Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -3 2 2 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 10 0 78 0 0 0 0 0 0 1 1.12 0.46 2 L -1 -4 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 5 -1 -2 -4 -2 -3 -3 1 5 0 0 0 0 0 0 0 0 5 63 0 21 0 2 0 0 0 0 5 0.77 0.51 3 T 1 -3 2 -2 -3 -2 -1 2 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -3 3 3 -5 -3 1 11 0 10 0 0 0 2 13 0 0 0 0 0 0 0 32 21 0 0 11 0.43 0.52 4 R -3 6 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -3 0 4 -2 1 -4 -1 -2 -4 -3 -3 0 43 0 0 0 2 0 0 0 0 11 33 0 7 0 4 0 0 0 0 0.74 0.56 5 F -3 2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -3 0 3 -3 2 6 -5 -3 0 -2 0 1 0 14 0 0 0 0 0 0 0 4 28 0 6 35 0 0 5 0 0 8 0.60 0.56 6 L -2 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 2 1 -2 -4 -3 -4 -2 2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 30 43 0 3 7 2 0 0 0 0 13 0.70 0.60 7 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 -3 7 -4 -5 -5 1 -4 -5 -4 -1 0 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 81 0 0 0 11 0 0 0 2 5 0 0 0 1.32 0.61 8 P 0 1 -2 -3 -5 1 -2 -4 -3 -4 -3 2 -3 -5 7 -2 -2 -5 -4 -4 7 7 1 0 0 8 0 0 0 0 3 17 0 0 57 0 1 0 0 0 1.28 0.63 9 R -3 6 -2 -3 -1 1 -1 -4 2 -5 -4 5 -3 -4 -3 0 -1 -5 -1 -4 0 41 0 0 2 3 0 0 6 0 0 38 0 0 0 6 2 0 2 0 0.89 0.63 10 Y -3 -3 -1 -4 -4 2 -3 -5 6 -3 0 -3 0 0 -4 -3 -2 -1 8 -2 0 0 2 0 0 9 0 0 18 0 7 0 3 0 0 0 2 0 54 3 1.05 0.63 11 R 0 3 -4 -4 -4 0 -3 -3 2 4 1 -2 -1 2 -4 -3 -2 1 -1 1 10 16 0 0 0 4 0 1 6 26 13 1 0 11 0 0 2 2 1 7 0.31 0.62 12 Q -1 0 -2 1 -5 3 6 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 1 0 3 -3 -2 4 4 0 4 0 13 52 1 0 0 0 0 0 0 0 8 6 4 0 2 0.72 0.62 13 L -1 -4 -4 -5 -3 0 -4 -5 0 4 4 -4 1 -1 -4 -2 -3 -4 -3 1 5 0 0 0 0 5 0 0 3 23 48 0 3 1 0 3 0 0 0 8 0.58 0.62 14 A 5 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -2 3 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -4 -3 0 64 0 0 0 0 0 0 2 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0.71 0.61 15 R -2 5 0 -3 -4 0 -1 -3 -2 -2 -4 4 1 -4 -1 1 2 -5 -4 -3 0 29 4 0 0 3 0 1 0 2 0 33 5 0 2 9 12 0 0 0 0.60 0.61 16 N 1 -1 3 -1 -3 1 -2 -3 -2 -2 -4 3 -3 -4 -3 1 1 -5 -3 -2 12 0 19 2 0 7 0 0 0 3 0 22 0 0 0 11 11 0 0 3 0.27 0.61 17 W -4 -2 -4 -5 -4 0 -4 -4 -3 -4 -3 -4 -1 2 -5 -4 -4 11 2 -4 0 2 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 2 8 0 0 0 58 5 0 1.69 0.61 18 V -1 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 3 0 1 1 -3 -4 0 -1 -4 -3 3 3 0 0 0 0 0 0 4 0 19 7 13 4 0 0 7 3 0 0 22 0.12 0.61 19 P -1 0 -3 -3 -4 -3 -3 0 -3 -4 -2 -1 -3 -4 7 0 -2 -4 -1 -3 4 5 0 0 0 0 0 8 0 0 4 2 0 0 48 7 0 0 3 0 0.79 0.58 20 T -1 -3 1 -2 -3 -2 -2 -3 -3 -1 -2 -2 -3 -4 0 4 3 -4 -3 -1 0 0 6 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 4 41 21 0 0 4 0.32 0.58 21 A 3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 1 -3 -1 1 -3 2 -2 -3 -2 -2 -3 1 1 32 0 0 0 0 0 0 12 0 2 11 0 7 0 0 0 0 0 5 12 0.17 0.58 22 S 1 -3 -3 -4 1 -3 -3 1 -4 0 1 -3 3 -1 -3 0 0 -4 -3 2 13 0 0 0 3 0 0 9 0 4 14 0 9 2 0 9 5 0 0 15 0.07 0.58 23 L 1 -3 -3 -3 2 -3 -3 1 -3 -1 0 -3 2 1 -3 0 3 -3 -3 0 13 0 0 0 4 0 0 9 0 2 9 0 5 6 0 4 23 0 0 7 0.10 0.58 24 W -4 1 -4 -5 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -1 -3 -2 4 -4 -4 -3 9 5 -3 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 15 0 0 0 29 25 0 0.98 0.58 25 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -4 6 -4 -4 -3 -3 -3 0 -4 -2 -1 -4 -4 -4 5 0 0 0 0 0 0 65 0 0 2 0 0 4 0 0 5 0 0 0 0.79 0.58 26 A 2 -3 -2 -3 -3 -3 -3 3 -3 -1 -2 -3 -3 -1 -3 0 3 -4 -3 -1 21 0 0 0 0 0 0 22 0 2 3 0 0 4 0 6 19 0 0 4 0.21 0.58 27 V 3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -3 -1 -2 -3 0 -3 -3 0 3 -4 -3 2 27 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 2 0 0 6 21 0 0 20 0.23 0.58 28 G 3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 4 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 1 0 -4 -4 -3 28 0 0 2 0 0 0 37 0 0 3 0 0 0 0 7 5 