Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -2 -3 -4 -5 -3 -2 -3 -4 -3 0 1 -3 9 -1 -4 -3 -2 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 1.38 0.45 2 D -2 1 2 3 -4 1 0 -3 -2 -3 -4 3 -3 -4 -3 1 1 -5 -3 -1 0 8 8 22 0 6 4 0 0 0 0 28 0 0 0 13 7 0 0 5 0.46 0.50 3 E -3 -2 3 3 -5 4 5 -2 -2 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 13 14 0 18 52 2 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0.92 0.60 4 G 1 -2 2 0 -3 1 -1 -2 -2 -3 -2 0 -1 0 0 3 2 -4 -3 -3 11 0 12 3 0 6 2 2 0 0 2 6 2 6 4 32 11 0 0 0 0.32 0.58 5 I -2 -3 -4 -3 -3 0 -1 -5 -2 4 2 -2 2 -2 -4 -2 0 -4 -3 4 0 0 0 1 0 4 4 0 1 22 24 2 4 0 0 1 4 0 0 31 0.50 0.61 6 S -2 -2 -1 -2 -3 2 -2 -2 5 0 -3 1 2 -3 -3 4 1 -4 -1 -3 0 0 1 1 0 13 0 2 16 6 0 9 8 0 0 35 7 0 1 0 0.48 0.64 7 K 0 4 0 -3 -4 2 -1 -3 -1 -4 -4 4 -3 0 1 0 -1 -4 -2 -3 9 25 3 0 0 9 2 1 1 0 0 27 0 6 6 7 3 0 0 1 0.48 0.64 8 K -1 -1 1 1 -5 4 4 -3 -1 -2 -1 1 -3 -4 -3 -1 0 -4 -4 -3 3 1 6 6 0 25 36 0 1 2 6 8 0 0 0 2 4 0 0 0 0.61 0.65 9 F -1 1 -2 0 -4 2 1 -4 3 -3 -1 4 0 0 -2 -2 1 -4 -1 -1 3 4 1 4 0 7 6 0 9 0 5 37 2 5 1 0 10 0 2 4 0.39 0.65 10 A 6 -3 -3 -4 -2 -3 -3 1 -3 -2 -3 -3 0 -4 -3 -1 0 -4 -3 0 79 0 0 0 0 0 0 8 0 0 0 0 3 0 0 0 4 0 0 6 0.88 0.63 11 I -3 0 -2 -2 -3 -2 -3 -5 -1 1 4 -2 0 0 -4 -3 -3 -2 4 0 0 5 2 2 0 1 1 0 1 8 41 3 2 2 0 0 0 0 21 5 0.44 0.63 12 Q 2 -1 1 2 -3 2 2 -2 -2 -3 -2 1 1 -4 -3 0 0 -4 -3 -1 22 2 5 11 0 10 15 2 0 0 4 7 4 0 0 4 4 0 0 3 0.21 0.63 13 L -2 0 -2 -4 -3 1 -3 -5 -4 2 4 -3 0 -2 -4 -3 0 -4 -3 2 2 5 2 0 0 7 0 0 0 14 44 0 0 0 0 0 5 0 0 15 0.42 0.63 14 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 2 5 -4 0 -1 -4 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 85 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0.96 0.60 15 E -2 0 2 -1 -4 4 2 -3 -1 -3 -2 4 -1 -4 -3 -2 -1 -4 0 -2 2 3 9 1 0 22 14 0 1 1 4 27 2 0 0 0 2 0 3 1 0.41 0.60 16 D 3 -2 -1 1 -3 2 4 -2 -2 -3 -3 1 -3 -4 -3 0 0 -4 -3 -3 27 0 2 8 0 11 30 0 0 1 1 7 0 0 0 3 4 0 0 0 0.43 0.59 17 D -3 -3 1 7 -5 -1 2 -3 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -5 0 0 3 77 0 0 10 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.28 0.59 18 A 5 -3 -3 -3 -2 -2 -3 0 -3 -1 -3 -2 -2 -4 -3 0 -2 -4 -3 0 75 0 0 0 0 0 0 6 0 2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 7 0.75 0.59 19 E 0 -2 1 5 0 -1 3 -3 0 -4 -3 0 2 -4 -3 -1 -2 -5 -3 -3 8 1 6 40 2 1 17 0 2 0 1 4 8 0 0 1 0 0 1 0 0.55 0.59 20 R -2 4 0 -1 -5 1 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 0 20 3 2 0 6 2 0 0 0 0 57 0 0 0 4 0 0 0 0 0.80 0.59 21 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.59 22 K -1 3 -2 -2 1 1 3 -4 -2 -2 1 2 -1 -2 -3 -1 -2 -1 0 -2 3 17 0 0 4 5 21 0 0 1 18 15 1 1 0 2 0 1 5 1 0.28 0.59 23 M -2 1 0 0 0 4 1 -3 1 -4 -2 4 1 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -3 2 7 3 6 2 24 8 0 3 0 3 27 4 0 0 2 0 0 2 1 0.41 0.59 