Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -4 -5 -4 -1 0 -4 10 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 2.35 1.09 2 H -4 3 0 -3 -6 2 -2 -4 8 -5 -5 4 -4 -4 -4 -3 -4 -5 1 -5 0 15 5 0 0 8 0 0 39 0 0 28 0 0 0 0 0 0 5 0 1.27 1.13 3 K -2 1 -3 -3 -5 -1 -2 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -3 -1 -3 -6 -4 -5 2 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 3 0 0 0 0 1.72 1.13 4 D -4 -1 2 5 -6 5 4 -4 -3 -6 -5 0 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 2 8 35 0 25 24 0 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 1.17 5 E -2 -2 -3 0 -6 2 7 -5 -3 -6 -5 -2 -4 -6 -4 -3 -3 -5 -5 -5 2 0 0 2 0 9 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.71 1.17 6 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 2 -1 -5 -3 -2 -4 0 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 85 0 3 2 0 1 1 0 3 0 1.33 1.17 7 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 3 -5 4 -1 -5 -5 -3 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 21 0 10 2 0 0 0 0 0 14 1.17 1.17 8 E -2 -2 -1 -2 -5 4 3 -4 8 -5 -2 -1 -2 -3 -4 -1 -3 -5 0 -3 2 1 1 1 0 22 21 0 37 0 4 3 1 1 0 3 1 0 2 1 1.09 1.17 9 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 1 6 -5 1 0 -5 -5 -2 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 83 0 2 2 0 0 2 0 0 5 1.35 1.23 10 H -4 -3 -2 -4 -6 -2 -3 -5 11 -6 -6 -3 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -1 -6 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.93 1.23 11 E 2 -3 -3 -2 -4 4 2 3 -3 -5 -2 -2 0 -5 -4 0 2 -5 -5 -4 16 0 0 1 0 24 12 21 0 0 4 1 3 0 0 6 12 0 0 0 0.59 1.23 12 Q -3 -4 -5 -5 -4 2 -2 -6 -4 0 5 -3 1 4 -5 -4 -1 -4 -1 -1 1 0 0 0 0 11 2 0 0 4 56 1 2 18 0 0 3 0 1 2 0.90 1.31 13 M -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -5 -1 5 -5 6 3 -6 -5 -4 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 68 0 20 12 0 0 0 0 0 0 1.39 1.31 14 V 3 -1 -5 -5 -4 -4 -3 -4 -5 0 0 -4 -1 1 -5 -2 -1 -5 0 5 28 4 0 0 0 0 1 0 0 2 9 0 1 7 0 3 4 0 3 39 0.65 1.31 15 N -2 -3 -1 -2 0 3 5 -5 4 -3 -2 -2 -2 -2 -4 -2 1 -4 4 -3 3 0 2 1 3 14 35 0 11 1 3 1 1 1 0 1 8 0 14 2 0.74 1.36 16 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 3 -3 -5 -5 -2 -5 -4 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 36 10 0 7 0 0 0 1 0 0 44 