Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 S -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -4 7 -1 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 1.93 1.56 2 S -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -6 -6 -3 -5 -6 -1 7 -2 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 98 0 0 0 0 1.90 1.62 3 H -3 -2 -2 -4 -6 -3 -3 -5 11 -7 -6 -4 -5 -4 -5 -4 -5 -6 -1 -6 1 1 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3.11 1.62 4 T -3 -4 -3 -4 -1 -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -4 -5 -4 -1 8 -5 -5 -2 0 0 0 0 1 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 1 95 0 0 1 1.99 1.60 5 V 4 -5 -2 -5 -2 -4 -5 -4 -5 1 0 -4 5 -2 -5 -3 -3 -5 -3 4 30 0 2 0 1 0 0 1 0 5 7 0 17 1 0 1 1 0 1 33 0.89 1.73 6 G -1 -5 -3 -4 -5 -5 -5 7 -5 -6 -6 -4 -5 -6 -5 -3 -4 -5 -6 -6 5 0 0 0 0 0 0 92 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.13 1.73 7 P 3 -5 -5 -4 -5 -4 -4 -4 -5 -5 -5 -4 -2 -6 8 -2 -3 -6 -5 -3 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 67 2 1 0 0 2 1.92 1.72 8 M 1 -1 -4 -6 1 0 -3 -4 -3 -2 -1 -3 9 -3 -5 -3 -3 4 -3 2 11 3 1 0 3 4 2 1 1 1 3 1 48 0 0 1 1 6 1 12 1.25 1.92 9 L -3 7 -1 -4 -3 -2 -3 -5 -1 -2 -3 3 -2 -3 -5 -2 -2 -3 -3 -1 2 56 3 1 1 1 1 0 1 3 2 15 1 1 0 3 3 0 1 5 1.16 1.93 10 A 6 -5 -5 -5 -2 -4 -4 -3 -5 4 -1 -4 -2 -5 -4 -2 -3 -5 -5 -2 67 0 0 0 1 0 0 1 0 21 5 0 1 0 0 1 1 0 0 1 1.26 1.88 11 A 5 -5 -4 -5 0 -4 -4 4 -5 -4 -4 -4 -2 -5 -4 -1 -2 -6 -5 -2 55 0 0 0 2 0 0 32 0 1 1 0 1 0 0 2 2 0 0 2 1.24 1.95 12 N 1 3 1 -3 -1 1 0 -2 1 -4 -1 3 -2 0 -4 -1 -2 -2 1 -3 13 18 8 1 2 6 7 3 3 1 6 16 1 3 0 3 2 1 5 2 0.34 1.94 13 A 1 4 -1 0 -2 1 -1 -3 0 1 0 -1 3 -3 -4 -1 0 -2 -1 -1 12 19 2 6 1 6 4 2 2 8 10 3 7 1 1 3 5 1 2 5 0.25 1.77 14 F 0 -2 -3 -4 -1 -4 -4 -4 -3 -2 -2 -4 -1 8 -3 -3 -3 1 1 -2 7 3 1 1 1 1 1 1 0 2 3 1 1 64 2 2 2 2 3 3 1.45 1.72 15 L 2 0 -2 -4 0 -3 -4 -3 -2 2 2 -2 1 -2 -3 -2 0 -2 -2 2 16 6 2 1 2 1 1 2 1 12 22 2 3 1 2 3 5 1 2 16 0.33 1.76 16 Q 0 0 0 3 -1 2 2 1 0 -3 -2 1 -2 -3 -3 0 0 -2 -2 -2 9 6 4 15 1 10 11 10 2 2 3 7 1 1 1 7 5 1 1 2 