Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 K -4 3 -3 -3 -7 4 2 -5 -3 -6 -6 6 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -5 -6 0 14 0 0 0 17 15 0 0 0 0 54 0 0 0 0 0 0 0 0 1.41 1.71 2 K -4 6 -2 -4 -6 0 -3 -5 4 -6 -5 5 -4 -6 -5 -3 0 -5 -4 -5 0 42 1 0 0 3 0 0 8 0 0 37 0 0 0 1 5 0 0 0 1.39 1.88 3 I -4 -6 -7 -7 -4 -6 -7 -7 -7 7 1 -6 -2 -3 -6 -6 -4 -6 -5 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 66 9 0 0 0 0 0 0 0 0 23 1.67 1.91 4 L -4 -6 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 -1 6 -6 1 -2 -6 -6 -4 -3 -2 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 1 92 0 2 1 0 0 0 0 1 1 1.78 1.92 5 I -3 -6 -7 -7 -2 -6 -6 -7 -5 5 3 -6 -1 -3 -6 -5 -4 -6 -4 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 34 22 0 1 0 0 0 0 0 0 41 1.32 1.92 6 V 0 -6 -6 -7 -1 -6 -6 -6 -7 3 -2 -6 -2 -4 -6 -5 -3 -6 -5 7 8 0 0 0 1 0 0 0 0 16 1 0 0 0 0 0 0 0 0 73 1.60 1.93 7 E -5 -4 -3 6 -7 -2 6 -5 -4 -7 -7 -3 -6 -7 -5 -4 -4 -7 -6 -6 0 0 0 52 0 0 48 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.89 1.94 8 S -5 -5 -2 8 -7 -4 -2 -4 -5 -7 -7 -4 -7 -7 -5 -3 -5 -8 -7 -6 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.61 1.96 9 D -4 -4 1 6 -6 -2 5 -5 -1 -5 -6 -3 -5 -6 -5 -2 -2 -7 -5 -4 0 0 7 41 0 1 42 0 1 1 0 0 0 0 0 2 2 0 0 1 1.43 1.96 10 T 1 1 -3 -1 -5 1 2 -4 -1 -2 -2 1 -3 -4 5 -1 -1 -4 -4 -1 12 7 1 3 0 5 12 1 1 3 4 9 1 1 28 3 4 0 0 4 0.54 1.97 11 A 1 1 2 3 -5 0 2 -2 1 -3 -3 0 0 -4 -1 1 0 -4 -4 -2 12 8 8 16 0 4 12 3 3 2 3 6 2 1 3 8 6 0 0 2 0.28 1.97 12 L -4 -6 1 -5 -4 -3 -5 -6 -5 6 3 -6 2 -2 -6 -4 -2 -5 -4 1 1 0 8 0 0 1 0 0 0 50 24 0 5 1 0 1 2 0 0 6 1.15 1.96 13 S 3 5 -3 -5 1 -1 -4 -1 -3 -1 1 -3 -3 -5 -5 0 -1 -5 -5 0 22 34 1 0 3 3 0 5 0 3 12 0 0 0 0 5 3 0 0 8 0.64 1.97 14 A -1 2 0 3 -5 1 4 -3 -1 -4 -3 1 -1 -3 -5 -1 -1 -5 -4 -4 6 11 5 15 0 6 30 2 1 1 3 6 2 1 0 5 4 0 1 1 0.55 1.97 15 T 0 -5 -3 -6 -4 -3 -5 -2 -4 1 4 -5 3 2 -2 -1 -1 -2 0 1 8 0 2 0 0 1 0 4 0 8 39 0 7 7 2 5 3 0 4 9 0.55 1.96 16 L -4 -5 -6 -7 -4 -4 -4 -7 -6 4 5 -6 1 -3 -6 -5 -3 -6 -4 3 1 0 0 0 0 0 1 0 0 21 54 0 3 0 0 0 1 0 0 18 1.20 1.96 17 R 1 3 -2 -2 0 2 1 -1 -1 -3 -4 3 -3 -4 -5 1 0 -5 -4 -1 12 17 1 1 2 8 10 4 1 1 1 15 1 0 0 12 6 0 0 5 0.40 1.97 18 S 0 2 -2 2 -5 1 1 -3 0 1 0 -1 1 1 -4 -1 0 -3 2 -1 8 11 2 10 0 5 9 2 2 7 9 4 4 6 1 4 5 0 6 4 0.16 1.96 19 A 1 -2 2 -4 -3 -3 -2 0 0 0 0 -3 -1 1 -5 -1 0 -2 6 -1 11 2 9 0 1 1 3 8 2 5 8 1 2 6 0 5 5 0 25 5 0.45 1.96 20 L -4 -5 -7 -7 -4 -6 -6 -7 -6 -1 6 -6 0 