Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 Y -2 -2 -3 -4 -3 -2 -3 -3 1 -1 -1 -3 -1 5 -4 -2 -2 2 7 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 33 0 0 0 0 67 0 0.86 0.07 2 D -1 -2 2 3 -3 -1 2 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -2 4 0 -4 -3 -3 0 0 12 22 0 0 15 0 0 0 0 0 0 0 0 50 0 0 0 0 0.65 0.38 3 W -3 -2 -3 -5 -4 -3 -4 -4 4 -3 -2 -3 1 5 -5 -3 -2 8 6 -3 0 2 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 4 29 0 0 2 22 30 0 1.25 0.57 4 N -3 -2 8 0 -4 -1 -2 -2 -1 -5 -5 -2 -4 -5 -4 0 -1 -5 -4 -4 0 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.63 0.61 5 I -3 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -6 -5 4 5 -4 0 -1 -5 -4 -3 -4 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 34 66 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.04 0.68 6 A 5 -3 -3 1 1 -2 -2 0 -3 -3 -3 -2 -3 -1 -3 1 -2 -4 -3 -1 72 0 0 8 3 0 0 3 0 0 0 0 0 3 0 9 0 0 0 2 0.79 0.68 7 A 2 1 1 0 -3 0 2 0 -3 -3 -1 0 -3 -2 -3 0 0 -4 -3 -2 25 8 6 5 0 3 18 7 0 1 7 6 0 1 0 7 4 0 0 2 0.25 0.68 8 K -3 0 -4 -4 -3 -2 -3 -5 -4 1 4 3 0 0 -4 -3 -1 4 -2 -1 0 5 0 0 0 0 0 0 0 7 53 22 0 4 0 0 3 6 0 0 0.63 0.68 9 S -1 -3 -2 0 -3 -1 -1 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -5 6 4 1 -5 -4 -4 0 0 0 3 0 1 3 1 0 0 1 0 0 0 38 47 6 0 0 0 1.05 0.68 10 Q -2 1 0 0 -5 5 1 -3 -2 -4 -3 4 -3 -3 -1 -2 -2 -4 -2 -4 2 5 3 3 0 37 6 1 0 0 1 36 0 1 3 0 1 0 1 0 0.77 0.68 11 E 0 -2 -2 2 -5 1 6 -1 -2 -4 -3 0 -3 -5 -1 -2 -2 -5 -4 -3 7 0 0 9 0 4 65 3 0 0 3 5 0 0 2 0 1 0 0 1 0.89 0.68 12 E -3 -2 0 3 0 1 6 -4 -2 -5 -5 0 -4 -4 -3 -1 -2 -4 -1 -4 0 0 4 13 3 3 69 0 0 0 0 2 0 0 0 1 2 0 3 0 1.06 0.68 13 R -2 5 -2 -3 -4 4 -1 -4 -2 -3 -2 3 4 -4 -3 -2 -1 -4 -3 -3 0 39 0 0 0 22 0 0 0 0 0 18 18 0 0 0 4 0 0 0 0.79 0.56 14 D -1 -2 1 6 -5 1 3 -3 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -4 -4 5 0 5 60 0 4 23 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.07 0.56 15 K -2 2 -2 -2 -5 1 0 -3 -2 -4 -4 6 -3 -5 -3 -2 -2 -4 -3 -4 0 10 0 0 0 5 3 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 0 1.15 0.57 16 V -2 -4 -4 -4 -3 -4 -2 -5 -4 5 1 -4 2 -2 -4 -3 -1 -4 -3 4 0 0 0 0 0 0 2 0 0 36 9 0 6 0 0 0 2 0 0 44 0.79 0.59 17 N 0 -2 6 -1 -4 1 1 -2 1 -1 -4 -2 0 -4 -3 2 -1 -5 -3 -3 10 0 49 0 0 8 7 0 3 4 0 0 4 0 0 17 0 0 0 0 0.70 0.61 18 V 1 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -4 -4 2 1 -3 1 -2 -4 -2 1 -4 -3 5 