Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 M -3 -4 -5 -6 -4 -3 -5 -5 -4 0 0 -4 10 -2 -5 -4 -3 -4 -4 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 93 0 0 0 0 0 0 0 2.22 1.14 2 K -3 1 1 -1 -6 3 4 -4 -2 -2 -5 4 -3 -6 0 -3 -1 -6 -5 -3 1 5 8 2 0 12 28 0 0 3 0 29 0 0 5 0 4 0 0 2 0.71 1.20 3 V -3 -5 -4 -4 -4 -5 -3 -6 -6 7 0 -5 -1 -3 -5 -5 -2 -5 -1 4 1 0 1 1 0 0 2 0 0 63 3 0 1 0 0 0 1 0 2 26 1.27 1.22 4 T -2 -3 -1 -3 -3 -2 -1 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -2 -3 1 7 -4 -3 -2 1 1 2 1 0 1 4 1 0 2 2 2 0 2 1 10 69 0 0 2 1.10 1.11 5 D -1 -2 1 6 -5 -2 3 -2 -2 -5 -4 0 -4 -2 -4 0 -2 -5 -4 -2 4 1 6 40 0 1 21 3 1 0 1 6 0 3 0 8 1 0 0 4 0.78 1.25 6 V -2 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -6 -5 3 0 -1 0 -3 -2 -4 0 -5 -4 6 2 0 1 0 0 0 0 0 0 16 6 5 2 0 2 0 5 0 0 60 1.02 1.28 7 R -3 6 0 -3 -5 1 -1 -4 -1 -3 -5 4 -4 -5 -4 -1 1 -5 -2 -3 1 46 3 1 0 4 3 0 1 2 0 22 0 0 0 5 8 0 1 2 0.95 1.28 8 L -2 -5 -4 -6 -4 -5 -5 -6 -5 6 1 -3 1 1 -5 -4 -2 -5 -3 4 2 0 1 0 0 0 0 0 0 41 10 2 3 5 0 0 2 0 0 33 0.99 1.28 9 R -3 5 1 -3 -5 0 -2 -2 1 -2 -4 2 -3 0 -3 -1 2 -4 3 -2 1 35 6 1 0 3 1 3 3 2 0 10 0 4 1 3 12 0 12 3 0.61 1.32 10 K -2 2 -2 -4 -4 -1 -2 -4 -1 -2 -1 5 -2 -4 4 1 -2 -6 -5 -3 2 10 1 0 0 1 2 0 2 2 8 34 1 0 24 10 1 0 0 1 0.74 1.31 11 I -2 -3 -3 -5 -3 -3 -3 -6 -2 4 1 -3 2 2 -1 -3 0 -4 1 4 2 1 1 0 0 1 2 0 1 27 9 1 5 7 3 1 5 0 6 28 0.59 1.27 12 Q 0 0 3 1 -5 1 4 -4 1 -4 -3 2 -1 0 -2 -1 -1 -5 1 -4 6 5 12 8 0 6 24 1 3 1 2 12 1 4 1 4 4 0 5 1 0.37 1.23 13 T -1 0 1 1 -3 -2 1 0 -1 -3 -4 1 -3 -4 5 1 1 -6 -4 -3 4 4 7 8 0 1 10 8 1 1 2 8 1 0 26 9 8 0 0 1 0.48 1.20 14 D -1 -2 2 3 -5 2 4 1 -1 -4 -5 0 -2 -5 -2 0 0 -6 -4 -4 3 1 11 15 0 8 29 11 1 1 0 4 1 0 2 7 5 0 0 1 0.54 1.20 15 G -2 -2 3 1 -5 -3 -1 6 -4 -6 -6 -1 -5 -5 0 0 -2 -5 -4 -5 1 2 14 8 0 0 4 55 0 0 0 3 0 0 4 7 1 0 1 0 0.97 1.13 16 R -3 4 2 -1 -2 0 -2 0 -1 -5 -5 4 -4 -6 -1 0 0 -6 -4 -4 1 24 12 2 1 3 1 8 1 0 0 32 0 0 3 7 5 0 0 1 0.68 1.16 17 M -4 -3 -5 -6 0 -4 -5 -6 -5 3 4 -5 5 0 -5 -4 0 -4 -3 2 0 1 0 0 2 0 0 0 0 14 46 0 16 3 0 0 6 0 0 12 0.89 