0.23 1.75 17 L 0 2 -1 1 -2 0 2 -1 1 -1 1 0 -1 -2 -4 -1 -1 -1 -2 -2 7 13 2 8 1 4 14 5 4 3 15 6 2 1 1 5 3 1 1 3 0.18 1.80 18 L -2 -3 -3 -5 0 -4 -5 -5 0 2 5 -4 2 -1 -4 -4 -3 -1 -2 2 3 2 2 0 2 1 0 1 3 11 53 1 4 2 1 1 2 1 1 11 0.82 1.97 19 E 3 2 -2 0 -1 0 0 -1 -1 -1 -2 1 -2 -3 -1 -2 -1 -1 -3 0 27 13 2 4 1 5 7 5 1 4 4 8 1 1 4 2 3 1 1 6 0.26 2.01 20 Q 1 4 0 1 -1 1 2 -1 2 -2 -4 0 -4 -5 -2 0 -1 -1 -2 -3 12 20 5 9 1 7 12 5 4 2 2 5 0 0 2 7 3 1 2 2 0.34 1.99 21 K 1 2 1 0 -1 2 0 -2 2 -3 -2 3 0 -3 -2 1 0 -1 -2 -3 11 10 5 6 2 9 6 3 4 2 5 15 2 1 2 9 5 1 1 1 0.22 2.04 22 N -1 -2 1 0 -1 -1 0 3 0 2 0 -1 1 -2 1 -2 -2 0 -2 -1 4 3 7 6 1 3 7 19 3 10 11 3 3 2 6 3 3 1 1 4 0.15 1.98 23 L 0 -1 -1 -1 0 -1 -1 -2 -1 0 3 -1 0 3 -2 -1 -1 2 0 0 7 4 3 3 2 3 3 3 2 4 25 4 2 12 2 4 3 3 3 7 0.20 1.99 24 F -2 -2 0 -2 0 -1 -2 3 0 0 3 -2 0 1 -2 -2 -2 1 1 -1 3 2 4 3 2 3 3 19 2 4 26 3 3 5 3 3 3 2 4 3 0.25 1.97 25 D 0 -1 0 1 1 0 2 1 1 -2 -2 -1 1 -1 2 0 0 -5 0 -1 9 4 4 9 3 5 11 9 4 3 3 4 3 3 9 6 5 0 3 4 0.11 1.99 26 K -1 2 0 1 1 3 1 -2 1 -1 -2 1 0 -1 0 0 -1 2 -1 -2 5 10 4 7 3 11 9 3 3 3 4 9 3 3 4 6 5 3 3 3 0.14 2.08 27 T 0 -3 -3 -3 -1 -4 -2 -3 -3 1 -1 -3 -2 -1 5 -2 1 -2 -2 4 9 2 1 1 2 0 2 2 1 8 4 1 1 3 24 2 7 0 1 27 0.55 1.37 28 Q 2 0 0 1 -2 -1 1 -1 0 -2 -3 2 -2 -4 -2 0 2 -3 -2 0 21 4 3 9 1 3 8 4 3 2 1 15 1 1 1 5 11 0 1 7 0.25 1.41 29 R -1 5 -1 -1 -3 0 1 -1 1 -3 -4 2 -2 -3 -4 1 1 0 -3 -2 4 30 2 2 0 4 10 4 4 1 1 12 1 1 0 9 9 1 1 2 0.50 1.42 30 V 1 -5 -5 -5 -1 -4 -5 -4 -5 3 2 -5 -1 1 -5 -4 -3 -4 0 5 12 0 0 0 1 0 0 1 0 18 15 0 1 6 0 0 0 0 3 39 0.77 1.44 31 K -2 3 -1 2 -3 1 2 -3 1 -2 -3 2 -2 -2 -4 -1 2 -2 -2 0 2 15 2 12 1 4 15 1 3 3 1 15 1 2 0 3 12 1 2 7 0.36 1.34 32 V -1 -5 -5 -5 1 -5 -5 -4 -5 4 -1 -5 0 5 -5 -3 -2 -4 -2 4 6 0 0 0 3 0 0 1 0 24 3 0 2 25 0 1 2 0 0 31 0.85 1.27 33 E 1 -1 -2 2 0 0 2 -2 2 -2 -2 -2 -2 -1 -4 0 2 -1 2 -1 13 3 1 13 2 4 13 3 6 2 3 2 1 2 0 6 13 1 7 5 0.23 1.30 34 L -3 -1 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -5 -1 5 -4 0 2 1 -4 -3 -4 0 -1 1 3 0 0 1 0 0 0 0 2 67 0 1 9 8 0 1 0 3 3 0.97 1.30 35 Y -3 -1 0 -4 3 -1 -2 -2 5 -4 -3 0 -1 3 -4 -1 -3 1 7 -4 1 3 6 0 7 3 2 4 13 0 2 6 1 10 0 4 0 1 36 0 0.85 1.18 36 G -1 -2 0 -1 -1 -2 -1 6 -1 -5 -4 -3 -4 -4 -3 1 -3 -4 -4 -4 2 2 5 3 2 2 5 61 2 1 1 1 0 0 1 12 1 0 0 1 1.01 1.10 37 S 1 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -3 -4 -3 -3 -3 -4 0 6 0 -4 -4 -3 8 0 0 0 0 0 1 5 0 0 3 1 0 0 4 73 3 0 0 1 1.08 1.14 38 L -4 -4 -5 -5 -4 -4 -4 -5 -3 0 4 -4 1 6 -5 -4 -3 -2 3 -1 1 0 0 0 0 0 1 1 0 5 42 1 3 33 0 1 1 0 8 3 1.00 1.14 39 A 5 -2 -3 -4 -1 -2 -2 1 -2 -1 -3 0 -2 -1 -2 0 -1 -1 -4 -2 53 1 0 0 1 1 1 10 1 4 2 6 1 3 1 7 3 1 0 1 0.62 1.18 40 L 3 -1 -2 -2 -4 0 0 -3 0 -3 1 3 -1 -1 -2 -1 0 0 -2 -1 30 2 1 2 0 5 6 1 3 0 13 17 1 2 2 2 5 1 1 5 0.29 1.18 41 T -2 -1 -3 -3 3 -3 -3 -2 -4 -3 -3 -3 0 -4 -3 0 7 -4 -4 -1 0 4 0 0 6 0 0 4 0 0 1 0 3 0 0 6 71 0 0 3 1.19 1.18 42 G -2 -1 0 -1 -5 -3 -4 5 2 -5 -4 -3 -4 1 -5 -2 -4 -1 5 -4 1 4 5 3 0 0 0 45 6 0 1 0 0 5 0 1 0 1 25 1 0.96 1.13 43 K -3 3 -2 -3 -1 0 0 -4 4 -1 -3 5 -2 -3 -3 -2 -2 0 -1 -1 1 18 1 1 2 4 5 0 10 5 1 41 0 1 0 1 2 2 1 6 0.69 1.18 44 G -2 -3 -3 -1 1 -1 -3 7 2 -6 -6 -4 -5 -5 -5 -1 -1 -5 -5 -5 0 1 0 3 3 3 1 75 5 0 0 0 0 0 0 3 4 0 0 0 1.42 1.17 45 H -3 -2 -2 -3 -5 2 -2 0 9 -4 -4 -2 -3 2 -4 -3 -3 -3 2 -4 0 0 0 0 0 12 0 9 63 0 0 0 0 9 0 0 0 0 7 0 1.37 0.70 46 G 0 -1 1 -3 1 -1 -3 4 1 -3 1 -1 1 -1 -4 -1 -3 -4 -1 -3 9 3 8 0 4 3 0 34 4 0 20 3 3 3 0 4 0 0 3 0 0.37 0.70 47 T 2 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -2 -3 -2 -2 -4 -3 3 5 -4 -3 1 18 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 23 49 0 0 9 0.76 0.70 48 D 0 -2 0 7 -1 -1 -1 -2 -1 -3 -4 -2 -1 -2 0 -2 -2 -6 -4 -3 9 1 2 63 2 1 2 2 2 1 2 1 2 2 4 1 1 0 0 2 1.01 1.00 49 K -2 2 -2 -2 -2 0 -2 -2 -1 1 -1 3 1 -2 -2 -1 2 0 0 1 2 11 2 2 1 3 2 3 1 10 5 22 4 1 2 3 11 2 4 11 0.24 1.15 50 A 6 -4 -4 -4 -3 -3 -3 0 -4 0 -4 -3 -3 -4 -3 -1 -1 -5 -4 -1 77 0 0 0 0 0 0 7 0 5 0 0 0 0 0 2 2 0 0 2 1.10 1.12 51 I -1 -5 -5 -5 2 -5 -5 -1 -5 5 2 -5 2 1 -5 -1 0 -4 1 2 5 0 0 0 5 0 0 5 0 31 15 0 4 5 0 5 5 0 4 15 0.59 1.54 52 L -1 0 1 0 3 1 0 -5 2 0 -1 0 2 1 -5 0 0 4 1 0 6 6 5 6 5 5 6 0 5 6 