Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -3 -3 -3 -3 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 5 2 -2 -5 -4 -3 52 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 28 19 0 0 0 0 1.00 0.70 2 M -4 -3 -4 -6 -4 -3 -5 -6 -4 -1 1 -3 10 -3 -5 -4 -2 -4 -4 -2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 8 1 87 0 0 1 1 0 0 0 2.12 1.26 3 L -3 0 -2 -3 -5 -3 -3 -6 2 1 3 0 3 3 -4 -4 -3 -1 5 -3 1 6 2 1 0 1 1 0 5 7 24 5 8 14 1 0 1 0 21 0 0.63 1.38 4 Y -2 -4 -5 -6 0 -5 -5 -6 -1 2 0 -5 0 1 -6 -4 -1 4 6 4 2 0 0 0 2 0 0 0 1 12 7 0 2 5 0 0 4 6 27 32 0.91 1.39 5 L -3 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -5 -6 4 4 -5 -1 0 -6 -5 -2 3 -3 2 1 0 0 0 1 0 0 1 0 26 47 0 0 4 0 0 2 4 0 14 0.98 1.39 6 I -2 -6 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 5 1 -5 0 -1 -5 -5 -3 -5 -4 6 3 0 0 0 1 0 0 0 0 29 13 0 2 2 0 0 1 0 0 50 1.15 1.40 7 F 2 -5 -4 -4 5 -4 -5 -4 -5 3 -2 -4 0 0 -4 1 3 -5 -3 3 15 0 0 1 12 0 0 0 0 16 2 0 3 4 0 13 16 0 0 18 0.60 1.42 8 Y -5 -5 -5 -6 -1 -4 -5 -6 -1 -4 -4 -5 -4 2 -6 -5 -5 -1 10 -4 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 96 0 2.66 1.42 9 D -5 -5 -1 8 -7 -3 -1 -4 -4 -6 -7 -4 -6 -7 -4 -3 -4 -7 -6 -6 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.43 1.42 10 I -3 -6 -6 -6 -4 -5 -6 -6 -6 7 -1 -5 -1 -2 -6 -5 -3 -6 -4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 0 62 3 0 1 1 0 0 1 0 0 31 1.52 1.50 11 T 1 0 -1 -2 1 -1 0 -1 -2 -2 -4 -1 -2 -5 2 4 1 -5 -4 0 12 4 3 1 3 3 7 4 1 2 1 4 1 0 8 31 10 0 0 7 0.38 1.48 12 D -1 -3 2 5 1 -1 2 -2 -1 -4 -4 -1 -3 -3 -4 1 0 -6 -5 -2 4 1 10 37 3 2 14 2 1 1 1 3 1 1 0 9 5 0 0 3 0.69 1.52 13 D -3 -2 3 6 -2 0 2 -2 -2 -4 -5 -1 -5 -6 2 -2 0 -6 -4 -4 2 2 14 40 1 4 12 2 0 1 0 3 0 0 9 2 6 0 0 1 0.83 1.50 14 N -2 5 -2 -2 -6 -1 -1 -1 -2 -5 -5 6 -4 -5 -3 -1 -2 -5 -3 -5 2 27 1 2 0 1 4 5 1 0 1 48 0 0 1 4 2 0 1 0 1.04 1.48 15 L -2 6 -1 -3 -2 -2 -2 -5 -3 0 -1 1 -2 -5 -3 -3 -1 -4 -3 1 3 53 2 1 1 1 2 0 0 5 6 7 1 0 2 1 3 0 0 12 0.90 1.48 16 R -4 7 -3 -4 -2 -1 -3 -4 -3 -3 2 -1 -2 -4 -5 -3 -3 3 -3 -1 1 60 1 1 1 1 0 1 