1.20 1.36 17 K 0 4 -3 -4 -1 0 -2 -3 0 -4 -1 4 3 -1 -4 -1 -1 -5 -3 -2 9 23 0 0 1 4 1 2 2 0 7 26 8 3 0 5 4 0 1 3 0.52 1.36 18 D -2 3 3 1 -6 1 3 -2 -1 -3 -5 4 -4 -6 -4 -1 0 -6 -5 -3 2 16 13 6 0 5 17 3 1 2 0 23 0 0 0 4 6 0 0 1 0.59 1.36 19 Q -2 -2 1 1 -5 2 2 -5 6 -3 -3 -2 -4 0 -5 -3 -2 -3 6 -4 3 2 6 7 0 10 12 0 19 2 1 1 0 3 0 1 2 0 32 0 0.90 1.33 20 F -4 -5 -5 -6 3 -5 -5 -6 0 0 3 -5 1 5 -6 -5 -3 -2 5 0 0 0 0 0 7 0 0 0 2 5 28 0 3 29 0 0 1 0 18 5 1.00 1.33 21 L 0 0 -1 0 -5 0 5 -3 -3 0 -1 0 -1 -3 -4 -1 -2 -5 -3 0 8 6 2 3 0 3 47 1 0 5 6 4 1 1 0 4 1 0 1 7 0.62 1.33 22 G 0 -1 2 3 -2 0 3 0 0 -3 -3 0 0 -4 0 0 0 -5 -2 -4 9 4 8 14 1 3 21 6 2 1 2 5 3 1 4 7 6 0 1 0 0.30 1.30 23 F -1 3 1 -1 0 2 2 -2 1 0 -2 -1 2 0 -4 -1 0 4 -2 -1 6 14 8 2 2 11 12 2 3 5 2 3 5 4 0 3 6 6 1 4 0.27 1.28 24 D -2 -2 1 4 -2 -1 4 3 -3 -5 -4 -3 -5 -2 -4 -1 -1 -5 1 -5 3 1 6 20 1 2 27 24 0 0 1 0 0 2 0 2 5 0 6 0 0.67 1.37 25 H -2 -2 4 3 -1 0 0 1 2 0 -2 -2 -1 -3 -4 -1 -1 -4 0 0 3 2 18 16 1 5 4 12 5 7 3 2 1 1 1 4 4 0 3 7 0.29 1.24 26 V 0 -3 1 -2 3 -3 1 -1 -3 1 -1 -2 1 -3 -3 0 1 -4 0 3 6 1 7 2 6 1 12 4 0 8 5 2 4 1 1 8 8 0 3 22 0.25 1.20 27 D 0 0 1 4 2 -2 0 -1 1 -2 -3 0 -1 -3 2 -1 0 -4 -4 -2 9 5 7 24 5 1 7 5 4 3 2 5 1 1 10 4 4 0 0 3 0.33 1.20 28 E 1 -1 2 3 0 0 3 -1 -2 -5 -5 -1 -4 -5 0 1 0 -5 -2 -3 11 2 9 16 2 3 23 4 1 0 0 3 0 0 5 10 7 0 1 2 0.42 1.32 29 T 0 -2 -2 2 0 -1 3 0 -2 1 0 -1 -1 -2 -3 -1 -1 -5 -2 1 6 2 2 11 2 2 22 6 1 7 11 4 1 2 1 5 3 0 1 10 0.21 1.31 30 A 1 -1 -2 4 -4 -2 1 -3 1 -3 1 0 -1 -3 1 -1 -2 -4 3 -2 15 3 1 24 0 0 8 1 3 0 14 6 2 0 6 4 2 0 10 2 0.33 1.04 31 F -4 -5 -5 -5 2 -5 -5 -5 1 -1 3 -5 0 7 -5 -3 -1 -2 0 -1 0 0 0 0 5 0 0 0 4 3 25 0 2 50 0 1 5 0 2 3 1.07 1.07 32 A 1 -1 -1 3 -4 0 3 -3 -3 -5 -3 1 -4 -5 -1 2 1 -5 -4 -4 14 2 1 18 0 3 24 0 0 0 3 9 0 0 3 16 7 0 0 0 0.51 1.05 33 A 1 0 -1 0 -5 1 4 -3 0 0 -2 1 -3 -5 2 0 0 -5 -4 -3 13 4 2 4 0 7 26 1 2 6 4 9 0 0 11 6 5 0 0 0 0.38 1.05 34 Y -4 -4 -4 -6 -5 -4 -4 -5 0 -4 -3 -4 -3 1 -5 -4 -4 0 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 2.49 1.05 35 E -2 1 2 4 -2 -1 4 -3 1 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -2 -2 -5 0 -4 2 6 9 28 1 1 31 1 4 2 2 3 0 1 1 1 2 0 4 1 0.67 1.05 36 E 2 0 0 0 -1 1 4 -2 0 -5 -3 1 -2 -5 -3 2 -1 -5 -4 -4 22 4 3 3 1 6 26 2 2 0 2 7 1 0 0 17 3 0 0 0 0.47 1.05 37 