Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 L -4 -5 -6 -6 -4 -4 -5 -6 -5 0 5 -5 7 4 -6 -5 -4 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 51 0 28 18 0 0 0 0 0 0 1.25 1.15 2 K -3 1 0 -2 -6 -1 1 -3 -2 -6 -5 7 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -4 -5 1 5 3 1 0 0 6 1 1 0 0 82 0 0 0 0 0 0 0 0 1.52 1.23 3 H -2 -1 5 2 -5 1 2 -3 -1 -5 -4 2 -3 -3 -1 1 0 -6 -4 -5 3 1 26 12 0 6 12 1 1 0 2 14 0 1 3 12 5 0 0 0 0.56 1.26 4 S -1 1 2 -1 -2 -1 -2 -3 -1 -4 -5 5 -4 -5 -4 2 1 -6 -3 -5 4 7 11 3 1 1 1 1 1 0 0 42 0 0 0 19 9 0 1 0 0.75 1.27 5 I -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 5 4 -5 -1 3 -6 -5 -4 -4 0 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 34 46 0 0 12 0 0 0 0 2 6 1.08 1.27 6 S 0 -3 -1 -1 0 1 4 -3 -3 -3 -5 -1 -3 -5 -1 4 0 -5 -2 -4 5 0 2 1 2 6 33 1 0 2 0 3 1 0 3 37 4 0 1 0 0.75 1.31 7 D -4 -4 -1 7 -3 0 3 -4 0 -6 -6 -2 -5 -3 -4 -2 -4 -6 -3 -5 1 0 2 66 1 3 21 0 2 0 0 2 0 2 0 1 0 0 1 0 1.49 1.29 8 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 0 -1 -2 -4 1 2 -3 -4 -4 -1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 1 4 2 0 3 5 1 0 0 0 81 0 2.07 1.29 9 T -2 -4 -2 -2 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -3 -3 -3 -5 -4 1 7 -5 -4 -3 1 0 1 2 0 0 0 0 0 0 1 1 0 0 0 9 84 0 0 0 1.59 1.34 10 E -3 1 -3 -1 -6 0 7 -4 -3 -6 -6 0 -5 -6 -2 -3 -3 -5 -1 -4 1 7 0 0 0 2 81 1 0 0 0 3 0 0 2 0 1 0 2 1 1.56 1.35 11 A 4 -2 0 1 -4 1 1 -2 0 -5 -3 -1 -1 -4 -2 2 0 -6 -3 -2 31 2 5 7 0 7 10 2 2 0 3 3 1 0 1 18 5 0 0 2 0.41 1.39 12 E -3 -3 -3 1 -6 1 7 -5 -3 -6 -5 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -5 -5 -5 1 0 0 4 0 4 87 0 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 1.77 1.35 13 F -3 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -3 0 -6 0 9 -6 -5 -5 -2 1 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0 2 86 0 0 0 0 2 0 2.10 1.35 14 L -4 -1 -4 -6 -4 -2 -4 -6 -5 4 4 -3 1 -1 -6 -4 -1 -5 -2 1 0 4 1 0 0 2 1 0 0 25 46 2 3 2 0 1 3 0 1 9 0.81 1.44 15 Q 2 1 0 2 -5 1 4 -3 -1 -3 -3 -1 -2 -5 -4 1 -2 -6 -3 -2 17 6 5 10 0 6 31 1 1 1 2 3 1 0 0 12 1 0 1 3 0.52 1.44 16 L -5 -5 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -5 