0 1 20 2 0 0 0 1 1 4 1 4 1.17 1.38 17 N 0 4 4 -3 -4 0 -3 -1 -2 -2 -2 0 -3 -3 -3 -1 2 -5 0 -1 6 27 17 1 0 4 0 4 1 2 5 5 0 1 1 4 14 0 3 5 0.47 1.45 18 R -3 5 0 -4 -6 1 -1 -4 2 -5 -3 6 -3 -4 -4 -3 -3 -6 -3 -5 1 32 4 0 0 6 3 1 4 1 2 44 1 0 0 1 1 0 0 0 1.13 1.45 19 V -1 -5 -6 -6 -2 -5 -6 -6 -6 3 2 -4 1 1 -5 -5 -2 -5 -3 6 4 0 0 0 1 0 0 0 0 15 17 1 2 5 0 0 2 0 1 52 1.01 1.46 20 A 4 -1 -3 -2 -1 -3 -3 -3 4 -1 -1 -2 0 3 -5 1 -3 -4 1 -1 40 4 1 2 1 0 1 1 10 3 5 2 2 12 0 9 0 0 5 3 0.56 1.46 21 E -2 3 0 1 -6 -1 0 -3 -2 -5 -5 6 -4 -6 -4 -2 -2 -3 -5 -5 3 14 4 8 0 1 4 1 1 0 1 58 0 0 0 2 2 0 0 0 1.09 1.46 22 F 0 -1 -4 -5 0 -2 -2 -5 -2 3 2 0 0 3 -5 -3 1 -2 2 1 8 4 0 0 2 2 2 0 1 19 20 6 2 10 0 0 10 0 6 7 0.37 1.46 23 L -3 -4 -6 -7 8 -5 -6 -6 -6 0 5 -5 2 -2 -6 -4 -3 -5 -4 -2 1 1 0 0 28 0 0 0 0 3 58 0 5 1 0 1 0 0 0 1 1.39 1.46 24 K -3 2 -2 -3 -2 1 3 -2 -3 -3 0 5 -1 -5 -4 0 -3 -6 -5 -3 1 11 1 1 1 6 22 3 0 1 10 34 1 0 0 5 1 0 0 2 0.66 1.46 25 K 0 3 2 3 -3 1 0 2 -1 -6 -4 2 -3 -6 -4 1 -2 -6 -4 -4 6 13 8 14 0 6 5 17 2 0 1 13 1 0 0 12 1 0 0 1 0.45 1.46 26 K -3 -1 -3 -5 0 -2 -3 -6 1 -3 -2 0 -1 3 -6 -4 -3 3 8 -3 2 4 1 0 2 1 1 0 3 1 4 7 2 11 0 1 1 3 55 1 1.33 1.45 27 G -1 -3 -2 -3 -4 -3 -3 7 -3 -4 -3 -2 -4 -2 -3 -2 -3 -4 -1 -4 4 2 1 1 0 1 1 74 0 1 3 2 0 2 1 2 1 0 2 1 1.33 1.22 28 L -1 -2 -2 -2 2 -2 -2 -2 -1 1 4 -2 1 2 -2 -2 -2 -1 -1 -1 4 2 2 2 4 2 3 4 2 7 41 3 3 8 2 3 3 1 2 3 0.37 0.88 29 D -2 0 0 0 -3 4 1 -2 2 -1 -3 0 -2 -2 -2 0 1 3 2 2 3 4 4 5 1 17 8 3 4 3 2 5 1 2 2 6 9 4 7 13 0.25 1.32 30 R -3 7 -2 -4 -6 -2 -3 -4 5 -6 -5 0 -3 -3 -1 -3 -4 6 -3 -5 1 63 1 0 0 0 0 1 12 0 0 3 1 1 4 1 0 11 0 0 1.52 1.44 31 I -2 -4 -5 -5 -3 -4 -3 -5 -3 4 1 -4 0 -2 -5 -3 -1 -1 -2 6 2 1 0 0 0 0 1 0 1 20 10 1 2 1 0 1 2 1 1 54 0.97 1.37 32 Q -4 -1 -1 -3 -6 9 -1 -5 0 -6 -3 -2 -3 -6 -4 -2 -4 -5 -4 -5 0 1 1 0 0 93 1 0 1 0 2 0 0 0 0 1 0 0 0 0 2.13 1.46 33 Y -3 2 3 -3 -4 -2 -2 -4 -1 -5 -2 4 -3 1 -5 -3 -4 -1 6 -5 1 11 17 0 0 1 2 1 1 0 4 25 0 6 0 1 0 0 29 0 0.88 1.46 34 S -2 -4 -2 -3 -4 -3 -3 -3 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -1 7 -1 -6 