -2 -3 -3 1 -3 -4 -2 3 2 -4 -3 -3 26 8 0 8 0 6 6 0 0 0 0 10 0 0 0 23 13 0 0 0 0.39 0.50 36 R -2 4 3 2 -4 2 1 -3 -1 -4 -4 0 -3 -4 -3 2 -2 -4 -3 -4 0 34 18 11 0 12 7 0 0 0 0 0 0 0 0 18 0 0 0 0 0.63 0.50 37 C -2 -4 -4 0 9 -4 -4 -4 -4 -2 1 -4 -2 1 -4 -2 -2 -3 -3 0 0 0 0 8 64 0 0 0 0 0 12 0 0 8 0 0 0 0 0 7 1.33 0.50 38 W -3 -2 2 0 -4 4 1 -3 -2 -4 -4 -2 -3 -2 -3 1 -2 9 -1 -4 0 0 11 6 0 23 8 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 40 0 0 1.20 0.50 39 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -4 5 2 -4 0 5 -5 -4 -2 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 45 16 0 0 33 0 0 0 0 0 6 0.82 0.50 40 E 0 -2 -1 1 -3 -1 3 -3 -3 0 -3 -2 -2 -4 -3 1 5 -4 -3 -2 8 0 0 8 0 0 27 0 0 7 0 0 0 0 0 5 45 0 0 0 0.57 0.50 41 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 80 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0.91 0.50 42 A 1 -3 0 7 -4 1 0 -2 -2 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -1 0 -5 -4 -4 14 0 0 73 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 0 1.08 0.50 43 M -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 2 -4 6 -1 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 20 0 27 0 0 0 0 0 0 38 0.74 0.50 44 H 1 -2 -1 1 -3 -2 -2 2 4 -4 -4 -2 -3 -4 -3 4 -1 -4 -3 -3 13 0 0 8 0 0 0 14 12 0 0 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0.63 0.50 45 G 1 -2 -2 -2 -3 1 -2 5 -3 -4 -4 2 -3 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 14 0 0 0 0 6 0 53 0 0 0 16 0 0 0 12 0 0 0 0 0.76 0.50 46 D -2 -2 1 6 -5 -1 4 -3 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 0 6 56 0 0 30 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 1.06 0.50 47 H -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 4 -2 -2 -3 -2 5 -4 -3 -3 0 7 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 27 0 0 0 0 61 0 1.36 0.50 48 V -2 1 -2 -2 -4 1 2 -3 -2 -2 -3 4 -2 -4 -3 0 0 -4 -3 2 0 6 0 0 0 5 15 0 0 0 0 36 0 0 0 8 6 0 0 23 0.44 0.50 49 I -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 6 2 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 17 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0.86 0.50 50 G 1 -4 -3 -4 -3 -3 -4 3 -4 1 3 -3 -1 -2 -4 -2 0 -4 -3 2 12 0 0 0 0 0 0 27 0 8 33 0 0 0 0 0 6 0 0 15 0.42 0.50 51 N 2 -2 1 3 -4 2 2 -2 4 -4 -4 -1 -3 -3 -3 -1 -2 -3 2 -3 25 0 6 22 0 14 13 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0.50 0.50 52 S 1 -2 -1 -2 5 -2 -2 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -2 5 3 -4 -3 -2 6 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 61 19 0 0 0 0.78 0.50 53 H 0 -1 3 1 -3 2 -1 -2 4 -3 -4 2 -3 -4 -3 2 0 -4 -2 -1 8 0 16 8 0 12 0 0 12 0 0 15 0 0 0 18 6 0 0 6 0.38 0.50 54 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.55 0.50 55 A 0 1 -2 -2 -4 3 2 -3 -2 -3 -4 3 -3 -4 3 -2 -2 -4 -3 -1 6 8 0 0 0 20 17 0 0 0 0 27 0 0 18 0 0 0 0 5 0.61 0.50 56 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 