6 6 5 5 0 6 6 5 5 6 0.18 1.89 53 N 0 -1 -1 1 1 1 1 0 -4 -1 2 1 1 -1 -5 -1 -1 3 0 -1 9 3 3 7 3 5 9 7 0 3 19 8 4 3 0 4 3 3 3 4 0.14 1.90 54 G 0 -1 -3 -4 -4 -4 -1 5 -4 -1 -4 -4 1 -5 0 -1 2 -5 -5 1 8 4 0 0 0 0 5 41 0 4 1 0 3 0 5 4 12 0 0 11 0.64 1.59 55 L 1 -3 -3 -4 5 -3 -3 -3 -3 2 1 -3 4 3 -3 -2 2 -3 -2 2 12 1 0 1 11 0 1 1 0 12 12 1 11 12 1 1 12 0 0 12 0.42 0.79 56 E -1 -2 -1 -2 0 0 1 -2 0 -1 3 -1 3 -1 -2 -1 -2 1 -1 -2 4 2 3 2 2 5 11 4 3 2 35 4 7 2 2 5 2 2 2 2 0.28 1.44 57 N -1 -1 -1 -1 0 0 -1 6 0 -5 -5 -1 -4 -5 1 -1 -1 -5 -4 -2 3 3 3 4 2 4 3 53 2 1 1 3 0 0 7 3 3 0 0 3 0.82 1.40 58 K -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 59 A 0 0 0 3 -1 0 1 -3 1 -3 -1 0 -1 -3 -2 0 1 2 -2 -2 9 6 4 17 1 4 10 2 4 2 6 6 2 1 2 8 9 3 2 3 0.21 1.95 60 P -1 -5 -2 -3 0 -2 -2 -3 -5 -3 -3 -2 -5 -2 7 -2 0 -5 -2 -2 5 0 2 2 2 2 2 2 0 2 2 2 0 2 63 3 6 0 2 3 1.52 1.94 61 E -2 -2 -1 5 -5 -1 4 -3 1 -3 -4 -1 -2 -3 -3 -2 -1 -1 -1 -2 4 2 2 34 0 2 27 2 3 1 2 4 1 1 1 3 4 1 2 3 0.76 1.95 62 S -2 -1 1 3 -1 -1 0 -2 0 -2 -2 -1 -1 -2 -2 2 4 -4 -2 -2 3 4 5 15 1 3 5 3 2 2 4 4 2 2 2 12 28 0 2 3 0.40 1.79 63 M -1 0 0 0 2 0 0 -1 2 0 -1 0 2 1 0 -1 0 4 1 -1 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 5 0.09 2.12 64 I -2 1 0 5 1 -1 0 -2 1 1 -2 -1 0 -1 -1 -1 -1 -5 -4 -1 4 7 5 29 3 3 5 3 3 8 4 4 3 3 4 4 4 0 0 4 0.36 1.94 65 P 0 -3 -2 -1 -2 -1 0 -2 -2 2 -3 -2 -2 -2 5 -1 1 -5 -2 -2 8 1 2 3 1 2 6 3 1 12 3 2 1 2 32 4 10 0 1 3 0.57 2.06 66 R 0 5 -1 2 -5 -1 1 -3 -1 0 -2 1 -1 -2 -3 -2 -1 -1 -2 -2 7 27 2 13 0 3 8 2 2 6 3 6 1 2 1 2 4 1 1 2 0.39 2.06 67 M -1 -1 -2 -1 -4 -2 -2 -4 -1 4 2 -3 2 0 -3 -2 -2 0 -1 2 5 4 2 4 0 2 2 1 1 24 20 2 5 3 1 3 3 1 2 11 0.35 2.04 68 H 3 0 -1 1 -2 1 2 -3 0 -1 -2 0 -1 -1 0 0 -1 -1 -2 -2 23 5 3 6 1 5 12 2 2 3 4 7 2 2 5 6 3 1 1 3 0.17 2.01 69 E 0 1 0 1 1 1 1 -2 2 -1 -2 0 1 0 0 -1 0 2 0 -1 7 8 4 7 2 6 9 4 4 3 4 5 3 4 5 4 5 3 3 5 0.03 2.16 70 I 0 -1 -1 -1 2 0 0 -2 1 2 -1 -1 2 -1 -1 0 -1 2 -1 1 8 3 3 4 3 4 7 3 3 13 5 3 4 2 3 8 3 3 3 10 0.05 2.22 71 L 0 3 -1 -1 1 0 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