Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 V -2 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -5 4 3 -4 2 -2 -4 -4 -2 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 33 0 5 0 0 0 0 0 0 33 0.76 0.54 2 R -3 7 -2 -2 -5 -1 -2 -4 2 -5 -4 2 -3 -5 -4 -2 -1 -5 -3 -4 0 82 0 2 0 0 0 0 6 0 0 6 0 0 0 0 4 0 0 0 1.43 0.73 3 T -3 1 -2 -2 -5 6 2 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -1 -1 -2 -4 -4 -4 0 3 0 0 0 53 12 0 0 0 0 25 0 0 2 3 2 0 0 0 1.07 0.80 4 C -2 -5 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.77 0.81 5 L 0 -2 -4 -5 -4 -3 -4 -5 -4 1 3 -3 6 -3 4 -2 -2 -4 -3 -1 7 2 0 0 0 0 0 0 0 8 30 1 26 0 22 2 1 0 0 1 0.76 0.83 6 P 2 2 -3 -3 -4 -2 -2 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 6 2 -1 -5 -4 -3 16 11 0 0 0 1 1 0 0 0 1 1 0 0 48 18 2 0 0 1 1.13 0.83 7 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.89 0.83 8 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -5 -5 -4 0 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 96 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0 0 0 1.86 0.83 9 P -2 -3 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -2 -4 -2 -3 -4 -5 8 0 -1 -5 -2 -4 2 1 0 0 0 0 0 0 1 0 5 0 0 0 81 6 3 0 2 0 2.00 0.83 10 G 0 1 1 0 1 0 1 5 -3 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 -4 7 9 8 6 4 3 11 45 0 0 0 0 0 0 0 5 2 0 0 0 0.68 0.83 11 G -2 -1 4 3 -4 -2 -1 5 0 -4 -3 -2 -4 -5 -4 1 -3 -5 -4 -3 0 2 20 15 0 1 2 40 3 0 3 1 0 0 0 8 0 0 0 2 0.72 0.81 12 K -2 4 0 -3 -4 2 0 -2 -2 -2 -1 3 -2 -1 -3 1 0 -4 -3 -2 1 28 3 0 0 11 4 2 0 1 5 20 1 4 0 10 5 0 0 3 0.47 0.81 13 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.97 0.83 14 R -3 5 -1 -3 -5 4 -2 -4 4 -1 -3 -1 -3 -4 -4 -2 -2 -4 0 0 0 43 3 0 0 26 0 0 10 3 1 0 0 0 0 1 2 0 3 9 0.87 0.86 15 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.92 0.86 16 F -2 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 0 0 -5 1 7 -5 -4 -3 -2 3 3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 4 57 0 0 0 0 7 24 1.18 0.86 17 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 6 -4 -5 -2 -3 1 -5 -4 1 -3 -5 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 79 0 0 4 0 4 0 0 13 0 0 0 0 1.41 0.86 18 P 0 -4 -4 -3 -4 -3 -1 -4 -4 -4 -5 -1 -4 -2 8 0 -2 -5 -4 -2 7 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 4 0 2 72 8 1 0 0 2 1.73 0.86 19 S -2 1 5 1 -4 -2 -1 2 0 -5 -5 -1 -4 -5 -4 3 0 -5 -2 -4 0 9 28 6 0 1 2 17 2 0 0 1 0 0 0 28 3 0 2 0 0.65 0.86 20 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 7 1 -4 1 -2 -5 -4 1 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 7 0 2 0 0 0 9 0 0 9 1.18 0.86 21 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.92 