Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 I -4 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 6 2 -5 0 -3 -6 -5 -3 -5 -4 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 57 20 0 2 0 0 0 0 0 0 21 1.31 1.31 2 R -3 -3 -5 -6 0 -5 -5 -6 -3 3 -2 -1 -2 6 -6 -2 -4 -3 5 2 2 2 0 0 2 0 0 0 0 18 1 4 0 33 0 3 0 0 22 13 1.03 1.43 3 S -1 2 1 2 -5 2 1 -3 2 -2 -4 1 -3 -3 -3 2 2 -6 -3 -4 5 10 6 12 0 11 8 1 4 2 1 9 0 1 1 14 13 0 1 1 0.37 1.46 4 I -4 -5 -4 -4 -2 -3 -6 -6 -1 0 2 -4 1 7 -6 -5 -4 -2 4 0 0 0 1 1 1 1 0 0 1 5 17 1 3 50 0 0 0 0 12 6 1.23 1.46 5 W -5 -5 -5 -6 -3 -3 -3 -6 -1 -2 -2 -5 -3 5 -6 -5 -5 7 8 -3 0 0 0 0 1 1 1 0 0 2 2 0 0 23 0 0 0 12 55 1 1.89 1.48 6 E -2 -2 -2 0 -6 4 6 -4 -3 -3 -2 -1 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -3 -4 2 1 1 4 0 20 59 1 0 2 4 1 1 1 0 2 0 0 1 1 1.18 1.47 7 N -2 -2 3 0 -6 6 4 -3 -2 -6 -5 2 -4 -5 -4 0 -2 -6 -5 -5 3 0 14 4 0 33 24 1 0 0 0 12 0 0 0 6 1 0 0 0 0.93 1.49 8 N -3 -1 7 -2 0 1 2 -3 1 -4 -5 -2 -5 -4 -5 0 -2 -6 -5 -5 1 3 61 0 2 6 14 1 3 1 1 1 0 1 0 5 1 0 0 0 1.29 1.48 9 G -1 -2 1 -2 -2 -1 0 4 -2 0 -2 -1 -2 1 -2 -2 -2 -1 0 0 4 3 6 2 1 2 7 36 1 5 5 3 1 7 2 3 2 1 3 6 0.38 0.90 10 F -4 -5 -3 -6 -4 -4 -5 -3 -1 3 -2 -5 -1 8 -5 -4 -4 1 0 -2 1 0 2 0 0 1 1 2 1 20 1 0 1 64 1 1 0 2 1 1 1.56 1.51 11 G -3 -2 -1 -3 -5 -3 -3 7 -1 -6 -6 -4 -5 -6 0 -1 -4 -5 -6 -6 0 3 3 1 0 1 1 80 2 0 0 0 0 0 5 4 0 0 0 0 1.66 1.50 12 L -1 -2 -3 -5 -5 -1 -3 -5 -3 1 1 -2 4 2 4 1 1 -5 -2 1 4 2 1 0 0 3 1 0 1 8 13 2 11 7 18 9 10 0 1 10 0.43 1.55 13 M -3 -5 -4 -5 -4 -4 -3 -6 -6 4 5 -5 2 -2 -1 -2 -2 -5 -4 0 2 0 1 0 0 1 2 0 0 20 59 0 4 1 3 3 2 0 0 3 0.99 1.57 14 S -1 -3 3 -1 -4 -2 -3 0 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -2 5 3 -6 -3 -4 2 1 11 2 0 1 0 5 0 1 1 2 0 0 1 49 21 0 1 1 0.90 1.58 15 S -2 -5 -2 -4 -3 0 -2 0 -5 -3 -5 -4 -5 -6 7 1 -1 -6 -6 -3 2 0 2 0 0 4 2 8 0 2 1 0 0 0 65 10 3 0 0 2 1.62 1.56 16 K -4 -3 0 -5 -5 -4 -5 -6 1 3 0 0 4 5 -6 -2 -2 -3 5 0 1 1 5 0 0 0 0 0 3 15 7 6 10 24 0 2 2 0 19 6 0.78 1.58 17 T -1 -4 0 -2 -5 0 4 -4 -3 3 0 -3 1 -5 -5 -2 1 -6 -3 1 6 0 4 1 0 5 34 1 0 19 7 0 4 0 0 2 8 0 1 9 0.57 1.59 18 M 2 1 -3 -4 2 -1 -2 -3 -2 2 0 0 4 -1 -4 1 -1 -2 0 0 18 7 1 0 5 3 3 2 1 12 8 6 9 2 0 11 3 0 3 7 0.26 1.51 19 T -3 -3 -1 3 -6 4 6 -3 -2 -3 -4 0 -4 -5 -4 -2 -2 -5 -5 -5 2 0 2 13 0 18 50 1 1 2 2 5 0 0 0 1 2 0 0 0 1.07 1.50 20 D -3 0 1 3 -3 3 2 -2 -2 -1 -4 2 -1 -4 -4 1 1 -5 -1 -3 1 4 6 16 0 11 14 3 1 4 1 14 2 1 0 9 10 0 2 2 0.39 1.49 21 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 4 -5 2 1 -5 -5 -4 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 42 44 0 4 4 0 0 0 0 0 2 1.19 1.49 22 D -1 1 3 1 -4 0 0 0 -1 -2 -1 2 0 -2 -3 1 0 -4 -2 -2 5 7 16 7 0 4 6 7 1 3 7 12 2 1 1 11 6 0 2 3 0.20 1.36 23 Y 1 -2 0 2 -4 2 0 0 2 0 -3 0 2 -1 -3 0 -1 -2 3 -2 12 2 3 14 0 8 6 6 4 5 2 5 6 2 1 6 3 1 12 2 0.23 1.36 24 W -2 -3 -4 -3 -4 -2 -1 -4 -2 -2 -2 -2 0 1 -4 -3 -2 11 2 -3 3 1 1 2 0 1 5 1 1 2 4 2 2 4 1 1 3 56 7 2 1.98 1.31 25 I -2 -3 -4 -4 2 -3 -3 -4 -4 4 3 -3 3 -1 -4 -2 -2 -3 -2 2 3 1 1 1 5 1 2 1 0 24 31 1 6 2 1 2 2 0 1 13 0.61 1.33 26 S -2 -1 1 5 -4 0 3 -2 -2 -2 -3 2 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 4 3 6 36 0 3 17 2 0 3 2 11 0 1 1 3 4 0 1 2 0.65 1.24 27 D -2 -1 0 6 -3 -1 2 -2 -2 -2 -3 0 -1 -3 -2 -1 -1 -3 -3 -2 3 3 4 50 1 3 10 2 1 2 3 4 2 1 2 4 4 0 1 3 0.82 1.13 28 F -1 -2 -2 -1 -2 -2 -1 -1 2 -1 2 -2 1 5 -2 -2 -1 1 2 -1 5 2 2 4 1 2 4 4 5 4 17 3 3 25 2 3 3 2 5 4 0.35 0.91 29 E 0 0 3 0 -1 1 1 -1 1 -1 -1 0 0 -1 -1 0 0 -2 -1 -1 8 4 12 4 1 7 11 5 3 3 6 7 2 3 3 7 6 1 2 4 0.10 0.78 30 K -1 -1 0 0 -2 1 2 0 0 -2 -1 2 -1 0 -1 0 0 -1 1 -2 5 3 5 5 1 6 13 7 2 3 6 14 1 4 3 6 6 1 5 3 0.12 0.77 31 I 0 0 1 1 -1 0 0 -1 0 1 -1 0 0 0 -1 -1 1 2 1 -1 9 5 6 8 1 4 5 5 2 7 6 6 2 4 4 5 8 2 6 5 0.04 0.69 32 G -1 -1 0 0 -1 0 1 2 0 0 -1 -1 -1 1 0 -1 0 -1 1 0 6 3 5 4 1 4 11 13 3 5 8 3 1 5 4 4 6 1 4 7 0.06 0.64 33 A 1 0 0 0 -2 0 -1 -1 1 -1 -1 0 0 -1 -1 2 1 -2 0 -1 13 4 4 4 1 4 4 6 3 4 8 6 2 3 3 15 7 1 3 5 0.07 0.77 34 S 0 0 1 0 -2 2 1 -1 1 0 -1 -1 1 -2 0 1 1 -2 -2 -1 7 4 6 4 1 9 9 4 3 5 7 4 4 2 5 11 9 1 1 4 0.09 0.83 35 Q -1 0 -1 4 -1 2 2 -1 -2 0 -2 0 -2 1 -2 -1 -1 -2 0 -2 4 5 3 25 1 8 11 4 1 5 3 5 1 7 2 5 4 0 3 3 0.30 1.02 36 K -2 2 0 1 -3 0 2 0 3 -2 -1 2 -2 -2 -1 -1 -1 -3 -2 -2 3 10 4 8 1 4 13 9 8 2 8 12 1 2 3 4 4 0 1 3 0.21 1.10 37 E -2 -3 -1 1 -2 2 1 -2 2 0 -1 -2 1 1 -3 -2 1 -2 5 0 3 1 3 7 1 8 11 3 5 4 7 2 3 5 1 3 8 0 18 7 0.27 1.20 38 A 0 -1 -1 0 -3 -1 0 1 -1 -4 -3 -2 -3 -4 4 4 -1 -4 -3 -3 8 3 2 5 0 2 5 12 2 1 2 2 0 1 20 29 2 0 1 2 0.51 1.20 39 E -1 -2 -1 2 -1 -1 4 0 -1 0 -2 -1 -3 -2 3 -1 -1 -4 -2 -1 5 2 3 12 2 3 24 8 1 6 4 3 0 2 13 3 3 0 1 6 0.30 1.25 40 Q 0 -1 -1 3 -5 0 5 -1 0 -4 -3 0 -1 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -3 9 3 2 14 0 3 42 5 2 0 2 4 1 0 2 4 4 0 0 2 0.62 1.23 41 L -2 -2 -3 -5 -4 -4 -4 -5 -5 3 3 0 2 -1 -5 -4 -2 7 -3 1 2 2 2 0 0 0 0 0 0 17 33 6 5 2 0 0 2 17 0 10 0.80 1.26 42 I -1 -5 -5 -5 1 -4 -5 -5 -5 5 0 -4 2 0 -5 -4 -1 -4 -3 5 3 0 0 0 3 0 0 0 0 31 5 0 4 4 0 0 3 0 0 43 0.93 1.21 43 V -2 0 0 -2 0 0 -1 -2 0 3 2 2 0 -2 -4 -2 0 -4 -4 0 2 6 5 2 2 4 4 3 2 19 18 16 2 2 0 2 6 0 0 5 0.25 1.21 44 K 2 -1 -2 0 -1 0 4 -3 1 -2 0 1 0 -1 -4 -2 -2 -4 -1 -2 17 3 2 4 1 2 34 2 4 2 9 7 2 3 0 2 2 0 2 2 0.41 1.21 45 A 6 -4 -4 -4 -3 -4 -4 0 -4 -4 -4 -3 -4 -5 -4 1 -3 -5 -5 0 79 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 6 1.27 1.28 46 I -2 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 3 4 -5 6 1 -6 -4 -3 -4 -3 1 2 0 0 0 2 0 0 0 0 17 44 0 21 6 0 1 1 0 0 6 1.01 1.33 47 E -1 3 1 1 -6 2 2 -2 -1 -5 -5 5 -3 -6 -4 -1 -1 -6 -5 -3 3 14 7 8 0 7 11 2 1 0 0 39 1 0 0 2 3 0 0 1 0.74 1.33 48 I -2 3 -3 -2 -2 -1 4 -5 -4 3 -1 1 -2 -3 -5 -3 -1 -5 -4 -1 2 19 1 2 1 2 30 0 0 21 5 8 1 1 0 1 3 0 0 4 0.60 1.33 49 A 6 -4 -4 -4 2 -4 -4 -1 -4 -4 -4 -3 0 -5 -4 1 1 -5 -5 -3 72 0 0 0 4 0 0 4 0 0 0 0 3 0 0 9 9 0 0 0 1.17 1.33 50 I 1 -4 -5 -3 0 -4 -4 -3 -3 2 2 -3 -1 -1 -5 -2 -2 -5 -2 5 10 1 0 2 2 0 1 2 1 11 16 2 1 3 0 2 2 0 1 43 0.64 1.32 51 D -1 -1 -1 3 -5 0 3 -2 -1 -2 1 2 1 0 -4 0 -2 -5 -2 -2 4 2 3 16 0 4 20 3 1 2 12 12 3 4 0 8 2 0 1 2 0.30 1.32 52 A 1 2 5 -3 -5 2 0 -2 1 -4 -4 1 0 -3 -4 1 -2 -5 1 -4 13 10 31 0 0 8 5 2 3 1 1 9 2 1 0 8 2 0 4 1 0.56 1.32 53 N -2 -2 6 0 -5 1 -2 4 -1 -6 -6 -1 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -5 3 1 46 4 0 7 1 31 1 0 0 2 0 0 0 3 0 0 0 0 1.15 1.31 54 A 2 -1 1 -4 0 -1 -2 -1 -4 -1 -4 5 -3 -5 -4 -2 -2 -6 -4 2 15 2 6 0 2 2 1 4 0 3 0 45 0 0 0 2 2 0 0 17 0.69 1.31 55 R -3 6 -1 -4 -3 -2 -3 -3 1 -2 -1 2 -2 -1 2 -2 -1 -5 -1 -2 1 47 2 0 1 1 0 2 3 2 8 10 1 3 9 2 4 0 3 2 0.77 1.33 56 N -3 1 6 -2 -3 -1 -2 -2 1 -5 -5 1 -2 -1 -4 2 2 -5 -2 -4 1 9 35 0 1 2 2 2 4 0 0 9 1 2 0 16 14 0 1 1 0.70 1.31 57 Y -5 -5 -6 -7 -5 -5 -6 -6 -4 0 2 -5 3 5 -4 -5 -5 9 4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 18 0 7 22 1 0 0 33 12 2 1.57 1.35 