Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 2 -3 -1 -2 -2 -2 -2 5 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -2 2 -1 -3 -3 -3 21 0 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0 0 0 0.82 0.28 2 F -3 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -3 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.42 0.33 3 N -3 -1 7 2 -4 -1 -1 -1 0 -4 -5 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 0 89 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.20 0.33 4 Q -2 0 -1 -1 -4 7 2 -3 0 -4 -3 0 -1 -4 -2 -1 -2 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 89 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.33 5 T 1 -2 -2 -3 -2 -1 0 -3 -2 -1 0 -1 6 -1 -3 -1 2 -2 2 -1 16 0 0 0 0 0 6 0 0 0 0 3 42 0 0 0 22 0 11 0 0.43 0.33 6 E 2 -1 -2 0 -3 0 5 -2 3 -3 -1 -1 -2 -3 -2 -1 -2 -4 -2 -2 26 0 0 0 0 0 56 0 11 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.60 0.33 7 F -3 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -4 -1 -1 -1 -4 -1 7 -5 -3 -3 1 6 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 0 30 0 1.24 0.33 8 N -3 2 7 0 -4 -1 -1 -2 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -5 -3 -4 0 11 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.33 9 K -2 3 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0.97 0.33 10 L 1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 2 2 -3 1 -2 -3 -2 0 -3 -2 3 18 0 0 0 0 0 0 0 0 14 25 0 3 0 0 0 7 0 0 34 0.40 0.33 11 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 4 -3 5 -1 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 48 0 27 0 0 0 0 0 0 6 0.67 0.33 12 L -3 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -4 1 1 -4 -4 -2 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0.86 0.33 13 E -2 -1 -1 2 -5 1 6 -1 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 8 0 0 88 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.06 0.33 14 C -2 -2 6 0 4 -1 -2 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -3 2 0 -3 1 -3 0 0 61 0 13 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 2 0 8 0 0.77 0.33 15 V 0 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 3 1 -3 1 -2 -3 -2 1 -4 -2 5 6 0 0 0 0 0 0 0 0 12 6 0 4 0 0 0 11 0 0 61 0.54 0.33 16 V 0 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -3 2 3 -3 4 -1 -3 0 -1 -3 -2 3 8 0 0 0 0 0 0 0 0 8 31 0 14 0 0 7 0 0 0 31 0.42 0.33 17 K -2 3 -1 -2 -4 0 0 -3 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 84 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.33 18 T -1 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 -3 1 -1 -2 -1 -3 -2 0 6 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 0 0 0 0 0 0 73 0 0 16 0.69 0.33 19 Q -2 3 2 -1 -4 6 1 -3 -1 -4 -3 1 -2 -4 -2 0 -1 -3 -3 -3 0 16 11 0 0 63 0 0 0 0 0 6 0 0 0 4 0 0 0 0 0.81 0.33 20 S 1 -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -2 0 2 -1 5 -3 2 -1 -2 0 -2 16 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 17 0 40 0 19 0 0 0 0 0.41 0.33 21 S 3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -1 -3 0 -1 -2 3 -3 -2 2 3 -3 -3 -1 28 0 0 0 0 0 0 3 0 7 0 0 16 0 0 19 26 0 0 0 0.37 0.33 22 V -1 -3 -3 -4 6 -3 -4 -4 -4 2 0 -3 3 -2 -3 -2 1 -4 -2 4 0 0 0 0 20 0 0 0 0 9 0 0 11 0 0 0 10 0 0 51 0.61 0.33 23 A 2 -2 3 -1 1 0 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 4 1 -4 -3 -1 21 0 21 0 3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 7 0 0 3 0.46 0.33 24 K -2 2 -1 -1 -4 0 2 -3 -2 -3 -1 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 5 0 0 0 0 16 0 0 0 6 74 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.33 25 I -2 -4 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -4 5 2 -4 0 -1 -4 -3 -2 -4 -2 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 60 15 0 0 0 0 0 0 0 0 25 0.73 0.33 26 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 4 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.38 27 G 1 -2 -2 -2 -3 -2 -2 6 -3 -4 -4 2 -3 -4 -3 -1 -2 -4 -4 -4 12 0 0 0 0 0 0 70 0 0 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0.99 0.38 28 I 0 -2 -3 -4 -2 -2 -3 -4 -3 4 0 1 6 -1 -3 -2 -2 -3 -2 0 9 0 0 0 0 0 0 0 0 39 0 10 42 0 0 0 0 0 0 0 0.61 0.38 29 E -1 -2 2 0 -3 1 3 1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -2 2 0 -4 -3 0 0 0 14 4 0 8 26 10 0 0 0 0 0 0 0 25 3 0 0 10 0.38 0.38 30 S 1 1 -1 -2 4 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -2 4 1 -4 -3 0 8 10 0 0 11 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 9 0 0 10 0.49 0.38 31 L -3 -3 -4 -4 -3 -1 -4 -5 -3 2 4 -3 1 3 -4 -3 -2 -2 -1 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 13 68 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0.68 0.38 32 S 2 -2 2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 1 -3 -2 5 0 -4 -3 -2 14 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 0 71 0 0 0 0 0.66 0.38 33 P -2 -2 -2 -2 -4 2 -1 1 3 -4 -4 -2 -3 -4 7 0 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 0 12 0 10 9 0 0 0 0 0 61 8 0 0 0 0 1.30 0.37 34 H -2 -1 -1 -1 -4 0 4 -3 7 -4 -4 -1 -3 -1 -3 -2 -2 -2 4 -4 0 0 0 0 0 0 39 0 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 19 0 0.95 0.37 35 V -1 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -4 -4 4 2 -3 0 -2 -3 0 -1 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 27 14 0 0 0 0 12 0 0 0 47 0.54 0.37 36 S 2 -1 1 -2 -3 2 2 -2 1 2 -2 1 -2 -3 -3 1 0 -4 -3 -2 21 0 6 0 0 14 12 0 3 17 0 12 0 0 0 13 3 0 0 0 0.28 0.48 37 G 1 -3 -1 3 -4 -2 0 5 -3 -5 -5 -2 -4 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 9 0 0 23 0 0 4 57 0 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 0.90 0.48 38 N -2 -1 6 3 -4 -1 -1 -2 -1 -4 -5 3 -3 -4 -3 1 -1 -5 -4 -4 0 0 50 20 0 0 0 0 0 0 0 21 0 0 0 9 0 0 0 0 0.87 0.48 39 S -2 -2 -2 0 -4 0 4 2 -2 -4 -4 -1 -4 -5 6 -1 -2 -5 -4 -4 0 0 0 3 0 3 32 17 0 0 0 0 0 0 43 2 0 0 0 0 1.05 0.48 40 K -2 3 4 -1 -4 0 -1 -3 -1 -4 -4 5 -3 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -4 0 20 26 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0.88 0.48 41 F -3 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -4 -3 -1 1 -4 -1 7 -5 -4 -3 7 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 64 0 0 0 17 5 0 1.29 0.48 42 E -1 -2 1 5 -5 2 5 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -2 3 0 7 33 0 12 42 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0.82 0.48 43 Y -3 -3 1 -4 -4 -3 -4 -4 -1 -3 -2 -3 -2 4 -5 -3 -3 8 7 -3 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 15 0 0 0 25 52 0 1.43 0.48 44 A 2 2 -2 -2 -3 2 1 -2 1 -4 -4 4 -2 -4 -2 1 -2 -4 -3 -3 25 13 0 0 0 11 8 0 5 0 0 29 0 0 0 9 0 0 0 0 0.49 0.48 45 N -2 -2 3 0 -3 1 -1 1 -2 -2 -1 1 -2 0 -3 2 -1 -3 0 1 0 0 19 3 0 7 3 11 