Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 H -2 -1 -1 1 -5 1 6 -3 1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 0 96 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.31 2 H -2 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 4 -1 1 -3 -1 4 -4 -1 -2 0 6 0 0 0 0 0 0 6 0 0 11 0 14 0 0 16 0 5 0 0 41 7 0.61 0.31 3 H 4 -2 -2 -2 -2 4 -1 -2 1 -2 -2 -1 -2 -3 2 0 -1 -4 -2 1 47 0 0 0 0 28 0 0 4 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 11 0.46 0.31 4 H 1 -2 -1 -1 1 1 3 -2 1 0 -2 -1 -2 -3 -2 3 0 -4 -2 0 9 0 0 0 3 8 25 0 4 6 0 0 0 0 0 34 3 0 0 9 0.32 0.31 5 N -3 -1 7 1 -4 -1 -1 -1 0 -4 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.28 0.30 6 S 2 -2 1 -1 2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 22 0 5 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 0 0 0 0.62 0.30 7 T 1 -2 0 -1 -2 -1 -1 1 1 -3 -3 -1 -3 -3 0 5 2 -4 -3 -3 3 0 0 0 0 0 0 11 3 0 0 0 0 0 3 71 9 0 0 0 0.62 0.32 8 V -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 4 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 58 0 0 0 0 0 0 0 0 21 0.65 0.32 9 L -2 -1 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.84 0.32 10 S 0 -2 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 4 5 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 62 0 0 0 0.74 0.32 11 F -1 -3 -4 -4 -3 -3 -3 -4 1 0 4 -3 3 2 -4 -3 -2 -1 5 -1 6 0 0 0 0 0 0 0 3 0 51 0 8 6 0 0 0 0 26 0 0.56 0.32 12 C -2 -4 -4 -5 9 -4 -4 -4 -4 0 2 -4 -1 -2 -4 -2 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 59 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 15 1.09 0.32 13 A 5 -2 1 -2 -2 -1 -2 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 2 1 -4 -3 -1 67 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 6 0 0 0 0.59 0.32 14 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.39 0.32 15 A 5 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -2 2 1 -4 -3 -1 72 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 21 7 0 0 0 0.65 0.32 16 V 0 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 1 0 -3 0 -2 1 -2 0 -4 -2 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 6 0 3 0 0 82 0.64 0.32 17 D -3 -2 3 7 -5 -1 1 -2 -2 -4 -5 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 14 83 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.22 0.32 18 P -1 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -3 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 0 2.26 0.32 19 A 3 1 -2 -2 -3 1 0 -1 -2 -3 -3 4 -2 -4 0 0 -1 -4 -3 -2 42 7 0 0 0 5 4 3 0 0 0 37 0 0 3 0 0 0 0 0 0.47 0.32 20 K 1 1 -1 1 -4 0 2 -2 -2 -4 -3 5 -2 -4 -2 -1 0 -4 -3 -3 12 3 0 8 0 0 18 0 0 0 0 53 0 0 0 0 6 0 0 0 0.55 0.32 21 A 4 -2 -2 -3 4 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 3 -4 -3 -1 60 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0.60 0.32 22 Y -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.53 0.32 23 K -2 -2 -4 -4 1 -3 -3 -4 -4 1 4 0 2 -1 -4 -3 -1 -3 -2 1 0 0 0 0 3 0 0 0 0 2 70 9 3 0 0 0 3 0 0 9 0.54 0.32 24 D -1 -1 0 6 -4 0 2 -2 -2 -4 -4 3 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -1 -4 5 0 0 54 0 0 11 0 0 0 0 25 0 0 0 2 0 0 2 0 0.75 0.32 25 Y 2 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 6 -2 -1 -2 -2 3 -3 -1 -2 -1 5 -2 28 0 0 0 0 0 0 0 27 0 4 0 0 13 0 0 0 0 29 0 0.62 0.32 26 L -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 3 2 -3 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 21 0 0 0 0 0 0 0 0 59 0.65 0.32 27 A 2 0 2 0 -3 2 0 -1 -1 -3 -3 4 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 26 0 13 4 0 13 0 3 0 0 0 36 0 0 0 5 0 0 0 0 0.42 0.32 28 S 2 0 2 2 -3 2 1 -2 1 -4 -3 0 -2 -4 -2 2 -1 -4 -3 -3 21 5 11 14 0 14 7 0 3 0 0 4 0 0 0 21 0 0 0 0 0.36 0.32 29 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.32 30 G 1 -3 0 -2 -3 -2 -3 5 1 -2 -3 -2 1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 0 11 0 3 0 0 0 0 65 5 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 10 0.76 0.32 31 Q 2 1 0 -2 -3 3 0 -2 -2 -3 -3 4 -2 -4 -2 1 0 -4 -3 -1 20 3 3 0 0 16 0 0 0 0 0 44 0 0 0 6 6 0 0 3 0.44 0.32 32 P -2 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.40 0.32 33 I -2 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 -4 4 3 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 28 0 0 0 0 0 0 0 0 29 0.64 0.32 34 T -1 0 1 -2 -3 3 -1 3 -2 -2 -3 -1 1 -3 -2 1 3 -4 -3 -2 0 3 8 0 0 19 0 23 0 3 0 0 5 0 0 13 26 0 0 0 0.37 0.32 35 N -2 -2 7 0 -4 -1 -2 3 -1 -5 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -4 0 0 73 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.02 