Last position-specific scoring matrix computed, weighted observed percentages rounded down, information per position, and relative weight of gapless real matches to pseudocounts A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V A R N D C Q E G H I L K M F P S T W Y V 1 A 5 -3 -2 -3 -2 -2 -2 2 -3 -3 -4 -2 -3 -4 -3 3 -1 -4 -3 -2 59 0 0 0 0 0 0 12 0 0 0 0 0 0 0 28 0 0 0 0 0.81 0.61 2 D -2 0 -1 1 -5 0 0 -2 -2 -5 -5 6 -3 -5 -3 2 -2 -5 -4 -4 1 0 2 6 0 2 3 2 0 0 0 68 0 0 0 16 0 0 0 0 1.00 0.80 3 G 1 -3 -2 -2 -3 -3 -3 -2 3 -1 -2 -3 -2 -3 0 -1 4 -4 1 3 12 0 1 2 0 0 0 3 7 0 1 0 0 0 5 1 34 0 4 29 0.49 0.74 4 S -2 -3 -1 -3 -4 -2 1 -4 5 -4 -3 -3 -2 2 -4 -1 -1 -1 7 -3 2 0 2 0 0 0 11 0 16 0 1 0 1 5 0 6 3 0 53 1 1.10 0.77 5 V -2 -4 -3 -5 -3 -1 -4 -5 -2 2 0 -4 0 -3 -2 -3 0 -5 -3 6 0 0 2 0 0 4 0 0 1 5 7 0 1 0 2 0 5 0 0 74 0.92 0.78 6 A 4 -3 -3 -3 -4 -2 -1 0 2 -4 -4 1 -4 -5 6 -2 -2 -5 -4 -3 36 0 0 0 0 0 3 6 6 0 1 9 0 0 38 0 0 0 0 0 0.97 0.78 7 P -2 -4 -3 -3 -4 -3 -3 -2 -3 -4 -4 -3 -4 -1 8 0 1 -5 -3 -4 0 0 0 0 0 0 0 2 0 0 1 0 0 3 76 9 8 0 0 0 1.85 0.78 8 G -2 -4 -2 -3 -4 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -3 -4 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 0.78 9 K -3 0 -2 1 -5 3 5 -1 -1 -5 -5 3 -3 -5 -3 -2 -2 -5 -4 -3 0 3 0 7 0 15 48 4 1 0 0 19 1 0 0 1 1 0 0 1 0.85 0.79 10 L -3 1 -3 -4 -4 -1 -3 -5 5 -2 4 1 0 -1 -4 -3 -3 -3 3 -2 0 7 0 0 0 1 0 0 17 0 49 11 1 0 0 0 0 0 13 1 0.70 0.79 11 D -4 -4 0 8 -6 -2 0 -3 -3 -5 -6 -3 -5 -6 -3 -2 -3 -6 -5 -5 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.98 0.79 12 D -3 -2 -1 2 -5 1 6 -4 -2 -5 -5 0 -4 -5 -3 -1 1 -5 -4 -4 0 0 1 10 0 3 73 0 0 0 0 2 0 0 0 3 9 0 0 0 1.18 0.79 13 Y -4 -4 -4 -5 -4 -4 -4 -5 0 -3 -2 -4 -2 5 -5 -4 -4 0 8 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 2 0 0 26 0 0 0 0 68 2 1.69 0.79 14 Y -4 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 0 1 -1 -4 0 1 -5 -4 -3 0 9 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 7 4 0 2 0 0 0 0 0 82 4 1.69 0.79 15 G 2 -4 1 -2 -3 -3 -3 4 -3 -1 0 -3 3 -4 -4 -1 -1 -4 -4 1 19 0 6 1 0 0 0 34 0 2 8 0 10 0 0 3 2 0 0 13 0.49 0.79 16 F -4 -5 -5 -6 -4 -5 -5 -5 -3 1 0 -5 -2 8 -6 -4 -4 0 1 -2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 6 5 0 0 88 0 0 0 1 0 0 1.76 0.79 17 W 0 -4 -1 -3 -3 -3 -4 -4 -2 -1 0 -4 2 1 -4 2 -1 9 1 1 7 0 2 0 0 0 0 0 1 2 11 0 5 7 0 23 2 28 3 9 0.80 0.79 18 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 