0.86 22 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -3 -5 -5 -3 -3 -4 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.92 0.86 23 G 0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 5 -1 -2 -4 -3 -4 -4 -4 1 1 -4 -4 -2 6 4 0 2 0 2 1 54 2 3 1 0 0 0 0 10 11 0 0 3 0.77 0.84 24 D -1 -2 -2 3 -5 -1 4 0 -3 -4 -2 0 -4 -4 4 -1 -1 -5 -1 -4 5 1 1 14 0 1 29 8 0 0 4 5 0 0 22 4 2 0 2 1 0.59 0.85 25 E 0 -1 0 3 -5 1 4 1 1 -4 -2 -2 -3 -5 -3 0 -1 -5 -4 -4 6 3 4 14 0 5 36 12 4 0 5 0 0 0 0 8 2 0 0 0 0.52 0.85 26 L -2 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 -4 2 4 -4 3 3 -4 -1 -3 -3 1 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 14 43 0 9 15 0 7 0 0 4 2 0.63 0.82 27 G -2 -4 -2 -1 2 -4 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 3 5 0 0 89 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.68 0.83 28 C -2 -6 -5 -6 11 -5 -6 -2 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -1 0 0 0 0 93 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 2.63 0.86 29 F -3 -2 -4 -5 -4 -3 -3 -3 1 0 2 -4 0 5 -5 -3 -2 1 5 1 0 2 0 0 0 1 2 3 3 4 20 0 1 29 0 1 3 1 20 11 0.69 0.86 30 V -3 1 0 -5 -4 -4 -4 -5 -4 3 3 -4 4 2 -5 -4 -3 -4 -2 3 0 8 5 0 0 0 0 0 0 18 28 0 11 9 0 0 0 0 0 21 0.61 0.86 31 G -1 -4 1 1 -4 -3 -3 6 -3 -5 -4 -2 -4 -2 -4 0 -3 -4 -2 -5 3 0 8 8 0 0 0 66 0 0 2 2 0 2 0 8 0 0 2 0 1.08 0.86 32 T 0 -1 -1 -1 -3 -3 -1 -1 -4 -3 -1 -3 -3 -4 1 2 5 -5 -4 -3 5 3 2 2 0 0 2 4 0 0 7 0 0 0 7 19 48 0 0 0 0.66 0.86 33 A 2 -1 0 -3 -4 -1 0 -3 -1 -3 -1 -2 0 -4 5 1 0 -5 -4 -1 19 4 4 0 0 3 5 0 2 0 8 1 2 0 33 11 5 0 0 4 0.60 0.86 34 E 0 -2 -2 2 -4 -1 6 -1 0 -4 -1 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -1 0 -2 9 0 0 9 0 0 60 4 3 0 6 0 0 0 0 0 0 1 4 3 0.80 0.83 35 A 3 -1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -4 -1 -1 -3 0 -4 -4 2 5 -5 -4 -1 28 4 0 0 0 0 0 0 0 3 5 0 3 0 0 12 43 0 0 3 0.78 1.19 36 L 3 -1 0 -4 -4 -1 0 -4 -4 -1 4 0 0 -1 -4 -1 -2 -5 -1 -1 25 2 5 0 0 3 6 0 0 2 37 7 2 2 0 4 2 0 2 2 0.43 1.27 37 R -2 5 1 -1 -5 -1 0 -2 3 0 -3 0 0 -5 1 0 -1 -6 -4 -1 3 35 8 3 0 1 7 3 6 6 2 3 3 0 6 6 3 0 0 4 0.50 1.27 38 C -3 -5 -5 -6 11 1 -5 -5 -5 -4 -4 -5 -4 -4 0 -3 -4 -5 1 -4 0 0 0 0 82 7 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 0 0 5 0 2.58 1.27 39 Q 0 3 0 -4 2 3 1 -1 -4 -1 -1 2 3 0 -5 0 -3 -5 -4 -1 8 16 4 0 4 14 8 4 0 4 5 10 8 4 0 7 0 0 0 5 0.32 1.44 40 E 0 0 -3 0 -5 0 5 -1 2 -4 -2 1 1 -5 -4 -1 -1 -5 0 -1 8 5 0 4 0 4 37 4 4 0 4 9 4 0 0 5 4 0 4 4 0.49 1.44 41 E -3 -3 -3 -1 -5 -1 6 0 -3 -5 -1 -2 -4 -5 -4 0 0 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 65 8 0 0 7 0 0 0 0 7 6 0 0 0 1.00 1.15 42 N -1 -1 6 1 