1 -6 -6 -4 -5 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 90 0 2 4 0 0 0 0 0 1 1.76 1.96 21 E -1 2 -2 -2 -4 2 4 -2 -2 -3 -4 2 -2 -5 -4 1 1 -5 -5 -2 5 12 2 2 0 8 31 3 1 2 2 11 1 0 0 9 9 0 0 3 0.56 1.96 22 G 1 3 1 0 -5 2 1 -1 1 -3 -2 2 0 -1 -2 0 -2 -5 -1 -3 10 15 7 6 0 8 8 5 3 1 5 13 2 3 2 7 2 0 2 1 0.24 1.96 23 R 1 -1 1 0 -4 2 5 -3 2 -5 -4 -1 -4 -4 -5 0 -3 -3 -2 -4 13 3 7 5 0 9 41 1 5 0 1 3 0 1 0 7 1 0 2 1 0.74 1.96 24 G -3 -3 0 -1 -3 -2 -3 7 -1 -6 -6 -3 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -3 -6 1 1 5 4 0 1 1 78 2 0 0 1 0 0 0 2 0 0 1 0 1.67 1.90 25 F -5 -5 -5 -6 -3 -5 -6 -6 2 -3 -2 -5 0 6 -6 -5 -5 2 8 -4 0 0 0 0 1 0 0 0 5 1 2 0 2 30 0 0 0 2 55 1 1.98 1.95 26 T 0 2 0 2 -4 2 4 -3 0 -2 -3 0 -3 -5 -4 0 1 -5 -4 -1 9 9 4 10 0 10 25 1 2 2 2 4 0 0 0 6 9 0 0 4 0.42 1.95 27 V -1 -6 -6 -6 1 -6 -6 -6 -5 1 -1 -6 -2 -3 -2 -4 1 -5 -4 7 4 0 0 0 2 0 0 0 0 7 3 0 0 0 2 1 8 0 0 72 1.40 1.95 28 D -2 1 -3 3 -3 -1 1 -4 1 1 0 -2 -1 0 -5 0 1 -3 -1 1 4 8 1 17 1 3 10 1 3 9 10 3 1 4 0 6 9 0 3 9 0.24 1.95 29 E 0 -2 -4 -4 1 -1 2 -3 1 1 -1 -1 -1 -2 -3 -1 3 4 -3 2 7 2 0 1 3 3 14 2 3 7 7 4 1 1 1 5 20 5 1 15 0.33 1.95 30 T 6 -4 -5 -5 2 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -2 -2 -5 -3 2 70 0 0 0 4 0 2 0 0 1 2 0 0 2 0 2 2 0 1 13 1.21 1.95 31 T 2 0 0 0 -2 -1 2 0 3 -3 -3 -1 -2 -1 -1 1 1 -4 2 -2 16 6 4 5 1 3 12 7 6 1 3 4 1 2 3 10 7 0 7 2 0.19 1.95 32 D -4 -2 5 6 -3 -3 -2 -3 -2 -6 -6 -3 -5 -6 -5 1 1 -6 -5 -6 0 2 23 52 0 0 1 1 1 0 0 0 0 0 0 10 8 0 0 0 1.38 1.95 33 G 0 -5 -4 -5 -3 -5 -5 7 -5 -6 -6 -5 -5 -5 -4 -3 -4 -4 -4 -4 7 0 0 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 1 1.99 1.95 34 K 1 2 -1 0 -5 2 4 -3 -1 -1 -1 1 0 -3 -1 -2 -1 -4 -3 -1 12 10 2 5 0 8 24 2 1 4 7 8 2 1 3 3 4 0 1 5 0.29 1.95 35 G 1 -1 -2 2 -5 2 5 -3 -2 -3 -4 -1 -1 -6 -4 0 0 -5 -5 -4 11 2 1 12 0 10 37 2 1 1 2 3 2 0 0 8 6 0 0 1 0.67 1.95 36 S 6 -5 -5 -5 -2 -5 -5 4 -5 -4 -4 -4 1 -3 -4 -2 -3 -6 -5 -2 63 0 0 0 1 0 0 26 0 0 1 0 3 1 0 1 1 0 0 2 1.30 1.95 37 V -3 -1 -5 -3 -3 -2 -3 -6 -2 2 5 -4 1 -1 -5 -5 -4 3 -1 1 1 4 0 2 0 1 2 0 1 9 58 1 3 2 0 1 0 4 2 8 0.92 1.95 38 E 2 1 0 2 -5 2 4 -3 1 -4 -4 1 -2 -3 -3 -1 -1 -2 -3 -3 15 9 3 12 0 7 24 1 3 1 2 7 1 1 1 5 4 1 1 1 0.44 1.95 39 Q 1 1 -4 -4 -1 1 -1 -4 -1 1 2 2 3 -1 -5 -2 -2 -1 -1 0 14 8 0 1 1 7 4 1 1 8 22 11 7 2 0 2 3 1 3 5 0.30 1.95 40 I 3 -5 -5 -6 0 -5 -5 -4 -3 2 3 -5 1 3 -5 -4 -3 -1 -2 2 28 0 0 0 2 0 0 1 1 13 25 0 3 12 0 1 1 1 1 12 0.67 1.95 41 R 1 3 -1 0 -4 2 