24 L -3 -4 -4 -1 -3 -3 -4 -5 -4 0 5 -4 3 -1 -4 -4 -3 -3 -3 -1 0 0 0 5 0 0 0 0 0 2 79 0 8 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.59 25 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 2 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 18 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0.95 0.59 26 R -1 1 1 0 -4 2 3 0 -2 -4 -1 3 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -3 2 8 7 3 0 9 21 8 0 0 8 19 0 0 0 5 3 0 0 0 0.28 0.59 27 N 0 -1 4 -2 -3 -1 -2 -1 -3 0 -2 1 -2 -3 -3 -1 -2 -4 -3 4 9 2 22 0 0 2 0 5 0 3 0 11 0 0 0 3 0 0 0 37 0.34 0.59 28 Q -2 -1 -2 -2 3 8 0 -3 -1 -4 -4 0 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 0 0 0 8 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.27 0.59 29 K -2 1 -2 -3 -3 1 -2 -4 -2 0 1 2 6 2 -4 -1 -2 -3 -2 -1 0 8 1 0 0 5 1 0 1 4 10 16 32 8 0 4 1 0 0 2 0.40 0.59 30 N -1 -2 4 4 -4 -1 3 -3 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 1 -1 -4 0 -2 5 0 22 28 0 1 18 0 0 0 0 2 0 0 0 8 3 0 4 2 0.52 0.58 31 S 0 -2 5 0 -1 -1 -2 -3 4 0 -2 -2 -3 -1 -3 1 -2 -4 -2 -1 8 1 37 5 1 2 0 0 10 5 4 0 0 3 0 13 0 0 0 4 0.41 0.59 32 L -3 -3 -5 -5 -3 -2 -4 -5 -4 0 5 0 1 1 -4 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 84 8 1 5 0 0 0 0 0 0 0.91 0.59 33 C 0 -4 -2 -3 9 -3 -4 0 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -4 -1 4 -4 -4 -2 6 0 1 1 52 0 0 8 0 0 0 1 1 0 0 0 31 0 0 0 1.23 0.59 34 I -2 -1 -4 -2 -3 0 -3 -5 -4 3 3 -3 6 -2 -4 -3 1 -4 -3 1 1 4 0 2 0 6 0 0 0 18 25 0 26 0 0 0 10 0 0 10 0.53 0.59 35 S 1 2 -1 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -4 -3 0 1 -2 5 2 1 -4 -3 -3 13 12 2 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 2 31 22 7 0 0 0 0.63 0.59 36 Q -2 -1 -1 1 -4 6 0 -3 3 -4 -4 2 -2 -4 -3 -1 -1 -3 0 -4 0 0 0 8 0 57 2 0 7 0 0 16 0 0 0 3 2 0 4 0 0.87 0.58 37 C -2 -5 -4 -5 11 -5 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -2 -2 -4 -4 -2 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.54 0.59 38 K -2 -2 -3 -3 -5 -2 -2 -4 -3 -4 -4 3 -4 -5 8 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0 0 77 0 0 0 0 0 1.94 0.59 39 A 4 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -3 -4 1 4 -3 0 -2 -3 -2 -2 -4 -3 0 44 0 0 0 0 0 0 0 0 9 45 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0.64 0.59 40 F -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 1 -2 -4 -2 6 -5 -4 -3 0 7 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 43 0 0 0 0 48 2 1.35 0.59 41 E -2 -2 -2 1 -5 2 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 4 0 8 88 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.35 0.59 42 E -3 -2 -1 3 -5 0 7 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 13 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.36 0.59 43 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 3 0 -4 -1 -2 -4 -3 -2 -5 