1.15 18 K -3 4 -3 -4 -1 -1 -2 -5 -4 0 1 5 -1 -4 -4 -3 -3 -5 -4 1 1 20 0 0 1 1 2 0 0 5 14 43 1 0 0 0 0 0 0 13 0.77 1.16 19 A 5 -4 -4 -4 -1 -4 -4 5 -4 -5 -3 -4 -4 -5 -4 -1 -3 -5 -5 -4 58 0 0 0 1 0 0 38 0 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.21 1.17 20 L -3 -4 -3 -2 -4 -2 -3 -6 -4 4 0 -3 0 5 -5 -3 -1 -1 4 2 1 1 1 2 0 2 2 0 0 22 9 1 2 28 0 1 3 1 12 13 0.70 1.17 21 V 5 -4 -4 -5 1 -4 -4 -1 -5 -2 -2 -4 -3 0 -4 -1 -2 -5 -2 3 60 0 0 0 3 0 0 4 0 1 3 0 0 4 0 1 1 0 1 23 0.88 1.17 22 S -1 0 1 2 -4 -2 -1 -3 -2 -4 -3 -1 -4 -5 -4 5 3 -6 -4 -4 3 4 5 10 0 1 3 1 1 1 3 2 0 0 0 47 20 0 0 0 0.73 1.20 23 I -1 -5 -6 -6 0 -5 -5 -6 -5 5 1 -5 1 0 -5 -4 -3 -5 -2 5 5 0 0 0 2 0 0 0 0 32 10 0 2 4 0 0 0 0 1 44 1.00 1.19 24 T -2 0 2 -3 0 -2 0 -4 -4 -1 -2 1 -3 -2 -4 -1 5 -5 -1 2 1 5 10 0 2 1 6 0 0 4 3 11 0 2 0 2 38 0 2 14 0.52 1.16 25 L -3 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -6 -5 4 3 -5 0 5 -5 -4 -1 -3 -1 2 1 0 0 0 0 0 0 0 0 24 28 0 2 28 0 0 4 0 1 10 0.89 1.17 26 D -2 -4 2 6 -1 -1 1 2 -3 -5 -4 -2 -5 -5 -4 -2 -3 -6 -3 -5 2 0 10 54 2 2 9 15 0 0 2 1 0 0 0 2 0 0 1 0 1.07 1.16 27 E -3 -2 4 5 -6 -2 1 4 0 -6 -6 -2 -5 -6 -4 -2 -3 -6 -3 -4 1 1 19 33 0 1 9 29 2 0 0 2 0 0 0 2 0 0 1 1 0.95 1.19 28 A 0 -2 -2 0 5 0 2 -1 -2 0 0 -1 1 -1 -4 2 -2 -5 -3 1 7 1 1 5 15 4 16 4 1 4 7 3 4 3 0 14 1 0 1 11 0.31 1.17 29 F -4 -5 -5 -5 -1 -5 -5 -3 -4 1 2 -5 2 7 -1 -4 -4 -2 1 1 0 0 0 0 2 0 0 3 0 7 19 0 6 48 4 0 0 0 2 9 0.98 1.09 30 V 2 -2 -3 -5 -1 -2 -1 -3 -4 0 0 1 2 1 -4 -3 0 3 0 4 18 1 1 0 1 1 3 1 0 3 8 10 4 5 0 0 7 3 3 29 0.34 1.13 31 I -3 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -5 2 0 -5 -4 -3 -4 0 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 38 14 0 4 3 0 0 0 0 3 36 0.94 1.01 32 H -2 2 2 1 -1 1 -1 1 6 -4 -4 1 -4 -4 -4 0 -1 -5 -1 -1 2 12 11 8 1 5 3 9 21 0 0 9 0 0 0 7 4 0 2 6 0.46 1.00 33 D -2 -3 4 4 -5 0 1 3 -3 -5 -5 -3 -4 -4 -4 1 0 -5 1 -5 2 0 19 24 0 5 7 20 0 0 0 0 0 0 0 11 6 0 6 0 0.64 1.04 34 L -2 -4 -4 -5 1 -4 -4 -5 -4 5 2 -4 1 2 -4 -1 -3 -4 -3 3 3 0 0 0 3 0 0 0 0 34 17 0 3 8 0 6 0 0 0 22 0.68 0.98 