L -4 -3 -5 -5 -4 1 -4 -6 -5 0 6 -3 1 0 -5 -4 -2 -4 -3 -2 0 1 0 0 0 7 0 0 0 2 82 1 2 2 0 0 2 0 0 0 1.15 1.05 38 D -1 -1 2 3 -5 -3 -1 4 0 -5 -5 1 -5 -5 -1 0 -2 -5 -5 -4 3 2 11 20 0 0 4 36 2 0 0 11 0 0 3 5 2 0 0 1 0.69 1.05 39 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 -1 -5 -1 -3 -5 -4 1 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 0 0 0 0 0 0 10 0 0 44 1.18 1.05 40 E -2 4 0 2 -4 1 -1 -1 0 -5 -4 1 -2 -2 -4 3 2 -5 -1 -4 1 21 3 12 0 6 3 4 2 0 1 9 1 2 0 22 12 0 2 0 0.45 1.05 41 P -3 -4 -4 -4 -5 -3 -1 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 8 -1 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 93 4 0 0 0 0 2.59 1.05 42 S 0 -1 -1 0 -4 -2 -2 -3 5 -3 -2 -2 3 -1 -4 1 3 -5 -1 1 7 4 1 6 0 1 2 1 19 0 3 1 8 2 0 13 21 0 2 10 0.44 1.05 43 H 0 -3 -2 0 -4 2 -2 -2 8 -5 -5 -2 -1 -4 -4 3 -2 -5 0 -4 9 0 0 6 0 11 0 1 43 0 0 2 1 0 0 25 1 0 2 0 1.07 1.05 44 V -2 -5 -5 -5 -3 -3 -5 -6 -5 6 2 -5 1 -2 -5 -4 -1 -5 -3 4 2 0 0 0 0 1 0 0 0 49 17 0 3 0 0 0 2 0 0 26 1.00 0.96 45 H -4 3 -1 -3 -5 -1 -2 -4 10 -5 -5 -2 -4 0 -4 -3 -1 -4 1 -5 0 15 2 0 0 2 0 0 72 0 0 0 0 3 0 0 3 0 2 0 1.81 0.96 46 K 0 5 -2 -1 -1 -1 -1 -1 0 -5 -4 5 -1 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 8 29 0 3 2 1 1 3 2 0 0 46 2 0 0 3 0 0 0 0 0.90 0.96 47 S -1 -2 0 -2 2 -1 -2 -1 -3 -4 -1 -1 -3 -4 0 5 1 -5 -4 -4 2 2 4 1 4 3 0 3 0 0 6 2 0 0 4 61 9 0 0 0 0.76 0.96 48 K -3 4 -2 -3 -5 -1 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 1.53 0.96 49 S 2 0 0 2 -4 -1 1 -2 -3 -1 -1 0 1 -4 -4 2 3 -5 -4 -1 16 5 4 10 0 2 8 2 0 3 7 4 4 0 0 15 17 0 0 3 0.25 0.95 50 E -1 -1 -1 5 -1 1 5 -4 -1 -5 -4 -1 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 -5 5 2 2 32 1 4 48 0 1 0 1 2 0 0 0 2 0 0 0 0 1.03 0.95 51 H -4 -2 -1 -3 -5 2 -2 -4 10 -6 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -4 -5 0 -5 0 0 0 0 0 8 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.40 0.95 52 K -2 2 -2 -3 -2 1 2 -4 -1 -1 -4 6 -1 -5 -3 -2 -2 -5 -1 -3 2 10 0 0 1 5 14 0 1 4 0 57 1 0 0 0 2 0 2 1 0.89 0.93 53 H 2 1 -1 0 0 -1 2 -4 5 -2 -2 0 -3 -2 -4 -1 0 -3 4 -3 17 8 2 4 2 1 14 0 18 2 4 4 0 1 0 3 5 0 16 0 0.45 0.93 54 A 6 -4 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -2 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 1.43 0.93 55 