2 1 -1 -2 -3 -3 -5 0 -4 -5 -4 2 -1 -6 -5 -3 4 3 38 8 4 7 3 2 0 2 0 5 0 0 0 14 2 0 0 2 0.62 1.22 43 Y -3 -1 -4 0 -1 -1 0 -5 0 -3 2 -4 0 2 -2 -3 -1 -2 6 0 1 3 0 5 1 2 7 0 2 0 20 0 2 7 2 2 4 0 30 7 0.53 1.26 44 L -3 -4 -4 -1 -4 -2 -4 -3 1 1 3 -1 3 0 -5 1 -3 1 2 1 0 0 0 4 0 2 0 2 4 8 33 5 7 4 0 14 0 2 8 8 0.41 1.27 45 P 0 -2 -3 -1 -4 -3 -3 -2 1 -4 -1 -3 0 -3 6 1 1 -5 -4 -4 8 2 0 4 0 0 0 2 4 0 5 0 3 1 46 13 10 0 0 0 1.01 1.27 46 S -1 0 -3 -3 -4 -3 0 -2 -4 -1 -3 -2 -3 -2 -4 5 4 -5 -4 1 2 4 0 0 0 0 5 3 0 3 2 2 0 1 0 43 26 0 0 9 0.71 1.31 47 P 1 -4 -4 -4 -4 -3 -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 -1 -3 -5 -5 -2 11 0 0 0 0 0 3 0 0 0 5 0 0 0 71 4 0 0 0 3 1.76 1.17 48 C 0 -5 -4 -5 11 -4 -5 -1 -5 -3 -3 -4 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 6 0 0 0 82 0 0 6 0 0 1 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.42 1.06 49 Q -1 1 -1 -1 -5 5 4 -4 0 0 -3 -1 -2 -5 0 0 -3 -5 -4 -1 4 6 2 2 0 27 31 0 2 6 2 1 1 0 5 6 0 0 0 3 0.63 1.13 50 S 2 -4 -1 -4 -3 -3 -3 -3 -4 0 1 -3 -1 -4 2 3 2 -5 -4 2 18 0 3 0 0 0 0 0 0 6 13 0 1 0 11 21 10 0 0 14 0.40 1.13 51 G -1 -1 2 -2 2 -2 -1 5 -3 -1 -4 0 -3 -2 0 0 -1 -4 -4 -1 4 3 9 2 5 1 5 40 0 3 1 5 0 2 4 7 3 0 0 4 0.49 1.05 52 Q -1 1 -3 -3 -4 0 -3 5 0 -4 -4 -2 -4 -2 -2 -1 -3 0 2 -3 5 8 1 1 0 5 1 54 2 1 1 1 0 1 2 3 1 1 9 2 0.84 1.05 53 K 0 2 0 -3 -4 0 1 -3 -3 -2 -2 4 1 -4 2 -1 -1 -4 -3 -2 9 13 4 1 0 4 7 1 0 3 4 28 5 1 12 3 3 0 0 3 0.42 1.03 54 P 0 0 -3 -3 -3 -3 -3 -3 0 -2 -2 -1 2 -4 6 1 0 2 -3 -2 9 5 1 1 0 1 1 1 2 3 5 2 5 1 43 12 5 3 0 2 0.84 1.03 55 C -3 -5 -4 1 11 -4 -4 -4 -5 -3 -2 -5 -4 -4 -5 -3 -3 -4 -4 -3 0 0 0 10 83 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.52 1.13 56 G -2 0 0 -3 -4 0 -3 6 -4 -5 -5 0 -4 -5 -4 0 -2 -5 -5 -5 1 6 4 0 0 5 0 69 0 0 1 6 0 0 0 5 2 0 0 0 1.22 1.13 57 S 0 -2 3 0 -4 -1 -1 -2 -1 0 -2 -2 -3 -3 -4 3 2 -4 2 -1 6 2 14 6 0 2 2 2 2 7 3 2 0 0 0 27 13 0 8 4 0.36 1.13 58 G -1 -2 -1 4 -4 -1 1 4 2 -3 -4 -1 0 -4 -3 -1 1 -1 -4 -4 4 2 2 21 0 3 11 29 4 1 1 3 2 0 1 4 9 1 0 1 0.51 1.07 59 G 0 -4 -3 -3 -4 -1 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -2 -2 -4 -5 -5 6 0 0 0 0 2 0 85 0 0 1 0 0 0 0 0 2 0 0 0 1.67 1.08 60 R -3 6 1 -3 -4 0 -2 -4 2 0 -3 2 -3 -4 -3 -1 0 -4 0 1 1 42 6 0 0 3 1 1 4 5 1 11 0 0 1 5 6 0 3 10 0.64 1.02 61 C -2 -5 -4 -5 11 -4 -5 -4 -5 -3 -3 -5 -3 -4 -4 -3 -3 1 -4 -3 1 0 0 0 90 0 1 1 0 0 1 0 0 0 0 1 0 2 0 1 2.72 1.02 62 A 5 -3 -3 -4 -3 -3 -3 0 -4 -2 -3 -3 -1 -4 -3 1 -1 -4 -3 3 52 0 0 0 0 0 1 5 0 0 1 0 1 0 0 8 2 0 0 27 0.77 1.02 63 A 6 -3 -3 -4 -3 -3 -3 -2 -4 -2 -2 -3 -3 -1 -3 1 1 -5 -4 -1 69 1 1 0 0 0 0 2 0 2 2 0 0 3 0 10 8 0 0 2 0.94 1.12 64 A 0 -2 2 4 -5 -1 0 -3 -3 -4 -1 -1 -2 -3 4 0 -3 -6 -5 -4 7 2 12 25 0 2 6 0 0 0 9 3 1 1 24 8 0 0 0 1 0.63 1.12 65 G -2 -2 -1 -2 -5 -2 -4 6 -2 -5 -3 -3 -5 -5 -4 -1 1 -5 -5 -5 0 2 2 2 0 1 0 76 1 0 3 1 0 0 0 2 9 0 0 0 1.38 1.11 66 I -1 -5 -5 -6 -3 -5 -5 -6 -5 5 3 -5 1 0 -5 -4 -2 -4 0 4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 36 25 0 2 3 0 0 1 0 4 26 0.87 1.04 67 C -1 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -3 -5 -4 2 -5 -3 -3 -4 -3 -3 3 0 0 0 87 0 0 0 0 0 0 0 0 10 0 0 0 0 0 0 2.61 1.04 68 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -2 -6 -3 2 -5 -3 -3 -4 -3 -3 0 0 0 0 87 0 0 0 0 0 3 0 0 10 0 0 0 0 0 0 2.61 1.04 69 S -1 -3 4 3 -4 -3 -2 -1 -2 -4 -3 -3 -1 -5 0 4 1 -6 -4 -2 5 0 19 16 0 0 1 3 1 0 2 0 2 0 4 36 10 0 0 3 0.62 1.05 70 P 2 -3 0 4 -4 1 0 -2 -1 -5 -5 -3 -4 -5 2 3 0 -5 -3 -4 20 1 3 21 0 7 4 1 1 0 0 0 0 0 10 25 6 0 0 0 0.57 1.05 71 D -2 -3 0 4 -5 1 6 -3 2 -5 -5 -2 -4 -5 -4 -1 -2 -5 -2 -3 2 0 2 23 0 4 52 1 5 0 0 0 0 0 0 4 1 0 1 2 1.00 1.04 72 G 0 -3 0 -2 -4 -1 -2 3 -3 -5 -5 0 -4 -5 -3 5 1 -5 -4 -4 4 0 4 1 0 1 1 25 0 0 0 5 0 0 0 54 6 0 0 0 0.88 1.04 73 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -3 -5 -4 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 98 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.00 1.01 74 H 0 1 -3 -4 -4 -3 -2 -2 4 -2 -3 -1 1 2 -4 2 3 -4 -2 2 8 8 0 0 0 0 1 2 11 0 1 2 3 9 0 15 21 0 0 19 0.41 1.01 75 E 1 -4 -2 -4 -3 -3 -2 -4 -1 2 2 -2 4 -1 -4 0 2 -4 1 2 11 0 1 0 0 0 2 0 1 13 19 2 10 1 0 9 13 0 5 13 0.34 1.01 76 D -3 -3 2 7 -6 0 0 -3 2 -5 -6 -3 -5 -6 -4 -1 -2 -6 -5 -5 2 0 7 75 0 3 3 1 5 0 0 0 0 0 0 2 2 0 0 0 1.48 1.01 77 P 0 -3 -3 -1 -4 1 -1 -3 -1 -4 -3 -1 -4 -5 6 3 0 -5 -4 -4 9 0 0 3 0 5 4 1 2 0 3 2 0 0 43 22 7 0 0 0 0.97 1.01 78 A 1 -1 -1 1 -4 -1 4 -1 -1 -4 -4 -1 -3 -5 -3 3 2 -5 -4 -2 12 3 2 8 0 1 26 3 2 0 0 2 0 0 0 27 11 0 0 2 0.51 0.99 79 C -3 -6 -5 -6 11 -5 -6 -5 -5 -3 -4 -5 -4 -5 -5 -3 -3 -5 -5 -3 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.07 0.99 80 D -3 3 1 5 -5 -1 2 -3 -1 -5 -3 -1 -4 -5 -3 2 -2 -5 -4 -4 0 20 7 40 0 0 13 0 1 0 3 0 0 0 0 17 0 0 0 0 0.78 0.74 81 P -2 -2 -1 3 -4 -1 3 -3 -2 -4 -4 1 -3 -4 5 -1 2 -4 -4 -3 0 0 0 18 0 0 26 0 0 0 0 10 0 0 31 0 15 0 0 0 0.77 0.37 82 F 1 -3 -2 -1 -2 -2 -2 4 -3 -1 2 -2 -1 1 -3 -1 -2 -3 -2 -1 19 0 0 5 0 0 0 41 0 0 29 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0.38 0.20 83 Y -3 -3 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -1 -1 0 -3 0 7 -4 -3 -3 1 4 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 88 0 0 0 0 12 0 0.90 0.10 K Lambda Standard Ungapped 0.1461 0.3236 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1834 0.3181 PSI Gapped 0.0561 0.2670