7 0 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 1.38 0.79 19 S -1 -4 -2 -3 -4 -3 -4 7 -4 -5 -5 -3 -4 -5 -4 2 -2 -5 -5 -5 1 0 0 0 0 0 0 83 0 0 0 0 0 0 0 14 1 0 0 0 1.52 0.79 20 G -2 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.94 0.79 21 Q -3 -2 -2 -3 -5 5 -1 -4 8 -4 -4 -2 -3 4 -4 -3 -3 -3 1 -4 0 0 0 0 0 34 0 0 43 0 0 0 0 19 0 0 0 0 4 0 1.32 0.82 22 T -1 -3 2 -2 0 0 -2 -2 -3 -4 -4 -2 -3 -4 -3 6 2 -5 -4 -3 2 0 8 0 2 3 0 1 0 0 0 0 0 0 0 72 12 0 0 0 0.98 0.82 23 G -2 -3 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -3 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 1 0 0 0 0 0 99 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.93 0.82 24 E -3 -1 1 2 -5 6 5 -4 -1 -5 -5 -1 -3 -5 -3 -2 -3 -5 -4 -4 0 0 6 8 0 46 39 0 1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1.17 0.82 25 M -2 -4 -5 -5 -1 -4 -5 -5 -5 3 2 -4 5 -1 -5 -4 -2 -4 -3 5 1 0 0 0 1 0 0 0 0 13 17 0 17 1 0 0 0 0 0 50 0.90 0.82 26 R -1 6 -2 -4 -4 -2 -3 -2 -3 1 0 -1 0 1 -4 1 -1 -1 -2 -3 5 48 0 0 0 0 0 2 0 10 7 0 2 7 0 13 4 1 1 0 0.63 0.84 27 I -2 -5 -5 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 0 -4 -1 -3 -5 -4 -2 -5 -3 6 1 0 0 0 0 0 0 0 0 31 1 0 0 0 0 0 1 0 0 66 1.17 0.83 28 L -2 -4 -4 -5 -4 -3 -4 -5 1 2 2 -4 3 1 -5 -4 -3 -1 7 1 3 0 0 0 0 1 0 0 2 11 21 0 7 2 0 0 0 0 45 8 0.94 0.83 29 G -1 -4 -2 -3 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 0 1.89 0.83 30 I -3 -5 -5 -5 -2 -4 -5 -6 -5 4 4 -4 2 -1 -5 -4 -3 -4 -3 3 1 0 0 0 1 0 0 0 0 28 40 0 3 2 0 0 0 0 0 25 0.87 0.83 31 P -3 -4 -4 -3 -5 -3 -3 -4 -4 -5 -5 -3 -5 -6 9 -3 -3 -6 -5 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 0 2.78 0.83 32 S -1 -3 -1 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -4 -5 -2 -3 -4 -3 7 0 -5 -4 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 100 0 0 0 0 1.44 0.83 33 M -2 -4 -3 -4 -4 -2 -4 4 -4 -2 0 -3 8 -3 -4 -3 -3 -4 -4 -2 1 0 0 0 0 1 0 32 0 0 4 0 63 0 0 0 1 0 0 0 1.32 0.83 34 R -3 8 -2 -4 -6 -1 -2 -4 -2 -5 -4 1 -3 -5 -4 -3 -3 -5 -4 -5 0 97 0 0 0 0 0 0 0 0 0 3 0 0 0 0 0 0 0 0 1.86 0.83 35 E -3 -1 -3 -2 -3 0 5 -5 1 2 2 -2 1 -3 -4 -3 -2 -4 -3 -1 0 3 0 0 0 3 44 0 4 15 22 1 4 0 0 0 2 0 0 2 0.62 0.83 36 L -4 -4 -5 -6 -3 -4 -5 -6 -4 3 5 -5 0 2 -5 -4 -3 -3 1 -1 0 0 0 0 0 0 0 0 0 17 68 0 1 9 0 0 0 0 5 0 1.01 0.83 37 M -2 2 -3 -4 -4 0 -2 -4 1 -1 -1 5 6 -3 -4 -3 -1 -4 -3 -2 2 12 0 0 0 2 0 0 3 2 2 42 32 0 0 0 3 0 0 1 0.87 0.83 38 R -3 6 -2 -4 -3 -2 -1 -5 -2 1 -3 -1 -3 -2 -4 -2 1 -3 3 2 0 48 1 0 0 0 4 0 0 7 0 1 0 0 0 1 8 0 12 17 0.75 0.83 39 V -3 -5 -5 -5 -3 -5 -5 -6 -5 7 0 -5 0 -2 -5 -4 -3 -5 -3 3 0 0 0 0 0 0 0 0 0 82 3 0 2 0 0 0 0 0 0 13 1.36 0.83 40 P 0 -4 -4 -3 -5 -3 -3 1 -4 -5 -5 -3 -4 -6 8 -2 -3 -6 -5 -4 7 0 0 0 0 0 0 14 0 0 0 0 0 0 78 1 0 0 0 0 2.00 0.83 41 V -2 -5 -5 -5 2 -4 -5 -5 -5 1 -1 -4 -1 -3 -4 -4 -2 -5 -3 7 0 0 0 0 4 0 0 0 0 2 0 0 0 0 0 0 1 0 0 93 1.35 0.83 42 F -4 -5 -2 -5 -4 -5 -5 -5 -3 -2 -2 -5 -2 9 -6 -4 -4 -1 2 -3 0 0 2 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 97 0 0 0 0 1 0 2.01 0.83 43 N -1 -2 6 -2 -4 -1 -2 -2 -2 -4 -4 -2 -3 -5 -3 3 3 -5 -4 -1 3 0 41 0 0 2 0 1 0 0 0 0 0 0 0 25 23 0 0 4 0.86 0.83 44 R -2 3 -3 -4 -4 3 -2 -4 0 0 -2 -1 1 -3 5 -3 0 -5 -3 1 1 16 0 0 0 15 0 0 2 7 1 1 4 0 33 0 5 0 1 13 0.71 0.83 45 C -3 -3 0 5 6 -2 4 -4 0 -4 -4 -2 -4 1 -4 -2 -3 -2 -1 -4 1 0 4 37 18 0 28 0 2 0 0 0 0 6 0 1 0 1 2 0 0.94 0.83 46 S 1 -3 -3 -3 2 -2 -3 -2 -2 -4 -4 -3 -4 -3 6 4 -1 -5 -4 -3 10 0 0 0 5 0 0 2 1 0 0 0 0 1 42 39 1 0 0 0 1.14 0.83 47 A 4 -3 -4 -3 -3 -1 2 -1 -3 -3 -1 -3 1 -3 -4 -1 -1 8 -2 -3 42 0 0 0 0 1 18 3 0 0 7 0 4 0 0 1 3 21 0 0 0.84 0.83 48 T -2 0 2 -2 -4 4 -2 -4 -2 -2 -3 1 -2 -4 -3 0 4 -5 -4 1 0 4 12 1 0 21 0 0 1 1 0 7 1 0 0 6 38 0 0 10 0.61 0.83 49 G -1 -5 -3 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 2 0 0 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 2.01 0.97 50 W -5 -5 -5 -6 -5 -4 -5 -5 -2 -4 -4 -5 -3 0 -6 -5 -4 11 7 -4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 0 0 0 62 37 0 2.79 0.97 51 G -2 -4 -2 -4 -5 -4 -4 7 -4 -6 -6 -4 -5 -5 -4 -2 -4 -5 -5 -5 0 0 1 0 0 0 0 98 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 0 1 2.00 0.97 52 Q -4 -1 -5 -5 -4 0 -4 -6 -1 1 3 -4 -1 4 -5 -4 -4 2 6 -1 0 3 0 0 0 5 0 0 1 9 33 0 1 16 0 0 0 2 27 1 0.83 1.01 53 T -2 -3 -1 4 -3 -2 -2 -1 -1 -3 -3 -2 -3 -4 -2 0 6 -4 -3 -2 1 1 1 23 0 1 1 4 2 1 1 1 0 1 1 6 55 0 0 1 0.89 0.87 54 N -2 -1 7 3 -4 -1 1 -2 -2 -4 -4 -1 -3 -4 -3 -1 -1 -4 -3 -3 3 2 54 14 0 1 10 1 0 1 1 4 0 1 1 2 2 0 1 1 0.94 0.84 55 E -2 -1 -2 0 -4 0 6 -3 0 -3 -3 -1 -3 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -3 3 2 1 3 0 2 72 2 2 1 2 2 0 1 1 2 1 0 1 1 1.11 0.81 56 S -1 -2 0 -2 -1 -2 -2 -2 -2 -3 -3 -2 -3 -3 -2 6 1 -3 -3 -3 2 1 3 1 1 1 1 2 0 1 2 1 0 1 1 74 5 0 1 1 0.96 0.80 57 I -2 3 -2 -2 -3 -1 -1 -3 -1 0 2 5 -1 -3 -2 -1 -2 -3 -3 -2 2 18 1 1 0 1 3 2 1 5 20 36 1 1 1 