2 -2 0 -3 0 2 -2 -3 -4 -1 -1 -4 -3 -3 11 16 3 5 0 10 14 3 2 2 9 11 1 1 1 4 3 0 1 2 0.29 1.93 42 R 1 2 0 0 -4 2 3 -2 -1 -3 -3 1 -2 -5 -4 1 1 -5 -3 -3 11 9 5 6 0 9 18 2 2 2 2 9 1 0 0 11 9 0 1 1 0.35 1.95 43 D -1 0 2 1 -3 2 3 0 3 -2 -2 -1 -2 1 -3 -1 -1 0 0 -2 4 4 9 6 1 8 20 8 6 2 4 3 1 6 1 5 4 1 3 3 0.24 1.95 44 R -1 2 1 1 -3 2 0 -2 2 -2 -2 2 -2 -5 2 0 0 -4 -3 -2 5 12 6 7 1 9 7 2 5 2 5 11 1 0 11 7 5 0 1 3 0.25 1.94 45 P -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -6 -2 0 -4 -5 -4 3 7 -4 -4 0 4 -1 2 0 0 1 1 0 0 0 1 5 1 0 0 12 53 1 0 1 16 5 1.50 1.95 46 D -2 -4 0 8 -4 -1 -1 -4 2 -4 -5 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -6 -5 -4 3 0 3 76 0 2 3 1 4 1 1 0 0 0 1 3 1 0 0 1 1.76 1.95 47 L -1 -5 -6 -3 -1 -5 -6 -5 -6 1 6 -5 1 -2 -6 -5 -4 -5 -4 1 6 0 0 2 1 0 0 1 0 7 70 0 2 1 0 0 0 0 0 8 1.23 1.95 48 V -1 -6 -7 -6 -1 -5 -6 -6 -7 6 1 -6 1 -3 -6 -5 -4 -4 -4 5 5 0 0 0 1 0 0 0 0 41 11 0 3 1 0 0 0 0 0 36 1.25 1.96 49 V -4 -6 -7 -7 -4 -6 -6 -7 -6 5 4 -6 -1 -3 -5 -5 -3 -6 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 39 0 1 1 0 0 1 0 0 24 1.25 1.94 50 L -4 -6 -6 -7 0 -5 -6 -6 -6 0 6 -6 2 -2 -6 -2 -3 -5 -4 -1 1 0 0 0 2 0 0 1 0 2 83 0 3 1 0 3 1 0 0 3 1.53 1.94 51 A -5 -5 -2 8 -6 -4 -2 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -7 -5 -4 -4 -8 -6 -6 0 0 0 95 0 0 0 1 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.42 1.94 52 V -4 -4 -6 -1 -4 -5 -6 -6 -5 5 3 -6 -1 -3 -5 -5 -4 5 -3 5 1 1 0 4 0 0 0 0 0 27 24 0 1 0 1 0 0 7 0 34 1.06 1.92 53 D -2 -2 0 -3 -3 -2 -3 1 -3 -1 -1 -2 9 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -1 2 2 5 2 0 2 2 10 1 3 4 2 53 1 1 2 2 0 1 4 1.19 1.61 54 L -4 -5 -6 -6 -5 -5 -6 -4 -6 -1 5 -5 8 -3 -6 -5 -4 -5 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 1 53 0 42 0 0 0 0 0 0 1 1.76 1.94 55 S -4 -5 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -5 -4 -2 -4 6 -6 8 -3 -4 -6 -6 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 20 0 72 1 0 0 0 0 2.30 1.94 56 A -2 1 -2 0 -2 0 0 -1 0 -2 -2 2 -2 -3 5 -1 -2 -3 -1 -1 4 8 2 6 1 4 7 5 2 3 4 14 1 1 26 3 2 0 2 5 0.41 1.28 57 G -2 -1 0 3 -2 -2 1 5 -2 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -3 3 3 4 14 1 2 8 43 1 2 3 3 1 2 2 2 2 1 1 2 0.64 1.35 58 Q -3 -2 -5 -3 -4 -1 0 -5 -4 3 2 0 7 -2 -4 -4 -2 -4 -3 0 1 2 0 2 0 2 6 1 0 15 21 6 33 1 1 1 2 0 1 5 0.89 1.84 59 N -4 -4 3 7 -5 -3 -2 -3 -4 -6 -6 -4 -5 -6 -3 2 -2 -7 -6 -6 0 0 14 63 0 0 1 2 0 0 0 0 0 0 1 15 2 0 0 0 1.60 