35 R 0 4 -1 -3 -5 0 -2 -2 1 -4 -3 5 0 -5 -4 1 -1 -5 -4 -1 6 24 2 0 0 3 0 3 3 0 2 38 2 0 0 9 3 0 0 5 0.67 1.04 36 V -3 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 5 2 -5 -1 -3 -5 -5 -3 -5 -4 5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 39 14 0 0 0 0 0 0 0 0 47 1.25 1.20 37 I -2 -2 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -2 6 0 0 3 0 -5 -4 -2 -5 -1 3 2 3 0 0 1 0 0 0 1 47 7 6 8 3 0 0 1 0 2 18 0.87 1.30 38 E -2 -1 1 3 -6 4 5 -4 0 -6 -6 -1 -3 -6 -3 0 -3 -6 -3 -5 2 2 6 17 0 20 40 1 2 0 0 3 1 0 1 5 0 0 1 0 0.95 1.32 39 G 0 -2 0 -1 1 -2 -4 6 -4 -6 -6 -1 -5 -6 -4 1 0 -5 -5 -4 8 3 4 3 3 1 0 57 0 0 0 4 0 0 0 11 5 0 0 1 0.99 1.31 40 N -1 0 2 2 -5 2 4 -1 0 -6 -5 2 -4 -6 -1 1 -1 -1 -5 -4 4 4 8 12 0 9 24 5 2 0 0 13 0 0 3 10 3 1 0 1 0.48 1.32 41 S -3 -1 5 1 -5 -1 1 -1 1 -5 -5 4 -3 -5 -4 -1 -1 -5 2 -5 2 2 28 8 0 1 7 5 4 0 0 29 1 0 0 3 3 0 7 0 0.73 1.31 42 G -2 1 0 -1 -5 -4 -2 6 -2 -6 -6 0 -5 -6 -5 -2 -4 -5 -5 -6 2 8 4 4 0 0 3 72 1 0 0 5 0 0 0 2 0 0 0 0 1.36 1.28 43 L -3 -3 -4 -4 -2 -4 -4 -5 -5 1 5 -1 5 -1 -2 -4 -1 1 1 0 1 1 1 1 1 0 1 1 0 6 50 4 13 2 2 1 4 2 4 6 0.70 1.29 44 F -4 -2 -5 -6 4 -3 -3 -6 -3 -1 -1 -5 -1 7 -6 -4 -3 3 4 -2 1 2 0 0 9 1 2 0 0 3 4 0 1 56 0 1 2 3 13 1 1.35 1.29 45 V -1 -5 -5 -5 4 -5 -5 -5 -5 4 1 -5 1 -3 -5 -4 -3 -5 -4 5 3 0 0 0 9 0 0 0 0 27 9 0 3 0 0 0 0 0 0 46 1.02 1.18 46 A 4 -2 0 -1 1 1 1 0 0 -4 -3 -3 -3 -2 -4 2 -1 -5 -4 -1 33 2 4 2 3 6 11 8 2 0 2 0 0 2 0 15 3 0 0 5 0.39 1.18 47 M -2 -2 -5 -6 1 -4 -5 -5 -4 -2 1 -4 8 4 -2 -2 -4 2 2 -3 3 2 0 0 3 0 0 0 0 0 12 0 46 20 3 3 0 3 5 0 1.18 1.27 48 P -3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -5 -5 -5 -5 -4 -5 -6 8 -3 -4 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 86 0 0 0 0 0 2.36 1.27 49 S -1 -1 2 1 -4 2 -1 -1 -3 -2 -5 -1 -4 -4 -1 4 -1 -5 -1 -4 2 3 8 6 0 8 3 3 0 2 0 3 0 0 3 38 3 0 2 0 0.35 1.24 50 K -2 3 0 0 -1 2 0 -3 2 -2 -4 3 -1 -2 -4 -2 -1 -4 2 -2 2 16 3 4 1 8 4 1 5 2 0 20 1 1 0 2 3 0 8 3 0.24 1.20 51 R -3 3 -2 -3 -5 1 -2 -4 1 -2 -3 5 -1 -4 0 -1 0 -5 -1 -2 0 14 2 0 0 6 2 0 4 2 2 34 2 0 4 4 6 0 