0 0 8 9 0 3 0 16 0 0 4 17 0.19 0.48 46 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -4 -3 3 1 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 18 5 0 76 0 0 0 0 0 0 0 1.13 0.48 47 V 0 -1 -3 -4 -3 -2 -3 -4 -4 3 -1 2 -1 -2 -3 -2 -2 -4 -3 4 8 3 0 0 0 0 0 0 0 23 0 17 0 0 0 0 0 0 0 49 0.54 0.48 48 E -2 1 2 1 -4 1 3 -3 1 -3 -2 -1 1 -3 2 1 0 -3 2 -3 0 8 9 5 0 5 25 0 4 0 3 0 6 0 9 13 6 0 8 0 0.32 0.48 49 D 1 -2 4 3 1 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 2 0 -5 -3 -3 16 0 26 20 3 0 16 0 0 0 0 0 0 0 0 16 3 0 0 0 0.54 0.48 50 I -3 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 0 -1 -4 -4 -2 -4 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1.11 0.48 51 R -2 5 -2 1 -4 2 -1 -3 -2 -3 0 2 -2 -4 -3 -2 0 -4 -3 -3 0 48 0 9 0 12 0 0 0 0 11 12 0 0 0 0 8 0 0 0 0.65 0.48 52 E -1 -1 1 3 -5 0 5 -3 -2 -4 -4 2 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 4 0 8 19 0 0 53 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0 0 0 0 0.82 0.48 53 K -1 -2 -1 5 -4 -1 0 -3 -2 -4 -3 3 -3 3 -3 0 -2 -4 -2 -4 5 0 0 51 0 0 0 0 0 0 0 21 0 17 0 7 0 0 0 0 0.73 0.48 54 V 3 -3 -3 -4 -2 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -1 -3 -3 -1 3 -4 -3 4 30 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 20 0 0 51 0.59 0.48 55 S 0 3 2 -1 -4 2 2 -3 1 -2 -4 3 -3 -4 -3 2 -1 -4 -3 -3 8 19 10 0 0 11 11 0 4 2 0 18 0 0 0 17 0 0 0 0 0.43 0.48 56 S 0 -2 -1 3 -4 2 5 -3 -2 -2 -4 -1 -3 -4 -2 1 -1 -4 -3 -2 5 0 0 17 0 11 50 0 0 2 0 0 0 0 0 10 2 0 0 3 0.70 0.48 57 E -1 -2 -3 -2 -3 3 4 -4 -2 1 -2 -1 -1 -3 -3 -2 -2 -4 -3 4 3 0 0 0 0 17 32 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 0.54 0.48 58 M -2 -4 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 4 1 -3 6 -2 -4 -3 -2 -4 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 7 0 31 0 0 0 0 0 0 36 0.77 0.48 59 E -2 3 1 1 -4 1 4 0 -2 -4 -3 1 -3 -4 -3 1 -2 -4 -3 -4 0 18 8 7 0 4 31 7 0 0 2 9 0 0 0 15 0 0 0 0 0.47 0.48 60 R -1 4 0 -2 -4 1 1 -3 0 2 -1 3 0 -3 -3 -2 -1 -4 -3 -2 4 31 3 0 0 6 8 0 3 17 4 18 3 0 0 0 3 0 0 0 0.40 0.48 61 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -1 0 -4 -1 8 -5 -4 -3 0 3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 89 0 0 0 0 7 0 1.48 0.48 62 F -4 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -1 -1 -5 -1 8 -5 -4 -3 0 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 1.66 0.48 63 P -2 -3 -3 -3 -4 -2 -2 -3 1 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 2.35 0.46 64 K -2 -1 0 3 -4 1 4 -3 -2 -4 -4 3 -3 -4 -2 0 -2 -4 -1 -4 0 0 3 22 0 3 37 0 0 0 0 25 0 0 0 7 0 0 3 0 0.69 0.46 65 N -2 -2 4 3 -4 1 4 -3 -1 -2 -4 -1 -3 -4 -3 1 -1 -5 -3 -2 0 0 23 16 0 6 39 0 0 2 0 0 0 0 0 8 3 0 0 3 0.64 0.46 66 D -1 -2 -1 5 -4 0 5 -3 2 -4 -4 -1 -4 -4 -2 0 -2 -5 -3 -4 4 0 0 42 0 0 45 0 5 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0.93 0.43 67 D -1 -2 3 5 -5 0 5 -3 -1 -4 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 4 0 14 36 0 0 46 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.90 0.41 68 E -2 -1 0 5 -5 0 5 -3 -1 -4 -4 1 -3 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -4 0 0 0 41 0 0 53 0 0 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0.94 0.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1283 0.3121 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1776 0.3165 PSI Gapped 0.0544 0.2670