1 4 -6 0 7 -6 -5 -4 -3 0 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 42 0 1 45 0 0 0 0 2 2 1.38 1.44 17 V -2 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 4 4 -5 3 -3 -6 -5 -4 -5 -4 5 3 0 0 0 0 0 0 0 0 18 38 0 6 0 0 0 0 0 0 35 1.09 1.48 18 T -3 3 3 0 -6 3 2 0 0 -4 -5 3 -4 -6 -4 0 0 -6 -5 -3 1 14 12 4 0 13 14 6 2 1 1 17 0 0 0 6 7 0 0 2 0.51 1.48 19 T -1 2 0 1 -6 -1 4 -1 -3 -3 -4 3 -1 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -2 5 12 4 7 0 2 32 6 0 1 1 21 1 0 0 3 2 0 0 3 0.63 1.48 20 I -4 -6 -6 -6 -4 -6 -6 -7 -6 6 2 -6 1 4 -6 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 53 21 0 2 18 0 2 0 0 0 4 1.28 1.54 21 C -3 1 -3 -4 5 -4 -2 -5 -2 1 -1 -3 2 6 -5 -2 -2 4 2 0 2 7 1 1 13 0 3 0 1 7 5 1 4 31 0 3 2 5 7 5 0.74 1.48 22 N 1 0 4 2 -5 -1 3 -2 -1 -3 -3 2 -4 -5 -3 0 -1 -5 -2 -2 12 4 21 9 0 2 18 2 1 2 2 11 0 0 1 6 4 0 2 2 0.45 1.50 23 A 3 -3 2 0 0 -2 1 1 -2 -1 -4 -3 -4 -2 1 0 -2 -6 -5 2 29 1 9 5 2 2 11 8 1 3 0 1 0 2 7 5 2 0 0 13 0.37 1.51 24 D -2 0 4 5 -5 -1 2 -2 0 -4 -5 0 -1 -5 -1 -1 1 -6 -3 -3 2 4 18 28 0 2 13 2 2 1 0 5 2 0 3 4 10 0 1 2 0.62 1.49 25 T -2 -2 1 0 1 -2 1 -1 -1 -2 -1 1 -2 1 -1 1 1 -4 3 -1 3 2 8 4 3 1 9 6 2 2 6 8 1 7 3 11 10 0 12 4 0.18 1.45 26 S 2 -2 0 1 -5 0 2 3 -4 -3 -4 1 -2 -5 1 1 0 -5 -3 -4 16 1 3 7 0 3 16 20 0 1 1 7 1 0 8 9 5 0 1 0 0.39 1.49 27 S -2 -4 0 0 -4 -3 -1 -3 -4 -2 1 -2 -3 0 -1 3 5 -5 -1 -3 3 0 4 4 0 0 3 1 0 2 15 3 0 5 3 23 33 0 2 0 0.56 1.48 28 E -3 -1 -1 4 -6 0 6 -3 1 -6 -6 -1 -5 -6 -2 -2 -2 -6 -5 -6 1 2 1 26 0 2 55 2 3 0 0 2 0 0 1 2 2 0 0 0 1.26 1.52 29 E 0 0 0 3 -6 1 3 -3 -4 -3 -4 3 -2 -5 -4 -1 -1 -6 -1 -2 9 4 3 19 0 6 22 1 0 1 1 19 1 0 0 4 3 0 3 2 0.53 1.54 30 E -2 -2 -3 0 -6 -1 5 -4 3 -3 -3 -1 -2 0 -5 -2 -2 0 5 -2 2 2 0 5 0 1 43 1 7 1 2 2 1 3 0 2 1 1 22 2 0.88 1.46 31 L -1 0 -2 1 -5 2 -2 -4 5 2 2 -4 2 -3 -5 -2 -2 2 -1 0 5 6 1 7 0 9 2 1 16 10 23 0 5 1 0 2 1 2 1 8 0.43 1.47 32 V -2 -2 1 6 -5 -3 -1 -2 0 1 -3 -4 -4 -5 -5 1 -1 -6 -3 -1 4 3 6 50 0 0 3 3 2 10 2 0 0 0 0 9 3 0 1 5 0.88 1.48 33 K 0 1 1 1 -5 1 2 -2 -4 -1 -1 2 -1 -5 -1 1 -1 -6 -2 -1 7 7 7 9 0 5 15 3 0 3 6 15 1 0 3 11 2 0 1 5 0.24 1.48 34 L 1 -2 -1 -6 -4 -3 -5 -4 -2 0 5 -5 1 -2 -5 -3 -4 5 -2 -1 13 2 4 0 0 1 0 1 1 3 58 0 3 1 0 2 0 8 1 2 0.88 1.48 35 V -1 -5 -5 -5 -4 -1 0 -6 -5 3 3 -4 1 0 -5 -2 -1 -5 -4 4 4 0 0 0 0 3 8 0 0 14 32 0 3 3 0 3 3 0 0 26 0.60 1.28 36 T 0 -1 0 4 -5 1 2 -2 1 -2 0 -1 1 -1 -4 -1 -1 -5 1 -2 9 4 3 25 0 5 15 3 3 2 9 4 3 3 0 3 3 0 4 3 0.33 1.37 37 H -2 2 2 -1 -5 0 1 -5 7 -1 -2 -1 0 0 -5 -1 -2 2 0 -1 3 12 11 2 0 4 9 0 28 3 3 3 2 3 0 3 2 3 3 4 0.62 1.37 38 F -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -4 2 2 -5 -2 7 -5 -4 -4 4 -1 1 1 0 0 0 0 0 0 0 0 10 15 0 0 53 0 0 0 6 0 12 1.26 1.28 39 E -1 -1 1 2 1 -1 4 -4 -3 1 -3 0 0 -4 -4 -1 0 -5 -4 1 5 3 6 12 3 2 30 1 0 9 2 5 2 0 0 4 7 0 0 9 0.41 1.33 40 E 0 2 0 0 1 1 2 -2 1 -1 -2 1 1 -4 -4 0 1 -5 -4 -1 9 11 4 4 3 5 13 4 3 4 4 10 3 0 0 8 8 0 0 4 0.19 1.34 41 M 1 -3 2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 1 0 1 3 -2 -3 1 1 -3 3 1 10 0 9 0 0 0 1 1 0 10 10 10 9 0 0 10 10 0 9 10 0.26 1.01 42 T 1 -4 -3 -4 3 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 -2 -3 -4 2 3 -5 -4 3 9 0 0 0 8 0 0 0 0 12 10 0 0 0 0 18 20 0 0 22 0.50 0.89 43 E 0 -3 -3 -1 -5 2 6 2 -2 -5 -3 -2 -4 -5 1 -1 -3 -5 -5 -5 6 0 0 2 0 7 55 16 1 0 3 0 0 0 7 5 0 0 0 0 0.92 1.12 44 H -4 -3 -1 -2 2 -2 -1 -5 10 -6 -5 -3 -4 -4 -4 -3 -2 -5 1 -5 0 0 2 2 4 0 2 0 83 0 0 0 0 0 1 0 3 0 3 0 2.22 1.12 45 P -1 -5 -4 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -5 -3 -5 -6 8 -3 -3 -6 -5 -5 3 0 0 0 0 0 3 3 0 0 0 0 0 0 91 0 0 0 0 0 2.55 1.12 46 S 2 1 1 4 -5 -1 2 0 -2 -3 -3 0 -4 -5 -4 1 -2 -6 -5 -4 19 7 6 22 0 2 16 6 0 1 3 6 0 0 0 9 1 0 0 0 0.45 1.12 47 G -1 -1 -3 -4 -2 -1 -3 6 -4 -3 -5 0 -2 -5 -3 -2 -4 -5 -5 0 3 3 0 0 1 4 1 71 0 1 0 6 1 0 1 1 0 0 0 8 1.23 1.12 48 S 1 -2 1 -3 -4 -3 -3 0 -2 -4 -4 -3 -1 -4 -2 5 2 2 -2 -4 8 2 7 0 0 0 0 5 1 0 1 0 2 0 1 54 15 3 1 0 0.79 1.12 49 A -3 -4 1 7 -6 -3 -1 0 -4 -6 -6 -3 -1 -6 -4 -1 -2 -7 -6 -5 2 0 5 78 0 0 1 8 0 0 0 0 2 0 0 2 2 0 0 0 1.62 1.20 50 L -4 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 1 6 -5 -1 -1 -2 -5 -4 0 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 80 0 0 1 2 0 0 1 0 11 1.26 1.20 51 I -4 -5 -5 -5 -4 -5 -5 -6 -5 7 2 -5 -1 0 -5 -5 -3 -5 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 18 0 0 4 0 0 0 0 0 2 1.44 1.23 52 Y -3 -5 -5 -6 2 -5 -5 -6 -2 -1 -3 -5 -3 7 -6 -4 -1 -1 7 -2 2 0 0 0 4 0 0 0 0 4 0 0 0 43 0 0 3 0 43 2 1.64 1.28 53 Y -4 0 -2 -4 -5 -2 -4 -6 4 -4 -4 -2 -4 1 -6 -4 -4 5 9 -4 0 5 2 1 0 1 0 0 9 0 0 2 0 2 0 0 0 8 69 0 1.84 1.28 54 P -1 -4 -2 -4 -5 -4 -4 -4 -2 -5 -5 -3 -5 -5 8 -2 0 -5 0 -4 5 0 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 79 2 5 0 4 0 2.11 1.24 55 K -1 0 1 1 -5 0 5 -2 -3 -2 -4 0 -2 -5 2 -1 -1 -5 -4 -3 4 5 6 6 0 3 43 2 0 2 2 6 1 0 11 4 3 0 0 1 0.65 1.23 56 E 0 -3 2 4 -5 -1 2 -1 0 -3 -5 0 -2 -5 3 1 -1 -6 -3 -3 7 0 10 22 0 2 15 3 2 1 0 6 1 0 13 11 3 0 1 2 0.49 1.27 57 G -2 -4 0 4 -5 -1 0 4 -2 -5 -5 1 -5 -2 1 -1 -3 -5 -5 -3 1 0 3 27 0 2 6 36 1 0 0 8 0 2 7 3 1 0 0 2 0.75 1.23 58 D 2 2 1 0 -1 1 2 -1 -1 0 -4 0 0 -2 -1 1 -1 -1 -2 -2 15 11 7 6 1 5 14 5 1 5 1 5 2 2 3 9 3 1 1 3 0.18 1.46 59 D -1 -1 -1 5 -6 0 5 -2 -4 -2 -4 0 -5 -6 -2 0 -2 -6 -1 -5 6 2 2 31 0 2 35 2 0 3 1 5 0 0 1 6 2 0 2 0 0.82 1.48 60 D -2 -1 3 5 3 -1 -2 2 0 -3 -2 -2 -4 -5 -5 0 -2 -6 -1 -2 3 4 13 29 7 3 1 16 2 2 5 1 0 0 0 7 2 0 2 4 0.52 1.46 61 S -1 -3 -1 -1 3 -3 1 -2 -4 -4 -3 -1 0 -5 -4 5 4 -5 -4 -4 2 0 2 3 5 0 8 2 0 0 2 3 3 0 0 42 27 0 0 0 0.81 1.42 62 P 1 -2 -2 -2 -5 -4 -4 -5 -1 0 -3 -4 -5 -6 7 0 -1 -6 -5 -2 12 2 2 2 0 0 0 0 1 5 2 0 0 0 64 5 3 0 0 2 1.58 1.48 63 S -2 -1 -2 1 -6 1 6 0 -1 -5 -4 0 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -3 -2 3 2 1 5 0 5 61 7 1 0 1 6 0 0 0 3 2 0 1 3 1.03 1.48 64 G 1 -1 1 -1 -5 1 1 4 3 -6 -6 0 -5 -6 -5 2 -2 -6 -5 -5 10 3 7 3 0 7 8 36 6 0 0 5 0 0 0 13 1 0 0 0 0.67 1.48 65 I -2 -5 -2 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 -1 -5 1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 4 2 0 3 0 0 0 0 0 0 56 2 0 3 0 0 0 0 0 0 34 1.31 1.31 66 V -1 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 3 2 -5 2 -1 -5 -4 2 -5 -4 5 4 0 0 0 0 0 0 0 0 12 21 0 5 2 0 0 12 0 0 44 0.87 1.31 67 N 0 2 1 1 -5 2 3 -3 0 -5 -4 4 -2 -2 -4 -1 -1 -5 0 -5 7 12 7 7 0 8 18 1 2 0 1 23 1 2 0 3 4 0 3 0 0.51 1.31 68 T -2 1 -4 -3 -5 -1 4 -5 1 4 -3 0 -3 -2 -4 -2 2 -5 0 1 2 8 0 0 