2 2 0.41 1.23 52 T 0 -2 2 2 -4 -3 -2 0 -2 -2 -2 -2 2 -1 -3 0 3 -4 1 -1 7 2 9 10 0 0 2 7 1 2 4 2 5 3 1 7 19 0 6 4 0.14 1.42 53 P 0 0 -1 -2 -5 0 0 1 -2 -3 -4 4 -3 -2 3 0 -2 -5 -1 -3 9 4 3 2 0 5 5 11 1 1 1 22 1 2 13 7 2 0 2 2 0.26 1.47 54 D -3 0 3 5 -5 0 1 -3 -3 -4 -5 1 -5 -4 -4 0 0 -6 -5 -4 1 4 14 34 0 3 10 2 0 1 0 9 0 1 0 5 6 0 0 1 0.62 1.45 55 G -1 -2 -1 0 -5 -4 -2 6 -4 -2 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -2 -5 -5 -3 3 2 2 4 0 0 3 61 0 2 0 5 0 0 1 2 2 0 0 2 0.95 1.43 56 E -3 2 0 1 -5 1 4 2 0 -3 -4 2 -3 -5 -4 -1 -1 -5 -5 -1 1 10 4 6 0 5 30 17 2 2 1 10 1 0 0 3 4 0 0 5 0.50 1.45 57 F -3 -1 -1 -5 -5 -4 -3 -3 1 -2 -2 -4 -3 4 -5 -2 -3 4 8 -4 1 3 3 0 0 0 1 2 2 3 3 0 0 18 0 2 2 5 53 0 1.41 1.44 58 R -2 5 -2 -4 -3 3 -1 -4 2 -2 -4 3 -2 -2 -3 -1 -3 -4 2 -1 3 30 1 0 1 12 4 0 5 2 1 20 1 1 1 5 1 0 7 4 0.65 1.45 59 D -3 -2 3 7 -5 -2 0 -4 -3 -5 -3 -2 -5 -5 -2 -1 -1 -6 -2 -3 2 2 12 60 0 1 5 0 0 0 2 2 0 0 2 3 3 0 2 3 1.20 1.45 60 I -2 -4 -5 -2 -4 -3 -5 -6 -3 6 -1 -5 0 -2 -5 -2 1 2 0 3 2 1 0 3 0 1 0 0 1 53 2 0 2 1 0 3 10 3 3 16 0.96 1.49 61 A 4 -5 -5 -5 5 -4 -5 -3 -5 0 -3 -4 0 2 -5 -2 -2 -4 0 3 41 0 0 0 14 0 0 1 0 5 0 0 3 10 0 1 1 0 3 20 0.85 1.47 62 H -4 0 0 -2 -2 -1 -1 -5 8 -3 -1 -3 -3 4 -5 -4 -4 0 3 -3 0 6 4 2 1 3 4 0 42 1 5 1 0 16 0 0 0 1 10 2 1.15 1.41 63 P -2 -5 -5 -5 -5 -4 -4 -4 -5 1 -5 -4 -4 0 8 -2 -2 -6 -5 -3 4 0 0 0 0 0 0 1 0 10 0 0 0 5 74 2 2 0 0 1 1.98 1.47 64 I -2 -5 -3 -5 -1 -5 -3 -6 -5 6 2 -2 0 -1 -2 -3 1 -5 -3 2 2 0 2 0 1 0 1 0 0 45 16 3 2 2 2 1 9 0 1 12 0.79 1.46 65 N -3 -3 5 2 -2 -3 -1 -3 -1 -4 -5 -2 -4 -5 -2 3 4 -6 -5 -4 1 1 33 9 1 0 3 1 1 1 0 2 0 0 2 19 26 0 0 1 0.87 1.44 66 S 1 3 -1 -2 -5 1 -2 -3 -2 -4 -5 4 -3 -2 3 2 0 -6 -4 -4 10 14 3 1 0 5 1 2 1 1 1 26 1 2 14 14 4 0 0 1 0.55 1.47 67 D 0 -2 -1 3 -6 3 5 -2 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -3 0 -2 -6 -5 -4 7 2 2 16 0 11 45 3 1 0 1 1 1 0 1 6 2 0 0 1 0.85 1.47 68 M 2 -5 -5 -5 1 -3 -4 -4 -5 1 2 -3 3 4 -5 -2 3 -4 -3 0 15 0 0 0 3 1 1 1 0 8 19 1 8 20 0 2 19 0 0 4 0.58 1.50 69 R -3 7 -2 -5 -6 1 -3 -3 -2 -4 -2 2 -4 -5 -5 -2 -2 4 -1 -5 1 65 2 0 0 5 0 1 1 1 3 10 0 0 0 2 2 5 2 0 1.34 1.50 70 Q 0 0 0 2 -6 2 4 0 -1 -5 -4 3 -3 -6 -4 -1 -1 -2 -5 -5 9 5 4 9 0 9 31 6 1 1 2 16 1 0 0 4 4 1 0 0 0.57 1.47 71 E 0 1 -2 -2 -5 3 2 -4 1 -2 -1 3 2 -4 -5 -1 0 -5 2 -3 9 8 1 2 0 13 15 0 4 2 5 19 5 0 0 3 5 0 7 2 0.41 1.47 72 I -4 -6 -6 -7 -4 -5 -6 -7 -6 6 4 -6 2 2 -6 -5 -4 -5 -3 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 39 0 4 8 0 0 0 0 0 9 1.18 1.47 73 Q -2 1 3 0 -6 5 3 -4 -1 -4 -3 0 -4 -3 -4 0 0 -5 -1 -3 2 7 12 4 0 29 22 0 1 1 2 3 0 1 0 6 5 0 2 2 0.68 1.48 74 D 0 1 2 3 -5 2 3 -1 -3 -4 -5 2 -2 -6 -4 1 0 -6 -5 -4 7 8 8 17 0 10 18 4 0 1 0 10 1 0 0 10 5 0 0 1 0.50 1.48 75 A 5 -2 -2 -3 -1 -1 0 -4 -4 0 -2 1 -1 -4 -4 -1 1 -2 -3 1 43 2 2 1 1 3 5 0 0 4 4 8 2 0 0 4 9 1 0 11 0.51 1.46 76 V -1 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -3 -6 6 0 -5 -2 -3 -6 -5 -3 -6 -4 6 4 0 0 0 0 0 0 2 0 41 4 0 0 0 0 0 1 0 0 49 1.30 1.46 77 M -3 -4 -5 -6 -4 -4 -4 -6 -6 3 5 -4 2 1 -6 -4 -2 -5 -3 2 2 1 0 0 0 1 1 0 0 18 52 1 4 5 0 1 2 0 1 12 0.89 1.46 78 K 1 0 0 4 -6 1 4 -1 -2 -5 -5 3 -5 -5 -4 -1 -1 -6 -5 -4 12 4 3 21 0 6 25 5 0 0 0 15 0 0 0 3 3 0 0 1 0.63 1.46 79 V 5 -1 -3 -2 -3 -2 3 -2 -3 -5 -5 2 -2 -5 -4 -1 -1 -5 0 -3 47 3 1 1 0 1 18 2 0 0 0 15 1 0 0 4 3 0 3 1 0.74 1.45 80 Y -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -4 1 -4 -4 -5 -4 3 -6 -5 -5 1 9 -4 0 0 0 0 0 0 0 1 2 0 0 0 0 8 0 0 0 1 88 0 2.45 1.42 81 D -2 1 2 1 -6 4 4 -3 4 -6 -4 2 -3 -5 -4 -2 -3 -5 -1 -5 2 5 11 5 0 16 31 1 9 0 2 13 0 0 0 1 1 0 2 0 0.76 1.38 82 E 0 0 0 -1 -6 4 5 -4 -1 -5 -5 3 -4 -6 -4 0 -3 -6 -5 -3 7 4 4 1 0 19 37 0 1 0 0 18 0 0 0 7 0 0 0 2 0.84 1.32 83 T 6 -2 -1 -4 -1 -2 -1 -2 -4 -3 -3 -1 0 -5 -3 1 1 -5 -4 -3 67 1 3 0 1 1 3 1 0 1 1 3 2 0 0 8 10 0 0 0 0.91 1.15 84 D -3 -2 1 4 -6 0 6 -4 -2 -5 -5 -1 -4 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -5 0 0 6 25 0 0 69 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.30 0.75 K Lambda Standard Ungapped 0.1365 0.3207 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.2009 0.3175 PSI Gapped 0.0615 0.2670