Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -2 -4 -4 -4 -4 -2 -4 -5 8 -2 -2 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.57 0.51 2 A 3 -3 -3 -4 2 -3 -3 -3 -4 -1 -3 -1 -2 -4 2 2 1 -5 -4 4 28 0 0 0 5 0 0 0 0 0 0 4 0 0 11 14 7 0 0 31 0.54 0.82 3 D -3 -3 -2 5 -4 -2 3 -4 -3 -4 -4 -1 -4 -5 -3 -1 5 -5 -4 -4 0 0 0 39 0 0 18 0 0 0 0 3 0 0 0 0 40 0 0 0 1.06 0.93 4 V 2 -5 -5 -5 -3 -4 -4 -4 -5 3 1 -4 -1 -3 -4 -3 -2 -5 -4 5 23 0 0 0 0 0 0 0 0 17 9 0 0 0 0 0 0 0 0 52 0.91 1.00 5 S 1 0 -2 2 -4 -1 2 0 -3 -1 -1 0 -1 -4 -4 2 2 -5 -4 -2 9 4 0 12 0 2 15 7 0 3 6 6 1 0 0 18 13 0 0 3 0.28 1.00 6 T 0 -1 -2 2 -4 -2 3 -3 -3 -2 -4 1 -4 -5 -3 3 4 -5 -4 -3 8 3 0 10 0 0 24 0 0 2 0 8 0 0 0 21 24 0 0 0 0.60 1.02 7 F -5 -5 -5 -6 -5 -5 -6 -6 -4 -2 -1 -5 -2 9 -6 -5 -4 3 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 93 0 0 0 4 0 0 2.13 1.02 8 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 1 6 -5 1 1 -5 -5 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 83 0 2 4 0 0 0 0 0 5 1.26 1.02 9 A 2 1 1 -2 0 -1 2 -3 2 -5 -5 3 -1 -5 -4 3 -1 -5 -4 -3 19 8 7 1 2 1 11 0 5 0 0 21 1 0 0 20 2 0 0 1 0.49 1.11 10 F 0 -2 1 -1 5 -3 -3 -4 2 -4 -4 -3 -3 5 -4 4 -2 -3 1 -4 7 2 7 2 11 0 0 0 5 0 0 0 0 25 0 37 0 0 3 0 0.77 1.11 11 P -3 -5 -4 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.92 1.11 12 S -2 -3 0 -3 -3 -3 -3 -3 -4 -1 -4 -3 -4 -5 -3 6 4 -5 -4 -3 0 0 3 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 63 31 0 0 0 1.17 1.11 13 P 3 -4 -4 -4 -4 -1 0 1 -4 -3 0 -3 -3 -5 5 -1 -3 -5 -5 0 24 0 0 0 0 3 5 12 0 0 8 0 0 0 26 4 0 0 0 8 0.52 1.20 14 E -1 -2 0 2 -4 1 5 -3 -2 -4 -4 1 -4 -5 -1 0 0 -4 -4 -4 4 0 4 11 0 4 49 1 0 0 1 7 0 0 2 7 6 0 0 1 0.79 1.08 15 K -3 2 2 -3 -4 1 0 -3 0 -2 -1 6 -3 -4 -3 -1 -2 -4 0 -4 1 7 9 0 0 6 5 1 2 3 6 49 0 0 0 3 2 0 4 1 0.71 1.08 16 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 -1 5 -4 -1 4 -4 -4 -3 3 1 -2 1 0 0 0 0 0 1 1 0 0 67 1 0 17 0 1 1 5 4 1 1.08 1.08 17 L -2 -2 1 -4 2 2 -3 -4 -4 1 4 -1 -1 -1 -4 -2 -3 -4 -3 0 3 2 6 0 4 11 1 1 0 6 50 4 0 2 0 3 1 0 0 5 0.55 1.08 18 R 0 2 0 -4 -4 3 -3 0 2 -4 1 1 1 -4 -4 2 -3 -5 -2 -4 8 12 5 0 0 12 0 6 5 0 16 7 3 0 0 15 0 0 1 0 0.22 1.20 19 L -4 -4 -5 -5 -4 -1 -4 -5 -5 0 6 -4 2 -2 -5 -4 -3 -4 -3 -2 0 0 0 0 0 3 0 0 0 4 76 0 5 0 0 0 0 0 0 0 1.06 1.15 20 G -1 -3 0 -2 -4 1 -1 6 1 -5 -5 -1 -4 -5 -2 -2 -3 -4 -4 -4 3 0 4 1 0 6 5 59 4 0 1 3 0 0 2 0 0 0 0 0 0.91 1.12 21 P 0 -3 1 5 -4 -2 0 -3 -1 -4 -3 -1 -4 -5 3 1 -1 -5 -4 -4 8 0 6 34 0 0 5 0 1 0 2 2 0 0 17 11 2 0 0 0 0.61 1.12 22 K -2 1 4 1 -5 2 -1 -2 -3 -4 -3 4 1 -5 -4 -1 -2 -5 -4 -4 3 7 19 7 0 10 2 2 0 0 1 28 5 0 0 4 1 0 0 0 0.51 1.17 23 S -1 5 0 -3 1 2 -3 -3 1 0 -4 1 -3 -4 -2 1 -3 -5 -4 0 5 32 5 0 3 8 0 2 3 6 0 7 0 0 2 9 0 0 0 7 0.39 1.17 24 S 2 2 -1 -3 -4 1 -2 -2 -3 -2 -3 -1 -3 -5 -3 3 1 -5 -4 -2 19 12 2 0 0 8 2 3 0 2 3 3 0 0 1 26 9 0 0 2 0.33 1.20 25 V 0 -3 -3 2 -1 3 1 -4 1 -3 -1 1 2 -3 0 0 -1 -5 -4 0 8 0 0 12 1 17 8 0 4 1 7 8 5 1 4 6 3 0 0 6 0.19 1.18 26 L -1 -3 1 -1 2 -2 -4 -5 -4 -2 4 -3 1 3 -5 -1 -2 -4 -3 -1 6 1 8 4 4 2 0 0 0 0 42 1 2 11 0 4 2 0 0 2 0.40 1.20 27 I -3 -1 -5 -5 -4 0 -4 -5 -4 6 3 -4 -1 0 -5 -4 0 -4 -3 0 0 3 0 0 0 5 0 0 0 46 23 0 0 3 0 0 5 0 0 3 0.70 1.15 28 A 1 -3 -3 3 0 2 0 -4 -1 -3 2 0 0 -4 -4 -2 1 -5 -4 -1 14 0 0 17 2 10 5 0 1 0 20 5 3 0 0 2 9 0 0 4 0.23 1.20 29 Q -1 1 1 -3 -5 6 0 -4 3 -3 -4 2 -3 -4 -4 -3 -3 -4 3 -4 6 6 7 0 0 40 5 0 7 1 0 10 0 0 0 0 0 0 10 0 0.73 1.20 30 Q -2 -3 -1 -3 3 5 3 -5 4 0 0 -2 -3 -5 -4 -1 -3 -5 -4 -4 3 0 3 0 5 33 20 0 9 5 11 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.65 1.36 31 T 0 -1 -1 1 -4 -4 -2 -1 -5 1 1 -1 -3 -1 -5 -1 1 -5 -4 3 8 3 3 7 0 0 3 5 0 7 13 4 0 3 0 5 8 0 0 23 0.17 1.48 32 D 0 -3 3 5 -5 1 2 0 -3 -4 -2 0 -4 -4 -4 -3 -3 -5 1 -1 7 0 13 29 0 5 13 6 0 0 5 5 0 0 0 0 0 0 4 4 0.46 1.41 33 T 0 0 0 -4 1 0 -2 -4 -4 2 -1 1 2 -1 -1 0 2 -5 -4 2 7 5 4 0 4 4 3 0 0 10 6 8 5 3 3 8 11 0 0 12 0.11 1.41 34 S 0 0 1 1 -4 -2 0 -2 -1 -4 -1 -2 -3 -4 1 4 2 -4 1 -3 5 6 6 8 0 0 4 2 1 0 6 2 0 0 6 34 13 0 5 0 0.37 1.00 35 D -1 -3 2 6 -5 0 2 -2 -3 -2 -5 -2 -4 -3 -1 -1 0 -5 -4 -4 5 0 8 50 0 5 10 2 0 3 0 2 0 1 3 3 6 0 0 0 0.82 1.00 36 P 2 -3 -3 -3 -4 -1 1 0 -4 0 0 -2 -2 -2 4 -1 2 -5 -4 0 17 0 0 0 0 3 11 6 0 7 8 1 1 1 18 4 14 0 0 6 0.32 0.98 37 E -1 -1 2 4 -2 1 5 -2 1 -5 -3 -2 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 3 3 9 23 1 7 39 2 4 0 3 0 0 0 0 2 3 0 0 0 0.74 0.99 38 K 0 1 1 1 -1 -1 1 -2 -3 -5 -4 5 -4 -4 -3 1 -1 -5 0 -4 7 4 6 7 1 1 9 2 0 0 0 49 0 0 0 8 2 0 3 0 0.69 0.99 39 V 1 -2 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -3 0 1 -1 1 2 -4 -3 0 -3 4 4 12 1 0 0 0 0 0 2 0 3 14 3 3 9 0 1 5 0 15 29 0.47 0.99 40 V 2 -4 -4 -4 1 -4 -4 -4 -5 3 0 -4 -2 -3 -4 0 1 -5 -4 4 22 0 0 0 3 0 0 0 0 16 7 0 0 0 0 5 8 0 0 38 0.63 0.99 41 S -2 0 -2 2 -4 1 4 -4 1 -2 -2 1 -2 -1 0 1 2 -5 -3 -4 3 5 0 11 0 5 29 0 3 3 3 7 1 3 4 11 12 0 0 0 0.42 0.99 42 A 4 -4 -4 -4 -3 -3 0 -3 -4 1 0 -3 1 -2 -4 -1 2 -4 -3 2 37 0 0 0 0 0 7 0 0 7 7 0 4 1 0 2 15 0 0 18 0.49 0.99 43 F -2 -5 -5 -5 -2 -5 -5 -5 -3 2 1 -5 -2 7 -5 -4 -1 -2 3 0 3 0 0 0 1 0 0 0 0 14 15 0 0 47 0 0 3 0 10 6 1.00 0.99 44 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -5 0 1 4 -4 6 1 -5 -4 0 -4 -3 2 3 0 0 0 0 0 0 0 3 4 38 0 26 6 0 0 5 0 0 12 0.79 0.99 45 K -3 2 0 -3 -5 2 0 -4 -3 -5 -4 6 -3 -5 -3 -1 -1 -5 -4 -4 0 7 3 0 0 9 5 0 0 0 0 68 0 0 0 3 3 0 0 0 1.14 0.99 46 V -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 6 1 -4 2 0 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 47 7 0 5 3 0 0 0 0 0 34 1.01 0.96 47 S 3 -3 -2 -3 4 -3 -3 -1 -3 -1 -4 -3 -3 -4 -3 4 2 -4 -4 -2 26 0 0 0 9 0 0 4 0 3 1 0 0 0 0 42 12 0 0 1 0.71 0.96 48 S 1 -3 0 -3 3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -3 0 -4 -3 6 0 -5 -4 -3 11 0 3 0 7 0 0 0 0 3 2 0 2 0 0 68 3 0 0 0 0.95 0.99 49 V -1 -4 -4 -2 -3 -4 -4 0 -5 1 2 -4 -1 -1 -4 -2 -1 -4 -3 5 4 0 0 3 0 0 0 8 0 6 22 0 0 3 0 3 2 0 0 48 0.64 0.99 50 F -2 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -1 -2 2 -4 1 4 -4 2 -3 -2 5 0 2 0 0 0 0 0 0 0 1 0 24 0 3 20 0 17 0 0 23 8 0.70 0.99 51 K -2 1 1 0 5 -2 -1 0 -3 -3 -3 4 -1 -5 -4 2 2 -5 -4 -4 0 6 5 6 13 0 3 9 0 1 2 28 1 0 0 13 12 0 0 0 0.50 0.99 52 D -1 -3 -1 5 -5 -1 4 -3 -3 -4 -2 -1 -4 -5 -2 2 -2 -5 -4 -4 3 0 2 32 0 1 35 1 0 0 5 2 0 0 1 15 1 0 0 0 0.82 0.99 53 E -2 -3 1 4 -4 -1 4 0 -3 -5 -5 -1 -4 -5 -3 3 -1 -5 -4 -4 0 0 7 22 0 0 33 7 0 0 1 3 0 0 0 21 3 0 0 0 0.73 0.96 54 A 2 -3 1 -1 -3 0 2 2 -3 -2 -3 -1 -3 -4 1 0 2 -4 -4 0 21 0 6 3 0 3 12 13 0 2 1 3 0 0 7 5 16 0 0 6 0.29 0.93 55 T -1 -3 2 -1 -4 1 4 0 -3 -4 -4 -1 -3 -5 2 2 0 -5 -4 0 3 0 12 3 0 5 26 7 0 0 0 2 0 0 9 17 6 0 0 9 0.43 0.97 56 V 1 -2 -3 -1 -3 -3 -3 -4 -4 2 -2 -2 0 -3 -3 1 1 -4 -3 5 13 3 0 3 0 0 0 1 0 9 1 2 2 0 0 12 11 0 0 42 0.52 0.95 57 R -1 4 0 -3 -4 -1 -2 -2 -3 -4 -2 5 -3 -4 -1 0 -2 -5 -4 -1 5 27 4 0 0 1 0 2 0 0 3 40 0 0 3 5 2 0 0 5 0.72 0.97 58 M 1 -2 2 -1 -1 1 2 -3 -3 0 0 -1 -2 -4 0 1 3 -4 -3 -3 13 1 9 1 1 7 14 1 0 5 8 2 1 0 4 13 18 0 0 1 0.28 0.93 59 A 5 -1 0 -3 -3 0 -3 -2 -3 -1 0 0 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -2 59 4 5 0 0 4 0 1 0 3 9 6 0 0 2 4 3 0 0 2 0.63 0.94 60 V 3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -3 -4 0 -1 -3 -2 -3 -3 0 0 -4 -3 5 31 0 0 1 0 0 1 1 0 2 3 1 0 0 0 7 5 0 0 47 0.70 0.91 61 Q 0 -3 -2 -3 2 2 1 -3 2 -2 3 -1 -1 2 -3 -2 -2 -3 1 0 7 1 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