Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 N -2 -1 7 1 -3 0 -1 -1 0 -4 -4 -1 -3 -4 -3 0 -1 -4 -3 -4 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.16 2 S 1 -1 0 -1 -1 -1 -1 0 -1 -3 -3 -1 -2 -3 -1 5 1 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0.69 0.18 3 V 2 -3 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -3 1 -1 -2 0 -2 -2 0 0 -3 -2 4 31 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 5 0 0 58 0.36 0.18 4 S 1 -2 0 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -1 5 2 -4 -3 -2 7 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 79 13 0 0 0 0.68 0.28 5 V -1 -3 -4 -4 -2 -3 -3 -4 -4 2 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0.81 0.29 6 D -2 -2 1 6 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 1 -3 -4 -1 1 -1 -5 -4 -4 0 0 3 65 0 0 3 0 0 0 0 9 0 0 2 15 2 0 0 0 0.85 0.31 7 L -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -5 -4 1 5 -3 1 0 -4 -3 -2 -3 -2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 94 0 0 0 0 0 0 0 0 6 0.83 0.31 8 P -2 -3 -3 -3 -4 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -2 -2 4 7 -1 -2 -2 -1 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 70 3 0 0 0 0 1.54 0.31 9 G -1 -3 3 -1 -3 -2 -2 5 -2 -5 -5 -2 -3 -4 -3 0 -2 -4 -4 -4 0 0 24 0 0 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 7 0 0 0 0 1.01 0.31 10 S -1 -2 0 2 -4 0 4 4 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -4 0 0 4 8 0 0 50 35 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 0.71 0.31 11 M -2 -2 2 -3 -2 -1 -1 -3 -2 1 1 -2 7 -1 -3 -1 1 -2 0 0 0 0 12 0 0 0 3 0 0 4 1 0 66 0 0 2 8 0 3 0 0.62 0.32 12 K -2 1 0 -1 -4 1 2 -3 -2 -3 -3 5 -2 -4 -2 -1 1 -4 -3 -3 0 0 3 0 0 1 13 0 0 0 0 73 0 0 0 0 10 0 0 0 0.74 0.32 13 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 4 0 -3 0 -2 -3 -3 -1 -4 -2 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 26 0 0 0 0 0 0 0 0 0 74 0.77 0.32 14 L -3 -2 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -3 0 4 -3 1 4 0 -3 -2 -2 0 -1 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 67 0 0 27 4 0 0 0 0 0 0.69 0.32 15 V -1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 3 0 -3 0 0 -3 -3 -1 -4 -2 5 1 0 0 0 0 0 0 0 0 11 2 0 0 3 0 0 0 0 0 84 0.74 0.32 16 S 0 -2 0 -1 1 -1 -1 -1 -2 -3 -3 -1 -2 -3 -2 6 1 -4 -3 -3 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0.86 0.32 17 K -2 1 -1 -2 -4 0 0 -2 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 -1 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 1.03 0.32 18 S -2 -1 -1 1 -4 1 6 -2 -1 -4 -4 0 -3 -4 -2 0 -2 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 0 95 1 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.11 0.32 19 S -2 1 -1 -2 -4 1 0 -2 -2 -4 -3 6 -2 -4 -2 0 -1 -4 -3 -3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 93 0 0 0 4 2 0 0 0 0.93 0.32 20 N -2 -2 5 6 -4 -1 0 -2 -1 -4 -5 -1 -4 -4 -3 0 -1 -5 -4 -4 0 0 43 55 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 1.05 0.33 21 A -1 1 0 -2 -4 0 0 -2 -2 -3 -3 6 -2 -4 -2 1 0 -4 -3 -3 3 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 80 0 0 0 9 5 0 0 0 0.77 0.33 22 D 0 -2 0 5 -2 -1 1 -1 -1 -2 -3 -1 -2 -3 -1 1 -1 -3 -2 -2 11 1 1 57 0 1 3 2 1 1 2 1 1 1 1 10 1 0 1 3 0.59 0.25 23 G -1 -2 -1 0 -2 -2 -2 6 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -3 2 1 1 5 0 1 2 73 1 1 2 1 1 1 1 3 1 0 1 2 0.85 0.25 24 K -1 1 -1 -1 -3 0 0 -2 -1 -2 -2 6 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -2 -2 2 1 1 1 0 1 2 2 1 1 2 77 1 1 1 2 1 0 1 2 0.65 0.25 25 Y -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 -2 1 -2 -1 -2 -1 2 -2 -2 -2 1 7 -2 2 1 1 1 0 1 2 2 1 1 2 1 1 1 1 2 1 0 76 2 0.98 0.25 26 D -1 -1 0 4 -2 0 2 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -1 3 0 -3 -2 -1 2 1 1 28 0 1 18 2 1 1 2 1 1 1 1 31 2 0 1 4 0.40 0.25 27 L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 5 -2 1 0 -2 -2 -1 -2 -1 0 2 1 1 1 0 1 2 2 1 1 77 1 1 1 1 2 1 0 1 2 0.53 0.25 28 I -1 3 -1 -1 -2 0 0 -2 -1 2 0 0 5 -1 -2 -1 -1 -2 -2 0 2 26 1 2 0 1 8 2 1 17 2 5 24 1 1 2 1 0 1 2 0.27 0.25 29 A 5 -2 -2 -2 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -2 -1 -1 -2 0 1 0 -2 -2 -1 70 1 1 1 0 1 2 2 1 1 2 1 1 1 3 5 4 0 1 2 0.48 0.25 30 T -1 -1 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 0 -1 -1 1 -2 -1 0 5 -2 -2 0 2 3 1 1 0 1 1 2 1 7 2 1 4 1 1 3 62 0 1 5 0.46 0.25 31 V -1 -2 -2 -3 -1 -2 -2 -3 -3 2 0 -2 0 -1 -2 -2 -1 -2 -2 5 2 1 1 1 0 1 1 2 1 8 2 1 1 1 1 2 1 0 1 72 0.49 0.25 32 D -2 -2 1 6 -3 -1 1 0 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -1 -3 -3 -3 2 1 4 67 0 1 6 5 1 1 2 1 1 1 1 2 1 0 1 1 0.79 0.24 33 A 0 1 1 -1 -2 2 0 -2 -1 -2 -2 4 -1 -2 -1 0 2 -2 -2 -2 5 3 8 1 0 8 1 2 1 1 4 45 1 1 1 2 14 0 1 1 0.35 0.24 34 L -1 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 2 3 -2 1 1 -2 -2 -1 -2 -1 3 2 1 1 1 0 1 1 2 1 6 45 1 1 4 1 2 1 0 1 27 0.34 0.24 35 E -1 -1 -1 1 -3 1 5 -1 -1 -3 -2 0 -2 -3 -1 -1 -1 -2 -2 -2 2 1 1 3 0 1 75 3 1 1 2 1 1 1 1 2 1 0 1 2 0.71 0.22 36 L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -2 1 5 -2 1 0 -2 -2 -1 -2 -1 0 2 1 1 1 0 1 1 2 1 1 78 1 1 1 1 2 1 0 1 2 0.51 0.22 37 S -1 1 -1 -1 -3 0 0 -2 -1 -2 -2 5 -2 -3 -1 0 -1 -2 -2 -2 2 1 1 1 0 1 1 2 1 3 2 74 1 1 1 4 1 0 1 2 0.57 0.22 38 G 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 6 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -3 2 1 1 1 0 1 1 79 0 1 2 1 1 1 1 2 1 0 1 1 0.95 0.22 39 T 0 -2 -1 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -1 -1 0 -1 0 5 -2 -1 1 3 1 1 1 0 1 1 2 0 1 5 1 1 4 1 2 60 0 1 12 0.41 0.22 40 S 1 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 0 0 5 0 -2 -1 -2 8 1 1 1 0 1 1 2 0 1 2 1 1 5 2 68 1 0 1 1 0.46 0.22 41 D -2 -2 0 6 -3 -1 1 -2 -1 -3 -3 -1 -3 -3 -1 -1 -1 -3 -3 -3 2 1 1 74 0 1 7 2 0 1 2 1 0 1 1 2 1 0 1 1 0.87 0.22 42 K -1 1 -1 -1 -3 0 0 -2 -1 -2 -2 5 -2 -3 -1 -1 0 -3 -2 -2 2 1 1 1 0 1 1 2 0 1 2 78 0 1 1 2 3 0 1 1 0.62 0.22 43 N -1 -1 6 2 -2 -1 -1 -1 0 -3 -3 -1 -2 -3 -2 1 0 -3 -2 -2 2 1 61 10 0 1 1 2 0 1 2 1 0 1 1 11 1 0 1 1 0.64 0.22 44 N -2 -1 6 2 -2 -1 -1 -1 0 -3 -3 -1 -2 -3 -2 0 1 -3 -2 -2 2 1 61 12 0 1 1 2 0 1 2 1 0 1 1 2 9 0 1 1 0.64 0.22 45 G 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 6 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -2 -3 -3 2 1 1 1 0 1 1 82 0 1 2 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1.00 0.22 46 S 1 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -1 -2 -2 -1 5 1 -3 -2 -2 7 1 1 1 0 1 1 1 0 1 2 1 0 1 1 78 1 0 1 1 0.58 0.24 47 G 0 -2 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 1 1 1 1 0 1 1 85 0 1 1 1 0 1 1 1 1 0 1 1 1.08 0.25 48 V -1 -1 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 1 0 2 0 -2 -2 0 3 -3 -2 3 1 1 2 1 0 1 1 1 0 5 6 17 2 1 1 3 26 0 1 31 0.23 0.25 49 L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 -3 1 5 -3 1 0 -3 -3 -2 -2 -2 0 1 1 1 1 0 1 1 1 0 5 83 1 0 1 1 1 1 0 0 1 0.58 0.22 50 E -1 0 -1 1 -3 1 5 -2 -1 -3 -3 2 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -3 1 1 1 1 0 1 72 1 0 1 1 16 0 1 1 1 1 0 0 1 0.73 0.22 51 G 0 -3 -1 -2 -3 -2 -2 6 -2 -4 -4 -2 -3 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -3 5 1 0 1 0 0 1 87 0 1 1 1 0 0 1 1 1 0 0 1 1.13 0.24 52 V 0 -2 -2 -2 -2 -1 2 -3 -2 0 0 -2 -1 -2 -2 1 2 -3 -2 3 3 0 0 0 0 0 20 1 0 0 7 0 0 0 0 11 13 0 0 42 0.26 0.25 53 K -1 2 -1 -1 -3 1 0 -2 -1 -3 -3 6 -2 -3 -1 -1 -1 -3 -2 -3 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 94 0 0 0 0 0 0 0 0 0.78 0.21 54 A 3 -2 -1 2 -2 -1 -1 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 1 2 2 -4 -3 -1 48 0 0 14 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 16 17 0 0 0 0.42 0.24 55 D 0 -2 1 7 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 -1 -4 -4 -2 -1 -2 -5 -4 -3 9 0 0 91 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.10 0.20 56 A 0 1 1 -1 -4 3 0 -2 -1 -3 -3 5 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -2 -3 5 0 6 0 0 14 0 0 0 0 0 75 0 0 0 0 0 0 0 0 0.65 0.20 57 S 0 -1 0 -1 -1 -1 -1 -1 -2 -2 -3 -1 -2 -3 -1 4 3 -3 -2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 72 28 0 0 0 0.61 0.19 58 K -1 2 -1 -1 -4 3 0 -2 -1 -3 -3 6 -2 -4 -2 -1 -1 -4 -2 -3 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 0 0 0 0.76 0.19 59 V 1 -3 -3 -3 -1 -2 -3 -3 -3 1 0 -2 3 -2 -3 -1 1 -3 -2 4 19 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 7 0 0 61 0.39 0.19 60 K 1 0 -1 -2 -2 0 0 -2 -2 -2 -2 4 -2 -3 -2 0 3 -3 -2 -2 15 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 36 0 0 0 0.45 0.19 61 L -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -3 2 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