0.32 36 C 1 -4 -4 -4 10 -4 -4 -3 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -1 -1 10 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 1.61 0.32 37 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 0 -3 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 81 0.77 0.32 38 K -2 2 -1 -2 -4 3 0 -3 -1 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 5 0 0 0 17 0 0 0 0 0 78 0 0 0 0 0 0 0 0 0.87 0.32 39 M -2 -2 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -3 0 1 -2 8 -1 -4 -2 -2 -2 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 5 1.04 0.32 40 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 3 5 -4 1 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 22 73 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0.73 0.32 41 C 4 -2 -2 -2 5 -2 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 2 3 -4 -3 -1 43 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 27 0 0 0 0.54 0.32 42 T -1 -2 4 1 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -3 -4 5 0 1 -4 -3 -2 3 0 32 9 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 32 6 11 0 0 3 0.69 0.32 43 H -1 -1 -1 -1 -3 1 -1 4 6 -3 -3 2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -3 2 1 1 1 0 6 1 33 26 1 2 17 0 1 1 2 1 0 1 1 0.49 0.25 44 T 2 -2 0 -2 -2 -2 -2 -2 -2 0 0 -2 1 -2 -2 2 3 -3 -2 -1 18 0 4 0 0 0 0 0 0 8 9 0 6 0 0 23 30 0 0 0 0.30 0.30 45 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.32 46 T -1 -2 3 -1 -3 -1 1 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -4 3 2 4 -4 -3 -2 0 0 17 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 14 16 43 0 0 0 0.56 0.32 47 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.32 48 Q -1 -2 -3 -3 -3 4 -1 -4 -2 1 0 -2 4 4 -3 -2 -2 -2 0 0 4 0 0 0 0 31 0 0 0 13 4 0 15 30 0 0 0 0 0 3 0.44 0.32 49 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.32 50 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 0 -4 0 -1 -4 -3 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 0.76 0.32 51 T -1 -2 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 2 6 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 84 0 0 0 0.85 0.32 52 V 0 -3 3 -2 1 -2 -2 -3 -3 1 -1 -2 -1 -3 -3 0 3 -4 -3 3 4 0 17 0 3 0 0 0 0 9 0 0 0 0 0 3 29 0 0 35 0.37 0.32 53 T -1 0 -1 -2 -4 0 -1 3 -2 -4 -4 5 -3 -4 -2 0 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 63 0 0 0 3 9 0 0 0 0.65 0.32 54 P -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -4 -4 0 -2 -2 -2 -3 7 -2 -2 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 68 0 0 0 0 29 1.44 0.32 55 E -1 -1 -1 2 -4 4 5 -3 -1 -4 -4 0 -2 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 4 0 0 10 0 27 56 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0.80 0.32 56 A 4 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -3 -2 -2 -4 5 2 -1 -4 -3 -2 53 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 13 0 0 0 0 0.86 0.32 57 N -2 -2 6 0 -3 -1 -1 -2 -1 -3 -4 -1 -3 -4 -3 1 3 -4 -3 -3 0 0 65 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 30 0 0 0 0.86 0.32 58 M 2 -2 -2 -2 -2 -1 2 -2 -2 0 -1 -2 2 -3 2 0 3 -4 -3 -1 23 0 0 0 0 0 17 0 0 7 3 0 8 0 11 0 31 0 0 0 0.35 0.32 59 D -2 -2 5 4 -4 1 1 -2 3 -3 -3 -1 1 -4 -3 0 0 -4 -2 -3 0 0 34 29 0 5 4 0 11 0 0 0 8 0 0 6 3 0 0 0 0.60 0.32 60 Q -2 0 -1 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.21 0.32 61 E -3 -2 1 5 -4 -1 3 -3 3 -4 -4 -1 -3 0 -3 -1 -2 -3 2 -4 0 0 3 51 0 0 23 0 10 0 0 0 0 5 0 0 0 0 9 0 0.75 0.32 62 S 1 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 5 3 -4 -3 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 76 19 0 0 0 0.72 0.32 63 F -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 1 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 0 0 87 0 1.39 0.32 64 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.32 65 G -1 -3 -1 -2 -4 -3 -3 7 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -3 -1 -3 -4 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.49 0.32 66 A 6 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -2 0 -1 -4 -3 -1 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.32 67 S 0 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -4 -1 -2 -3 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0.89 0.32 68 C -1 -4 -4 -4 3 -3 -4 -4 -4 4 0 -4 0 -2 -4 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 9 0 0 0 0 27 0 0 0 0 0 0 0 0 0 64 0.70 0.32 69 C -1 -5 -4 -5 10 -4 -5 -4 -4 -2 -2 -4 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -2 0 0 0 0 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