58 N 1 4 4 -2 -5 -1 -3 1 -1 -5 -5 3 -4 -4 -2 1 -2 -6 -5 -4 10 21 18 2 0 2 0 10 1 0 0 21 0 1 2 10 1 0 0 1 0.61 1.30 59 Y -4 -4 -5 -6 -5 -4 -5 -6 -1 -4 -3 -5 -4 1 -6 -4 -2 2 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 2 0 0 3 2 92 0 2.43 1.30 60 I 1 -5 -5 -6 0 -5 -5 -5 -6 5 0 -5 1 -2 -5 -3 0 -5 -4 5 12 0 0 0 2 0 0 0 0 33 7 0 2 1 0 1 4 0 0 37 0.89 1.26 61 N -2 1 3 3 -3 2 3 -2 -1 -5 -4 2 -4 -5 -4 -1 -1 -1 -2 -3 3 8 14 14 0 10 22 2 1 0 1 14 0 0 0 3 2 1 1 2 0.55 1.26 62 A 2 3 -2 -4 -4 -2 -3 4 -2 -5 -5 1 -4 -3 -4 2 1 -5 -5 -4 19 17 1 0 0 1 0 30 1 0 0 9 0 1 0 13 8 0 0 0 0.64 1.26 63 I -4 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 0 -4 0 -3 -5 -5 -2 -5 -4 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 83 3 1 1 0 0 0 1 0 0 11 1.62 1.26 64 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -5 0 6 -5 2 -2 -4 -5 -2 -4 -4 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 2 91 0 3 0 1 0 2 0 0 0 1.48 1.25 65 K -3 4 1 -2 -5 0 1 -5 -1 -2 -2 5 -1 -1 -4 -1 -2 -5 0 -2 1 22 6 1 0 3 9 0 1 2 4 33 2 3 0 4 2 0 4 3 0.60 1.25 66 D -2 2 5 3 -5 0 2 -2 -2 -5 -6 0 -5 -6 -4 1 -1 -6 -5 -4 3 13 34 15 0 3 11 2 0 0 0 3 0 0 0 11 4 0 0 0 0.77 1.25 67 W -5 -4 -5 -7 -3 -3 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 13 0 -5 0 1 1 0 1 1 0 0 0 0 1 0 0 1 2 0 0 93 0 0 3.75 1.23 68 E 0 1 0 -2 -1 3 3 -4 3 -1 -3 2 -2 -2 -4 -1 -2 -5 0 -1 6 8 4 1 1 13 20 1 8 5 2 15 0 1 0 4 2 0 4 5 0.37 1.25 69 Q 0 2 4 1 -5 2 1 -2 -1 -4 -4 3 -2 -5 -4 0 -1 -6 -4 -3 7 12 19 6 0 8 9 2 1 1 1 22 1 0 0 7 3 0 0 2 0.52 1.26 70 R -1 0 3 1 -5 2 2 -3 0 -5 -3 5 -3 -4 -4 -1 -3 -6 -4 -4 5 4 16 6 0 10 12 1 2 0 2 36 0 1 0 4 1 0 0 1 0.70 1.27 71 G -3 0 4 -2 -5 -1 -3 6 -2 -6 -6 1 -5 -6 -5 -1 -3 -6 -5 -6 0 4 19 1 0 3 0 59 1 0 0 11 0 0 0 2 0 0 0 0 1.19 1.25 72 F -4 -2 -4 -5 -2 -5 -5 -3 -5 5 3 -3 -2 2 -4 -5 -3 -4 2 3 0 2 1 1 1 0 0 2 0 33 23 1 0 7 1 0 1 0 7 21 0.75 1.23 73 K -3 2 -1 -1 -4 1 -1 -4 -2 -3 0 6 -2 -1 -4 -2 2 -5 -3 -3 0 11 2 3 0 6 3 0 1 1 8 47 1 3 0 1 13 0 0 1 0.73 1.23 74 S -2 -4 1 -3 -3 -3 -3 -4 -4 -4 -4 -3 -3 -5 -4 2 7 -5 -4 -3 0 0 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 16 78 0 0 0 1.46 1.18 K Lambda Standard Ungapped 0.1324 0.3173 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1749 0.3183 PSI Gapped 0.0535 0.2670