11 0 0 0 0 0 0 0 0 8 11 0 2 0 0 2 7 0 0 58 0.66 0.60 19 D -3 -3 1 7 -5 -2 0 0 -3 -5 -5 -2 -5 -5 -3 0 -2 -6 -5 -5 0 0 4 83 0 0 0 8 0 0 0 0 0 0 0 4 0 0 0 0 1.41 0.59 20 L -3 -2 -4 -5 -3 -1 -3 -5 -4 1 5 2 2 1 -4 -4 -3 -3 -2 -1 0 0 0 0 0 3 0 0 0 4 67 15 5 6 0 0 0 0 0 0 0.75 0.67 21 A 5 -1 -3 -4 -2 0 -3 -2 -3 -1 1 -2 0 -3 -3 0 -1 -4 -3 0 63 2 0 0 0 6 0 0 0 2 13 0 2 0 0 3 2 0 0 6 0.62 0.67 22 A 6 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -2 -3 -1 -2 -2 -2 -1 -3 0 1 -4 -3 -2 80 0 0 0 0 0 0 0 0 3 3 0 0 3 0 3 7 0 0 0 0.87 0.67 23 S 2 -1 -2 -3 -3 -2 -2 1 -3 -1 -1 -2 -2 -1 -3 5 -1 -4 -3 -3 15 3 0 0 0 0 0 8 0 4 8 0 0 3 0 60 0 0 0 0 0.61 0.67 24 G 1 -1 -2 -3 -4 -3 -3 5 -3 -4 -4 -3 -4 -4 -3 1 0 -4 0 -1 10 4 0 0 0 0 0 60 0 0 0 0 0 0 0 11 7 0 4 4 0.87 0.67 25 V -2 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -5 3 2 -4 2 -2 -4 -3 -2 -4 -3 6 0 0 0 0 0 0 0 0 0 13 15 0 4 0 0 0 0 0 0 68 0.92 0.62 26 A 5 -3 -3 -2 -2 -3 -1 -2 -3 2 -2 -3 -2 -3 -3 0 -1 -4 -3 1 67 0 0 1 0 0 3 0 0 15 0 0 0 0 0 2 2 0 0 10 0.70 0.62 27 Y -3 -4 -4 -1 1 -4 -4 -2 -1 -2 -2 -4 -2 5 -5 -3 -3 5 7 -2 0 0 0 4 4 0 0 3 0 0 0 0 0 29 0 0 0 9 48 2 1.20 0.62 28 K -2 2 1 -2 -4 2 1 -3 -2 -4 -3 5 2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 0 9 6 0 0 9 6 0 0 0 1 57 8 0 0 3 0 0 0 0 0.78 0.62 29 E -2 1 -2 0 1 0 6 -4 -2 -4 -4 -1 1 -4 -2 -2 -2 -4 -4 -1 0 6 0 1 4 0 78 0 0 0 0 0 4 0 1 0 0 0 0 4 1.06 0.62 30 R -3 7 0 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 -4 -4 0 -2 3 -3 -4 0 86 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 5 0 5 0 0 1.39 0.62 31 L -3 -3 0 -4 -4 2 -3 -5 1 -2 2 -3 3 1 -1 -3 1 -2 6 -2 0 0 5 0 0 13 0 0 4 0 22 0 10 5 4 0 8 0 30 0 0.63 0.85 32 N -1 -2 6 -2 -4 -2 0 2 5 -5 -5 0 -4 -5 -4 0 0 -5 -3 -4 5 0 42 0 0 0 7 15 16 0 0 6 0 0 0 5 4 0 0 0 0.83 0.85 33 I -3 2 -3 -4 -4 2 -3 -5 4 2 1 1 4 -2 -4 -3 -3 -3 3 1 0 11 0 0 0 11 0 0 11 11 11 11 11 0 0 0 0 0 11 11 0.46 0.89 34 P 3 -3 -3 -4 -4 1 -3 -3 -4 -3 -1 0 -3 1 5 0 0 -4 -3 0 28 0 0 0 0 6 0 0 0 0 6 6 0 6 30 6 6 0 0 6 0.63 0.89 35 V 1 -4 -4 -5 -3 -4 -4 -4 2 2 -2 -4 -2 1 0 1 -2 -4 0 5 10 0 0 0 0 0 0 0 6 11 0 0 0 6 6 10 0 0 4 48 0.65 0.98 36 I -3 -1 2 0 -4 -3 1 -5 -4 3 0 -3 2 0 0 0 1 -5 -4 1 0 4 10 7 0 0 9 0 0 22 10 0 5 4 6 6 9 0 0 9 0.30 1.17 37 A 2 -4 -4 0 -4 1 -3 -1 -4 2 0 -4 1 -4 3 -3 0 5 -4 0 19 0 0 6 0 9 0 5 0 14 7 0 5 0 18 0 5 9 0 5 0.48 1.17 38 E -1 -1 -2 3 -5 1 5 -2 0 -3 -5 0 -1 -5 -4 -1 0 -5 0 -2 6 2 0 19 0 4 42 3 2 2 0 4 1 0 0 4 6 0 3 3 0.68 1.07 39 Q 0 -3 -1 -1 -4 3 4 -4 -1 -1 0 0 1 -4 -4 0 -1 -5 -4 1 7 0 2 3 0 14 30 0 1 3 8 4 4 0 0 8 2 0 0 11 0.43 1.07 40 V 1 -4 -4 -4 -3 -3 -4 -4 -4 3 1 -4 3 -2 -4 -3 1 -4 -3 5 12 0 0 0 0 0 0 0 0 13 8 0 9 0 0 0 9 0 0 49 0.66 0.67 41 A 1 -2 -2 -1 -4 1 5 -3 -2 -3 -1 1 2 -4 -3 0 -2 -4 -3 0 15 0 0 0 0 6 45 0 0 0 6 7 7 0 0 7 0 0 0 6 0.55 0.67 42 R -1 5 1 0 -5 4 0 -4 0 -4 -2 0 0 -5 -4 -1 -1 -5 -4 -4 5 41 8 4 0 18 4 0 2 0 5 2 3 0 0 2 4 0 0 0 0.73 1.00 43 E -2 1 -1 -1 -5 4 4 -2 2 -4 -4 1 0 -5 -3 -1 0 -5 -4 -2 2 7 3 2 0 25 35 2 4 0 0 6 2 0 0 3 5 0 0 3 0.70 0.98 44 Q -3 -2 -3 -3 -4 7 -1 -4 -2 1 0 0 -2 0 -4 -3 -3 -4 -3 1 0 0 0 0 0 66 0 0 0 9 8 3 0 5 0 0 0 0 0 10 1.01 0.83 45 P -1 -4 -4 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -4 -2 -3 -4 -5 8 0 -3 -6 -5 -2 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 82 7 0 0 0 4 2.05 0.83 46 E 1 -2 -2 0 -4 3 5 -1 -3 -4 -4 -2 -3 -5 2 0 -1 -5 -4 -1 15 0 0 4 0 11 45 4 0 0 0 0 0 0 8 5 4 0 0 4 0.68 0.86 47 N 0 -2 0 0 -5 0 3 -4 8 -5 -4 -2 -2 -3 -2 0 -3 -4 2 -4 10 0 3 3 0 2 18 0 49 0 0 0 1 0 1 6 0 0 6 0 1.09 0.86 48 L -3 -1 -5 -5 -1 -1 -1 -5 -4 -1 5 -1 1 0 -5 -4 -3 -3 1 -2 0 3 0 0 1 3 5 0 0 0 73 4 2 3 0 0 0 0 6 0 0.86 0.86 49 R -3 7 -2 -3 -5 2 0 -4 -2 -4 -1 0 -3 -4 -4 -3 -3 -4 -1 -4 0 77 0 0 0 10 3 0 0 0 7 0 0 0 0 0 0 0 3 0 1.35 0.82 50 T 1 -3 -1 3 1 0 4 0 -3 -3 -5 -2 -4 -5 2 0 -1 -5 -4 -3 11 0 2 19 3 4 34 6 0 1 0 1 0 0 8 7 2 0 0 1 0.58 0.87 51 Y -4 -3 -3 -5 1 -4 -4 -5 2 -1 -2 -4 -3 4 -5 -4 -4 4 8 -2 0 1 1 0 4 0 0 0 4 4 1 0 0 14 0 0 0 6 64 2 1.48 0.84 52 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 -1 0 -5 -2 8 -6 -4 -4 -1 2 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 8 0 0 86 0 0 0 0 4 0 1.77 0.84 53 M -2 5 0 -3 3 2 -2 -4 2 -3 -2 2 3 -4 -4 -3 -2 2 -1 -3 3 43 4 0 7 8 0 0 6 0 4 9 11 0 0 0 2 3 2 0 0.72 0.84 54 E -1 -2 -2 1 -5 3 6 -3 -2 -4 -3 1 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -4 4 0 0 5 0 16 59 2 0 0 3 9 0 0 0 0 1 0 0 0 0.97 0.84 55 R -3 7 -2 -3 -5 0 -2 -4 -2 -4 -3 0 -3 -4 -4 -3 -3 2 -3 -4 0 89 0 0 0 2 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 3 0 0 1.59 0.79 56 L -3 -4 -5 -5 -3 -4 -4 -5 -4 0 5 -4 0 0 -4 -4 -3 -3 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 69 0 0 3 0 0 0 0 0 24 0.96 0.79 57 R 1 3 2 0 -3 2 0 -1 -1 0 -3 0 0 -4 -3 0 1 -4 -3 0 14 16 9 5 0 13 5 4 