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 6 0 -5 0 -2 -5 -4 -2 -5 -3 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 46 6 0 1 0 0 0 0 0 0 47 1.18 0.91 56 F -3 2 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -3 -1 1 -4 1 7 -5 -3 -2 -2 1 -3 1 13 0 0 0 0 0 1 0 1 12 0 4 63 0 1 2 0 2 0 1.20 0.91 57 L 2 -1 -4 -4 -3 -3 -2 -4 -4 1 3 0 -1 -3 -4 -3 2 -5 -3 3 17 3 0 0 0 0 3 0 0 6 28 6 0 0 0 0 13 0 0 24 0.45 0.91 58 L -4 -4 -6 -6 -3 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 0 -2 -5 -5 -3 -4 -3 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 0.91 59 G 3 -4 -2 -4 3 -3 -3 4 -4 -2 -1 -3 0 -4 -4 2 0 -5 -4 -2 30 0 1 0 6 0 0 30 0 2 5 0 3 0 0 17 4 0 0 2 0.58 0.91 60 N 0 0 3 2 -4 -1 2 -1 -2 -3 -4 1 -1 -4 -3 1 1 0 -2 -4 9 5 17 10 0 2 14 4 1 1 0 10 1 0 0 12 11 2 2 0 0.36 0.91 61 A 2 -3 -3 0 3 -2 2 3 -2 0 -4 -1 -3 -5 -4 1 1 -5 -4 -2 22 0 0 5 6 0 15 25 1 6 0 3 0 0 0 8 8 0 0 2 0.44 0.91 62 L -3 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 6 4 -5 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 56 40 0 0 0 0 0 0 0 0 4 1.16 0.88 63 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -2 -3 0 -4 -3 1 3 -5 -2 1 51 0 0 0 0 0 2 3 0 0 2 0 2 0 0 10 21 0 1 8 0.67 0.85 64 A -1 0 2 2 -4 0 2 -2 -3 -4 -4 2 -3 -5 -1 2 2 -5 -2 -2 4 4 9 11 0 4 14 3 0 0 0 14 0 0 3 17 13 0 1 3 0.35 0.86 65 A 3 -4 -1 -1 3 -2 -1 0 1 2 -1 -3 -1 0 -2 0 -1 -4 1 -1 29 0 2 4 7 1 3 7 4 15 3 0 1 4 2 8 2 0 5 3 0.27 0.88 66 M 0 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -4 2 3 -4 7 1 -4 -1 -3 -4 -3 1 9 0 0 0 0 0 0 0 0 13 28 0 35 4 0 4 0 0 0 5 0.81 0.88 67 S 2 2 -1 -1 -4 0 1 -1 -1 -4 -4 2 -3 -3 -3 4 0 -5 -2 -4 16 9 2 3 0 2 8 3 2 0 0 14 0 1 0 34 5 0 1 0 0.46 0.88 68 E -1 2 1 2 -5 -1 5 -4 1 -4 -4 2 -1 -3 -1 -1 -3 -5 -4 -2 4 10 5 11 0 1 41 0 3 0 0 12 2 1 3 4 0 0 0 2 0.62 0.88 69 D -1 -1 2 4 -4 0 3 -3 1 -1 -4 0 -4 -2 -2 1 0 -5 -1 -1 4 3 12 24 0 3 19 0 3 4 0 5 0 1 1 9 5 0 2 5 0.42 0.89 70 E -3 0 1 2 -5 1 5 0 -2 -4 -2 -1 0 -4 0 -1 0 -4 -3 -4 0 3 6 11 0 6 41 6 0 0 5 2 4 0 4 4 6 0 1 0 0.53 0.86 71 F -2 -3 1 3 0 -1 3 0 -3 -1 -1 -3 -2 3 -1 -3 -1 -3 0 0 3 0 6 18 3 1 20 8 0 3 6 0 1 15 2 0 3 0 3 8 0.31 0.88 72 S -1 0 1 -1 1 -1 0 0 -3 -1 -2 -1 -2 -4 1 3 2 -4 -3 -1 2 4 6 2 4 3 6 6 0 3 2 3 1 0 7 30 16 0 0 4 0.33 0.85 73 S -1 -2 1 2 -4 -1 1 1 -3 1 -3 -1 -3 -3 1 1 -1 -5 -4 2 4 1 6 15 0 1 10 10 0 9 1 3 0 1 7 12 3 0 0 18 0.24 0.88 74 A 4 -2 -1 -3 -3 -3 -3 -2 0 -2 -2 -3 -2 -2 4 1 -1 -5 -3 -1 43 2 3 0 0 0 0 1 3 2 3 0 1 2 21 12 3 0 0 4 0.64 0.92 75 G -1 0 -3 -1 -5 1 3 3 -3 -4 -5 2 -4 -5 3 0 -2 -5 -4 -1 2 5 0 2 0 5 23 24 0 0 0 11 0 0 16 6 1 0 0 5 0.55 0.93 76 R -2 5 4 -2 -5 -1 -1 -1 -2 -5 -2 2 -3 -4 0 1 -3 -5 -1 -4 3 40 21 0 0 1 3 4 0 0 4 9 0 0 5 9 0 0 2 0 0.70 0.91 77 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 4 2 -4 0 -2 -4 -2 0 -4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 29 23 0 1 0 0 3 6 0 3 34 0.75 0.86 78 S 2 -1 -2 -3 2 -2 -3 2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 3 4 -1 -4 -1 -2 15 4 0 0 4 0 0 17 0 0 0 2 0 0 13 37 1 0 2 2 0.56 0.83 79 K 1 1 1 0 -4 0 2 0 -3 -3 -4 4 0 -1 -1 0 -1 -4 -3 -4 12 7 7 5 0 3 12 8 0 1 0 27 3 3 2 7 3 0 0 0 0.34 0.84 80 R -2 6 -2 -1 -4 -1 -2 -1 -2 -4 -2 2 2 -4 -4 0 -2 -4 -3 -2 2 60 0 3 0 0 0 6 0 0 4 9 6 0 0 7 2 0 0 2 0.90 0.82 81 M -3 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 1 4 -4 7 -2 -5 -4 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 2 0 4 51 0 35 0 0 0 0 0 0 7 1.06 0.80 82 E 0 1 -1 -1 -4 2 4 -2 2 -4 -3 4 -3 -5 -3 1 -1 -5 -3 -3 9 4 2 2 0 10 28 1 5 0 1 26 0 0 0 9 1 0 0 2 0.55 0.79 83 E -3 0 0 3 -5 1 6 -4 -2 -3 -5 0 -4 -5 -3 0 -2 -5 -4 -4 0 3 3 13 0 4 63 0 0 2 0 5 0 0 0 7 0 0 0 0 1.01 0.79 84 L -3 -4 3 -4 -3 -3 -4 -5 -4 2 4 -4 3 -1 -4 -3 1 -4 -3 -1 0 0 16 0 0 0 0 0 0 13 53 0 7 1 0 0 10 0 0 0 0.70 0.79 85 A 5 -3 -3 -3 1 -3 -2 0 -4 -3 -1 -3 -3 -4 -3 1 -2 -5 -4 0 70 0 0 0 3 0 2 4 0 0 4 0 0 0 0 10 0 0 0 7 0.82 0.78 86 D -1 -1 0 4 -5 0 4 -3 -2 -4 -4 2 -1 -5 1 0 0 -5 -4 -4 4 2 4 21 0 3 36 0 0 0 0 12 2 0 6 4 6 0 0 0 0.62 0.65 87 D -3 4 0 4 -5 0 2 -3 -2 -5 -4 3 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 31 3 31 0 3 11 0 0 0 0 22 0 0 0 0 0 0 0 0 0.85 0.65 88 A 3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 0 -3 1 -3 -2 -2 -3 1 3 2 -4 -3 -1 34 0 0 0 0 0 0 6 0 13 0 0 0 0 6 23 17 0 0 2 0.44 0.55 89 S 0 -1 -1 -2 -3 -1 -2 5 -3 -4 -4 4 -3 -4 -3 1 -2 -4 -4 -4 6 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 34 0 0 0 11 0 0 0 0 0.74 0.39 K Lambda Standard Ungapped 0.1276 0.3136 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1836 0.3175 PSI Gapped 0.0562 0.2670