0 1 26 0 4 24 1 7 0 1 0 1 12 0 4 7 0.51 1.31 69 V -2 -3 -5 -5 -4 -5 -5 -5 -5 5 0 -5 -2 -2 -5 -3 -3 -5 -4 5 3 2 0 0 0 0 0 0 0 37 5 0 0 1 0 2 0 0 0 49 1.14 1.25 70 K -2 1 -2 -3 -5 0 -1 -4 -3 -3 -1 7 -1 -3 -2 -2 -3 -5 -4 -2 1 5 1 0 0 2 3 0 0 2 6 71 1 1 2 1 0 0 0 3 1.16 1.27 71 Q 2 1 -2 0 -5 2 5 -2 -3 -4 -3 2 -4 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -2 15 7 1 4 0 9 35 2 0 1 3 11 0 0 2 3 4 0 0 2 0.55 1.27 72 W -5 -5 -6 -6 -5 -4 -5 -2 -4 -5 -4 -5 -4 0 -6 -5 -5 12 3 -5 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 2 0 0 0 85 7 0 3.41 1.21 73 R -4 8 -3 -4 1 -2 -1 -5 3 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -2 -4 -5 0 -5 0 80 0 0 3 0 3 0 8 0 0 0 0 0 0 1 0 0 4 0 1.64 1.18 74 A 5 1 -3 -3 -4 0 -1 -3 1 -2 -2 2 -2 -3 -4 0 -1 -5 -1 -2 51 7 1 1 0 3 4 0 4 2 4 11 1 1 0 5 3 0 2 3 0.59 1.20 75 A 3 0 -1 0 -4 0 2 -3 -3 -3 -2 3 -4 -5 -4 3 -1 -5 -4 -3 27 4 3 6 0 4 11 0 0 1 3 17 0 0 0 21 2 0 0 1 0.47 1.20 76 N -4 -2 6 -2 -5 5 0 -4 2 -5 -5 1 -4 -6 -4 -1 -2 -6 -4 -4 0 0 50 0 0 30 4 0 4 0 0 9 0 0 0 2 1 0 0 1 1.25 1.18 77 G -2 -3 0 -1 -5 -4 -3 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -4 0 -1 -6 0 1 3 3 0 0 1 87 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 1.76 1.18 78 K -4 1 -4 -4 -5 -1 -1 -4 -1 -2 4 5 0 -2 -4 -2 -3 -5 -4 -3 0 7 0 0 0 1 3 1 2 1 38 42 2 1 0 1 0 0 0 0 0.81 1.18 79 S 1 -4 -3 -3 -5 -2 -2 -3 -1 -3 -5 -3 -5 -6 7 1 -1 -6 -5 -3 10 0 1 1 0 1 2 1 1 1 0 0 0 0 66 13 3 0 0 1 1.64 1.18 80 G 0 -5 -3 -1 3 -4 -4 6 -5 -4 0 -4 -4 -5 -5 -2 -4 -5 -5 -1 8 0 0 3 7 0 0 64 0 0 12 0 0 0 0 2 0 0 0 4 1.11 1.08 81 F -5 -5 -6 -6 -5 -6 -6 -6 -4 -2 -1 -6 -2 9 -6 -5 -5 -1 1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 96 0 0 0 0 0 0 2.24 1.08 82 K -2 2 -2 -3 -6 0 -1 -4 -3 -5 -5 7 -4 -6 -3 -2 -3 -5 -4 -5 1 9 0 0 0 2 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 0 0 0 0 1.59 1.03 83 Q -3 0 3 -1 -5 3 5 -3 2 -5 -5 3 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -3 -4 0 4 18 0 0 14 40 0 4 0 0 20 0 0 0 0 0 0 0 0 0.81 0.65 K Lambda Standard Ungapped 0.1267 0.3092 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1952 0.3178 PSI Gapped 0.0598 0.2670