1 5 0 3 2 0 0 7 10 0 0 7 0.24 0.79 58 H -1 -3 0 -3 -4 -1 -3 -4 7 -2 -2 -3 -2 4 -4 -3 -3 -2 6 -2 6 0 5 1 0 1 0 0 34 1 4 0 0 16 0 0 0 0 28 3 1.00 0.76 59 Y -3 -3 -3 -4 -4 -3 -3 -4 3 -3 -2 -3 -3 2 -4 -3 -3 3 8 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 8 0 2 0 0 3 0 0 0 3 80 0 1.75 0.76 60 R -3 8 -2 -3 -5 -1 -2 -4 -2 -5 -4 0 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 -4 0 96 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.74 0.76 61 Q -1 -1 3 2 -4 3 3 -2 -1 -2 -1 1 -2 -4 -3 -1 -2 -4 -3 -3 6 3 13 14 0 18 20 2 1 2 7 7 1 0 0 2 1 0 0 1 0.43 0.78 62 L 1 0 -1 -3 -4 3 1 -4 -3 2 1 -1 -1 -2 -4 -1 -2 -4 -3 1 16 6 3 0 0 19 8 0 0 15 16 2 1 1 0 2 1 0 0 10 0.30 0.82 63 S 2 -1 -1 -2 -3 -2 -2 -1 -3 -4 -4 -1 -3 -4 -3 6 0 -5 -4 -3 13 3 0 0 0 0 0 1 0 0 0 2 0 0 0 80 1 0 0 0 1.08 0.80 64 L -1 0 -2 -2 -4 2 -1 -4 4 2 2 1 3 -3 -4 -2 -1 -4 -3 0 5 5 1 2 0 9 2 0 11 11 24 12 7 0 0 3 3 0 0 6 0.31 0.80 65 Q -2 1 1 -1 -4 4 -1 -2 1 -4 -4 3 -2 -1 -3 1 3 -4 0 -4 1 7 8 1 0 23 0 3 4 0 1 17 1 2 0 11 18 0 4 0 0.46 0.82 66 L -4 -4 -5 -6 -4 -4 -5 -5 -4 0 5 -4 2 5 -5 -4 -2 -2 2 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 57 0 5 27 0 0 1 0 7 0 1.00 0.82 67 P -1 -3 -3 -3 -4 -1 -2 -1 -3 -4 -3 -1 -4 -5 7 3 -2 -5 -4 -4 2 0 0 0 0 2 0 3 0 0 2 3 0 0 55 33 0 0 0 0 1.36 0.80 68 K -3 6 -1 0 -5 0 -2 -1 -2 -5 -4 3 -3 -5 -1 -2 -1 -5 -1 -4 0 64 1 4 0 1 0 5 0 0 0 18 0 0 2 0 3 0 2 0 1.10 0.79 69 G 3 -2 -2 -2 -3 -2 -1 4 1 -3 -4 0 0 -4 1 1 -2 -4 0 -1 32 1 0 2 0 0 2 30 3 0 0 5 3 0 8 8 0 0 3 3 0.48 0.64 70 S -1 -2 4 0 -3 -2 0 -2 -2 -4 -4 -1 -1 -4 1 4 2 -5 -3 -3 0 0 23 4 0 0 4 1 0 0 0 3 2 0 5 40 16 0 0 0 0.60 0.59 71 D 1 -3 2 6 -4 -2 -1 -2 -3 -4 -5 -2 -4 -5 1 0 -2 -5 -4 -4 17 0 7 62 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 8 5 0 0 0 0 1.00 0.59 72 P 0 -3 -3 -3 -4 -3 -3 -3 1 -4 -3 -2 -3 -5 8 -2 -2 -5 -4 -2 6 0 0 0 0 0 0 0 4 0 2 0 0 0 82 1 1 0 0 3 1.96 0.58 73 A 1 4 -3 -3 2 1 2 -4 1 -1 -2 -1 -2 -4 -2 -2 -2 -4 -3 3 11 30 0 0 5 4 14 0 4 0 0 0 0 0 2 0 0 0 0 29 0.44 0.56 74 Y -3 -3 -3 -5 -4 -3 -3 -5 1 -3 -2 -3 -2 2 -4 -3 -3 1 9 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 1.83 0.50 75 Q -2 0 -1 -1 -4 7 1 -3 0 -4 -3 1 -1 -4 -2 -1 -1 -3 -2 -3 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.09 0.25 K Lambda Standard Ungapped 0.1306 0.3150 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1813 0.3175 PSI Gapped 0.0555 0.2670