Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -4 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -6 -5 -1 2 -4 10 -3 -5 -4 -3 -4 -4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 12 0 78 0 0 0 0 0 0 9 2.01 1.33 2 K -4 0 -1 -1 -6 4 3 -5 -2 -5 -5 6 -4 -6 -4 -3 -3 -6 -5 -5 0 3 2 2 0 19 20 0 0 0 1 53 0 0 0 0 0 0 0 0 1.23 1.42 3 V -3 -6 -6 -6 0 -5 -6 -6 -6 3 2 -5 -1 -4 -6 -5 -3 -6 -4 6 1 0 0 0 2 0 0 0 0 12 14 0 1 0 0 0 0 0 0 70 1.39 1.49 4 I -4 -5 -6 -6 -3 -4 -5 -7 -4 7 1 -5 -1 -2 -4 -5 -3 -6 -3 2 0 0 0 0 0 1 0 0 0 76 8 1 0 1 1 0 1 0 1 10 1.56 1.53 5 F -5 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 2 2 -6 -6 -4 -4 -2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 82 0 4 9 0 0 0 0 1 2 1.50 1.53 6 L -4 -2 0 -4 -2 -2 -4 -6 -4 1 4 2 0 -3 -5 -3 3 -5 -4 -1 0 2 4 0 1 1 0 0 0 8 42 13 2 0 0 1 22 0 0 2 0.69 1.57 7 K -1 -1 -2 1 -4 5 4 -4 -1 -5 -5 3 -3 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -4 5 2 1 6 0 26 30 1 1 1 0 20 0 0 0 3 3 0 0 1 0.86 1.55 8 D -3 0 1 6 -4 -2 0 -4 -2 -5 -6 1 -5 -1 -1 0 -1 -6 -2 -5 2 5 7 52 0 1 4 1 1 0 0 10 0 3 3 6 4 0 1 0 0.99 1.53 9 V -3 -5 -4 -4 -1 -5 -5 -5 -4 4 -1 -5 -1 0 -5 -3 -2 -5 -2 6 0 0 1 1 1 0 1 1 0 18 4 0 1 3 0 1 2 0 1 64 1.20 1.52 10 K 0 1 -1 1 -6 0 3 -3 -2 -4 -4 4 -4 -4 2 -1 -2 -6 -4 -3 8 5 2 6 0 3 21 2 1 1 2 30 0 1 10 5 2 0 0 1 0.58 1.52 11 G -2 -1 4 -1 -5 -2 -1 5 1 -5 -5 3 -5 -4 -4 0 -2 -6 -4 -5 2 3 20 3 0 1 3 37 3 0 1 19 0 1 1 5 2 0 1 0 0.79 1.49 12 M -4 -3 -3 -5 -4 0 -4 -6 -3 1 5 0 0 -2 -5 -4 -2 -2 0 2 1 1 2 0 0 4 0 0 1 5 56 8 1 1 0 1 2 0 3 13 0.78 1.48 13 G -2 -3 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 0 -6 -6 2 1 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2.11 1.46 14 K -2 0 2 -2 -5 0 0 -1 1 -2 -3 5 -2 -1 -3 -1 -1 -5 -1 -1 3 4 9 2 0 4 5 4 4 3 1 41 1 3 1 5 3 0 2 5 0.54 1.48 15 K 1 3 -3 -3 -3 1 0 -4 -2 -1 -1 5 0 -4 -2 -2 -2 -1 -5 -2 13 16 0 1 0 7 6 0 1 3 7 33 3 1 1 2 1 1 0 3 0.55 1.53 16 G -3 -4 0 0 -3 -4 -4 7 -3 -6 -5 -4 -4 -1 -5 -3 -4 2 -2 -6 1 0 5 5 1 0 1 77 1 0 1 1 0 4 0 1 0 3 1 0 1.55 1.49 17 E -3 -4 -1 6 -6 2 5 -4 -2 -5 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -1 -6 -5 -4 2 0 2 46 0 7 33 1 1 1 0 1 0 0 0 2 