1.94 60 G -3 -5 -4 -4 -6 -5 -5 8 -6 -7 -6 -5 -6 -7 -6 -4 -5 -4 -7 -7 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.42 1.95 61 Y -5 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -6 -2 2 3 -5 1 5 -6 -5 -3 4 4 -1 0 1 0 1 0 0 1 0 1 13 27 0 4 25 0 0 2 5 14 4 0.96 1.95 62 L -1 -2 -2 3 -5 2 6 -2 -2 -6 -5 -2 -4 -6 -5 1 1 -5 -5 -5 5 2 1 15 0 7 48 3 0 0 1 2 0 0 0 8 8 0 0 1 0.96 1.95 63 I -1 -6 -6 -7 -3 -6 -6 -6 -6 3 3 -6 0 0 -6 -5 0 -3 -4 5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 12 24 0 2 3 0 0 5 0 0 48 1.05 1.95 64 C 0 -5 -6 -6 10 -5 -6 -5 -5 0 2 -6 -1 -4 -6 -4 0 -6 -4 -1 7 0 0 0 53 0 0 0 0 4 22 0 1 0 0 0 6 0 0 4 1.75 1.94 65 G -1 6 -2 -3 -5 2 1 -4 -1 -5 -4 3 -2 -5 -4 -2 -2 -4 -5 -5 5 48 1 1 0 10 7 1 1 0 1 18 1 0 1 3 2 0 0 0 1.10 1.95 66 K 0 5 -2 -2 -5 3 3 -3 0 -2 -3 2 -1 -4 -5 -2 -1 -1 -3 -3 7 28 2 2 0 11 16 2 2 3 3 12 1 0 0 2 4 1 1 2 0.58 1.95 67 L -4 -5 -7 -7 -4 -5 -6 -7 -6 5 5 -6 1 -2 -6 -5 -4 0 -4 1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 36 47 0 3 1 0 0 0 1 0 9 1.27 1.95 68 K -4 8 -3 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -6 -5 3 -4 -6 -5 -3 -4 -5 -5 -5 0 77 0 0 0 2 0 0 0 0 0 17 0 0 0 1 0 0 0 0 1.99 1.93 69 K 3 2 0 -1 -4 3 2 -2 -1 -4 -3 2 -2 -4 -3 1 -1 -4 -4 -3 21 9 5 2 0 12 13 3 1 1 2 13 1 1 1 9 3 0 1 1 0.40 1.76 70 D -1 2 2 3 -3 2 2 -2 1 -2 -3 1 -1 -3 -3 0 -1 -3 -3 -3 6 10 10 17 1 7 11 3 4 3 3 8 2 1 1 7 4 0 1 2 0.30 1.58 71 D -1 -1 0 1 -2 -1 0 2 1 -2 -2 0 -2 -2 3 0 -1 -2 0 -2 6 4 5 7 1 3 7 17 3 2 4 5 1 2 15 7 3 1 4 3 0.22 1.36 72 D 0 1 1 2 -2 1 2 0 0 -1 -1 0 -2 -2 -1 0 -1 -2 -2 -1 8 7 6 12 1 5 13 6 2 3 6 6 1 2 3 6 4 1 2 5 0.13 1.32 73 L -2 -2 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -1 0 1 -2 0 2 -2 -1 4 3 1 -1 4 3 2 2 1 2 3 4 1 5 13 3 2 8 2 3 27 5 4 5 0.31 1.30 74 K 1 2 -1 -2 -1 0 -1 -2 -1 -1 -3 2 -1 -3 0 4 0 -2 -1 -2 10 11 2 2 2 5 3 3 1 3 3 11 2 1 5 27 5 1 2 2 0.31 1.52 75 N 0 0 3 3 -3 1 1 -1 3 -3 -3 0 -2 -2 -1 0 0 -3 -2 -3 7 5 13 19 1 7 7 5 7 1 3 5 1 2 3 8 5 0 1 1 0.32 1.63 76 V -2 -4 -4 -5 -1 -4 -5 -4 -5 5 1 -4 1 -3 -3 -3 3 -4 -4 4 2 1 0 1 1 0 1 1 0 30 10 1 4 1 1 1 16 0 0 29 0.84 1.79 77 P -3 -4 -5 -5 -5 -4 -4 -3 -4 -3 -5 -3 -4 -3 8 -4 -4 -6 -2 -4 1 1 0 0 0 0 0 2 0 1 1 1 0 1 87 1 0 0 2 1 2.52 1.90 78 I -4 -6 -6 -7 -4 -6 -6 -7 -7 6 -1 -6 -2 -1 -6 -5 -3 -6 -5 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 52 2 0 0 2 0 0 0 0 0 42 1.62 1.94 79 V -4 -6 -7 -7 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