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2 98 0 0 0 0 1.81 1.46 35 V 1 -5 -6 -6 0 -5 -5 -5 -6 1 0 -4 -1 -1 -5 -4 -2 -6 -4 6 11 0 0 0 2 0 0 0 0 5 6 1 1 2 0 0 1 0 0 72 1.24 1.46 36 F -5 -6 -6 -7 -5 -6 -6 -6 -4 -3 -2 -6 -3 9 -7 -5 -5 1 3 -3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 88 0 0 0 1 8 1 2.34 1.46 37 M -2 0 -4 -2 -2 0 6 -5 -2 0 0 -2 -1 0 -5 -2 -2 -1 -1 -1 3 5 0 0 1 3 57 0 1 5 8 1 1 4 0 1 2 1 2 4 0.85 1.46 38 G 0 -5 -4 -4 8 -5 -5 5 -5 0 -2 -5 -3 -3 -5 -3 -3 -5 -4 -1 7 0 0 0 36 0 0 39 0 6 4 0 0 1 0 1 0 0 0 4 1.35 1.45 39 D -3 3 0 3 -3 -1 3 -5 0 -2 -2 -1 -1 0 0 -2 -2 3 0 -1 2 14 4 16 0 2 21 0 2 2 4 3 1 4 5 3 3 4 3 5 0.38 1.52 40 L -3 -5 -3 -6 0 -5 -5 -1 -4 3 5 -5 1 -2 -6 -4 -3 -5 -3 2 1 0 2 0 2 0 0 5 0 18 52 0 3 1 0 1 1 0 0 13 0.88 1.52 41 N -2 -1 2 3 -5 -3 0 -3 -3 -4 -4 -2 -4 -5 -1 3 4 -6 -4 -4 1 4 9 18 0 1 4 2 0 0 1 2 0 0 2 23 31 0 0 0 0.72 1.52 42 S 0 1 -2 0 -5 0 3 -3 0 -2 -3 2 -3 -5 4 0 0 0 -3 -3 9 7 2 5 0 4 17 2 2 2 2 11 0 0 18 7 6 1 1 1 0.38 1.51 43 S 3 1 1 0 -4 -1 0 0 -1 -3 -3 1 -2 -5 -2 1 1 -6 -4 -1 27 8 7 4 0 2 6 7 1 1 2 7 1 0 2 12 8 0 0 4 0.31 1.51 44 R -1 2 -1 1 -5 5 3 -3 0 -1 -1 2 -1 -5 -4 -3 -1 -5 -3 -3 4 10 3 7 0 27 16 1 2 3 6 12 2 0 0 1 3 0 1 2 0.54 1.53 45 L -1 1 -5 -6 -1 -3 -4 -6 -1 0 3 -1 1 4 -5 -4 -4 4 4 0 5 8 0 0 2 1 0 0 1 6 31 4 3 14 0 1 0 5 13 5 0.60 1.55 46 K 1 2 0 1 -3 0 2 -3 0 0 -1 2 0 -2 -2 -1 -1 -5 -3 0 12 10 4 9 1 3 14 2 2 5 5 12 2 2 2 3 4 0 1 8 0.18 1.53 47 D -1 2 0 1 -3 2 3 -3 -1 -3 -2 3 -1 -3 -4 -1 -1 -5 -3 -1 6 11 4 7 0 7 22 1 1 2 4 18 1 1 0 5 4 0 0 4 0.38 1.52 48 V -3 -5 -5 -6 -1 -5 -5 -6 -5 2 5 -5 4 -1 -5 -5 -3 -2 -4 1 1 0 0 0 1 0 0 0 0 10 64 0 9 2 0 0 1 1 0 8 1.10 1.51 49 E -1 4 -2 -3 -2 2 1 -3 -1 -1 -1 4 0 -2 -4 -2 -2 -1 -2 -1 6 19 1 1 1 7 9 1 1 4 5 27 2 2 0 2 2 1 2 4 0.45 1.53 50 A 2 3 0 0 -3 1 0 -2 2 -2 -1 1 0 -3 -4 1 0 1 -2 -2 16 13 5 4 0 6 6 2 4 3 6 8 2 1 0 10 6 2 1 2 0.18 1.53 51 G -1 3 -2 0 -2 1 3 0 -3 -2 -2 2 -3 -3 -4 -1 -1 0 -1 -3 6 18 1 5 1 6 21 7 0 2 3 12 1 1 0 3 3 2 2 2 0.36 1.54 52 L -2 -4 -5 -6 1 -4 -5 -5 -3 3 5 -4 0 -2 -5 -4 -3 -4 -3 0 3 1 0 0 2 0 0 1 1 16 61 1 1 1 0 1 1 0 1 6 1.00 1.57 53 K 0 2 -1 0 -1 1 3 -2 0 -4 -1 2 -1 -4 -1 0 0 -3 -3 -3 9 9 3 5 2 6 17 3 2 1 7 14 2 1 3 8 6 0 1 1 0.21 1.52 54 I 0 2 0 1 -2 1 2 -1 0 -3 -1 3 -2 -3 -2 0 -2 -4 -3 -2 6 12 4 7 1 5 12 6 2 2 6 21 1 1 2 6 2 0 1 2 0.25 1.48 55 I -2 -2 -3 -5 -2 -3 -2 -5 -2 5 3 -3 0 0 -4 -4 -1 -1 1 2 2 2 1 1 1 1 3 1 1 30 26 1 2 3 1 1 3 1 5 13 0.58 1.51 56 G -1 -3 -2 -4 -1 -1 -2 -4 -3 6 1 -3 2 -1 -4 -2 -1 -4 -1 2 4 2 3 1 1 3 2 1 1 44 9 1 6 2 1 3 3 0 2 10 0.64 1.51 57 N -1 2 3 4 -3 -1 1 -1 0 -2 -2 1 -2 -4 -3 0 -1 -1 -3 -3 4 9 14 23 1 3 7 4 2 2 4 9 1 1 1 5 3 1 1 2 0.35 1.35 58 R -1 1 -1 -2 -1 0 1 -1 2 -1 0 3 -1 -2 2 -1 -1 0 0 -1 6 8 2 2 2 3 7 5 4 4 8 15 2 2 11 5 3 1 3 3 0.13 1.20 59 K -1 1 0 0 -1 0 3 -1 -1 -1 -1 2 -1 -1 -2 -1 -1 -2 0 0 6 7 4 5 1 4 19 6 1 4 6 12 2 2 2 4 3 0 3 6 0.13 1.12 60 K -1 0 0 2 -2 0 3 -1 -1 -2 -1 3 -2 -1 0 -1 -1 -1 -2 -2 6 5 4 9 1 3 21 4 2 2 5 15 1 3 4 4 3 1 2 3 0.22 1.03 61 L 0 0 -1 1 -1 -1 0 0 -1 0 1 0 0 -1 0 0 -1 0 -1 -1 8 4 3 9 1 3 5 8 2 5 17 6 2 2 5 6 4 1 2 4 0.02 0.80 62 Q -1 -1 -1 0 -1 1 1 -1 -2 2 0 0 0 -1 -1 0 -1 -2 0 0 5 4 2 4 2 5 10 5 1 14 9 5 2 2 4 9 4 1 3 7 0.05 0.88 63 E -1 -1 0 5 -2 -1 1 -1 -1 -1 -1 0 -1 -1 0 -2 -1 -2 0 -1 5 3 3 31 1 2 10 4 1 3 7 5 1 3 4 3 3 1 3 4 0.33 1.00 64 D -1 -2 0 3 -3 -1 2 -1 -2 -2 -1 -1 -2 -2 2 2 -1 -3 -2 -2 5 2 5 18 1 2 13 5 1 2 6 3 1 2 11 14 4 0 1 3 0.26 1.15 65 E -2 -2 1 4 -2 0 3 -2 -2 0 0 -2 -3 -3 -2 1 -2 -3 -3 -1 4 2 7 20 1 4 19 4 1 6 10 2 1 1 2 9 3 0 1 4 0.30 1.32 66 R -2 4 -1 -1 0 0 2 -2 0 -1 -2 1 -2 -3 -2 -1 2 -2 -2 -1 3 20 3 3 2 4 15 4 2 3 5 6 1 1 2 4 13 0 2 5 0.27 1.39 67 F -4 -3 -2 7 -1 -4 -2 -3 -3 -1 -3 -3 -3 2 -4 -3 -4 -3 -2 -1 1 2 0 66 2 0 0 1 0 3 3 1 1 10 0 1 0 0 1 4 1.35 1.66 68 F -2 0 1 -2 -1 -2 -3 -3 1 -2 -3 -1 -2 -1 -4 5 -1 -4 4 -2 2 5 7 2 1 2 0 1 3 2 2 3 1 3 0 46 2 0 13 4 0.68 1.73 69 I -3 -3 -6 -6 -1 -5 -6 -6 0 4 2 -5 -1 -2 -5 -5 -3 -2 1 5 1 1 0 0 1 0 0 0 2 25 19 0 1 1 0 0 1 1 4 41 1.00 1.77 70 L -3 4 -4 -2 -2 0 -4 -6 1 3 2 -2 0 1 -6 -4 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