4 0 0 1 1.26 1.49 18 I -3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -6 -4 5 2 -2 0 -3 -5 -4 0 -2 -3 5 1 1 0 1 0 1 2 0 0 29 15 2 2 0 0 1 5 1 1 37 0.85 1.49 19 K -2 -3 -5 -6 -1 -3 -5 -6 -3 2 -1 2 -1 -3 -5 -4 -2 -2 -3 6 2 1 0 0 1 1 0 0 1 12 2 15 1 1 0 0 2 1 1 61 1.06 1.49 20 N -2 -1 3 2 -5 0 4 -4 -1 -4 -4 1 -3 -2 -3 2 1 -6 -3 -4 2 2 12 11 0 4 27 0 1 1 1 9 1 2 1 16 9 0 1 1 0.54 1.49 21 V -1 -6 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 1 -1 -5 -1 -2 -5 -4 -2 -6 -4 7 4 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 1 1 0 0 2 0 0 85 1.58 1.49 22 A 1 3 0 -1 -5 -1 -2 -3 -2 -5 -5 5 -4 -6 1 3 -1 -6 -5 -4 13 12 3 3 0 1 1 1 1 0 1 36 0 0 6 20 2 0 0 1 0.71 1.49 23 D 0 2 0 4 -6 -1 0 -2 -2 -4 -5 1 -3 -6 4 0 -2 -6 -3 -4 9 11 4 25 0 2 5 3 1 1 1 9 1 0 21 6 1 0 1 1 0.62 1.49 24 G -2 -2 -1 -3 -5 -3 -3 7 -5 -5 -5 -2 -5 -3 -5 0 -2 -5 -4 -6 2 3 2 1 0 1 1 75 0 1 1 2 0 2 0 7 2 0 1 0 1.44 1.49 25 Y -5 -2 -5 -6 -5 -3 -4 -6 1 -1 -1 -5 -2 4 -6 -5 -3 1 8 -1 0 2 0 0 0 1 1 0 2 3 5 0 1 14 0 0 2 1 63 4 1.66 1.49 26 A 5 -5 -4 -4 -2 -4 -4 3 -3 -3 -3 -4 1 1 -4 -2 -3 -1 -2 -2 58 0 0 1 1 0 0 24 1 1 2 0 3 5 0 1 1 1 2 2 0.99 1.49 27 N -3 7 0 -4 -6 0 -2 -5 1 -4 -3 0 -3 -2 -5 -2 -3 -5 0 -4 1 71 5 0 0 3 1 0 3 1 2 4 1 2 0 2 1 0 3 1 1.43 1.44 28 N -4 -3 8 -1 -5 -2 -2 -3 0 -4 -4 -2 -5 -4 -5 -2 -1 -6 -2 -5 0 0 85 1 0 1 1 0 2 1 1 1 0 1 0 1 3 0 2 0 1.90 1.46 29 F -3 -1 -2 -2 -2 0 -2 -6 1 -3 -3 0 -2 6 -6 -3 -4 -1 6 -3 1 3 2 2 1 4 3 0 3 1 1 6 1 39 0 2 1 0 29 1 1.13 1.48 30 L -4 -5 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 0 6 -6 0 -1 -6 -5 -4 1 -4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 91 0 1 2 0 0 0 2 0 1 1.59 1.44 31 F -3 -4 -6 -5 -3 -4 -3 -5 -2 5 4 -4 0 4 -6 -5 -3 -4 1 0 2 1 0 0 0 0 1 0 1 35 33 1 1 15 0 0 0 0 4 5 0.90 1.44 32 K -1 -1 -3 -4 -5 -3 -4 -4 -3 -4 -2 1 -1 -4 8 -2 -3 -6 -5 -3 5 3 1 0 0 1 0 1 0 1 4 11 2 1 68 1 1 0 0 2 1.71 1.44 33 Q -2 3 2 -3 -2 4 -1 -3 -2 -5 -4 4 -1 -2 -1 0 -1 -5 -2 -4 2 14 10 1 1 23 2 1 1 0 2 25 1 2 3 6 4 0 1 1 0.64 1.46 34 G -2 0 2 -3 -6 -1 -3 6 -1 -5 -4 3 -3 -6 -5 -2 -4 -6 -5 -6 1 5 9 1 0 3 1 53 1 0 1 21 1 0 0 1 0 0 0 0 1.08 1.45 35 L -3 -1 -4 -3 -3 -1 -4 -6 -3 0 4 4 2 1 -5 -4 -3 -2 0 -2 2 2 0 1 0 3 0 0 1 5 42 27 5 5 0 0 1 1 3 1 0.70 1.49 36 A 7 -4 -4 -5 -1 -4 -4 1 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -5 -2 89 0 0 0 1 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 1.55 1.43 37 I -1 -2 -4 -4 -2 0 -1 -6 -3 2 1 1 1 -2 -5 -3 -1 -5 -3 5 4 2 0 1 1 4 5 0 0 12 10 9 3 1 0 1 4 0 1 42 0.59 1.43 38 E -1 1 -4 -3 -4 -1 2 -5 0 0 1 -2 0 0 3 -3 -3 -2 5 0 4 7 0 1 0 2 17 0 2 6 12 2 3 3 14 1 1 0 22 6 0.49 1.46 39 A 6 -4 -3 -4 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -1 -2 -3 3 0 -1 74 0 1 1 1 0 0 1 0 1 2 1 0 1 3 1 1 4 3 4 1.11 1.48 40 T -3 -4 3 -1 -4 -3 -3 -2 -2 -2 -4 -3 -4 -5 -4 3 6 -6 -5 -3 0 0 12 3 0 0 0 2 1 2 1 0 0 0 0 19 60 0 0 0 1.17 1.48 41 P 1 0 0 1 -5 -1 1 -3 0 -5 -4 3 -4 -6 5 0 -2 1 -5 -4 12 4 3 7 0 3 10 1 2 0 1 16 0 0 30 6 2 2 0 1 0.66 1.49 42 A 1 -2 -1 0 -4 1 3 3 -1 -5 -5 2 -4 -1 -3 1 -1 -4 -4 -4 14 2 2 4 0 6 22 19 1 0 1 10 0 2 1 10 2 0 0 1 0.44 1.51 43 N 1 -2 7 -1 -5 -2 -2 -2 -2 -2 -4 -1 -3 -3 -5 0 0 -6 -2 -2 14 2 53 3 0 1 2 2 1 2 2 2 0 1 0 6 5 0 2 3 0.96 1.51 44 L -2 0 -4 -5 -3 -1 -1 -5 -3 4 3 2 3 -3 -5 -4 -3 -5 -4 1 3 6 0 0 0 2 4 0 0 22 30 12 8 1 0 1 1 0 0 8 0.57 1.51 45 K 2 1 2 -1 -5 0 1 -3 0 -4 -4 5 -3 -6 -4 0 -3 -6 -2 -4 15 6 11 3 0 3 9 1 2 1 1 39 0 0 0 6 1 0 1 1 0.69 1.52 46 A 0 0 -1 0 -4 4 2 -4 1 0 0 2 1 -2 -5 -2 -1 -3 -1 0 7 4 3 6 0 16 14 1 4 6 9 11 4 1 0 2 4 0 2 6 0.28 1.53 47 L -2 -3 -5 -6 -4 -4 -5 -6 -2 2 4 -5 1 5 -6 -5 -4 0 3 1 4 2 0 0 0 1 0 0 1 11 35 0 2 23 0 0 0 1 8 9 0.82 1.53 48 E 0 0 0 1 -4 1 5 -3 -2 -5 -5 3 -4 -5 -4 -2 -3 -6 -4 -4 6 5 4 7 0 6 45 2 0 0 1 20 0 0 0 1 1 0 0 1 0.88 1.51 49 A 2 -1 0 -1 -5 2 3 0 2 -3 0 1 -1 -4 -4 0 -1 -6 -3 -2 18 2 5 3 0 10 18 7 5 1 9 8 2 0 0 5 3 0 1 3 0.28 1.49 50 Q -3 3 -2 -2 -6 5 3 -5 0 1 -2 3 2 -4 -4 -3 -3 -6 -4 -3 1 18 1 2 0 24 16 0 2 8 3 15 5 0 1 0 1 0 0 2 0.66 1.48 51 K -3 5 -1 -3 -6 3 -1 -5 -3 -3 -5 6 -2 -6 -4 -2 -3 -6 -5 -5 1 30 2 1 0 15 2 0 0 2 0 44 1 0 0 1 0 0 0 0 1.17 1.43 52 Q -4 4 -3 -3 -6 3 4 -5 1 -6 -5 5 -4 -6 -4 -3 -4 -6 -4 -5 0 21 0 0 0 12 27 0 3 0 0 37 0 0 0 0 0 0 0 0 1.13 1.30 K Lambda Standard Ungapped 0.1338 0.3155 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2118 0.3172 PSI Gapped 0.0648 0.2670