0.50 57 D -2 -2 -1 3 -4 -1 4 -3 -2 -3 -4 -1 -3 -4 3 1 0 -5 -4 -1 0 0 0 22 0 0 34 0 0 0 0 0 0 0 17 14 7 0 0 6 0.66 0.50 58 P 1 1 -2 0 -3 2 -1 -3 2 -3 -1 2 -2 -4 4 0 2 -4 -3 -3 13 7 0 6 0 12 0 0 5 0 6 13 0 0 19 6 13 0 0 0 0.37 0.50 59 K 0 -2 1 1 -4 0 5 0 -2 -1 -3 1 -3 -4 -3 0 -2 -4 -3 -1 6 0 7 5 0 0 53 8 0 6 0 6 0 0 0 5 0 0 0 5 0.55 0.50 60 S 2 2 -2 -2 -3 3 0 -3 4 -1 -3 -1 -2 -4 -3 1 2 -4 -2 -2 20 14 0 0 0 17 6 0 14 6 0 0 0 0 0 11 12 0 0 0 0.39 0.50 61 R -2 3 -2 0 -3 -1 1 -3 -3 1 -1 2 -2 -3 -3 0 2 -4 -3 1 0 17 0 5 0 0 10 0 0 8 6 18 0 0 0 6 14 0 0 15 0.27 0.50 62 A 2 2 2 -1 -3 2 2 -2 -2 -3 -3 1 -3 -4 -3 -1 2 -4 -3 -3 19 12 13 0 0 11 15 0 0 0 0 10 0 0 0 0 19 0 0 0 0.41 0.50 63 T -2 1 -1 4 -4 2 3 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 3 -4 -3 -3 0 8 0 25 0 11 24 0 0 0 0 0 0 0 0 8 24 0 0 0 0.60 0.50 64 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 1 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 85 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0.94 0.50 65 E -2 1 -2 -1 -4 0 5 -4 -2 -2 0 -1 -2 -3 -3 -2 0 -4 -3 2 0 7 0 0 0 0 56 0 0 0 12 0 0 0 0 0 5 0 0 19 0.61 0.50 66 H -2 1 1 4 -4 2 2 -3 4 -3 -1 -1 -2 -4 -3 -1 2 -4 -3 -3 0 6 6 24 0 11 14 0 12 0 8 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0.47 0.50 67 V -2 2 3 1 -4 2 1 -3 -2 0 -1 2 -2 -4 -3 -2 0 -4 -3 1 0 14 17 6 0 12 8 0 0 5 5 15 0 0 0 0 6 0 0 12 0.31 0.50 68 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 1 3 -4 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 89 0 0 11 0 0 0 0 0 0 1.00 0.50 69 T 2 -2 6 -1 -3 -2 -2 0 -1 -4 -4 -2 -3 -4 -3 2 1 -5 -3 -3 18 0 57 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 13 6 0 0 0 0.81 0.50 70 V 2 -2 2 -2 -3 1 1 -2 -2 0 -3 1 -2 -4 -3 3 -1 -4 -3 1 18 0 14 0 0 5 8 0 0 6 0 12 0 0 0 24 0 0 0 12 0.30 0.50 71 Q -2 -2 2 1 -3 1 0 0 4 -3 -4 -2 -3 -4 -3 2 4 -4 -2 -3 0 0 11 8 0 6 6 5 14 0 0 0 0 0 0 19 32 0 0 0 0.49 0.50 72 G -2 2 4 2 -4 -2 -2 4 -2 -5 -5 1 -4 -5 -3 -1 -2 -4 -4 -4 0 15 23 11 0 0 0 43 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.50 73 D -3 -2 2 6 -5 -1 3 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 10 67 0 0 23 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.50 74 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 5 -4 1 -1 -4 -4 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 25 68 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.87 0.50 75 A 0 3 -2 -3 -4 -2 -2 2 -3 -3 -4 0 -3 -4 5 -2 0 -4 -4 0 6 25 0 0 0 0 0 21 0 0 0 5 0 0 29 0 6 0 0 8 0.66 0.50 76 A 2 1 -2 -3 -3 -2 -2 0 -3 -2 0 1 -2 -3 -3 3 2 -4 -3 0 18 7 0 0 0 0 0 7 0 0 10 8 0 0 0 31 14 0 0 5 0.31 0.50 77 F -3 -4 -4 -5 3 -5 -5 -5 -3 -2 -1 -5 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 1.54 0.50 78 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 6 -4 1 -1 -4 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.11 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