3 1 0 1 2 0.51 0.79 58 R 1 3 -1 -1 -3 1 1 -2 0 -3 -3 5 -2 -3 -2 -2 -2 -3 -3 -2 12 13 1 2 0 4 8 2 2 1 2 43 1 1 1 2 1 0 1 2 0.59 0.79 59 I -2 -3 -3 -3 -2 -3 -3 -3 -3 5 0 -3 2 -2 -3 -3 -1 -3 -2 4 2 1 1 1 0 1 1 2 1 39 4 1 5 1 1 2 3 0 1 32 0.69 0.78 60 H -2 -2 -3 -3 -2 -2 -3 -3 0 0 5 -1 4 -1 -3 -2 -2 -2 -2 -1 2 2 1 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17 2 2 1 2 2 3 2 3 5 40 1 1 2 3 3 0 1 5 0.50 0.62 70 K 1 0 -1 0 -2 0 3 -1 -2 -2 -2 1 -1 -2 3 -1 -1 -2 -2 -2 14 4 3 5 1 4 24 3 1 2 3 9 2 1 15 3 3 0 1 3 0.33 0.63 71 Q -2 0 -2 -2 -2 -1 -2 -2 0 -1 0 -1 6 4 -2 -2 -2 -1 3 -1 3 5 2 2 1 3 2 4 2 2 7 3 25 19 2 3 2 0 9 3 0.46 0.60 72 L -2 -2 -3 -3 -2 -2 -2 -2 -3 -1 5 -1 1 -1 -2 -2 1 0 -2 -1 3 1 1 1 1 1 2 3 1 1 59 3 2 2 1 2 11 1 1 2 0.57 0.69 73 A 2 0 3 0 -3 0 2 0 -2 -3 -3 3 0 -3 -2 -1 -2 -3 -2 -3 17 4 18 4 0 3 12 6 0 1 2 20 3 1 1 2 1 0 1 1 0.35 0.76 74 A 2 -2 0 1 -3 -2 -1 -1 -3 0 -3 0 -2 -2 1 0 3 -2 -2 -1 17 1 4 9 0 1 4 4 0 7 2 7 0 2 7 7 23 1 1 2 0.25 0.77 75 N -1 3 2 2 -3 1 -1 -2 1 -2 -1 0 -2 -3 -2 2 0 -3 -2 -1 5 19 9 12 0 5 1 2 3 1 5 5 0 1 1 20 5 0 1 4 0.28 0.75 76 G -1 -3 0 -2 -3 -2 -2 5 4 -3 -3 -2 -3 0 -1 -1 -2 -3 1 -3 4 1 4 2 0 1 2 52 11 1 3 1 0 5 2 2 1 0 4 1 0.74 0.70 77 K -2 0 -2 -1 -3 -1 -2 5 -2 -3 -1 1 0 -3 -1 1 -1 -2 -3 -2 1 5 1 3 0 3 2 41 1 1 7 11 3 1 3 11 3 1 0 2 0.47 0.76 78 K -1 0 -1 -1 -2 0 1 -2 -1 -1 1 2 -1 4 0 -1 -1 -1 0 0 5 5 3 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1 0 0 0 0 2 1 1 0 2 1 0 2 1 3 0 0 1 1.02 1.17 453 S -2 -3 -1 5 -3 -2 2 -3 -2 -5 -5 -1 -5 -6 -4 4 -1 -6 -5 -4 2 1 2 41 0 0 10 1 0 0 0 2 0 0 0 39 2 0 0 0 1.04 1.17 454 I -3 0 -4 -4 -5 0 -2 -5 -3 2 1 6 0 -3 -4 -3 -3 -3 -3 0 1 3 0 0 0 4 0 0 0 14 16 50 3 1 0 0 1 0 0 6 0.78 1.19 455 L -3 -5 -6 -6 -4 -5 -5 -6 -6 5 3 -5 1 -2 -5 -5 -3 -5 -4 4 0 0 0 0 0 0 0 0 0 41 28 0 3 1 0 0 0 0 0 28 1.10 1.15 456 P -2 2 5 -1 -5 1 -1 -3 2 -5 -5 5 -2 -5 -1 -1 -2 -6 -3 -5 2 9 26 2 0 5 2 0 5 0 0 40 1 0 3 2 1 0 0 0 0.85 1.14 457 N -2 -4 1 -3 -5 -3 -2 -3 -2 -5 -5 -3 -4 -6 7 -2 3 -6 -5 -4 1 0 6 0 0 0 2 1 1 0 0 1 0 0 66 1 20 0 0 0 1.74 1.12 458 I -1 -4 -4 -5 -3 -4 -5 -5 -5 5 2 -3 0 -1 -5 -1 -1 -5 -3 4 4 1 0 0 0 0 0 0 0 38 18 2 1 1 0 4 3 0 0 28 0.74 0.92 459 R -3 4 -2 -2 -5 4 4 -4 -2 -5 -4 4 -3 -5 -3 -2 -3 -4 -4 -4 0 28 0 0 0 20 27 0 0 0 0 25 0 0 0 0 0 0 0 0 0.92 0.70 K Lambda Standard Ungapped 0.1345 0.3175 Standard Gapped 0.0410 0.2670 PSI Ungapped 0.1799 0.3178 PSI Gapped 0.0551 0.2670