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 1.12 0.59 44 V 1 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 4 4 -4 0 -2 -4 -3 -2 -4 -3 3 12 0 0 0 0 0 0 0 0 25 40 0 0 0 0 0 0 0 0 23 0.66 0.59 45 D -3 -3 0 8 -5 -2 0 -2 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 98 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.72 0.59 46 T -2 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 0 7 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 1.34 0.59 47 Q -2 2 -1 -2 -5 8 0 -3 0 -5 -4 0 -2 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 10 0 0 0 88 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.59 48 M -3 -3 -4 -5 -3 -2 -4 -5 -4 3 2 -3 8 -1 -4 -3 -2 -3 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 11 0 68 0 0 0 0 0 0 5 1.16 0.59 49 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -1 -2 -1 -4 -2 6 -5 -4 -3 0 7 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 40 0 0 0 0 55 0 1.45 0.59 50 G -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -2 0 0 0 0 0 0 0 95 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 1.62 0.59 51 F -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -3 -1 4 -4 0 6 -5 -4 -3 -2 3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 55 0 0 37 0 0 0 0 7 0 0.99 0.59 52 S 0 -2 -1 -2 -3 0 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -4 -2 6 1 -4 -1 -3 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 7 0 2 0 1.00 0.59 53 R -3 6 0 -3 4 0 -1 -4 -2 -4 -4 4 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 53 5 0 11 2 0 0 0 0 0 29 0 0 0 0 0 0 0 0 1.01 0.59 54 Q -2 -1 -2 -1 -5 5 6 -4 -1 -5 -4 1 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -3 1 0 0 0 0 32 57 0 0 0 0 7 0 0 0 1 0 0 0 1 1.06 0.59 55 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 5 0 -4 0 -2 -4 -4 -2 -4 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 37 2 0 1 0 0 0 0 0 0 61 1.00 0.59 56 T 0 -1 2 6 -4 0 1 -1 1 -4 -4 0 -1 -3 -3 0 0 -5 -4 -4 10 2 11 47 0 5 5 2 3 0 0 4 2 1 0 3 5 0 0 0 0.66 0.59 57 Y -4 -4 -5 -5 -4 -4 -5 -5 -2 -1 1 -5 -1 8 -5 -4 -4 0 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 0 0 74 0 0 0 0 13 0 1.39 0.59 58 A 6 -3 -3 -3 -2 -2 -2 -1 -3 -3 -1 -2 -2 -4 -2 0 -2 -4 -3 -2 93 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.04 0.59 59 T -2 -2 -4 -4 -3 -3 -1 -5 -4 4 -1 0 -1 -3 -4 -3 -1 -5 -3 5 1 1 0 0 0 0 6 0 0 22 0 9 0 0 0 1 3 0 0 58 0.68 0.61 60 R -2 6 -1 -2 -5 3 1 -4 -2 -5 -4 2 -3 -5 -3 0 -1 -4 -3 -4 2 60 1 0 0 11 8 0 0 0 0 10 0 0 0 5 2 0 0 0 0.97 0.61 61 L 0 -4 -5 -5 5 -4 -4 -4 -4 2 4 -4 2 -2 -4 -2 -2 -4 -3 1 9 0 0 0 15 0 0 0 0 14 47 0 6 0 0 2 1 0 0 6 0.67 0.61 62 G -2 -2 1 0 -4 -1 0 6 -2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 2 6 5 0 3 5 78 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.25 0.61 63 I -3 -4 -5 -5 3 -4 -5 -5 -5 3 5 -3 1 0 -5 -4 -3 -3 -3 1 0 0 0 0 8 0 0 0 0 15 65 2 2 2 0 0 0 0 0 6 0.82 0.61 64 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 6 3 -4 1 -2 -4 -4 -2 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 24 0 3 0 0 0 1 0 0 21 0.88 0.61 65 T -1 -1 0 4 -4 0 2 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -5 1 3 3 -5 -4 -3 1 1 3 22 0 2 15 2 1 0 0 3 0 0 6 22 22 0 0 0 0.51 0.61 66 N 0 1 2 1 -4 0 4 -2 -2 -2 -4 1 -1 -4 -1 1 -1 -4 -1 -3 8 7 12 7 0 3 34 1 0 3 0 7 1 0 2 10 2 0 3 0 0.44 0.66 67 D 0 -2 1 2 -4 2 4 -2 0 -2 -3 1 -2 -4 -1 0 1 -5 -4 -2 7 0 5 11 0 11 32 3 2 2 1 7 0 0 2 5 9 0 0 3 0.41 0.66 68 E 1 -2 -1 2 -4 1 5 -3 -2 -3 -4 1 -2 -4 -3 -1 0 -5 -4 1 11 0 1 9 0 5 48 0 0 0 0 7 1 0 0 1 5 0 0 12 0.61 0.66 69 G 0 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -1 -3 -4 -5 -5 6 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.62 0.65 70 H -2 2 -1 -2 -5 4 0 -3 5 -5 -4 5 -3 -5 -3 -1 -2 -4 -3 -4 1 9 2 0 0 27 4 0 14 0 0 41 0 0 0 2 0 0 0 0 0.86 0.65 71 R 0 0 0 0 -4 5 3 -2 -1 -2 -2 1 -1 -4 -3 -1 0 -4 -3 -3 7 2 5 5 0 39 19 1 1 3 4 6 1 0 0 2 4 0 0 1 0.56 0.66 72 L -3 -3 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 4 4 -4 4 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 33 51 0 13 0 0 0 0 0 0 2 0.90 0.66 73 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 2 5 -4 4 -2 -5 -4 -3 -4 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 11 59 0 12 0 0 0 0 0 0 18 0.88 0.67 74 S 1 -1 2 2 -3 -1 0 -1 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 3 0 -5 -3 -2 11 3 11 12 0 2 5 3 1 0 5 7 1 0 0 32 5 0 0 1 0.35 0.67 75 D -2 1 2 4 -5 0 3 -2 2 -5 -4 1 -4 -5 -3 1 0 -5 -4 -4 1 8 7 30 0 3 19 2 5 0 0 6 0 0 0 10 7 0 0 0 0.58 0.67 76 L -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -5 0 6 -4 1 -1 -5 -4 -3 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 1 1.26 0.67 77 E -3 -2 -2 0 -6 1 7 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 1 95 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.46 0.67 78 R -2 5 0 -1 -5 2 2 -4 2 -4 -2 4 -3 -4 -3 -2 -2 -4 -2 -3 1 32 4 2 0 8 11 0 5 0 5 29 0 0 0 0 2 0 1 1 0.67 0.68 79 E -1 1 3 2 -5 2 4 -3 1 -3 -3 2 -3 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -3 5 6 15 10 0 8 32 0 3 1 1 16 0 0 0 1 0 0 0 2 0.57 0.68 80 L -1 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 1 5 -4 1 -1 -5 -4 -3 -4 -3 1 6 0 0 0 0 0 0 0 0 6 80 0 1 0 0 0 0 0 0 6 0.97 0.68 81 N 0 -2 5 2 -3 -2 -2 -2 -2 -4 -5 -2 -3 -4 -3 4 0 -5 -4 -4 5 0 34 10 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 48 3 0 0 0 0.84 0.62 82 Q -2 3 -1 -1 -5 5 3 -3 3 -4 -4 4 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -2 -4 0 15 0 0 0 35 16 0 8 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.46 K Lambda Standard Ungapped 0.1346 0.3192 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1899 0.3178 PSI Gapped 0.0581 0.2670