0 0 0 0.43 0.58 29 A 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 4 -3 -3 -1 -3 -2 2 -2 -1 1 1 -2 -2 18 0 0 0 0 0 0 28 0 0 6 0 0 10 2 4 9 2 0 3 0.20 0.58 30 V -1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -4 2 3 -4 -1 -2 -4 -3 -1 -4 -3 4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 11 27 0 0 0 0 0 1 0 0 38 0.40 0.58 31 G 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 4 -3 -2 1 -3 -2 -1 -3 0 1 -4 -3 -1 16 0 0 0 0 0 0 30 0 0 15 0 0 2 0 6 9 0 0 3 0.22 0.58 32 L -3 -4 -4 -4 -3 -4 -4 0 -4 0 4 -4 1 0 -4 -3 0 -3 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 7 0 1 46 0 3 3 0 0 5 0 0 15 0.31 0.58 33 V -1 -4 -4 -4 5 -4 -4 -4 -4 2 1 -4 -1 -2 -4 -3 1 -4 -3 4 2 0 0 0 11 0 0 0 0 8 14 0 0 0 0 0 10 0 0 36 0.35 0.58 34 W -4 -2 -4 -4 -4 -3 -4 -4 3 -3 -3 -3 -3 1 -4 -3 -3 9 7 -3 0 1 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 2 0 0 0 25 45 0 1.16 0.58 35 A 1 -4 -4 -4 -3 -4 -4 -2 -3 -1 1 -4 2 5 -4 -2 -3 -2 -1 1 14 0 0 0 0 0 0 2 0 2 14 0 6 31 0 1 0 0 0 10 0.30 0.58 36 T -2 -3 -2 -3 3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -2 -4 -1 1 6 -4 -3 -2 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 6 65 0 0 0 0.67 0.58 37 D -3 -3 1 7 -6 -1 3 -2 -3 -5 -6 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 3 80 0 0 15 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.42 0.58 38 W -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -3 -5 -3 0 -6 -5 -4 13 1 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 3.48 0.58 39 R -3 6 -2 -3 -5 2 -1 -4 -1 -5 -4 5 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -3 -4 0 48 0 0 0 9 0 0 1 0 0 41 0 0 0 0 0 0 0 0 1.08 0.58 40 L 1 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 -4 0 5 -4 0 -2 -4 -3 0 -4 -1 2 14 0 0 3 0 0 0 0 0 0 56 0 0 0 0 0 7 0 2 18 0.56 0.58 41 I -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 0 -4 -1 1 -5 -4 -2 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 43 2 0 0 6 0 0 0 0 0 49 0.92 0.58 42 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 0 6 -4 3 -1 -3 -4 -3 -4 -3 1 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 5 0 1 0 0 0 0 8 0.89 0.58 43 D -1 1 0 6 -5 5 0 0 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -4 5 9 1 44 0 33 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0.84 0.58 44 W -4 -4 -2 -5 -4 -3 -4 -5 1 -3 -3 -4 -3 2 -5 -4 -4 9 8 -3 0 0 2 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 4 0 0 0 28 65 0 1.79 0.58 45 V -2 -4 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 3 1 -4 1 0 -4 -4 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 4 0 0 0 0 14 7 0 4 4 0 0 0 0 0 68 0.86 0.58 46 P -2 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 9 -1 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 95 3 0 0 0 0 2.44 0.58 47 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 1 -2 -4 -2 4 -5 -4 -3 4 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 9 0 0 0 13 0 0 0 5 71 3 1.43 0.58 48 I -3 -4 -2 -5 -3 -4 -4 -5 -2 5 -1 -4 -1 0 -4 -3 -3 -1 7 2 0 0 2 0 0 0 0 0 0 39 0 0 0 0 0 0 0 0 42 14 0.91 0.57 49 N -2 0 7 0 -4 -2 -2 3 -1 -5 -5 0 -4 -5 -3 1 -2 -5 -4 -5 0 3 61 2 0 0 0 19 0 0 0 6 0 0 0 7 0 0 0 0 0.97 0.57 50 G -1 -4 -2 0 -4 -3 -3 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 1 1 -5 -5 -4 0 0 0 4 0 0 0 77 0 0 0 0 0 0 0 11 8 0 0 0 1.22 0.58 51 K -2 1 -2 -2 -5 0 -1 -3 -2 -4 -4 7 -3 -5 -3 -2 -1 -5 -4 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 93 0 0 0 0 2 0 0 3 1.22 0.58 52 F -4 -4 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -2 -2 -1 -5 -2 8 -5 -4 -4 0 6 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 77 0 0 0 0 23 0 1.58 0.58 53 K -2 1 -2 -2 -5 3 1 -3 -2 -5 -4 7 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 11 7 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 1.08 0.52 K Lambda Standard Ungapped 0.1427 0.3278 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1908 0.3168 PSI Gapped 0.0584 0.2670